View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17891_low_2 (Length: 692)

Name: NF17891_low_2
Description: NF17891
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17891_low_2
NF17891_low_2
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (19-430)||(31713830-31714241)
chr5 (19-659)||(31702398-31703038)
chr5 (19-659)||(31734238-31734878)
chr5 (461-681)||(31714243-31714463)
chr5 (490-659)||(31684330-31684499)
chr5 (490-659)||(31711303-31711472)
chr5 (19-273)||(31710832-31711086)
chr5 (19-233)||(31683859-31684073)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (498-662)||(30570297-30570461)
chr4 (42-118)||(30569847-30569923)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 430
Target Start/End: Original strand, 31713830 - 31714241
Alignment:
Q  19 ttaagtgtgtagttgacttaggaatacctgatattatacacaactatggcaaacccatgccactttcaaaactcatttcttcactaccaatccacccttc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31713830 ttaagtgtgtagttgacttaggaatacctgatattatacacaactatggcaaacccatgccactttcaaaactcatttcttcactaccaatccacccttc 31713929  T
Q  119 nnnnnnntcctgcatctatcgcttaatgcgaatcatgactcaatctggcttcttctatgaacacaatgttactgagaatgagctagaaatcgagtatatg 218  Q
           |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  31713930 aaaaaaatcctgcatctatcgcttaatgcaaatcatgactcaatctggcttcttctatgaacacgatgttactgagaatgagctagaaatcgattatatt 31714029  T
Q  219 ctaaccgatgaatctatactgttgcttaaggatcaccccatgagtgtgacaccatttttgcaagccatactacatccaattttggcaaacccgtggcatg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31714030 ctaaccgatgaatctatactgttgcttaaggatcaccccatgagtgtgacaccatttttgcaagccgtactacatccaattttggcaaacccgtggcatg 31714129  T
Q  319 aaatgtccagttggttaaaaaccgatgatccttcaacatttggaactacacatgggatgttaatatgggattatgcagcgcgtgagcctaaatttaacaa 418  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31714130 aaatgtccggttggttaaaaactgatgatccttcaacatttggaactacacatgggatgtcgatgtgggattatgcggcgcgtgagcctaaatttaacaa 31714229  T
Q  419 cttattcaatga 430  Q
    ||||||||||||    
T  31714230 cttattcaatga 31714241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 659
Target Start/End: Original strand, 31702398 - 31703038
Alignment:
Q  19 ttaagtgtgtagttgacttaggaatacctgatattatacacaactatggcaaacccatgccactttcaaaactcatttcttcactaccaatccacccttc 118  Q
    |||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  31702398 ttaaatgtgtggttgatttaggcatacctgatatcatacacaattatggcaaacccatatcactctcaaaacttatttctttgctaccaatccacccttc 31702497  T
Q  119 nnnnnnntcctgcatctatcgcttaatgcgaatcatgactcaatctggcttcttctatgaacacaatgttactgagaatgagctagaaatcgagtatatg 218  Q
           | || |||  ||||||| |||||||| |||||||| ||| | ||||||| | || | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31702498 aaaaacatgcttcattcatcgcttgatgcgaataatgactcattctagtttcttctctcaatataatgttaccgagaatgagctagaaatcgagtatatg 31702597  T
Q  219 ctaaccgatgaatctatactgttgcttaaggatcaccccatgagtgtgacaccatttttgcaagccatactacatccaattttggcaaacccgtggcatg 318  Q
     ||||||||| ||| ||| | || ||||||||  | || ||||| |||||||||||| | || || || ||  ||||| ||||| |||| |||||||||     
T  31702598 ttaaccgatgcatcgatattattacttaaggacaatccgatgagcgtgacaccatttgtacacgcgatgctcgatccagttttgacaaatccgtggcatc 31702697  T
Q  319 aaatgtccagttggttaaaaaccgatgatccttcaacatttggaactacacatgggatgttaatatgggattatgcagcgcgtgagcctaaatttaacaa 418  Q
    || | || | |||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||| |||||  |||||||  ||||||| ||||  ||| ||||  | ||||||| |||    
T  31702698 aattctctacttggttaaaaaatgatgatcctacaacatttgaaacgacacacaggatgttgttatgggaatatgttgcgtgtgactccaaatttagcaa 31702797  T
Q  419 cttattcaatgatgcaatggtgagtgatgctcgattggtcacaagtgtggtgattgagaagtgtggtgaaatgttcaatggattggaatcattggttgat 518  Q
    ||||||||||||  | ||||  |||||| ||||||| || || | | || |||||||||||||  | | | | |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  31702798 cttattcaatgagtccatggcaagtgatactcgattagtgaccaatttgttgattgagaagtgcaggggagtattcaatgggttggagtcattggttgat 31702897  T
Q  519 gttggaggaggcacagggaccatggcaaaggctcttgccaaatcattcccacaaatggaccgcactgtgtttgatcttccacatgttgttgatggcttgc 618  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31702898 gttggaggtggcacagggaccatggcaaaggcccttgctaaatcattcccacaaatggagtttagtgtatttgatctaccacatgttgttgatggcttgc 31702997  T
Q  619 aaggagttgataacttaaactatgttggtggagacatgttt 659  Q
    ||||   ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  31702998 aaggtagtgagaatctaaactatgttggtggagacatgttt 31703038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 659
Target Start/End: Original strand, 31734238 - 31734878
Alignment:
Q  19 ttaagtgtgtagttgacttaggaatacctgatattatacacaactatggcaaacccatgccactttcaaaactcatttcttcactaccaatccacccttc 118  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31734238 ttaaatgtgtagttgacttaggcataccagatattatacacaaccatgggaaacccatgcctatctcaaaactcatttcttcactaccaatccacccttc 31734337  T
Q  119 nnnnnnntcctgcatctatcgcttaatgcgaatcatgactcaatctggcttcttctatgaacacaatgttactgagaatgagctagaaatcgagtatatg 218  Q
            | |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||| ||| || | | |||||||| |||||| |||||||||    
T  31734338 aaaaaagccttgcatccatcgcttgatgcgaatcatgactcactctggcttcttctctcaacaaaatattgcggcgaatgagccagaaattgagtatatg 31734437  T
Q  219 ctaaccgatgaatctatactgttgcttaaggatcaccccatgagtgtgacaccatttttgcaagccatactacatccaattttggcaaacccgtggcatg 318  Q
     |||| |||| ||||| | | || ||||||||| | || |||||||||||||||||  || | || || ||  ||||| || ||   || || ||||||     
T  31734438 ttaactgatgcatctagattattacttaaggataatccaatgagtgtgacaccattcgtgtacgcgatgctcgatccagttatgatgaatccttggcatc 31734537  T
Q  319 aaatgtccagttggttaaaaaccgatgatccttcaacatttggaactacacatgggatgttaatatgggattatgcagcgcgtgagcctaaatttaacaa 418  Q
    || | || |  ||||||||||  |||||| || || |||||| ||| ||||| ||||||||  ||||||| ||||| ||| ||||  | |||||||||||    
T  31734538 aattctctatgtggttaaaaaatgatgatactacatcatttgaaacgacacacgggatgttgttatgggaatatgctgcgtgtgactccaaatttaacaa 31734637  T
Q  419 cttattcaatgatgcaatggtgagtgatgctcgattggtcacaagtgtggtgattgagaagtgtggtgaaatgttcaatggattggaatcattggttgat 518  Q
    |||||| |||||  ||||||  | |||||||| ||| ||  | | | || || ||||||||||    | | ||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  31734638 cttatttaatgagtcaatggcaaatgatgctcaattagtttccaatttgttggttgagaagtgcaagggagtgttcaatgaatttgagtcattggttgat 31734737  T
Q  519 gttggaggaggcacagggaccatggcaaaggctcttgccaaatcattcccacaaatggaccgcactgtgtttgatcttccacatgttgttgatggcttgc 618  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  31734738 gttggaggaggaacagggactatggcaaagacttttgccaaatcattcccacaaatggagtgcattgtgtttgatctaccacatgttgttgatggtttgc 31734837  T
Q  619 aaggagttgataacttaaactatgttggtggagacatgttt 659  Q
    |||||  ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  31734838 aaggaagtgagaatctaagctatgttggtggagacatgttt 31734878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 461 - 681
Target Start/End: Original strand, 31714243 - 31714463
Alignment:
Q  461 aagtgtggtgattgagaagtgtggtgaaatgttcaatggattggaatcattggttgatgttggaggaggcacagggaccatggcaaaggctcttgccaaa 560  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31714243 aagtgtggtgattgagaagtgtggtggagtgttcaatggattggaatcattggttgatgttggaggaggcacagggaccatggcaaaggctcttgccaaa 31714342  T
Q  561 tcattcccacaaatggaccgcactgtgtttgatcttccacatgttgttgatggcttgcaaggagttgataacttaaactatgttggtggagacatgtttg 660  Q
    |||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  31714343 tcattcccacaattagagtgcactgtgtttgatcttccacatgttgttgatggcttgcaaggaggtgataacttaaactatgttggtggagatatgttta 31714442  T
Q  661 agagaattcctccagatgatg 681  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  31714443 agagaattcctccagctgatg 31714463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 490 - 659
Target Start/End: Original strand, 31684330 - 31684499
Alignment:
Q  490 tgttcaatggattggaatcattggttgatgttggaggaggcacagggaccatggcaaaggctcttgccaaatcattcccacaaatggaccgcactgtgtt 589  Q
    ||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||    
T  31684330 tgttcaatgaagtcgagtcattggttgatgttggaggaggtacagggaccatggcaaaaactcttgccaaatcattcccacaaatggagtgcattgtatt 31684429  T
Q  590 tgatcttccacatgttgttgatggcttgcaaggagttgataacttaaactatgttggtggagacatgttt 659  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31684430 tgatcttccacatgttgttgatggtttgctaggaagtgaaaacttaaactatgttggtggagacatgttt 31684499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 490 - 659
Target Start/End: Original strand, 31711303 - 31711472
Alignment:
Q  490 tgttcaatggattggaatcattggttgatgttggaggaggcacagggaccatggcaaaggctcttgccaaatcattcccacaaatggaccgcactgtgtt 589  Q
    ||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||    
T  31711303 tgttcaatgaagttgagtcattggttgatgttggaggaggtacggggaccatggcaaagactcttgtcaaatcattcccacaaatggagtgcattgtgtt 31711402  T
Q  590 tgatcttccacatgttgttgatggcttgcaaggagttgataacttaaactatgttggtggagacatgttt 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||  |||  |||||||||||||||||||||    
T  31711403 tgatcttccacatgttgttgatggcttgcaaggaagtgaaaagctaagatatgttggtggagacatgttt 31711472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 273
Target Start/End: Original strand, 31710832 - 31711086
Alignment:
Q  19 ttaagtgtgtagttgacttaggaatacctgatattatacacaactatggcaaacccatgccactttcaaaactcatttcttcactaccaatccacccttc 118  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31710832 ttaaatgtgtagttgacttaggcataccagatatcatacacaactatggcaaacccataccactctcaaaactcatttcttcactatcaatccacccttc 31710931  T
Q  119 nnnnnnntcctgcatctatcgcttaatgcgaatcatgactcaatctggcttcttctatgaacacaatgttactgagaatgagctagaaatcgagtatatg 218  Q
             | ||||  ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| | || | || ||||  | ||||||||||||||| |||||||||    
T  31710932 aaaaaaccacggcattcatcgcttgatgcgaatcatgactcactccggcttcttctctcaaaaaaacgttatagggaatgagctagaaattgagtatatg 31711031  T
Q  219 ctaaccgatgaatctatactgttgcttaaggatcaccccatgagtgtgacaccat 273  Q
     |||| |||| ||||| ||| || || |||||  | || ||||||||| ||||||    
T  31711032 ttaactgatgcatctaaactattactcaaggacaatccaatgagtgtggcaccat 31711086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 233
Target Start/End: Original strand, 31683859 - 31684073
Alignment:
Q  19 ttaagtgtgtagttgacttaggaatacctgatattatacacaactatggcaaacccatgccactttcaaaactcatttcttcactaccaatccacccttc 118  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| | ||| ||| |||| ||||||||||||  |||||| |||||| ||||| |    
T  31683859 ttaaatgtgtagtcgacttaggcataccagatatcatacacaattatggtagacctatgtcactctcaaaactcattagttcacttccaatcaaccctac 31683958  T
Q  119 nnnnnnntcctgcatctatcgcttaatgcgaatcatgactcaatctggcttcttctatgaacacaatgttactgagaatgagctagaaatcgagtatatg 218  Q
           | || | || ||||||| || |||||||||||  | |||||| |||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  31683959 aaaaacttgctacttccatcgcttgatacgaatcatgacgtattctggcatcttctctcaacaaaatattactgagaatgagctagagattgagtacatg 31684058  T
Q  219 ctaaccgatgaatct 233  Q
     |||| |||| ||||    
T  31684059 ttaactgatgtatct 31684073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 498 - 662
Target Start/End: Original strand, 30570297 - 30570461
Alignment:
Q  498 ggattggaatcattggttgatgttggaggaggcacagggaccatggcaaaggctcttgccaaatcattcccacaaatggaccgcactgtgtttgatcttc 597  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  | ||||   |||| || ||||||||| | || ||  ||| ||| ||||||||||    
T  30570297 ggattggaatcattggttgatgttggtggaggcatagggactattactaaggtcattgctaagtcattcccaaacattgagtgcattgtatttgatcttc 30570396  T
Q  598 cacatgttgttgatggcttgcaaggagttgataacttaaactatgttggtggagacatgtttgag 662  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  30570397 cacatgttgttgatggcttacaaggaagtgaaaacttaaaatatgttggaggtgacatgtttgag 30570461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 42 - 118
Target Start/End: Original strand, 30569847 - 30569923
Alignment:
Q  42 atacctgatattatacacaactatggcaaacccatgccactttcaaaactcatttcttcactaccaatccacccttc 118  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  30569847 ataccagatgttatacacaactatggccaaccaatcccactctcaaaactcatttctttgttaccaatccacccttc 30569923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University