View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1788_high_1 (Length: 726)

Name: NF1788_high_1
Description: NF1788
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1788_high_1
NF1788_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-711)||(6011803-6012495)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 656; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 656; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 6012495 - 6011803
Alignment:
Q  19 ctttagttttgttatggcttccaaccaagaaccaaaatttcctttgagacttttggttgacaaagnnnnnnnccgtgtagttgtagctgaatcaaagagt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6012495 ctttagttttgttatggcttccaaccaagaaccaaaatttcctttgagacttttggttgacaaagaaaaaaaccgtgtagttgtagctgaatcaaagagt 6012396  T
Q  119 gatttaatagacattttgtttagttttctcacacttccattaggaaccatcattaggctactttccaagaatcaacatgatcatattcatgaaattaatg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6012395 gatttaatagacattttgtttagttttctcacacttccattaggaaccatcattaggctagtttccaagaatcaacatgatcatattcatgaaattaatg 6012296  T
Q  219 atcaaccagaagagttacttggttgcatcaacaagcgttacaagagtgtagaaaatttaaatgatggtgttttttggaacagtatttgcaagacaatgtt 318  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6012295 atcaaccagaagagatacttggttgcatcaacaatctttacaagagtgtagaaaatttaaatgatggtgttttttggaacagtatttgcaagacaatgtt 6012196  T
Q  319 gctttgtccgcgaaacccttgcgagattctatgcaagaagttgaagttgaatttagatgattcagagaccataaagtactttatgtgtggaaaatgttgt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6012195 gctttgtccgcgaaacccttgcgagattctatgcaagaagttgaagttgaatttagatgattcagagaccataaagtactttatgtgtggaaaatgttgt 6012096  T
Q  419 agagggagtgattggtttttgagtacttttgttggggcaagttgttgttcttgtgggaaattgatggacaaagaaatgaagttgcatggagattttggtg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6012095 agagggagtgattggtttttgagtacttttgttggggcaagttgttgttcttgtgggaaattgatggacaaagaaatgaagttgcatggagattttggtg 6011996  T
Q  519 aagagagttataattttgatgatggtgtttttgttaagaagggaagtttgtatttgatttttgatgatttgaaagtgttgcaaaactctcctggtaattc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6011995 aagagagttataattttgatgatggtgtttttgttaagaagggaagtttgtatttgatttttgatgatttgaaagtgttgcaaaactctcctggtaattc 6011896  T
Q  619 tgttcagcaactcattcaacttggatataaaaactttcacaagttgacacaagtgtccttgaatgttggattgaaagaggtaatatcacttct 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6011895 tgttcagcaactcattcaacttggatataaaaactttcacaagttgacacaagtgtccttgaatgttggattgaaagaggtaatatcacttct 6011803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University