View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17922_high_5 (Length: 446)

Name: NF17922_high_5
Description: NF17922
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17922_high_5
NF17922_high_5
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (19-436)||(11729021-11729435)
chr2 (21-434)||(11719907-11720319)
chr2 (21-416)||(11680683-11681079)
chr2 (21-408)||(11693660-11694048)
chr2 (21-367)||(11671845-11672189)
chr2 (21-283)||(11712692-11712959)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (22-418)||(7661892-7662285)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 11729435 - 11729021
Alignment:
Q  19 gagttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11729435 gagttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacattggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccg 11729336  T
Q  119 gcactttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgcca 218  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  11729335 gcactctaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctatagagctcattcactatcaaagaaatattggatatatgacaacgttgttgcca 11729236  T
Q  219 ttgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtcttt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11729235 ttgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctgcacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtcttt 11729136  T
Q  319 taaattggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaatattgggagggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgttgg 418  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11729135 taaattggacaagactac---caattacttgctgtccaagttttagaatattgggagggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgttgg 11729039  T
Q  419 tcttccttatttcctatg 436  Q
    ||||||||||||||||||    
T  11729038 tcttccttatttcctatg 11729021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 21 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 11720319 - 11719907
Alignment:
Q  21 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  11720319 gttaaccctcctcactcacatccccgtgccactgaaatattcactgttctcgaaggcacgttagaagttggattcatcacgtcaaatcctgaaaaccgcc 11720220  T
Q  121 actttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgccatt 220  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||  ||||||||||| |||    
T  11720219 actttaagaaagtactacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattggaaat-tgt-aatgttgttgctatt 11720122  T
Q  221 gctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtctttta 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||    
T  11720121 gctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagcaagtgaagtgctcatcaaggctttta 11720022  T
Q  321 aattggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaatattgggaggg-aattcagctgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgttggt 419  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||    
T  11720021 aattggacaagaatgccatcaattacttacagtcaaagttttagaatattgggagggaaattcagctctttttgtttgtttgtatgtttcattcgtctgt 11719922  T
Q  420 cttccttatttccta 434  Q
    |||||||||||||||    
T  11719921 cttccttatttccta 11719907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 21 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 11681079 - 11680683
Alignment:
Q  21 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggc 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  11681079 gttaactctcctcactcacatcctcgtgctaccgaaatatgcactgttcttgaaggaacattagaagttggattcatcacttcaaacccagaaaaccgcc 11680980  T
Q  121 actttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttc---ctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgcc 217  Q
    ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  11680979 acttttgtaaagttctacataagggagatgtgtttgtgtttcttcctataggtctcattcactatcaaagaaatattggataca--acaatgttgttgcc 11680882  T
Q  218 attgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtctt 317  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||    
T  11680881 attgctgctcttagtagccagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagcgaagttctcattatggctt 11680782  T
Q  318 ttaaattggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaatattgggagggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgtt 416  Q
    || |||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11680781 ttcaattggacaagaatgccatcaattacttgcagtcgaagttttaaaatattgggagggaattcaactgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgtt 11680683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 21 - 408
Target Start/End: Original strand, 11693660 - 11694048
Alignment:
Q  21 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggc 120  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  11693660 gttaactctcctcactcacatcctcgtgctaccgaaatatgcactgttcttgaaggaacattagaagttggattcatcacttcaaacccagaaaaccgcc 11693759  T
Q  121 actttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttc---ctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgcc 217  Q
    ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  11693760 acttttgtaaagttctacataagggagatgtgtttgtgtttctacctataggtcttattcactatcaaagaaatattggataca--acaatgttgttgcc 11693857  T
Q  218 attgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtctt 317  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  11693858 attgctgctcttactagcaagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagcgaagttctcattaaggctt 11693957  T
Q  318 ttaaattggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaatattgggagggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgttt 408  Q
    || |||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11693958 ttcaattggacaagaatgccatcaattacttgcagtcgaagttttagaatattgggaaggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgttt 11694048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 21 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 11672189 - 11671845
Alignment:
Q  21 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11672189 gttaaccctcctcactcacatcctcgcgctactgaaatattcactgttctcgaaggcacgttagaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccgcc 11672090  T
Q  121 actttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgccatt 220  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | ||||||||||| |||| ||     
T  11672089 actttagtaaagttctacataagggagatgtgtttgtgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatatcgg--acatgacaatgttattgcaatc 11671992  T
Q  221 gctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtctttta 320  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||     
T  11671991 gctgctcttagtagccagaatccgggagctatcactattggcaatgcagtgtttggtgctacacctgaaatagctagtgaagtgcttattaaggcttttc 11671892  T
Q  321 aattggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaat 367  Q
    |  |||| |||| | ||||||| || |||| ||| ||||||||||||    
T  11671891 agctggagaagaatgccatcaactatttgcagtctaagttttagaat 11671845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 21 - 283
Target Start/End: Original strand, 11712692 - 11712959
Alignment:
Q  21 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  11712692 gttaaccctcctcactcacatcctcgtgctactgaaatattaactgttcttgaaggaacattagaagttggattcatcacttcaaacccagaaaaccgcc 11712791  T
Q  121 actttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttg-------- 212  Q
    ||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||            
T  11712792 actttcgtaaagttctacataagagagatgtgtttgtgttt-ctataggtctcattcactatcaaagaaatattggataca--acaatgttgttgccaac 11712888  T
Q  213 ttgccattgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctaca 283  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11712889 ttgccattgctgctcttagtagccagaatccaggagctatcactattggcaatgaagtgtttggggctaca 11712959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 22 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 7662285 - 7661892
Alignment:
Q  22 ttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacatcggaagttggattcatcacttcaaatccagaaaaccggca 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  7662285 ttaaccctcctcactcacatcctcgtgctaccgaaatattcactgttcttgaaggcactttagaagttggattcatcacttcaaacccggaaaaccgcca 7662186  T
Q  122 ctttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttttgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattagatatatgacaatgttgttgccattg 221  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |  | |||   |||||||||||||||    
T  7662185 ctttagaaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctataggactcattcactatcaaagaaatatagg--aaatgctcatgttgttgccattg 7662088  T
Q  222 ctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagctagtgaagttctcattaagtcttttaa 321  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||| |    
T  7662087 cagctcttagtagccagaatccaggaggtatcactattggtaatgcaatgtttggggctacacctgagatagctagtgaagttcttgttaaggcttttca 7661988  T
Q  322 attggacaagactaccatcaattacttgcggtccaagttttagaatattgggagggaattcagctgtttttgtttgtttgtatgtttcatttgttgg 418  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||| | | |||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7661987 attggacaagactattatcaattacttgcagtcaaagttttagattattgggtgtg-attttgatatttttgtttgtttgtatgtttcatttgttgg 7661892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University