View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17905_low_8 (Length: 269)

Name: NF17905_low_8
Description: NF17905
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17905_low_8
NF17905_low_8
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (21-257)||(2790048-2790284)
chr3 (21-257)||(2797051-2797278)
chr3 (32-257)||(5412597-5412813)
chr3 (30-257)||(2748688-2748906)
chr3 (30-253)||(2806955-2807178)
chr3 (30-257)||(2856040-2856258)
chr3 (30-257)||(2768759-2768977)
chr3 (32-257)||(2838835-2839048)
chr3 (32-257)||(2758904-2759120)
chr3 (33-82)||(2818413-2818462)
chr3 (209-257)||(2755734-2755782)
chr3 (211-257)||(2818247-2818293)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (34-253)||(6386-6596)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 21 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 2790284 - 2790048
Alignment:
Q  21 cctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatgtcttaatgttcttaatctcagaagctatctgatgat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  2790284 cctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgctatctgatgat 2790185  T
Q  121 ggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttgcagaatagagattgactgcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790184 ggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttgcagaataaagattgacggcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattc 2790085  T
Q  221 atcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790084 atcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2790048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 2797278 - 2797051
Alignment:
Q  21 cctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatgtcttaatgttcttaatctcagaagctatctgatgat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||     
T  2797278 cctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgttcttaatctcagatgctatctggtgaa 2797179  T
Q  121 ggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttgcagaatagagattgactgcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattc 220  Q
    ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||   | |||||| | ||||| |      ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  2797178 gggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttgcagactaaagat---ccgcatcccggaggatag------gccctatgcatcagctgaaggtattc 2797088  T
Q  221 atcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 257  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797087 atcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2797051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 32 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 5412813 - 5412597
Alignment:
Q  32 tgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatgtcttaatgttcttaatctcagaagctatctgatgatggggaatcaaa 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5412813 tgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaa 5412714  T
Q  132 gttttgattaggcttgcaatcttgcagaatagagattgactgcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattcatcgatgatat 231  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| || ||||   |||||||||  |||||||       |||||||||| |||||| ||||||| || |||| ||    
T  5412713 gttttgatcaagcttgcaatcttgcagactaaagat---ctgcatccaagaggattg------accctatgcattagccgatggtattcgtcaatgacat 5412623  T
Q  232 cttcaatgcgaaatgatgcttctctc 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  5412622 cttcaatgcgaaatgatgcttctctc 5412597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 30 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 2748906 - 2748688
Alignment:
Q  30 tgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatgtcttaatgttcttaatctcagaagctatctgatgatggggaatca 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| || ||| ||||| ||||| |||||| |||||||||    
T  2748906 tgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatca 2748807  T
Q  130 aagttttgattaggcttgcaatcttgcagaatagagattgactgcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattcatcgatgat 229  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| || || ||||   | ||||| || |||||||      ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||     
T  2748806 aagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagat---ccgcatctaggaggattg------gccctatgcattagccgaaggtattcatcaatgac 2748716  T
Q  230 atcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2748715 atcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2748688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 30 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 2807178 - 2806955
Alignment:
Q  30 tgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatgtcttaatgttcttaatctcagaagctatctgatgatggggaatca 129  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||   ||||||||     |||| ||| ||||| |||||| |||||||||    
T  2807178 tgtgaaatttgtaagttatacctctcacttctttccttgattccgcgaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacggggaatca 2807079  T
Q  130 aagttttgattaggcttgcaatcttgcagaatagagattgactgcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattcatcgatgat 229  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||||  ||||  || |||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  2807078 aagttttgaccaggcttgcaatcttgtagaatgaagatccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgat 2806979  T
Q  230 atcttcaatgcgaaatgatgcttc 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  2806978 atcttcaatgcgaaatgatgcttc 2806955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 30 - 257
Target Start/End: Original strand, 2856040 - 2856258
Alignment:
Q  30 tgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatgtcttaatgttcttaatctcagaagctatctgatgatggggaatca 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| || |||||| || || || | ||||||||||||||    
T  2856040 tgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaattttatgatggggaatca 2856139  T
Q  130 aagttttgattaggcttgcaatcttgcagaatagagattgactgcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattcatcgatgat 229  Q
    ||||||||||| |||||| || ||||  || || ||||   |  | ||||  |||||||      |||||||| || | ||||||||||||||| ||||     
T  2856140 aagttttgattcggcttgtaaccttgttgactaaagat---ccacgtccatgaggattg------gccctatgtatcaaccgaaggtattcatcaatgac 2856230  T
Q  230 atcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2856231 atcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2856258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 2768977 - 2768759
Alignment:
Q  30 tgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatgtcttaatgttcttaatctcagaagctatctgatgatggggaatca 129  Q
    |||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||| || ||||||  | || || | |||| ||||| |||    
T  2768977 tgtgaagtttgaaagctatacctctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctctaatgcaattttatgacggggagtca 2768878  T
Q  130 aagttttgattaggcttgcaatcttgcagaatagagattgactgcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattcatcgatgat 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||   | || ||  | | |||||      ||||||||  | | ||||||||||||||| ||||     
T  2768877 aagttttgattaggcttgcaatcttgaagattaaagat---ccgcgtctgggacgattg------gccctatgggtcaaccgaaggtattcatcaatgac 2768787  T
Q  230 atcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2768786 atcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2768759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 32 - 257
Target Start/End: Original strand, 2838835 - 2839048
Alignment:
Q  32 tgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatgtcttaatgttcttaatctcagaagctatctgatgatggggaatcaaa 131  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || |||    ||| ||||  | |||||| || || || |  ||| |||||||||||    
T  2838835 tgaaatttgaaagttatacctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaa 2838934  T
Q  132 gttttgattaggcttgcaatcttgcagaatagagattgactgcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattcatcgatgatat 231  Q
    ||||||||||  |||| | || |||| ||   ||||   |||||||||| ||||||||      |||||||||| || |||||||||||||| |||| ||    
T  2838935 gttttgattaaccttggagtcatgcataa---agat---ctgcatccaggaggattgg------ccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacat 2839022  T
Q  232 cttcaatgcgaaatgatgcttctctc 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  2839023 cttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2839048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 32 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 2759120 - 2758904
Alignment:
Q  32 tgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatgtcttaatgttcttaatctcagaagctatctgatgatggggaatcaaa 131  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||    ||| ||||  | |||||| || || || |  ||| |||||||||||    
T  2759120 tgaaatttgaaagttatacctcacgcttctttccttgattccgtgaattgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaa 2759021  T
Q  132 gttttgattaggcttgcaatcttgcagaatagagattgactgcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattcatcgatgatat 231  Q
    ||||||||| |||||| |||||||  ||||| ||||   | ||  |||| ||||||||      || |||| || |||||||||||||| || || ||||    
T  2759020 gttttgattgggcttgtaatcttgttgaatacagat---ccgctaccaggaggattgg------ccgtatggatcagccgaaggtattcgtcaattatat 2758930  T
Q  232 cttcaatgcgaaatgatgcttctctc 257  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||    
T  2758929 cttcaatgcgaaacgatgcttctctc 2758904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 2818462 - 2818413
Alignment:
Q  33 gaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattga 82  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2818462 gaaatttggaagttatacctctcgcttctttccttgattccacgaattga 2818413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 2755782 - 2755734
Alignment:
Q  209 ccgaaggtattcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 257  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2755782 ccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2755734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 211 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 2818293 - 2818247
Alignment:
Q  211 gaaggtattcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 257  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2818293 gaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcatctctc 2818247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 87; Significance: 9e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 34 - 253
Target Start/End: Original strand, 6386 - 6596
Alignment:
Q  34 aaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacgaattgatgtcttaatgttcttaatctcagaagctatctgatgatggggaatcaaagt 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   ||| |||| || ||||||||| ||||||||||| || | |||||||||    
T  6386 aaatttgaaagttatacctttcacttctgtccttgattccacgaattgacagctttatgtcctgaatctcagatgctatctgatgctgagaaatcaaagt 6485  T
Q  134 tttgattaggcttgcaatcttgcagaatagagattgactgcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattcatcgatgatatct 233  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||  |||   | |||||||| ||| |||      |||||||| || ||||||||||||||||| || | ||||    
T  6486 tttgattaggcttacaatcttgcagactaatgat---ccgcatccaggagggttg------gccctatggatcagccgaaggtattcatcaataacatct 6576  T
Q  234 tcaatgcgaaatgatgcttc 253  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  6577 tcaatgcgaaatgatgcttc 6596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University