View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17915_high_1 (Length: 779)

Name: NF17915_high_1
Description: NF17915
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17915_high_1
NF17915_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-777)||(50654274-50655037)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 50655037 - 50654274
Alignment:
Q  9 atcatcaatcacatcccaatattcat--gactgagaaagatagaaatcaatatcttagnnnnnnnnnnnnnnngttgagggaaaatcaatatcatagtga 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||    
T  50655037 atcatcaatcatatcccaatattcatatgattgagaaagatagaaatcaatatcttagtttttttttt------ttgagggaaaatcaatatcatagtga 50654944  T
Q  107 ctgaatcattttgcaattcataagtaacattcattagtctttttagcatagtataagtttcctcacttgaactgattggtttgctctcaaatgatacaat 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  50654943 ctgaatcattttgcaattcataagtaacattcattagtctttttagcatagtataattttcctcacttgaactaattggtttgctctcaaatgatacaat 50654844  T
Q  207 cttcttaattacagattccaattttatgtggactaacagatccttagttcgggttaatggtttttgttgaactataggttttggattttatttggttgca 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654843 cttcttaattacagattccaattttatgtggactaacagatccttagttcgggttattggtttttgttgaactataggttttggattttatttggttgca 50654744  T
Q  307 taaattgttgtcttgaattcctgtttacccattatttgttattattgatgttattgttatccctggaccctgcatatgcgggagttttggtgcactggac 406  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  50654743 taaattgttgtcgtgaattcctgttcacccattatttgttattactgatgttattgttatccctggaccctgcatatgcgggacttttggtgcactggac 50654644  T
Q  407 tatccnnnnnnnatgttattattatcatgggttgcaacttttctggttgtgctgaacaataattgattttacacttgagtagaaaacaagataagtcagt 506  Q
    |||||       |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654643 tatcctttttttatgttattattatcatgggtcgcaacttttctggttgtgctgaacaataattgattttacacttgagtagaaaacaagataagtcagt 50654544  T
Q  507 ggcgtaaattgaaggtgacgacatcataacaaggaaggtttagcagggaaagagttaaacaaggagggattgggtgagggaagacttatgtgctactctt 606  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654543 ggcgtaaattgaaggtgaagacatcataacaaggaaggtttagcagggaaagagttaaacaaggagggattgggtgagggaagacttatgtgctactctt 50654444  T
Q  607 aattttttaatatatctgaaccctttaattattttaatagatccaatagtacactggtgaggaacttgatggctctctcaccttagaagccaccaagttt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||    
T  50654443 aattttttaatatatctgaaccctttaattattttaatagatccaatggtacactggtgaggaacttgatggctctctcacctt-tctgccaccaagttt 50654345  T
Q  707 ataacctatgttattccattctctcatcctatacnnnnnnngactggggtagaagggtgatgatgtccatc 777  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50654344 ataacctatgttattccattctctcatcctatactttttttgactggggtagaagggtgatgatgttcatc 50654274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University