View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17897_low_1 (Length: 801)

Name: NF17897_low_1
Description: NF17897
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17897_low_1
NF17897_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-782)||(46914990-46915735)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 782
Target Start/End: Original strand, 46914990 - 46915735
Alignment:
Q  17 agggcagtggaggtagatgatccaaatgctataagctctagtctttagctaggtcatagagacaatgatatacctcaaatttagttggggttggtcaagg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46914990 agggcagtggaggtagatgatccaaatgctataagctctagtctttagctaggtcatagagacaatgatatacctcaaatttagtgggggttggtcaagg 46915089  T
Q  117 gaattagaccgtataaggttttaatttcatatgaaagaagaaaaggaatatataatgcagttgatgttgcaggtggcagaactcctttttctttcaagct 216  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46915090 gaaatagaccgtataaggttttaatttcatatcaaagaagaaaaggaatatataatgcagttgatgttgcaggtggcagaactcctttttctttcaagct 46915189  T
Q  217 tttactccatgaaaaataataatgcacctttcaaaagctgaaacaagtacaaaaaacaatcaatgacaagggaacgggcaaacatgaatgacaaatgcca 316  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46915190 tttactccatgaaaaataat---gcacctttcaaaagctgaaacaagtacaaaaaacaatcaatgacaagggaacgggcaaacatgaatgacaaatgcca 46915286  T
Q  317 gcaaaaaacacatgtggatagagatatataaggttctttagtagttagccaagtgcatgtaataaaaaagtcatctacatccaatttagtgaatatataa 416  Q
    ||||||||||||||||||||| |         |   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |    
T  46915287 gcaaaaaacacatgtggatagggt--------ggcgtttaatagttagccaagtgcatgtaataaaaaagtcatctacatccaatttagtgaata----a 46915374  T
Q  417 tgatggccaaaaagaaaaataacaaatttggtgaatttaatttccaagacttaaatgtaactctgcttctttttcattctacttaatta--gctacatat 514  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  46915375 tgatggccaaaaagaaaaataaaaaatttggtgaatttaatttccaagacttaaatgtaactctgcttctttttcattctacttaattatagctacatat 46915474  T
Q  515 ccaactattgtttatataccaaggcatcaagacttaccgattagattctattaggaaaattttaagtcacgcataataaagtgatatctctcactttaca 614  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46915475 ccaactattgtttatatactaaggcatcaagacttaccgattagattctattaggaaaattttaagtcacgcataataaagtgatatctctcactttaca 46915574  T
Q  615 tatataccggttttataagggttgatgttcaacccaaatagaatcatagtttatccaatatccattctgccactccgataggttacagctatcaaagtct 714  Q
    ||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46915575 ta----ccggttttataagggttgatgttcaacccaaatagaatcatagtctatccaatatgcattctgccactccgataggttaccgctatcaaagtct 46915670  T
Q  715 attgatctaggtcacccaacatttattataattatgaaccaaattcattagtgattgcgtgatagggt 782  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46915671 attgatctaggtcacccaacat---ttataattatgaaccaaattcattagtgattgcgtgatagggt 46915735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University