View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17894_high_3 (Length: 594)

Name: NF17894_high_3
Description: NF17894
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17894_high_3
NF17894_high_3
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-583)||(1058585-1059167)
chr5 (4-578)||(1071407-1071981)
chr5 (4-578)||(1065680-1066254)
chr5 (7-532)||(1033681-1034206)
chr5 (4-532)||(1044065-1044593)
chr5 (1-514)||(1053320-1053833)
chr5 (8-511)||(1640371-1640874)
chr5 (4-522)||(1046648-1047169)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (9-113)||(44171260-44171364)
chr3 (9-113)||(44191556-44191660)
chr3 (365-426)||(12121338-12121399)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (343-426)||(65854-65937)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 583
Target Start/End: Original strand, 1058585 - 1059167
Alignment:
Q  1 aacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058585 aacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaa 1058684  T
Q  101 ctggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058685 ctggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatgg 1058784  T
Q  201 tattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058785 tattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggc 1058884  T
Q  301 actttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagcta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058885 actttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagcta 1058984  T
Q  401 atccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggttatactgacta 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058985 atccagatttgccgaagagatttgcacttaatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggttatactgacta 1059084  T
Q  501 cccttttcttgaatgaagaaaccagtgttgtagcatcaaagtgtggaatctcttcactaaataagttcaatacccctttgcta 583  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1059085 cccttttcttgaatgaagaaaccagtgttgtagcatcaaagtgtggaatctcttcactaaataagttcaatacccctttgcta 1059167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 578
Target Start/End: Original strand, 1071407 - 1071981
Alignment:
Q  4 gacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactg 103  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||  ||    
T  1071407 gacaggacagatgagtatggtggatcccttgagaaccgttgtcggtttgctttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggaacagaaagagttg 1071506  T
Q  104 gaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtat 203  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||| || || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  1071507 gaataagattatcaccttttgcagagtattcagaatgtggagactccaaccctaaagaattgggactttatatggttaatgccctcaataaatacggtat 1071606  T
Q  204 tctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcact 303  Q
    |||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||  ||||| || ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1071607 tctttattgtcacatggtggaaccaagaatgataactgttggtgaaaaaactgaatgccccgacagccttgtgccaatgagaaaggccttcaaaggcact 1071706  T
Q  304 ttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatc 403  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1071707 ttcatggttgcaggaggttacgaccgacatgatgggatcaatgccatagctgaaaacagggcagacctagttgtatatggtcgtttgttcttagctaatc 1071806  T
Q  404 cagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggttatactgactaccc 503  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1071807 cagatttgccaaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggagacattttacgtttctgatccagttctaggttatactgactaccc 1071906  T
Q  504 ttttcttgaatgaagaaaccagtgttgtagcatcaaagtgtggaatctcttcactaaataagttcaatacccctt 578  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||    
T  1071907 ttttcttgaatgaaggaaccggtgctgtagcatccaagtgtggaatctcctcactaaataaggtcattatccctt 1071981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 578
Target Start/End: Original strand, 1065680 - 1066254
Alignment:
Q  4 gacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactg 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||    
T  1065680 gacaggacagatgaatatggtgggtctctggagaaccgctgtcgatttgctttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggagcagaaagagttg 1065779  T
Q  104 gaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtat 203  Q
    |||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||| || ||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  1065780 gaataagattatcaccttttgcggagtatgcagaatgtggagactccaaccccaatgaattgggactttatatggtcaatgccctcaataaatatggtat 1065879  T
Q  204 tctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcact 303  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1065880 tctttactgtcatatggtggaaccaagaatgaaaactgttggtgaaaaaactgaatgccccgacagccttgtgccaatgagaaaggccttcaaaggcact 1065979  T
Q  304 ttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatc 403  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1065980 ttcatggttgcaggaggttacgaccgacatgatgggatcaatgccatagctgaaaacagggcagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatc 1066079  T
Q  404 cagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggttatactgactaccc 503  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1066080 cagatttaccaaagagatttgcacttgatgctcctctgaacaaatataacagggagacgttctacatttctgatccagttctaggttatactgactaccc 1066179  T
Q  504 ttttcttgaatgaagaaaccagtgttgtagcatcaaagtgtggaatctcttcactaaataagttcaatacccctt 578  Q
     ||||||||||||||||||   || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  1066180 ctttcttgaatgaagaaactgatgctgtagcatccaagtgtggaatctcctcactaaataagttcattatccctt 1066254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 7 - 532
Target Start/End: Original strand, 1033681 - 1034206
Alignment:
Q  7 agaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaa 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||  |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||| |||  |||||    
T  1033681 agaacagatgaatatggtggatcccttgagaatcgttgtcgatttgcattggaagttgttgacgctgttgtgaatgagataggagcagaaagagttggaa 1033780  T
Q  107 ttagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattct 206  Q
    ||||||||||||||||| | ||| || |||||| |  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||   ||||||    
T  1033781 ttagattatcaccttttgcggaacattcagaatctagagactccaatcccacagaattgggactttatatggttaatgccctcaataagtacaatattct 1033880  T
Q  207 ttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttc 306  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| ||| |   | ||||||  |||||| || || |||| || ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||    
T  1033881 ttactgtcacatggtggaaccaagaataaaatcaaatgatgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgcccatgagaaaggctttcaatggtactttc 1033980  T
Q  307 ctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccag 406  Q
     ||| ||| |||||||| ||| || | |||||||||||||| ||||| || |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  1033981 atggttgcgggaggttatgacagacaagatgggatcaatgctatagcagataatagggcagatcttgttgtttatggtcgtttgttcttagcgaatccag 1034080  T
Q  407 atttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggttatactgactacccttt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||  | |||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||| || ||    
T  1034081 atttgccgaagagatttgcactaaacgctcctctcaataaatataacagggagacattctacacttctgatccggttgtaggttatacggactatccctt 1034180  T
Q  507 tcttgaatgaagaaaccagtgttgta 532  Q
    ||||||||||||||| || |||||||    
T  1034181 tcttgaatgaagaaaacaatgttgta 1034206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 4 - 532
Target Start/End: Original strand, 1044065 - 1044593
Alignment:
Q  4 gacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactg 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  ||  |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |  ||    
T  1044065 gacagaacagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctttggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttg 1044164  T
Q  104 gaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtat 203  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | | |||||| |||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||   |||    
T  1044165 gaattagactatcaccttttgcagaatatgcagaaagcggagactccaatcccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctcaataagtacaatat 1044264  T
Q  204 tctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcact 303  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| ||| | | |  |||||  |||||| || || |||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||| ||    
T  1044265 tctttactgtcacatggtggaaccaagaataaaatcagcttctgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgccaatgagaaaggctttcaatggctct 1044364  T
Q  304 ttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatc 403  Q
    ||| ||||||||||||| || ||| || | || |||||| |||| ||||||||||| | | |||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  1044365 ttcatggctgcaggaggctatgacagacaagacgggatcgatgctatagctgaaaacaaggcagatcttgtagtttatggtcgtttgttcttagcaaatc 1044464  T
Q  404 cagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggttatactgactaccc 503  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||| ||| | ||||| |||||||| ||    
T  1044465 cagatttgccaaagagatttgcacttaatgctcctctcaacaagtataatagggagacattctacatttctgatccggttgttggttacactgactatcc 1044564  T
Q  504 ttttcttgaatgaagaaaccagtgttgta 532  Q
     ||||||||||||||||| || |||||||    
T  1044565 ctttcttgaatgaagaaaacaatgttgta 1044593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 514
Target Start/End: Original strand, 1053320 - 1053833
Alignment:
Q  1 aacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  1053320 aacgacagaacagatgaatatggtggaacccttgaaaatcgttgtagatttgttttggaaattgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagaaagag 1053419  T
Q  101 ctggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatgg 200  Q
     |||||| | |||||||||||||  | ||| || ||| |||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  1053420 ttggaataaaattatcaccttttgaaaaatttggagattgtggagactcaaatccccaagaattgggactttatatggtgaatgccctcaataaatatgg 1053519  T
Q  201 tattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggc 300  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||| | || ||||||   | | ||| | ||| | || |||||||  ||||| ||     
T  1053520 tattctttattgtcatatggtggaaccaagaatggaaattcttgatgagaaaactgaatgtcattatagcttggtgtcaataagaaaggttttcaatgga 1053619  T
Q  301 actttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagcta 400  Q
    |||||  ||| | | ||||| || ||  || | ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||| || |||    
T  1053620 acttttatggttactggaggctatgaaagacaagatggaatcaatgctatagctgaaaatagggcagatcttattgcttatggtcgtttgttcatatcta 1053719  T
Q  401 atccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggttatactgacta 500  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1053720 atccagatttaccaaagagatttgcacttaatgctcctcttaacaagtataatagggagacattctacacttctgatccagttataggttatactgacta 1053819  T
Q  501 cccttttcttgaat 514  Q
    ||||| ||||||||    
T  1053820 cccttctcttgaat 1053833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 8 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 1640874 - 1640371
Alignment:
Q  8 gaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaat 107  Q
    |||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||  | | ||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||  ||||||    
T  1640874 gaactgataaatacggtggaacccttgaaaaccgttgtcgattcgctttggaaattgttgaagcagttgtgaatgagataggtgcagaaagagttggaat 1640775  T
Q  108 tagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattctt 207  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||| |||||||| |||||| |||||   ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||   |||||||    
T  1640774 tagattatcgcctttcgcagaatatggagaatgtggagactccaatcctgaagaattggggctttatatggttaatgccctcagtaaatacaatattctt 1640675  T
Q  208 tactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttcc 307  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||   ||||||| | ||||| |||||||| |||||||| || |||||      
T  1640674 tactgtcacatggtggaaccaagaatgaaaactattactgaaaaagttgaatgtcttcacagcttggtgccaatgagaaaagccttcaatggaactttta 1640575  T
Q  308 tggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccaga 407  Q
    | | ||| ||||| ||    ||| | ||||||||  ||||||||| |||||||| |||||| |||||||  |||||||| |||||  || ||||||||||    
T  1640574 tagttgccggaggctattcgcgacaagatgggattgatgccatagttgaaaataagacagatcttgttgcttatggtcgcttgtttatatctaatccaga 1640475  T
Q  408 tttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggttatactgactaccctttt 507  Q
    ||| || |||||||| || || ||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| || ||||| ||| | |||||||| ||||||||||||    
T  1640474 tttaccaaagagattcgcgctcgatgctcctctcaacaagtataaccgggaaacattctacacatctgatccggttctcggttatacagactaccctttt 1640375  T
Q  508 cttg 511  Q
    ||||    
T  1640374 cttg 1640371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 4 - 522
Target Start/End: Original strand, 1046648 - 1047169
Alignment:
Q  4 gacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactg 103  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||  ||    
T  1046648 gacagaacagatgaatatggtggaactcttgaaaaccgttgtaaatttgttttggaaattgttgaagctgttgtaaatgagattggtgccgaaagagttg 1046747  T
Q  104 gaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtat 203  Q
    |||| | | |||||||||||||||| |  | |||||||| |||||| ||||| |  | |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1046748 gaataaaactatcacctttttcagatttcgaagaatgtggagactcaaatccgaaggcattggggctttacatggttaatgccctcaataaatatggtat 1046847  T
Q  204 tctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaa---aactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggc 300  Q
    ||| || |||||| |||| |||  || ||  ||   |||| || |||| | ||   ||||   ||||| | | |||||  |||||||||| ||||| |||    
T  1046848 tctgtattgtcatatggtagaatgaataagtaatgaaactattgatgataaaacaaaatgtcttcacaacttggtgccagtgagaaaggctttcaatggc 1046947  T
Q  301 actttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagcta 400  Q
    |||||| ||| | | ||| | || ||  ||   || ||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||  || |  ||||| ||| ||||||    
T  1046948 actttcatggttaccggaagctatgaaagactagacgggatcaatgctatagctgaaaatagggtagatcttgttgcttacgaccgtttattcatagcta 1047047  T
Q  401 atccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggttatactgacta 500  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | || |||||||| |||||| ||||||||| | |||||||| |||||    
T  1047048 atccagatttgccaaagagatttgcacttaatgctcccctaaacaagtataatatggagacattctgcacttctgatccagttcttggttataccgacta 1047147  T
Q  501 cccttttcttgaatgaagaaac 522  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  1047148 cccttttcttgaatgaataaac 1047169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 9 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 44171364 - 44171260
Alignment:
Q  9 aacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaatt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || |||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| | |  |||||||    
T  44171364 aacagatgaatatggtggatccctagagaaccgatgttggtttggattggaagttgttgaagctgttgtgaatgagataggagcagaaaaagttggaatt 44171265  T
Q  109 agatt 113  Q
    |||||    
T  44171264 agatt 44171260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 9 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 44191660 - 44191556
Alignment:
Q  9 aacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaatt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || |||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| | |  |||||||    
T  44191660 aacagatgaatatggtggatccctagagaaccgatgttggtttggattggaagttgttgaagctgttgtgaatgagataggagcagaaaaagttggaatt 44191561  T
Q  109 agatt 113  Q
    |||||    
T  44191560 agatt 44191556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 365 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 12121399 - 12121338
Alignment:
Q  365 cagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgca 426  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  12121399 cagatcttgttgtttatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccaatgagatttgca 12121338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 343 - 426
Target Start/End: Original strand, 65854 - 65937
Alignment:
Q  343 aatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgca 426  Q
    ||||| ||||| ||||||| | |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  65854 aatgctatagcagaaaataaggcagatcttgttgtttatggtcgttcgttcttagctaatccaaatttgccaaagagatttgca 65937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University