View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17924_high_1 (Length: 921)

Name: NF17924_high_1
Description: NF17924
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17924_high_1
NF17924_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (21-912)||(31640740-31641633)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 849; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 849; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 912
Target Start/End: Original strand, 31640740 - 31641633
Alignment:
Q  21 ggatttgggcgagagcccatgagta---cggttctacttggatgtatagaaagactatgggtccctcaaagtcaaacacctaacatgagcgtgagcgtga 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31640740 ggatttgggcgagagcccacgagtagtacggttctacttcgatgtat-gaaagactatgggtccctcaaagtcaaacacctaacatgagcgtgagcatga 31640838  T
Q  118 gagtgtaaattgactaagcatattaaatgtatgtatagaccaaaaatagaaaacgacaacatataaggaaggaacagtgctacgtatgaaaacaaaaaca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31640839 gagtgtaaattgactaagcatattaaatgtatgtatagaccaaaaatagaaaacgacaacatataaggaaggaacagtgctacgtatgaaaacaaaaaca 31640938  T
Q  218 gtactccatgtcaagaaaggtacataaaatttaaaattcatgaaactgaaaatgagatatacatgaaattgaaacggggtaaaatttaaaatacaagtac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31640939 gtactccatgtcaagaaaggtacataaaatttaaaattcatgaaactgaaaatgagatatacatgaaattgaaacggggtaaaatttaaaatacaagtac 31641038  T
Q  318 ttgatgacatttttgtctaaataaaaacaaaaacagtactccatgatccatgacaagaaggtatataagagaaacaatgctaaagatgaattgaatggcc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641039 ttgatgacatttttgtctaaataaaaacaaaaacagtactccatgatccatgacaagaaggtatataagagaaacaatgctaaagatgaattgaatggcc 31641138  T
Q  418 aaatatacccatggtaattttggtctctaacagttcccccacgactcaggaacagttgttgtcccaagaaaaccaaaacctgcttgttgtgactgtgact 517  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641139 aaatatacccatggtaattttggtgtctaacagttcccccacgactcaggaacagttgttgtcccaagaaaaccaaaacctgcttgttgtgactgtgact 31641238  T
Q  518 tgagcatcatcatgttttgatgaggttggtgttggtggtattctacaccccccgtgaatgttagcatatcctttacatccaaggagtcaccaccatttcc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641239 tgagcatcatcatgttttgatgaggttggtgttggtggtattctacaccccccgtgaatgttagcatatcctttacatccaaggagtcaccaccatttcc 31641338  T
Q  618 tccaccgttggtaaggccaagaaagtccctagtgagaccatcgtcgttctttccggtgagacagcctctcatgttgttaatgtagtgatcaactgagtct 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641339 tccaccgttggtaaggccaagaaagtccctagtgagaccatcgtcgttctttccggtgagacagcctctcatgttgttaatgtagtgatcaactgagtct 31641438  T
Q  718 agctgagtcactgatccaaactggccaatgctgagctgagaagtttgatggtgactcattgttggttggcttcctgtgatggcggccgcaccgacggttg 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641439 agctgagtcactgatccaaactggccaatgctgagctgagaggtttgatggtgactcattgttggttggcttcctgtgatggcggccgcaccgacggttg 31641538  T
Q  818 ctgctttttggagaagtgcagttgctgagaggtgtggtgacatggcagcactggaagaaggttgttgtgtgctgacgtggaagggtgatgatgtc 912  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641539 ctgctttttggagaagtgcagttgctgagaggtgtggtgacatggcagcagtggaagaaggttgttgtgtgctgacgtggaagggtgatgatgtc 31641633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University