View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17909_low_2 (Length: 702)

Name: NF17909_low_2
Description: NF17909
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17909_low_2
NF17909_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-687)||(30702129-30702815)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 642; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 642; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 687
Target Start/End: Original strand, 30702129 - 30702815
Alignment:
Q  1 gcagtgaaaattgcatattggcaccatactttccatcaagcagaagaagagaattcaaagcagtgcacaaagtgtttggtgttagcaacataacaaagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702129 gcagtgaaaattgcatattagcaccatactttccatcaaacagaagtagagaattcaaagcagtgcacaaagtgtttggtgttagcaacataacaaagtt 30702228  T
Q  101 tgtaaggaatgctcaagagggagatagaagaaaagttgtggattcattgatatgggaagcactttctaggcaaaaggatccaataaatggttcttatgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702229 tgtaaggaatgctcaagagggagatagaagaaaagttgtggattcattgatatgggaagcactttctaggcaaaaggatccaataaatggttcttatgga 30702328  T
Q  201 gagtatacaaaagtttacaatgagtataaaagattatttgatgaacttaagatgtttagagatcaccaaaaccaattggtgcaagtgcaacctcaaggga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702329 gagtatacaaaagtttacaatgagtataaaagattatttgatgaacttaagatgtttagagatcatcaaaaccaattggtgcaagtgcaacctcaaggga 30702428  T
Q  301 aagttagagcagaaacacctgatcataatgctgtagattatcatcatcttcatcatggaaatcataagaatggtattgttgattctactaccatttataa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702429 aagttagagcagaaacacctgatcataatgctgtagattatcatcatcttcatcatggaaatcataagaatggtattgttgattctactaccatttataa 30702528  T
Q  401 tacatattgttcaaattatttacaagatcttgatagtttgaggacagaagttgtcatcccaaatattcagcagcactcacagtcatactatattgcaggt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702529 tacatattgttcaaattatttacaagatcttgatagtttgaggacagaagttgtcatcccaaatattcagcagcactcacagtcatactatattgcaggt 30702628  T
Q  501 accaccaatctcatgatttttgttaaaattaattgatcatacatgagttaaattatgttgtttgttatttaatttatgaggtcttagttgataccattgt 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30702629 accaccaatctcatgatttttgttaaaattaattgatcatgcatgagttaaattatgttgtttgttatttaatttatgaggtcttagttgataccattgt 30702728  T
Q  601 tacactattgtgtcaaacttcaaatagttgtgacattatcaaatatatggtaaagagtgcacnnnnnnntcctcaatagtcacaagt 687  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  30702729 tacactattgtgtcaaacttcaaattgttgtgacattatcaaatatatggtaaagagtgcacaaaaaagtcctcaatagtcacaagt 30702815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University