View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17893_low_1 (Length: 830)

Name: NF17893_low_1
Description: NF17893
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17893_low_1
NF17893_low_1
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (14-608)||(26651989-26652575)
chr6 (14-608)||(26757957-26758543)
chr6 (16-327)||(27421105-27421416)
chr6 (14-213)||(31289685-31289885)
chr6 (409-537)||(27420814-27420943)
chr6 (242-325)||(31289892-31289975)
chr6 (200-327)||(26632715-26632842)
chr6 (200-327)||(26738691-26738818)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (16-327)||(65947-66258)
scaffold0003 (409-537)||(66420-66549)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (766-815)||(39109631-39109680)
chr4 (690-735)||(39109556-39109601)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 489; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 608
Target Start/End: Original strand, 26651989 - 26652575
Alignment:
Q  14 cagagagtgcaacagattctcggtgaaagaatgttatgaagatctgtgatatttgcgttttcccaatgatttcaaggatgaattattgaaggcagtgcag 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26651989 cagagagtgcaacagattctcggtgaaaggatgttatgaagatctgtgatatttgcgtttttccaatgatttcaaggatgaattattgaaggcagtgcag 26652088  T
Q  114 agattatggttcacatcattgccnnnnnnnntgtgtttggtttgggactcttacaagatagacttcctaaccggctcgattgtgaggattccctatggac 213  Q
    |||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26652089 agattatggttcacatcattgccaaaaaaaatgtgtttggtttgggactcttacaagatagacttcataaccggctcgattgtgaggattccctatggac 26652188  T
Q  214 attccttgatgtgatccctcaaacttttgatctcggtcaaatgtttgcagttccactcaatgacgcattggcagaaacatcacatcacccgaccttcagc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26652189 attccttgatgtgatccctcaaacttttgatctcagtcaaatgttcgcagttccgctcaatgacgcattggcagaaacatcacatcacccgaccttcagc 26652288  T
Q  314 ttcaatatccctggcacaaacaaaatgtattgttgtctctcatgttgtatgagtgacattcatggcactctttgtcagctatggagattggagaccattg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  26652289 ttcaatatccctggcacaaacaaaatgtattgttgtctctcgtgttgtatgagtgacatccatggcactctttgtcagcta-------tggagaccattg 26652381  T
Q  414 caaataggaaataagagtaggaaatggatgaatactgttcttttggtggtcacagagtatcgtttgggcacaaacacaatgtattgtttgtccttgcagc 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26652382 caaataggaaataagagtaggaaatggatgaatactgttcttttggtggtcacagagtatcgtttgggcacaaacaaaatgtattgtttgtccttgcagc 26652481  T
Q  514 attttcaaccagtaaattttctttcgtcagaatttgttcccgttattattcctataatttaatgtcaagttgagcgttcatcatgttttggtttc 608  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26652482 a-tttcaaccagtaaattttctttcgtcacaatttgttcccgatattattcctataatttaatgtcaagttgtgcgttcatcatgttttggtttc 26652575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 608
Target Start/End: Original strand, 26757957 - 26758543
Alignment:
Q  14 cagagagtgcaacagattctcggtgaaagaatgttatgaagatctgtgatatttgcgttttcccaatgatttcaaggatgaattattgaaggcagtgcag 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26757957 cagagagtgcaacagattctcggtgaaaggatgttatgaagatctgtgatatttgcgtttttccaatgatttcaaggatgaattattgaaggcagtgcag 26758056  T
Q  114 agattatggttcacatcattgccnnnnnnnntgtgtttggtttgggactcttacaagatagacttcctaaccggctcgattgtgaggattccctatggac 213  Q
    |||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26758057 agattatggttcacatcattgccaaaaaaaatgtgtttggtttgggactcttacaagatagacttcataaccggctcgattgtgaggattccctatggac 26758156  T
Q  214 attccttgatgtgatccctcaaacttttgatctcggtcaaatgtttgcagttccactcaatgacgcattggcagaaacatcacatcacccgaccttcagc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26758157 attccttgatgtgatccctcaaacttttgatctcagtcaaatgttcgcagttccgctcaatgacgcattggcagaaacatcacatcacccgaccttcagc 26758256  T
Q  314 ttcaatatccctggcacaaacaaaatgtattgttgtctctcatgttgtatgagtgacattcatggcactctttgtcagctatggagattggagaccattg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  26758257 ttcaatatccctggcacaaacaaaatgtattgttgtctctcgtgttgtatgagtgacatccatggcactctttgtcagcta-------tggagaccattg 26758349  T
Q  414 caaataggaaataagagtaggaaatggatgaatactgttcttttggtggtcacagagtatcgtttgggcacaaacacaatgtattgtttgtccttgcagc 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26758350 caaataggaaataagagtaggaaatggatgaatactgttcttttggtggtcacagagtatcgtttgggcacaaacaaaatgtattgtttgtccttgcagc 26758449  T
Q  514 attttcaaccagtaaattttctttcgtcagaatttgttcccgttattattcctataatttaatgtcaagttgagcgttcatcatgttttggtttc 608  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26758450 a-tttcaaccagtaaattttctttcgtcacaatttgttcccgatattattcctataatttaatgtcaagttgtgcgttcatcatgttttggtttc 26758543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 27421416 - 27421105
Alignment:
Q  16 gagagtgcaacagattctcggtgaaagaatgttatgaagatctgtgatatttgcgttttcccaatgatttcaaggatgaattattgaaggcagtgcagag 115  Q
    |||||| || ||||||||| | ||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  27421416 gagagtacagcagattctcagagaaaggatgttatcaagagctgtgaaatttgcgtttttc-aatgatttcgacgatgaattattgaaggcagtgcatag 27421318  T
Q  116 attatggttcacatcattgccnnnnnnnnt-gtgtttggtttgggactcttacaagatagacttcctaaccggctcgattgtgaggattccctatggaca 214  Q
    ||||||| |||||||| |||         | |||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27421317 attatggctcacatcagtgctaaaaaaagttgtgtatggttggagactcttacaagataggcttcctaaccggctcgattgtgaggattccctatggaca 27421218  T
Q  215 ttccttgatgtgatccctcaaacttttgatctcggtcaaatgtttgcagttccactcaatgacgcattggcagaaacatcacatcacccgaccttcagct 314  Q
    ||||||||   |||||||||||||||  ||| ||||||||||||  |  |||  |||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27421217 ttccttgacacgatccctcaaactttcaatcccggtcaaatgttcacctttctgctcactgacacaatggcagaaacatcacaacacccgaccttcagct 27421118  T
Q  315 tcaatatccctgg 327  Q
    |||||||||||||    
T  27421117 tcaatatccctgg 27421105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 213
Target Start/End: Original strand, 31289685 - 31289885
Alignment:
Q  14 cagagagtgcaacagattctcggtgaaagaatgttatgaagatctgtgatatttgcgttttcccaatgatttcaaggatgaattattgaaggcagtgcag 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31289685 cagagagtgcaacatattctcggtgaaaggttgttatcaagatctgtgatatttgcattttcccaatgatttcaatgatgaattattgaaggcagtgcag 31289784  T
Q  114 agattatggttcacatcattgcc--nnnnnnnntgtgtttggtttgggactcttacaagatagacttcctaaccggctcgattgtgaggattccctatgg 211  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||          ||||||| || || |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31289785 aga-tatggctcacatcagtgccaaaaaaagaatgtgtttagtatgagacttttacgagatagacttcctaaccggctcgattgtgaggattccctatgg 31289883  T
Q  212 ac 213  Q
    ||    
T  31289884 ac 31289885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 409 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 27420943 - 27420814
Alignment:
Q  409 cattgcaaataggaaataagagtaggaaatggatgaatactgttcttttggtggtcaca-gagtatcgtttgggcacaaacacaatgtattgtttgtcct 507  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27420943 cattgcatataggaaataagagtaggaaatggatgaacactgttcttttcgtgatcacatgagtatcgtttgggcacagtcacaatgtattgtttgtcct 27420844  T
Q  508 tgcagcattttcaaccagtaaattttcttt 537  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  27420843 tgctgcattttcaaccagtaaatttgcttt 27420814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 242 - 325
Target Start/End: Original strand, 31289892 - 31289975
Alignment:
Q  242 gatctcggtcaaatgtttgcagttccactcaatgacgcattggcagaaacatcacatcacccgaccttcagcttcaatatccct 325  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31289892 gatcccggtcaaatgtttgcagttccactcactgacgcagtggtggaaacatcacaacacccgaccttcagcttcaatatccct 31289975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 200 - 327
Target Start/End: Original strand, 26632715 - 26632842
Alignment:
Q  200 gattccctatggacattccttgatgtgatccctcaaacttttgatctcggtcaaatgtttgcagttccactcaatgacgcattggcagaaacatcacatc 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||    |||||| |||| ||| ||| ||||||||| || | ||||||  ||| ||| ||| |||  ||||||||||| |    
T  26632715 gatttcctatggacattccttgacccaatcccttaaacatttcatcccggtcaaatcttcgtagttccgttcactgatgcagtggtggaaacatcacaac 26632814  T
Q  300 acccgaccttcagcttcaatatccctgg 327  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    
T  26632815 acccgaccttcagcttcagtatccctgg 26632842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 200 - 327
Target Start/End: Original strand, 26738691 - 26738818
Alignment:
Q  200 gattccctatggacattccttgatgtgatccctcaaacttttgatctcggtcaaatgtttgcagttccactcaatgacgcattggcagaaacatcacatc 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||    |||||| |||| ||| ||| ||||||||| || | ||||||  ||| ||| ||| |||  ||||||||||| |    
T  26738691 gatttcctatggacattccttgacccaatcccttaaacatttcatcccggtcaaatcttcgtagttccgttcactgatgcagtggtggaaacatcacaac 26738790  T
Q  300 acccgaccttcagcttcaatatccctgg 327  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    
T  26738791 acccgaccttcagcttcagtatccctgg 26738818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 133; Significance: 1e-68; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 327
Target Start/End: Original strand, 65947 - 66258
Alignment:
Q  16 gagagtgcaacagattctcggtgaaagaatgttatgaagatctgtgatatttgcgttttcccaatgatttcaaggatgaattattgaaggcagtgcagag 115  Q
    |||||| || ||||||||| | ||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  65947 gagagtacagcagattctcagagaaaggatgttatcaagagctgtgaaatttgcgtttttc-aatgatttcgacgatgaattattgaaggcagtgcatag 66045  T
Q  116 attatggttcacatcattgccnnnnnnnnt-gtgtttggtttgggactcttacaagatagacttcctaaccggctcgattgtgaggattccctatggaca 214  Q
    ||||||| |||||||| |||         | |||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  66046 attatggctcacatcagtgctaaaaaaagttgtgtatggttggagactcttacaagataggcttcctaaccggctcgattgtgaggattccctatggaca 66145  T
Q  215 ttccttgatgtgatccctcaaacttttgatctcggtcaaatgtttgcagttccactcaatgacgcattggcagaaacatcacatcacccgaccttcagct 314  Q
    ||||||||   |||||||||||||||  ||| ||||||||||||  |  |||  |||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  66146 ttccttgacacgatccctcaaactttcaatcccggtcaaatgttcacctttctgctcactgacacaatggcagaaacatcacaacacccgaccttcagct 66245  T
Q  315 tcaatatccctgg 327  Q
    |||||||||||||    
T  66246 tcaatatccctgg 66258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 409 - 537
Target Start/End: Original strand, 66420 - 66549
Alignment:
Q  409 cattgcaaataggaaataagagtaggaaatggatgaatactgttcttttggtggtcaca-gagtatcgtttgggcacaaacacaatgtattgtttgtcct 507  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  66420 cattgcatataggaaataagagtaggaaatggatgaacactgttcttttcgtgatcacatgagtatcgtttgggcacagtcacaatgtattgtttgtcct 66519  T
Q  508 tgcagcattttcaaccagtaaattttcttt 537  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  66520 tgctgcattttcaaccagtaaatttgcttt 66549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 766 - 815
Target Start/End: Original strand, 39109631 - 39109680
Alignment:
Q  766 tagcagattctcacctctaatgaaatttgagattgaggttgtgcatgttg 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39109631 tagcagattctcacctctaatgaaatttgagattgaggttgtgcatgttg 39109680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 690 - 735
Target Start/End: Original strand, 39109556 - 39109601
Alignment:
Q  690 attataagtttagtactaacataaactatgcaatgtcttttatgta 735  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39109556 attataagtttagtactaacataaactatgcaatgtcttttatgta 39109601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University