View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17917_low_1 (Length: 827)

Name: NF17917_low_1
Description: NF17917
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17917_low_1
NF17917_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-827)||(22384524-22385356)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 652; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 827
Target Start/End: Original strand, 22384524 - 22385356
Alignment:
Q  1 aatttggataagatgtggctagagttaagaattatcatttgtgtgatgtttatgtgaatgagataagatgatgaaaaaaccccccaaaatgagtggagag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22384524 aatttggacaagatgtggctagagttaagaattatcatttgtgtgatgtttatgtgaatgagataagatgatgaaaaaaccccccaaaatgagtggagag 22384623  T
Q  101 tgtgccacatgttaaacaaagaagtgacataaagcaaggagtgatgagtggatcatcacaaactaaggaaccggtcaaatgtttatagtttttgtaacta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22384624 tgtgccacatgttaaacaaagaagtgacataaagcaaggagtgatgagtggatcatcacaaactaaggaaccggtcaaatgtttctagtttttgtaacta 22384723  T
Q  201 aaccttactatactcggtacaaagacatgttagacccttcctaggatatatgttttatggtcaaacgtttggaaaaaacagttagttagttggttttgtg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22384724 aaccttactatactcggtacaaagacatgttagacccttcctaggatatatgttttatggtcaaacgtttggaaaaaacagttagttagttggttttgtg 22384823  T
Q  301 agaggtttaagaataacacaaaggtgtggtggtttttcacaaggtttttcttgtttcttcttcattcagacattcatacaacatagtactatattcacta 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  22384824 agaggtttaagaataacacaaaggtgtggtggtttttcacaaggtttttcttgtttcttcttcattcagacattcatacaacatagtac--tattcacta 22384921  T
Q  401 ggtttgaaaattcttcattgcttttcttttcttcaacaacaattcttc-------ttccacttggaaaagggtatccaaaaaagtg-ttttttctgtgta 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  22384922 ggtttgaaaattcttcattgcttttcttttcttcaacaacaattcttcttcttttttccacttggaaaagggtatcctaaaaagtgtttttttctgtgta 22385021  T
Q  493 aaatgtttctattttatgagtatatcaatttgcattgcacaatgtaaatctccttcaaattttttctaggatcatattcaagttcctttcctagtgcttg 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22385022 aaatgtttctattttatgagtatatcaatatgcattgcacaatgtaaatctccttcaaattttttctaggatcatattcaagttcctttcctagtgcttg 22385121  T
Q  593 attaattttcctacttttattgtttta-annnnnnnnaaataaagaaaatgtttgatctgtgtgtgtttttgtggtaaaatatttatgtattcatcaaag 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22385122 attaattttcctacttttattgttttattttttttttaaataaagaaaatgtttgatctgtgtgtgtttttgtggtaaaaaatttatgtattcatcaaag 22385221  T
Q  692 atccatttgaacaatgttttattatttcttattaagtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatattgttgttataatctttaattgatttaatat 791  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||                         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22385222 atccatttgaacaatg-tttattatttcttattaagtggttttttccagtgatttttgttttttgaatattgttgttataatctttaattgatttaatat 22385320  T
Q  792 gactgtgtatggataatgatgatctttatgtaacaa 827  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22385321 gactgtgtatggataatgatgatctttatgtaacaa 22385356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University