View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17896_high_1 (Length: 942)

Name: NF17896_high_1
Description: NF17896
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17896_high_1
NF17896_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-936)||(34691275-34692223)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1-936)||(26989200-26990161)
chr2 (374-936)||(27075538-27076075)
chr2 (374-703)||(27028252-27028581)
chr2 (375-690)||(21433445-21433760)
chr2 (419-629)||(27152476-27152686)
chr2 (867-936)||(27152086-27152155)
chr2 (143-324)||(27075239-27075433)
chr2 (264-348)||(27152783-27152867)
chr2 (280-330)||(27028619-27028669)
chr2 (1-41)||(27029032-27029072)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (454-676)||(50172850-50173072)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 845; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 845; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 34692223 - 34691275
Alignment:
1 taaaataaaaacaccaagttaaccaataatcaggaaaaactactacatgaaaaccctca-------------cgcaaaaaagacaagactcggatatgct 87  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||             ||||| |||||||||| |||||||||||    
34692223 taaaataaaaacaccaagttaaccaataatcaggaaaaactactacattaaaaaaatcaggaaaaactactacgcaagaaagacaagaatcggatatgct 34692124  T
88 agtagtagtagttaataaaaattgatatgaacctaaaaattgaactttgaaatgagagatagggcataggaattaataatttagtttttcttgcatttga 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34692123 agtagtagtagttaataaaaattgatatgaacctaaaaattgaactttgaaatgagagatagggcataggaattaataatttagtttttcttgcatttga 34692024  T
188 tgtttacaagaactaagagtggtagaatggctattagtttttcaaggctatattcatatgattgtagatttatttgattatagaactgtgtttaatttgt 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34692023 tgtttacaagaactaagagtggtagaatggctattagtttttcaaggttatattcatatgattgtagatttatttgattatagaactgtgtttaatttgt 34691924  T
288 tcatacatataggtaaaaagaaaaatatgatgagattatcatccacataaattaactatcagcaattattctaatgagtactgacatgcactcacctctt 387  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34691923 tcatacatataggtaaaaagaaaaatattatgagattatcatccacataaattaactatcagcaattattctaatgagtactgacatgcactcacctctt 34691824  T
388 ctttgtcatcaagaattaagatagaattttctgtccccaacacaagatccagatctttcacgttcttttgagtcccatcatctcgagaaattaccttatc 487  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34691823 ctttgtcatcaagaattacgatagaattttctgtccccaacacaagatccagatctttcacgttcttttgagtcccatcatctcgagaaattaccttatc 34691724  T
488 tttgaagtattccccttgaggatcaagcagcctggccatctctaatgagtactgccgatcacccatggtgtagatgtacatttcaaacatttcacttgct 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34691723 tttgaagtattccccttgaggatcaagcagcctggccatctctaatgagtactgccgatcacccatggtgtagatgtacatttcaaacatttcacttgct 34691624  T
588 tctttaagaaatgtgcggacaaagggcctcaacttggtcattacttgcacatgctccaacatgaagaggctacctttagagatatctattgtttcatcct 687  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
34691623 tctttaagaaatgtgcggacaaagggcctcaacttggtcattacttgcacatgctccaacatgaagaggctacctttagagatatctattgtttcattgt 34691524  T
688 atacaagttcagaaagaaagccataaaaacccagaacatcagatgaaatcaagaaagagtagtaagaaaatgcactcatgatgatgaaacatataaatga 787  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34691523 atacaagttcagaaagaaagccataaaaacccagaacatcaggtgaaatcaagaaagagtagtaagaaaatgcactcatgatgatgaaacatataaatga 34691424  T
788 gtttcaaataccctaattttactaaaatgtaagaatttgagtaagtatttcactctatttaaaaacttattgtcgatataggaggagatgtaattttgag 887  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34691423 gtttgaaataccctaattttactaaaatgtatgaatttgagtaagtatttcaatctatttaaaaacttattgtcgatataggaggagatgtaattttgag 34691324  T
888 gacatgaatctactctatatataacttatgatgttctatgtgatgatgt 936  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34691323 gacatgaatctactctatatataacttatgatgttctatgtgatgatgt 34691275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 792; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 792; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 26990161 - 26989200
Alignment:
1 taaaataaaaacaccaagttaaccaataatcaggaaaaactactacatgaaaaccctca-------------cgcaaaaaagacaagactcggatatgct 87  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||             ||||| |||||||||| |||||||||||    
26990161 taaaataaaaacaccaagttaaccaataatcaggaaaaactactacattaaaaaaatcaggaaaaactactacgcaagaaagacaagaatcggatatgct 26990062  T
88 agtagtagtagt---taataaaaattgatatgaacctaaaaattgaactttgaaatgagagatagggc----ataggaattaataatttagtttttctt- 179  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||     
26990061 agtagtagtagtagttaataaaaattgatatgaacctaaaaattgaacttcgaaatgagagatagggcgggcataggaattaataatttagtttttcttt 26989962  T
180 -----gcatttgatgtttacaagaactaagagtggtagaatggctattagtttttcaaggctatattcatatgattgtagatttatttgattatagaact 274  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26989961 catttgcatttgatgtttacaagaactaagagtggtagaatggctattagtttttcaaggttatattcatatgattgtagatttatttgattatagaact 26989862  T
275 gtgtttaatttgttcatacatataggtaaaaagaaaaatatgatgagattatcatccacataaattaactatcagcaattattctaatgagtactgacat 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26989861 gtgtttaatttgttcatacatataggtaaaatgaaaaatattatgagattatcatccacataaattaactatcagcaattattctaatgagtactgacat 26989762  T
375 gcactcacctcttctttgtcatcaagaattaagatagaattttctgtccccaacacaagatccagatctttcacgttcttttgagtcccatcatctcgag 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26989761 gcactcacctcttctttgtcatcaagaattatgatagaattttctgtccccaacacaagatccagatctttcacgttcttttgagtcccatcatctcgag 26989662  T
475 aaattaccttatctttgaagtattccccttgaggatcaagcagcctggccatctctaatgagtactgccgatcacccatggtgtagatgtacatttcaaa 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26989661 aaattaccttatctttgaagtattccccttgaggatcaagcagcctggccatctctaatgagtactgccgatcacccatggtgtagatgtacatttcaaa 26989562  T
575 catttcacttgcttctttaagaaatgtgcggacaaagggcctcaacttggtcattacttgcacatgctccaacatgaagaggctacctttagagatatct 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26989561 catttcacttgcttctttaagaaatgtgcggacaaagggcctcaacttggtcattacttgcacatgctccaacatgaagaggctacctttagagatatct 26989462  T
675 attgtttcatcctatacaagttcagaaagaaagccataaaaacccagaacatcagatgaaatcaagaaagagtagtaagaaaatgcactcatgatgatga 774  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26989461 attgtttcattgtatacaagttcagaaagaaagccataaaaacccagaacatcaggtgaaatcaagaaagagtagtaagaaaatgcactcatgatgatga 26989362  T
775 aacatataaatgagtttcaaataccctaattttactaaaatgtaagaatttgagtaagtatttcactctatttaaaaacttattgtcgatataggaggag 874  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26989361 aacatataaatgagtttgaaataccctaattttactaaaatgtatgaatttgagtaagtatttcaatctatttaaaaacttattgtcgatataggaggag 26989262  T
875 atgtaattttgaggacatgaatctactctatatataacttatgatgttctatgtgatgatgt 936  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26989261 atgtaattttgaggatatgaatctactctatatataacttatgatgttctatgtgatgatgt 26989200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 374 - 936
Target Start/End: Original strand, 27075538 - 27076075
Alignment:
374 tgcactcacctcttctttgtcatcaagaattaagatagaattttctgtccccaacacaagatccagatctttcacgttcttttgagtcccatcatctcga 473  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
27075538 tgcactcacctcttctttatcatcaagaattaagatagaattttctgtccccaacacaagatccagatccttcacattcttttgagtcccatcctctcga 27075637  T
474 gaaattaccttatctttgaagtattccccttgaggatcaagcagcctggccatctctaatgagtactgccgatcacccatggtgtagatgtacatttcaa 573  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27075638 gaaattaccttatctttgaagtattcctcttgaggatcaagcagcctagccatctctaatgaatattgccgatcacccatggtgtagatgtacatttcaa 27075737  T
574 acatttcacttgcttctttaagaaatgtgcggacaaagggcctcaacttggtcattacttgcacatgctccaacatgaagaggctacctttagagatatc 673  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
27075738 acatttcacttgcttgtttaagaaatgtgcggacaaagggcctcaacttggtcattacttgcatatgcgccaacatgaagaggctacctttagagatatc 27075837  T
674 tattgtttcatcctatacaagttcagaaagaaagccataaaaacccagaacatc--agatgaaatcaagaaagagtagtaagaaaatgcactcatgatga 771  Q
    |||||||||||| ||||||                      |||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27075838 tattgtttcatcatataca----------------------aacccagaacatcaaaggtgacatcaagaaagagtagtaagaaaatgcactcatgatga 27075915  T
772 tgaaacatataaatgagtttcaaataccctaattttactaaaatgtaagaatttgagtaagtatttcactctatttaaaaacttattgtcgatataggag 871  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||| ||||||| ||||||| ||    
27075916 tgaagcatataaatgagtttgaaataccttaattttactaaaatgtaagaatttgagtaagcatgtcaatatatttaaaaaattattgttgatatagaag 27076015  T
872 gagatgtaattttgaggacatgaatctactctatatataacttatgatgttctatgtgatgatgt 936  Q
    ||||||||||||||||||||||||     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
27076016 gagatgtaattttgaggacatgaa-----tctatatatgacttatgatgttctatgtgatgatgt 27076075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 374 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 27028581 - 27028252
Alignment:
374 tgcactcacctcttctttgtcatcaagaattaagatagaattttctgtccccaacacaagatccagatctttcacgttcttttgagtcccatcatctcga 473  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
27028581 tgcactcacctcttctttatcatcaagaattaagatagaattttctgtccccaacacaagatccagatccttcacgttcttttgagtcccatcctctcga 27028482  T
474 gaaattaccttatctttgaagtattccccttgaggatcaagcagcctggccatctctaatgagtactgccgatcacccatggtgtagatgtacatttcaa 573  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
27028481 gaaattaccttatctttgaagtagagcccttgaggatcaagcagcttggccatctctaacgagtaccgccgatcacccatggtgtagatgtacatttcaa 27028382  T
574 acatttcacttgcttctttaagaaatgtgcggacaaagggcctcaacttggtcattacttgcacatgctccaacatgaagaggctacctttagagatatc 673  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27028381 acatttcacttgcttctttaagaaatgtgcggacaaagggcctcaacttggtcattacttgcacatgctccaacatgaagaggctacctttagagatatc 27028282  T
674 tattgtttcatcctatacaagttcagaaag 703  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||    
27028281 tattgtttcatcatatacaagttcagaaag 27028252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 375 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 21433760 - 21433445
Alignment:
375 gcactcacctcttctttgtcatcaagaattaagatagaattttctgtccccaacacaagatccagatctttcacgttcttttgagtcccatcatctcgag 474  Q
    |||||||||| ||  || ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||| ||| |||||||||||||||||    
21433760 gcactcacctttttattatcatcaagaattaggatagaactttctgtccccaacacaagattcagatccttctccttcatttcagtcccatcatctcgag 21433661  T
475 aaattaccttatctttgaagtattccccttgaggatcaagcagcctggccatctctaatgagtactgccgatcacccatggtgtagatgtacatttcaaa 574  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
21433660 aaatcaccttatctttgaagaatttcccttgaggatcaagcagcctggccatctctaatgagtaccgccgatcacccatggtgtagatgtacatttcaaa 21433561  T
575 catttcacttgcttctttaagaaatgtgcggacaaagggcctcaacttggtcattacttgcacatgctccaacatgaagaggctacctttagagatatct 674  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  ||||||||| | |||||| |||||| | | |||||||    
21433560 cattttacttgcttctttaagaaatgtgcggacaaagggcctcaacttggccattctttgcctatgctccaatacgaagagtctacctctggcgatatct 21433461  T
675 attgtttcatcctata 690  Q
    ||||||||||| ||||    
21433460 attgtttcatcatata 21433445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 419 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 27152686 - 27152476
Alignment:
419 tgtccccaacacaagatccagatctttcacgttcttttgagtcccatcatctcgagaaattaccttatctttgaagtattccccttgaggatcaagcagc 518  Q
    |||||||||||||| || |||||| |||   ||| ||| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
27152686 tgtccccaacacaacattcagatccttctgcttcatttcagtcccatcatctcaataaatcaccttatctttgaagtattccacttgaggatcaagcagc 27152587  T
519 ctggccatctctaatgagtactgccgatcacccatggtgtagatgtacatttcaaacatttcacttgcttctttaagaaatgtgcggacaaagggcctca 618  Q
     |||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
27152586 ttggccatctctagtgaatactgccgaatacccatggtgtagatgtacatttcaaacacttcacttgcttctttaagaaatgtacggacgaagggcctca 27152487  T
619 acttggtcatt 629  Q
    ||||| |||||    
27152486 acttgttcatt 27152476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 867 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 27152155 - 27152086
Alignment:
867 aggaggagatgtaattttgaggacatgaatctactctatatataacttatgatgttctatgtgatgatgt 936  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27152155 aggaggagatgtaattttgaggacatgaatctactctatatataacttatgatgttctatgtgatgatgt 27152086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 143 - 324
Target Start/End: Original strand, 27075239 - 27075433
Alignment:
143 gagatagggcataggaattaataatttagtttttctt------gcatttgatgtttacaagaactaagagtggtagaatgg-ctattagtttttcaaggc 235  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||      ||||||||||||| || ||||||||||   |||||| | |||||| ||||| |||||    
27075239 gagatagggcatatgaattaataatttagtttttctttcatttgcatttgatgtttgcaggaactaagagcaatagaattgtctattatttttttaaggc 27075338  T
236 tatattcatatgattgtagatttatttgatt------atagaactgtgtttaatttgttcatacatataggtaaaaagaaaaatatgatgagatt 324  Q
     | | ||||| ||||||| |||| |||||||      ||| |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
27075339 gagactcatacgattgtaaatttctttgattcatattatatagatgtgtttaatttgttcatacatataggtgaaaagaaaaatattatgagatt 27075433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 264 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 27152867 - 27152783
Alignment:
264 attatagaactgtgtttaatttgttcatacatataggtaaaaagaaaaatatgatgagattatcatccacataaattaactatca 348  Q
    |||||| || |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||| |||||||||||    
27152867 attatacaattgtgtttagtttgttaattcatataggtaaaaagaaaaatgttttgagattttcatcctcatagattaactatca 27152783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 280 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 27028669 - 27028619
Alignment:
280 taatttgttcatacatataggtaaaaagaaaaatatgatgagattatcatc 330  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
27028669 taatttgttcgtacatataggtaaaaagaaaaatattatgagattgtcatc 27028619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 27029072 - 27029032
Alignment:
1 taaaataaaaacaccaagttaaccaataatcaggaaaaact 41  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
27029072 taaaataaaaacaccaagttaaccaataatcagaaaaaact 27029032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 3e-60; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 454 - 676
Target Start/End: Original strand, 50172850 - 50173072
Alignment:
454 tttgagtcccatcatctcgagaaattaccttatctttgaagtattccccttgaggatcaagcagcctggccatctctaatgagtactgccgatcacccat 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||   ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||  ||| |||||||||    
50172850 tttgagtcccatcatctcgagaaatcactttagaattgaagtattctccttgaggatcaagcagcttggccatctccaatgcatagggcctatcacccat 50172949  T
554 ggtgtagatgtacatttcaaacatttcacttgcttctttaagaaatgtgcggacaaagggcctcaacttggtcattacttgcacatgctccaacatgaag 653  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |  |||| ||||||||   |||||    
50172950 ggtgtagatgtacatctcaaacatttcacttgcttctttaagaaatgtacggacaaagggcctcaactttgtcatcatgtgcatatgctccagtttgaag 50173049  T
654 aggctacctttagagatatctat 676  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||    
50173050 aggctgcctttggagacatctat 50173072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University