View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1789_low_3 (Length: 461)

Name: NF1789_low_3
Description: NF1789
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1789_low_3
NF1789_low_3
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (13-445)||(28580042-28580474)
chr3 (16-434)||(28575000-28575422)
chr3 (13-445)||(26316047-26316478)
chr3 (20-445)||(28586199-28586611)
chr3 (48-445)||(28568146-28568554)
chr3 (133-437)||(20618401-20618704)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-445)||(24071670-24072094)
[»] scaffold0870 (1 HSPs)
scaffold0870 (72-445)||(4562-4943)
[»] scaffold0889 (1 HSPs)
scaffold0889 (72-443)||(4358-4737)
[»] scaffold1029 (1 HSPs)
scaffold1029 (13-306)||(3034-3328)
[»] scaffold1033 (1 HSPs)
scaffold1033 (13-248)||(3034-3270)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-84)||(34812926-34812997)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (244-434)||(2600685-2600875)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (24-84)||(5892867-5892927)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 28580474 - 28580042
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttattatcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacaat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28580474 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttattatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacaat 28580375  T
Q  113 tgttctaaatttataatatctttttattgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatattcaa 212  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28580374 tgttctaaatttagaatatctttttattgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggacgttacatatgtcaaacaagctttgatattcaa 28580275  T
Q  213 gcaagtttataacaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccgag 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28580274 gcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccgag 28580175  T
Q  313 gagatcaaagtggctcttgaaaaactacatttgatattgaacaacaatcctattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattcc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28580174 gagatcaaagtggctcttgaaaaactacatttgatattgaacaacaatcctattgattttgtaagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattcc 28580075  T
Q  413 gcttactgagacaaggaggccattacgtaaatg 445  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28580074 gcttgctgagacaaggaggccattacgtaaatg 28580042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 16 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 28575422 - 28575000
Alignment:
Q  16 atccccagctataaacactgaatcaagtctgttttattatcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacaattgt 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |    
T  28575422 atccccagctataaacaccgaatcaagtctgttttattatcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaactgaagtacaaatatatacagttat 28575323  T
Q  116 tctaaatttat----aatatctttttattgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatattca 211  Q
    |||||| |||     || ||   |||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  28575322 tctaaacttagttacaacatagctttatttcaatgttctgatcaatctgcactttgactttttcaggatgttacatatgttaagcaagctttgatattta 28575223  T
Q  212 agcaagtttataacaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccga 311  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||    
T  28575222 agcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagattcgatggagagtttttatttgatcgatatcatccaaaggtttggcattgaacactattttgctga 28575123  T
Q  312 ggagatcaaagtggctcttgaaaaactacatttgatattgaacaacaatcctattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattc 411  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  28575122 ggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattc 28575023  T
Q  412 cgcttactgagacaaggaggcca 434  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  28575022 cgcttgctgagacaaggaggcca 28575000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 13 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 26316478 - 26316047
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttattatcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacaat 112  Q
    ||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  26316478 aatatcctcaaccataaacactgaatcaagtttgttttactatcaaatcattaatttatagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatataaagt 26316379  T
Q  113 tgttctaaatttataatatctttttattgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatattcaa 212  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26316378 tgttctagatttacaatatatttt-atttcaatgttctcatcattctgcacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatatttaa 26316280  T
Q  213 gcaagtttataacaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccgag 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||   ||     
T  26316279 gcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaatatccgatggagagtttttatttgatcgatatcatccaaaggcttaacattgaacactactttgttgaa 26316180  T
Q  313 gagatcaaagtggctcttgaaaaactacatttgatattgaacaacaatcctattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattcc 412  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26316179 gagatcaaagtggctcttgagaagctatattcgatattgaacaccaatcctaatgattttatgagtatccatgaactctacgaagttgcacttgcattcc 26316080  T
Q  413 gcttactgagacaaggaggccattacgtaaatg 445  Q
    |||| || ||||||||||| ||||| |||||||    
T  26316079 gcttgctcagacaaggaggacattatgtaaatg 26316047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 20 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 28586611 - 28586199
Alignment:
Q  20 ccagctataaacactgaatcaagtctgttttattatcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacaattgttcta 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||  | |||  ||       |    
T  28586611 ccagttataaacactgaatcaagtctgttttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtaatttaattggagtacagttgtatcaaag------a 28586518  T
Q  120 aatttataatatctttttattgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatattcaagcaagtt 219  Q
    ||| |||       ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28586517 aatgtat-------ttttatttcaatattctgatcaatctgcacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagtt 28586425  T
Q  220 tataacaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccgaggagatca 319  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  28586424 tataagaaacttgttaaaattgaagatccgatggaaagtttttatttgatcgatattatccaaaggtttggcattgaacactattttgctgaggagatca 28586325  T
Q  320 aagtggctcttgaaaaactacatttgatattgaacaacaatcctattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttact 419  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28586324 aagtggctcttgaaaagctacatttgacattgaacaccaattcaattgattttgcgagtagccatgaaatctatgaagttgcacttgcattccgcttgct 28586225  T
Q  420 gagacaaggaggccattacgtaaatg 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  28586224 gagacaaggaggccattacgtaaatg 28586199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 48 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 28568554 - 28568146
Alignment:
Q  48 tttattatcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacaattgttctaaattta--ta------atatctttttat 139  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||  ||      ||||   |||||    
T  28568554 tttactatcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaattgaagtacgaatatatacagctattctaaatttagttacaacatatatagctttat 28568455  T
Q  140 tgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatattcaagcaagtttataacaaacttgttaaaat 239  Q
    | |||| ||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28568454 ttcaatattctgatcaatctgcactcttacaattttaggatgttgtatatgtcaaacaagctttaatatttaagcaagtttataagaaacttgttaaaat 28568355  T
Q  240 cgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccgaggagatcaaagtggctcttgaaaaacta 339  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||| || ||||||||||||||||| ||     
T  28568354 cgaagatccgatggagagtttttatttgatggatattatccaaaggtttggtattgagcactattttgctgaggaaataaaagtggctcttgaaaatctg 28568255  T
Q  340 catttgatattgaacaacaatcct---attgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttactgagacaaggaggccatt 436  Q
    |||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28568254 catttgatattgaacaccaatcctataattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttgctgagacaaggaggccatt 28568155  T
Q  437 acgtaaatg 445  Q
    |||||||||    
T  28568154 acgtaaatg 28568146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 133 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 20618704 - 20618401
Alignment:
Q  133 tttttattgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatattcaagcaagtttataacaaacttg 232  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| | |  || ||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||| |  ||||||||| | || |||||||    
T  20618704 tttttatttcaatgttatgatcaatat-ctgttctacattttcaggatgctatttatgtcaagcaagctttgatgtgtaagcaagttcacaagaaacttg 20618606  T
Q  233 ttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccgaggagatcaaagtggctcttga 332  Q
    |||  |  |||||||| |  || | |||| |||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||    
T  20618605 ttactagtgaagatccaactgagaattttcatttgattgacatcatccaaaggcttggtattgaacactactttgttgaggaaatcaaagtggctcttga 20618506  T
Q  333 aaaactacatttgatattgaacaacaatcctattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttactgagacaaggaggc 432  Q
     |||| |  ||||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||    
T  20618505 gaaacaatttttgatattgagcagcaatccaattgattttgttagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgtttgctcagacaaggaggc 20618406  T
Q  433 catta 437  Q
     ||||    
T  20618405 tatta 20618401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 13 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 24072094 - 24071670
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttattatcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacaat 112  Q
    |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||          ||||||      
T  24072094 aatatctccaactataaacattgaatcaagtctgttttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaataga----------tatacata 24072005  T
Q  113 tgttctaaatttataatatctttt--tattgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatattc 210  Q
    |||||| |||||| ||||| | ||  ||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  24072004 tgttctgaatttacaatatatattcatattttaatgttctgatcaatatgcacttttacattttcaggatgttacttatgtcaaacaagctttgatattt 24071905  T
Q  211 aagcaagtttataacaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccg 310  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||   |    
T  24071904 aagcaagtttatgagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggagtgtttttatttgatcgatatcatccaaaagtttgacattgaacactactttgttg 24071805  T
Q  311 aggagatcaaagtggctcttgaaaaactacatttgatattgaacaacaatcctattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcatt 410  Q
    | |||||||||| ||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24071804 acgagatcaaagcggctcttgaaaacttgcatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgagtagccatgaactctatcaagttgcacttgcatt 24071705  T
Q  411 ccgcttactgagacaaggaggccattacgtaaatg 445  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  24071704 ccgcttgctcagacaaggaggccattatgtaaatg 24071670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0870 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0870
Description:

Target: scaffold0870; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 72 - 445
Target Start/End: Original strand, 4562 - 4943
Alignment:
Q  72 agaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacaattgttctaaatttat----aatatctttttat---tgcaatgttctgatcaatctacact 164  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||    || ||  ||||||   | ||||||||||||||||   ||||    
T  4562 agaatggtaagtattttaattgaaataccaatatatacagttattctaaatttatttacaacatagttttataatttcaatgttctgatcaatg--cact 4659  T
Q  165 tttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatattcaagcaagtttataacaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttat 264  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  4660 tttacatttttaggatgttttatatgtcaaacaagctttgatatttaagaaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatcccatggagagtttttat 4759  T
Q  265 ttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccgaggagatcaaagtggctcttgaaaaactacatttgatattgaacaacaatcct- 363  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||     
T  4760 ttgatcgatattatccaaaggtttggtattgaacactattttgctgaggaaataaatgtggctcttgaaaatctgcatttgatattgaacaccaatccta 4859  T
Q  364 --attgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttactgagacaaggaggccattacgtaaatg 445  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4860 taattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttgctgagacaaggaggccattacgtaaatg 4943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0889 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: scaffold0889
Description:

Target: scaffold0889; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 72 - 443
Target Start/End: Original strand, 4358 - 4737
Alignment:
Q  72 agaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacaattgttctaaatttat----aatatctttttat---tgcaatgttctgatcaatctacact 164  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||    || ||  ||||||   | ||||||||||||||||   ||||    
T  4358 agaatggtaagtattttaattgaaataccaatatatacagttattctaaatttatttacaacatagttttataatttcaatgttctgatcaatg--cact 4455  T
Q  165 tttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatattcaagcaagtttataacaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttat 264  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  4456 tttacatttttaggatgttttatatgtcaaacaagctttgatatttaagaaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatcccatggagagtttttat 4555  T
Q  265 ttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccgaggagatcaaagtggctcttgaaaaactacatttgatattgaacaacaatcct- 363  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||     
T  4556 ttgatcgatattatccaaaggtttggtattgaacactattttgctgaggaaataaatgtggctcttgaaaatctgcatttgatattgaacaccaatccta 4655  T
Q  364 --attgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttactgagacaaggaggccattacgtaaa 443  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4656 taattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttgctgagacaaggaggccattacgtaaa 4737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1029 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold1029
Description:

Target: scaffold1029; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 306
Target Start/End: Original strand, 3034 - 3328
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttatt-----atcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3034 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 3133  T
Q  108 acaattgttctaaatttataatatctttttattgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgata 207  Q
    |||  ||||| ||||||| |||||   |||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3134 acagctgttc-aaatttaaaatat---tttatttcaaagtactgatcaatctgcacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgata 3229  T
Q  208 ttcaagcaagtttataacaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactacttt 306  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3230 tttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactacttt 3328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1033 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold1033
Description:

Target: scaffold1033; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 248
Target Start/End: Original strand, 3034 - 3270
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttatt-----atcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3034 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 3133  T
Q  108 acaattgttctaaatttataatatctttttattgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgata 207  Q
    |||  ||||| ||||||| |||||   |||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3134 acagctgttc-aaatttaaaatat---tttatttcaaagtactgatcaatctgcacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgata 3229  T
Q  208 ttcaagcaagtttataacaaacttgttaaaatcgaagatcc 248  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3230 tttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatcc 3270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 84
Target Start/End: Original strand, 34812926 - 34812997
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttattatcaaagcattaatttctagaatggtaagta 84  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||    
T  34812926 aatatctccacctataaacaccgaatcaagtctgttttattatcaaagcattaattttcagaatggttagta 34812997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 244 - 434
Target Start/End: Original strand, 2600685 - 2600875
Alignment:
Q  244 gatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccgaggagatcaaagtggctcttgaaaaactacatt 343  Q
    ||||||||| ||||||| |   ||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||||||  |||  || ||| |||| | ||||     
T  2600685 gatccgatgaaaagtttgtgcatgattgacattatccaaaggcttggcattgaacatcactttgctgaggagattgaagcagcccttcaaaatcaacata 2600784  T
Q  344 tgatattgaacaacaatcctattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttactgagacaaggaggcca 434  Q
      || || | ||  ||| | |||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| ||| |||| ||||| || ||||||||||||||    
T  2600785 aaatgttcagcagaaatgccattgattttgtccatagccatgaactccatgaagttgcgcttacatttcgcttgctaagacaaggaggcca 2600875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 24 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 5892927 - 5892867
Alignment:
Q  24 ctataaacactgaatcaagtctgttttattatcaaagcattaatttctagaatggtaagta 84  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||| ||||    
T  5892927 ctataaacaccaaatcaagtctgttttattatcagagcactaattttcagaatggttagta 5892867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University