View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17913_low_2 (Length: 765)

Name: NF17913_low_2
Description: NF17913
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17913_low_2
NF17913_low_2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (85-392)||(1116320-1116631)
chr8 (384-749)||(1114309-1114676)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 85 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 1116631 - 1116320
Alignment:
Q  85 acagcggcggcgtagaagtgtagagtggaggggggtggtggttgagagaggtttgaaaacggagatgacgagtggtaaagccatgatactgatagcaccc 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1116631 acagcggcggcgtagaagtgtagagtggaggggggtggtggttgagagaggtttgaaaacggagatgacgagtggtaaagccatgatactgatagcaccc 1116532  T
Q  185 atcatccttcctcaatccacaacagagataggaacaggattttgtaatgcttttttaacctttttgcacgtcaaaaaacacacact----catgtttgtg 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||     |||||||||    
T  1116531 atcatccttcctcaatccacaacagagataggaacaggattttgtaatgcttttttaacctttttccacgtcaaaaaacaaacacttatgtatgtttgtg 1116432  T
Q  281 tttcctaggtacaacctcaaactcaaaatctttaaatatatttcccaaaatacccttagcaacttatttaacttccccaaacttactgaattgagattgc 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1116431 tttcctaggtacaacctcaaactcaaaatctttaaatatatttcccaaaatacccttagcaacttatttaacttccccaaacttactgaattgagattgc 1116332  T
Q  381 acgtgcttgaat 392  Q
    |  |||||||||    
T  1116331 agctgcttgaat 1116320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 384 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 1114676 - 1114309
Alignment:
Q  384 tgcttgaattggatttaagtaaatatacattttctttttt------acaaatgaggtaaatgtacttgaattgagtttgagtaccatctagaaatctaga 477  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1114676 tgcttgaattggatttaggtaaatatacttttttttttttttttttacaaatgaggtaaatgtacttgaattgagtttgagtaccatctagaaatctaga 1114577  T
Q  478 atgtataagtggtacatgaagtaagtttatgtaaatatgcttaaatttagtttacattaacatgtttaaatgtagttgtatttgagtttattaggttata 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1114576 atgtataagtggtacatgaagtaagtttatgtaaatgtgtttaaacttagtctacaggaacatgtttaaatgtagttgtatttgagtttattaggttata 1114477  T
Q  578 tgttgattatgtcatgcttggttgaaacgataaagtgtttaaatgatttcatttctagattgtcagttcatccaaattattgcatgtcaaattcgccaaa 677  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1114476 tgttgattaggtcatgtttggttgaaacgataaagtgtttaaatgattacatttctagattgtcagtttatccaaattattgcatgtcaaattcgccaaa 1114377  T
Q  678 aatcctacgaattatcccttccaaattgcaacattccctcccattgaacaaacaagttcagaggaataatga 749  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  1114376 aaccctacgaatcatcccttccaaattgcaacat----tcccattgaacaaacaagtttagaggaattatga 1114309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University