View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17906_high_4 (Length: 548)
Name: NF17906_high_4
Description: NF17906
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17906_high_4 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 15874582 - 15874102
Alignment:
| Q |
48 |
tatggataaaaggattttgcaactcaaagaggcacaacaaaggtttgatcgaaataatcaaatttcgattcctaagatccaaagggttccaatgtttttg |
147 |
Q |
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15874582 |
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15874483 |
T |
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| Q |
148 |
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247 |
Q |
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| T |
15874482 |
cggcaaaatgaaagattttataagtattgttcaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcattaca |
15874383 |
T |
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| Q |
248 |
agcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaagataa |
347 |
Q |
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| T |
15874382 |
agcttctatggacatcaatatttgttgctaattatgccaaaaaaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaaagattgaagataa |
15874283 |
T |
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| Q |
348 |
tattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgcta |
447 |
Q |
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| T |
15874282 |
tattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttctttgcta |
15874183 |
T |
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| Q |
448 |
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528 |
Q |
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| T |
15874182 |
cactttatgggaaatgttgatgaccaatgcccgaatgccctaaaccttaagtttgaccaactgatgcacatatggagagat |
15874102 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 528
Target Start/End: Original strand, 15899487 - 15899967
Alignment:
| Q |
48 |
tatggataaaaggattttgcaactcaaagaggcacaacaaaggtttgatcgaaataatcaaatttcgattcctaagatccaaagggttccaatgtttttg |
147 |
Q |
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| T |
15899487 |
tatggataaaaggctttcgcaactcaaagaggcacaagaaaggtttgatcgaaataatgaaattttgattcctaggatccaaagggttccaatgtttttg |
15899586 |
T |
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| Q |
148 |
cggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcattaca |
247 |
Q |
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| T |
15899587 |
cggcaaaatgaaagattttataagtattgtacaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcattaca |
15899686 |
T |
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| Q |
248 |
agcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaagataa |
347 |
Q |
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| T |
15899687 |
agcttctatggacatcaatatttgttgctgattatggcaaaaaaattgataaagatgctaacgaagcatgtatgcttttgcttaaaaagattgaagataa |
15899786 |
T |
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| Q |
348 |
tattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgcta |
447 |
Q |
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| T |
15899787 |
tattgaagatttgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttctttgcta |
15899886 |
T |
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| Q |
448 |
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528 |
Q |
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| T |
15899887 |
cactttatggaaaatgttgatgaccaatgcccggatgccctaaaccttaagtttgaccaactgatgcacatatggagagat |
15899967 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 528
Target Start/End: Original strand, 15920515 - 15920995
Alignment:
| Q |
48 |
tatggataaaaggattttgcaactcaaagaggcacaacaaaggtttgatcgaaataatcaaatttcgattcctaagatccaaagggttccaatgtttttg |
147 |
Q |
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| T |
15920515 |
tatggataaaaggctttcacaactcaaagaggcacaagaaaggtttgatcgaaataatgaaattttgattcctaggatccaaagggttccaatgtttttg |
15920614 |
T |
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| Q |
148 |
cggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcattaca |
247 |
Q |
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| T |
15920615 |
cggcaaaatgaaagattttataagtattgtacaccaaagattatatcatttggtcctattcatcacaatgctaaaaatctgaaagaaggagagcattaca |
15920714 |
T |
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| Q |
248 |
agcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaagataa |
347 |
Q |
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| T |
15920715 |
agcttctatggacatcaatatttgttgcttattatggcaaaaaaattgataaagatgttaacgaagcatgtatgcttttgcttaaaaagattgaagataa |
15920814 |
T |
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| Q |
348 |
tattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgcta |
447 |
Q |
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| T |
15920815 |
tattgaatatttgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggatattgtttgtggatggatgttctttgcta |
15920914 |
T |
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| Q |
448 |
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528 |
Q |
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| T |
15920915 |
cactttatggaaaatgttgatgaccaatgcccggatgccctaaaccttaagtttgaccaactgatgcacatatggagagat |
15920995 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 47 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 14060998 - 14060516
Alignment:
| Q |
47 |
ttatggataaaaggattttgcaactcaaagaggcacaacaaaggtttgatcgaaataatcaaatttcgattcctaagatccaaagggttccaatgttttt |
146 |
Q |
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| T |
14060998 |
ttatggataaaaggatttcccaactaaaagaggcacaactgaagtttgagcaaaatagtaaaatttcaattcctaagattcaaagggttcctaagttttt |
14060899 |
T |
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| Q |
147 |
gcggcaaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcattac |
246 |
Q |
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| T |
14060898 |
gcgacaaaatgaaagattttataagtattgctcaccaaagattatatcatttggtccgatccatcacaataataaatgtcttaaagaaggagagcagtac |
14060799 |
T |
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| Q |
247 |
aagcttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaagata |
346 |
Q |
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| T |
14060798 |
aaacttctatggacctctacatttcttgaggaatatggcaaagaaatcaatcaagatggtaaccaagcatgcaaacttttgcttaacaagattgaagata |
14060699 |
T |
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| Q |
347 |
atattgaaaatgtgaagaatatgttcactgaggatgcaattgaaggctacaatgataatgatcttgcttggaaattgtttgtggatggattttctttgct |
446 |
Q |
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| T |
14060698 |
atattgaagaattgaagaacatgttcactgaagatgcaattgaaggattcaatgacaatgatcttgcttggatattgttcgtggatggatgttccttgct |
14060599 |
T |
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| Q |
447 |
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529 |
Q |
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| T |
14060598 |
acatttcatgggaaatgtcgatgaccaatatcccgaagggctaaatcttaagtttgaccaattgatgtatatatggagagatg |
14060516 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 51 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 14049609 - 14049145
Alignment:
| Q |
51 |
ggataaaaggattttgcaactcaaagaggcacaacaaaggtttgatcgaaataatcaaatttcgattcctaagatccaaagggttccaatgtttttgcgg |
150 |
Q |
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| T |
14049609 |
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14049510 |
T |
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| Q |
151 |
caaaaggaaagattttataagtattgtaaaccaaagattatattatttggtcctattcatcacaagaatgaaagtctgaaagaaggagagcattacaagc |
250 |
Q |
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| T |
14049509 |
caaaatgaaagattttataagtatt--------------atctcatttggtcccatccatcacaatagtgaatgtcttaaagaaggagagcattacaagc |
14049424 |
T |
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| Q |
251 |
ttctatggacatcaatatttgttgctaattatggcaaaacaattgataaagatgataacgaagcatgtaagcttttgcttaaaatgattgaagataatat |
350 |
Q |
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| T |
14049423 |
ttctgtggacatctacatttgttgaggaatatggcaaacaaatcaatcaagatggccaccaagcctgcaaacttttgcttaacaagattgaagataatat |
14049324 |
T |
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| Q |
351 |
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450 |
Q |
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| T |
14049323 |
tgtagaattgaagaacatgttcacggaagatgcaattgaaggattcaatgacaacgatcttgcttggatattgttcgtggatggatgttccttgctgcat |
14049224 |
T |
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| Q |
451 |
tttatggcaaatgttgatgaccacaacccggatgccctaaatcttaagtttgaccgacttatgtacatatggagagatg |
529 |
Q |
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| T |
14049223 |
tttatggaaaatgtcgatgaccaatatcctgaagggctaaatcttaagtttgatcaattgatgtacatatggagagatg |
14049145 |
T |
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