View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17896_low_38 (Length: 227)

Name: NF17896_low_38
Description: NF17896
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17896_low_38
NF17896_low_38
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-209)||(21966579-21966786)
chr3 (1-209)||(21989015-21989222)
chr3 (1-167)||(21966963-21967129)
chr3 (1-167)||(21989399-21989565)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-167)||(20487184-20487350)
chr6 (1-167)||(20481653-20481819)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-167)||(24860149-24860315)
chr8 (11-162)||(24858964-24859115)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 181; Significance: 6e-98; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 21966579 - 21966786
Alignment:
Q  1 atatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21966579 atatttggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcctttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 21966678  T
Q  101 cctttccgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcgttgatgtggcgcttatggttgctgatgtggaacgtttcacagtcgcaatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21966679 cctttccgtcaaacattaattaagaaatg-taagtctcacacatggtcgctgatgtggcgcttatggtcgctgatgtcgaacgtttcacagtcgcaatcg 21966777  T
Q  201 caggtcaca 209  Q
    |||||||||    
T  21966778 caggtcaca 21966786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 21989015 - 21989222
Alignment:
Q  1 atatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21989015 atatttggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcctttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 21989114  T
Q  101 cctttccgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcgttgatgtggcgcttatggttgctgatgtggaacgtttcacagtcgcaatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21989115 cctttccgtcaaacattaattaagaaatg-taagtctcacacatggtcgctgatgtggcgcttatggtcgctgatgtcgaacgtttcacagtcgcaatcg 21989213  T
Q  201 caggtcaca 209  Q
    |||||||||    
T  21989214 caggtcaca 21989222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 21967129 - 21966963
Alignment:
Q  1 atatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21967129 atatctggtccctcaaataattaccaatattcattttggtcccttaattaatttaagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 21967030  T
Q  101 cctttccgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcgttgatgtggcgcttatgg 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21967029 cctttccgtcaaacattaattaagaaacgttaagtctcacacatggtcgctgatgtggcgcttatgg 21966963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 21989565 - 21989399
Alignment:
Q  1 atatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21989565 atatctggtccctcaaataattaccaatattcattttggtcccttaattaatttaagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 21989466  T
Q  101 cctttccgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcgttgatgtggcgcttatgg 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21989465 cctttccgtcaaacattaattaagaaacgttaagtctcacacatggtcgctgatgtggcgcttatgg 21989399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 20487350 - 20487184
Alignment:
Q  1 atatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20487350 atatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtctcattttggtcctttaattaagatccgtccatcgtttatgt 20487251  T
Q  101 cctttccgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcgttgatgtggcgcttatgg 167  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20487250 cctttccgtcaaactttaattaagaaacgttaagtctcacacatggtcgctgatgtggcgcttatgg 20487184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Original strand, 20481653 - 20481819
Alignment:
Q  1 atatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20481653 atatctggtcccttaaataattaccaaaattcggtttggtcccttatttaattttagtctcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 20481752  T
Q  101 cctttccgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcgttgatgtggcgcttatgg 167  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  20481753 cctttccgtcaaactttaattaagaaacgctaagtctcacacatggttgctgatgtggcgcttatgg 20481819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 115; Significance: 1e-58; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 24860315 - 24860149
Alignment:
Q  1 atatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||     
T  24860315 atatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattatttttagactcattttggtcctttaattaagctccgtccatcgtttatgc 24860216  T
Q  101 cctttccgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcgttgatgtggcgcttatgg 167  Q
    |||||||||||||  ||||||  |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  24860215 cctttccgtcaaattttaattttgaaacgttaagtctcacatatggtcgctgatgtggcgcttatgg 24860149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 11 - 162
Target Start/End: Original strand, 24858964 - 24859115
Alignment:
Q  11 ccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtccatcgtttatgtcctttccgtc 110  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||     
T  24858964 ccttaaataattatcaaaattcgttttggtcccttaattatttttaggttcattttggtcctttaattaagctccgtccatcgtttttgttctttccgtt 24859063  T
Q  111 aaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcgttgatgtggcgct 162  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  24859064 aaaaatttattaagaaatgttaagtctcacacatgggcgctgatgtggcgct 24859115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University