View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17902_high_3 (Length: 507)

Name: NF17902_high_3
Description: NF17902
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17902_high_3
NF17902_high_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-491)||(31600857-31601338)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (96-491)||(49776563-49776947)
chr4 (96-491)||(7992340-7992724)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 474; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 491
Target Start/End: Original strand, 31600857 - 31601338
Alignment:
Q  10 gtagaaggcttgcataggaagctacgcaaagggtgaactggaattcaatgatgatgatgatcgcgaggattctgagaacaagagtgatattttggatgca 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31600857 gtagaaggcttgcataggaagctacgcaaagggtgaactggaattcaatgatgatgatgatcacgaggattctgagaacaagagtgatattttggatgca 31600956  T
Q  110 ttgggaaaggaaggaagtcttgtttctttgaaggatgcttttgaaaaattgtctgggcaagctccattaaattcctcaaatgagatgacgacattttctg 209  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31600957 ttgggaaaggaaggaagtattgtttctttgaaggatgcttttgaaaaattgtctgggcaagctccattaaattcctcaaatgagatgacgacattttctg 31601056  T
Q  210 tgaatacagaagagggtttagacaaatcaaaagtttgcagtgagaagatagctagagaaagtcacagtccttctccaggtgcactcttcgttctagagct 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31601057 tgaatacagaagagggtttagacaaatcaaaagtttgcagtgagaagatagctagagaaagtcacagtccttctccaggtgcactcttcgttctagagct 31601156  T
Q  310 ttacgctgtgctgcctgctgcagctcaacttcgtctatttgaaggagttaaggagggaaagaggcttgttgttgttgctacaaatgttgtagaaacatct 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31601157 ttacgctgtgctgcctgctgcagctcaacttcgtctatttgaaggagttaaggagggaaagaggcttgttgttgttgctacaaatgttgtagaaacatct 31601256  T
Q  410 ttaacaattccaagtatgtggttgatactgcaagggaaaaggcggagaattatgactcctctaatggcatggagacatatga 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31601257 ttaacaattccaagtatgtggttgatactgcaagggaaaaggcggagaattatgactcctctaatggcatggagacatatga 31601338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 158; Significance: 7e-84; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 96 - 491
Target Start/End: Original strand, 49776563 - 49776947
Alignment:
Q  96 atattttggatgcattgggaaaggaaggaagtcttgtttctttgaaggatgcttttgaaaaattgtctgggcaagctccattaaattcctcaaatgagat 195  Q
    ||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||        
T  49776563 atattgtggatgtattaggaaatgaaggaagtcttgcttcattgaaggctgcttttgaaaacttgtctgggcaagcaacattaagttcctcaaatg---- 49776658  T
Q  196 gacgacattttctgtgaatacagaagagggtttagacaaatcaaaagtttgcagtgagaagatagctagagaaagtcacagtccttctccaggtgcactc 295  Q
                  |||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||   | | |||||||||||||||    
T  49776659 --------------tgaatacagaagacagtttagaccaatcaaaagttggcagggagaaaatagctagagaaaatcatgattcctctccaggtgcactc 49776744  T
Q  296 ttcgttctagagctttacgctgtgctgcctgctgcagctcaacttcgtctatttgaaggagttaaggagggaaagaggcttgttgttgttgctacaaatg 395  Q
    || ||||||   ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||    
T  49776745 tttgttctacccctttatgctatgctgcctgctgcagctcaacttcgtgtatttgatggagtcaaggagggagaaagacttgttgttgttgctacaaatg 49776844  T
Q  396 ttgtagaaacatctttaacaattcc-------aagtatgtggttgatactgcaagggaaaaggcggagaattatgactcctctaatggcatggagacata 488  Q
    ||| |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49776845 ttgcagaaacatctttaacaattccagggattaagtatgtggttgatactggaagggaaaaggtgaagaattatgattcctctaatggcatggagacata 49776944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 96 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 7992724 - 7992340
Alignment:
Q  96 atattttggatgcattgggaaaggaaggaagtcttgtttctttgaaggatgcttttgaaaaattgtctgggcaagctccattaaattcctcaaatgagat 195  Q
    ||||| ||||||  || ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||        
T  7992724 atattgtggatgtcttaggaaatgaaggaagtcttgcttcattgaaggctgctttcgaaaacttgtctgggcaagcaacattaagttcctcaaatg---- 7992629  T
Q  196 gacgacattttctgtgaatacagaagagggtttagacaaatcaaaagtttgcagtgagaagatagctagagaaagtcacagtccttctccaggtgcactc 295  Q
                  ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||  | | |||||||||||||||    
T  7992628 --------------tgaatacagaagatggtttagaccaatcgaaagttggcagggagaaaatagctagagaaaatcacgattcctctccaggtgcactc 7992543  T
Q  296 ttcgttctagagctttacgctgtgctgcctgctgcagctcaacttcgtctatttgaaggagttaaggagggaaagaggcttgttgttgttgctacaaatg 395  Q
    || ||||||   ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  7992542 tttgttctaccactttatgctatgctgcctgctgcagctcaacttcgtgtatttgatggagtcaaggagggagagagactagttgttgttgctacaaatg 7992443  T
Q  396 ttgtagaaacatctttaacaattcc-------aagtatgtggttgatactgcaagggaaaaggcggagaattatgactcctctaatggcatggagacata 488  Q
    ||| |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7992442 ttgcagaaacatctttaacaattccagggattaagtatgtggttgatactggaagggaaaaggtgaagaattatgattcctctaatggcatggagacata 7992343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University