View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17925_high_1_N (Length: 1091)

Name: NF17925_high_1_N
Description: NF17925
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17925_high_1_N
NF17925_high_1_N
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (8-1058)||(37704454-37705505)
chr5 (694-1057)||(37698974-37699349)
chr5 (754-1058)||(37437520-37437823)
chr5 (99-301)||(37437914-37438116)
chr5 (810-1058)||(37698636-37698864)
chr5 (101-208)||(37700646-37700753)
chr5 (427-569)||(34599459-34599603)
chr5 (427-575)||(2143247-2143394)
chr5 (324-547)||(13953394-13953616)
chr5 (320-397)||(1629760-1629837)
chr5 (303-419)||(1629683-1629799)
chr5 (303-419)||(29532047-29532161)
chr5 (472-575)||(26325678-26325781)
chr5 (376-417)||(2143379-2143420)
chr5 (324-409)||(30384213-30384297)
chr5 (524-572)||(38458771-38458819)
chr5 (322-409)||(37704830-37704917)
chr5 (355-418)||(41232901-41232964)
chr5 (494-554)||(29531914-29531975)
chr5 (323-419)||(38458805-38458899)
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (694-930)||(16840857-16841109)
chr4 (109-282)||(16840622-16840796)
chr4 (444-575)||(22519386-22519518)
chr4 (324-575)||(31095124-31095377)
chr4 (305-419)||(22519807-22519921)
chr4 (324-413)||(48194394-48194483)
chr4 (445-575)||(49291205-49291335)
chr4 (305-397)||(33617920-33618010)
chr4 (324-560)||(20141745-20141983)
chr4 (324-412)||(22889586-22889674)
chr4 (324-412)||(22941250-22941338)
chr4 (324-399)||(53769786-53769861)
chr4 (303-409)||(2323266-2323372)
chr4 (318-392)||(42676809-42676883)
chr4 (48-93)||(16840490-16840535)
chr4 (510-575)||(51580077-51580140)
chr4 (326-409)||(34013780-34013861)
chr4 (329-404)||(22519373-22519448)
chr4 (595-630)||(31095097-31095132)
chr4 (323-418)||(34717567-34717660)
chr4 (368-419)||(40070309-40070360)
chr4 (355-409)||(31095078-31095131)
chr4 (518-560)||(53769786-53769828)
chr4 (378-419)||(22519313-22519354)
chr4 (355-416)||(48194179-48194239)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (324-560)||(4558769-4559007)
chr2 (305-556)||(8198509-8198759)
chr2 (305-556)||(8203269-8203519)
chr2 (305-388)||(45385838-45385921)
chr2 (305-419)||(4923428-4923542)
chr2 (217-284)||(8265959-8266027)
chr2 (324-419)||(42053964-42054059)
chr2 (479-560)||(6739472-6739554)
chr2 (324-413)||(3289442-3289531)
chr2 (515-575)||(42054042-42054102)
chr2 (307-373)||(4558680-4558745)
chr2 (494-547)||(4923553-4923607)
chr2 (324-382)||(8198419-8198477)
chr2 (324-382)||(8203179-8203237)
chr2 (303-378)||(32546464-32546538)
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (318-560)||(16419591-16419837)
chr6 (432-559)||(196111-196238)
chr6 (305-416)||(12458392-12458504)
chr6 (324-462)||(33547750-33547889)
chr6 (427-575)||(17411121-17411270)
chr6 (433-557)||(28477384-28477509)
chr6 (433-557)||(29789836-29789961)
chr6 (386-575)||(7004200-7004390)
chr6 (323-419)||(10544282-10544376)
chr6 (445-541)||(32548138-32548235)
chr6 (355-411)||(7202300-7202356)
chr6 (471-554)||(33547849-33547933)
chr6 (427-532)||(7202313-7202419)
chr6 (479-552)||(10544136-10544210)
chr6 (593-630)||(17411094-17411131)
chr6 (433-533)||(29693282-29693383)
chr6 (322-419)||(31314513-31314609)
chr6 (450-544)||(9405267-9405362)
chr6 (324-397)||(196063-196135)
chr6 (378-419)||(33547744-33547785)
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (305-575)||(41331168-41331439)
chr7 (305-560)||(18128375-18128632)
chr7 (323-416)||(30551947-30552040)
chr7 (323-416)||(6589558-6589651)
chr7 (320-399)||(12422044-12422123)
chr7 (303-410)||(32804629-32804736)
chr7 (324-412)||(1532197-1532285)
chr7 (313-501)||(20389633-20389822)
chr7 (324-419)||(28003341-28003434)
chr7 (474-560)||(48447315-48447402)
chr7 (324-417)||(5755594-5755685)
chr7 (471-560)||(12264801-12264890)
chr7 (481-560)||(12422262-12422342)
chr7 (303-407)||(12422352-12422455)
chr7 (303-503)||(21920965-21921164)
chr7 (509-560)||(28002279-28002330)
chr7 (338-403)||(32918529-32918595)
chr7 (355-416)||(1532441-1532501)
chr7 (323-399)||(6586862-6586938)
chr7 (514-554)||(32857850-32857890)
chr7 (217-252)||(21595127-21595162)
chr7 (325-404)||(48447283-48447362)
chr7 (361-418)||(5762696-5762753)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (303-441)||(3866-4003)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (324-410)||(2277209-2277295)
chr8 (323-403)||(27532989-27533069)
chr8 (340-419)||(37064689-37064768)
chr8 (305-407)||(15907689-15907790)
chr8 (305-419)||(15907944-15908058)
chr8 (323-575)||(2510015-2510263)
chr8 (305-387)||(12807666-12807748)
chr8 (445-575)||(3806871-3807000)
chr8 (320-416)||(32566875-32566969)
chr8 (322-410)||(2967707-2967794)
chr8 (324-419)||(3806998-3807091)
chr8 (590-630)||(18080605-18080645)
chr8 (428-560)||(12189869-12190002)
chr8 (428-560)||(12434297-12434430)
chr8 (340-410)||(45445141-45445210)
chr8 (301-393)||(41123-41216)
chr8 (510-574)||(8453098-8453163)
chr8 (352-397)||(32566724-32566769)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (324-560)||(363615-363853)
chr1 (325-560)||(47726457-47726693)
chr1 (325-560)||(47747763-47747999)
chr1 (323-416)||(16554303-16554396)
chr1 (429-559)||(29954870-29955000)
chr1 (324-413)||(18470189-18470279)
chr1 (324-419)||(802251-802346)
chr1 (305-412)||(12656368-12656474)
chr1 (324-410)||(16026108-16026194)
chr1 (303-499)||(11016877-11017075)
chr1 (494-560)||(26706207-26706274)
chr1 (324-419)||(46530163-46530258)
chr1 (355-412)||(48130213-48130268)
chr1 (318-407)||(48130428-48130516)
chr1 (305-404)||(363806-363906)
chr1 (340-419)||(26706353-26706432)
chr1 (305-407)||(46530411-46530517)
chr1 (217-283)||(2125101-2125168)
chr1 (514-560)||(18470384-18470430)
chr1 (355-416)||(16026346-16026406)
chr1 (355-412)||(18470439-18470495)
chr1 (427-575)||(47600499-47600648)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (328-563)||(30534432-30534666)
chr3 (324-560)||(51265744-51265984)
chr3 (355-512)||(44291025-44291182)
chr3 (323-419)||(44291413-44291509)
chr3 (305-409)||(48200367-48200471)
chr3 (355-416)||(51265679-51265739)
chr3 (494-560)||(50898882-50898948)
chr3 (305-406)||(1662257-1662357)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 931; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 931; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1058
Target Start/End: Complemental strand, 37705505 - 37704454
Alignment:
Q  8 tatcataggggagaatgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatg 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705505 tatcatgggggagaatgtaatttgttttgtagcttgcactgaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatg 37705406  T
Q  108 aaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705405 aaccaattataaaggtggtctaccgtagaacccacgagttgagtatcgatatccgatggcatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 37705306  T
Q  208 tttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705305 tttgtgctgtaacaaactttgaagaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaa 37705206  T
Q  308 attacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705205 attacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattggtcatttaagatttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 37705106  T
Q  408 ttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggac 507  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705105 ttggtcctttaatttttttcgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaacaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggac 37705006  T
Q  508 ctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataa 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705005 ctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttacgaaaaatacttacataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataa 37704906  T
Q  608 ttaaataacttaaatgacgtaag-gatacgnnnnnnnnnnnnnnnnccgatttgttataattaaataacttaaaagtatcgtaatttgctctttaaagta 706  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37704905 ttaaataacttaaatgacgcaagtgatacgaaaaaatcttaaaaaaccgatttgttataattaaataacttaaaagtctcgtaatttgctctttaaagta 37704806  T
Q  707 tgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgct 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704805 tgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgct 37704706  T
Q  807 acttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaaagtctggtcttcgaagatattatttagtt 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704705 acttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaaagtctggtcttcgaagatattatttagtt 37704606  T
Q  907 taatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgttgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaataa 1006  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704605 taatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgttgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaataa 37704506  T
Q  1007 gggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaacctttttggt 1058  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704505 gggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaacctttttggt 37704454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 694 - 1057
Target Start/End: Complemental strand, 37699349 - 37698974
Alignment:
Q  694 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtatttttaagcac 787  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  37699349 gctctttaaagtctgttcagttgaagaagtctaagtctccgttgctaaatacaattaatgttgttattattttcttcattttaggtgtatttttaagcaa 37699250  T
Q  788 attactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat---cacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaaagtct-g 883  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |    
T  37699249 attactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaattacgttcgaaaagtcttg 37699150  T
Q  884 gtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgttgccaaatgtcatatcagtatatgtttatga 983  Q
    || ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  37699149 gttttccaagatgttatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgattgttactgaattaatattgttgccaaatgtcatatcagtatacggttatga 37699050  T
Q  984 aaagcacccccaaaacaaaataagggaatacgtagactcaa--tttgcaaacaatctaataagtcaacctttttgg 1057  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  37699049 aaagcacccccaacacaaaataagggaatacctagactcaatgtttgtaaacaatctaataactcaaactttttgg 37698974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 754 - 1058
Target Start/End: Complemental strand, 37437823 - 37437520
Alignment:
Q  754 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat---cacaacttgaaataagattc 850  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||    
T  37437823 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcaaattactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattc 37437724  T
Q  851 caactttcgtgctaattacgttcaaaaagtct-ggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatat 949  Q
    ||||||    ||||||||||||| |||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  37437723 caactt----gctaattacgttcgaaaagtcttggtcttccaatatgttatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgattgttattgaattaatat 37437628  T
Q  950 tgttgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaataagggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaac 1049  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| | |||||||||||| ||||| |  |||| |||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||      
T  37437627 tgttgccaattgtcatatcactatacggttatgaaaagca-ccccacattaaaacaagggaatagctagactgaatttgtaaacaatctaataagtcaga 37437529  T
Q  1050 ctttttggt 1058  Q
    |||||||||    
T  37437528 ctttttggt 37437520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 99 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 37438116 - 37437914
Alignment:
Q  99 tccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaat 198  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||| |    
T  37438116 tccatgatgaaccgcttataaaggtggtttacagtagaactcaatagtagagtatcgatatcatatgacacttaatactttttctttttatatgctcagt 37438017  T
Q  199 gcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaat 298  Q
    |||||||||| |||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||    
T  37438016 gcattttcttatgtgctataataagctttgaggaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatagaaaaaaaaaacacataaaat 37437917  T
Q  299 aaa 301  Q
    |||    
T  37437916 aaa 37437914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 810 - 1058
Target Start/End: Complemental strand, 37698864 - 37698636
Alignment:
Q  810 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgc----taattacgttcaaaaagtc-tggtcttcgaagatattatttag 904  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    |||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  37698864 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaattaattacgttaaaaaagtcttggtcttccaagatgttatttag 37698765  T
Q  905 tttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgttgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaat 1004  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| |        |||||||||||||||| |||||||||| |||| | |                  ||||||||    
T  37698764 tttaacgaacaccaaacttttgtatgattg--------ttaatattgttgccaattgtcatatcactatacggt-----------------caacaaaat 37698690  T
Q  1005 aagggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaacctttttggt 1058  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37698689 aagggaatacttagactcaatttgtaaacaatctaataagtcaaactttttggt 37698636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 101 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 37700753 - 37700646
Alignment:
Q  101 catgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgc 200  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  |||||||||||| |||||| |||    
T  37700753 catgatgaaccacttataaaagtggtctacggtagaactcacgagtagagtatcaatatccgatgacacttaatatgttttctttttatgtgctcagtgc 37700654  T
Q  201 attttctt 208  Q
    ||||||||    
T  37700653 attttctt 37700646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 427 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 34599603 - 34599459
Alignment:
Q  427 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaa 524  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  34599603 cgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctggacctaaaagttacaattaaa 34599504  T
Q  525 taacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaa 569  Q
     |||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||    
T  34599503 caacttaaaggacttaagcattaagaaaaatacttaaataactaa 34599459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 427 - 575
Target Start/End: Original strand, 2143247 - 2143394
Alignment:
Q  427 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 525  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||  || || ||  ||||||| | ||||||||  || |||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  2143247 cgtactaattaggtcctttaagttatttaact--aacaatttaggggattttatatcttaaacatgtaagttattcggggcctcaaagtttcaattaaat 2143344  T
Q  526 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
    ||||||||  |||||| ||||| |||||||||| | |  |||||||||||    
T  2143345 aacttaaaaaacctaaatgttacgaaaaatactgaaaggactaacttgtt 2143394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 324 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 13953616 - 13953394
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnn 423  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||| |  |||||||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||        
T  13953616 tttaagttgtttaattataataaattggttttttaagtttttt-cataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagttt 13953518  T
Q  424 nnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaatta 522  Q
       ||||||||||| ||| | |||| |||||||  |||| || || |||||||||||| | ||||| || |||||||||  || |  ||||||||| |||    
T  13953517 ttccgtaccaattacgtcttttaagttatttaatcgtaaaaatttaagggatttcaga-cctaaaaatgtaagttattcaaggtctaaaagttacagtta 13953419  T
Q  523 aataacttaaacgacctaagtgtta 547  Q
    ||||| ||||| ||| ||| |||||    
T  13953418 aataatttaaaggacttaaatgtta 13953394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 320 - 397
Target Start/End: Original strand, 1629760 - 1629837
Alignment:
Q  320 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 397  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  1629760 gtcttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaa 1629837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 303 - 419
Target Start/End: Original strand, 1629683 - 1629799
Alignment:
Q  303 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 402  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||   ||||  |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1629683 gttaaattacaccaaaagtcctttaagttatttaattgtaataaattcgttctttaaaaattttctgtacaaattaggtcttttaagttaattaattgta 1629782  T
Q  403 acaagttggtcctttaa 419  Q
    |||| | | ||||||||    
T  1629783 acaaatcgatcctttaa 1629799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 303 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 29532161 - 29532047
Alignment:
Q  303 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 402  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||| | ||    
T  29532161 gttaaattacatcatatgtcttt-aagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatttttt-cgtatcacttagcttctttatgttaattaactgta 29532064  T
Q  403 acaagttggtcctttaa 419  Q
    | ||||||||| |||||    
T  29532063 aaaagttggtcatttaa 29532047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 472 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 26325781 - 26325678
Alignment:
Q  472 ggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaact 571  Q
    |||||||| || |||||| |  ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||  | ||||||||| || |||||||    
T  26325781 ggatttcaaatattaaaaatataagttattcaggatctaaagttataattaaataatttaaaggatttaagtgttacaataaatacttaaatgactaact 26325682  T
Q  572 tgtt 575  Q
    ||||    
T  26325681 tgtt 26325678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 376 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 2143420 - 2143379
Alignment:
Q  376 ttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 417  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2143420 ttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttagtccttt 2143379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 409
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384297
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 409  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagtttttt-cgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagtt 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 524 - 572
Target Start/End: Original strand, 38458771 - 38458819
Alignment:
Q  524 ataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaactt 572  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  38458771 ataacttaaaggacccaagtgttatgaaaaatacttaaatgactaactt 38458819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 322 - 409
Target Start/End: Original strand, 37704830 - 37704917
Alignment:
Q  322 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 409  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| | |  |||||| ||||| |||| |||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37704830 cttttaagttatttaattataacaaatcggttttttaagattttttcgtatcacttgcgtcatttaagttatttaattataacaagtt 37704917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 355 - 418
Target Start/End: Original strand, 41232901 - 41232964
Alignment:
Q  355 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 418  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  41232901 tttaagtttttttgataccacttagatcctttaagtcaattaattgtaataagttggtctttta 41232964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 494 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 29531975 - 29531914
Alignment:
Q  494 aagttattcgggacctaaag-ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 554  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||| || || ||||||    
T  29531975 aagttattcgggacctaaaaattacaattaaataacttaaatgacgtaaatgatacgaaaaa 29531914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 323 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 38458899 - 38458805
Alignment:
Q  323 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| || ||| ||| ||||| ||| |||||    
T  38458899 ttttaagttatttaattgtaataaattagt--tttaagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaataagttagtcatttaa 38458805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 107; Significance: 4e-53; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 694 - 930
Target Start/End: Original strand, 16840857 - 16841109
Alignment:
Q  694 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtat----ttttaa 783  Q
    ||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||      ||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  16840857 gctctttaaagtatggatagttgacgaagtctaagtctccgcttctaaatacatttaatgttgttattattttcttcatttcaggtgtatatatttttaa 16840956  T
Q  784 gcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat------cacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaa 877  Q
    ||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||      ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  16840957 gcaaattattcattgtgattggtacttaaatgaatttgttatcttattaatatcacaacttgcaataagattccaactta-gtgctaattacgttcaaaa 16841055  T
Q  878 agtct-ggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatg 930  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  16841056 agtcttggtcttccaagattttatttagtttattaaacaccaaacttttgtatg 16841109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 109 - 282
Target Start/End: Original strand, 16840622 - 16840796
Alignment:
Q  109 accaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcga-tatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 207  Q
    |||| ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  16840622 accacttataaaagtggtttactttagaactcacgagtagagtatcaaatatcttatgacacttaatactttttctttttatatgcttagtacattttct 16840721  T
Q  208 tttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaa 282  Q
    | | || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  16840722 tatttgttataacaaactttgaataaattatagatttaaagaaatttttgtagtttagttaaaaactataaaaaa 16840796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 444 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 22519518 - 22519386
Alignment:
Q  444 ctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaag 542  Q
    ||||| |||||||| |||  || ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22519518 ctaagttatttaaccgtagcaatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttatttgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaag 22519419  T
Q  543 tgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
    ||||| |||||||||||| |  |||||||||||    
T  22519418 tgttacgaaaaatacttaaaggactaacttgtt 22519386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 324 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 31095377 - 31095124
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 422  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || | |||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||  |||| |||       
T  31095377 tttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagttaatcctataagtt 31095278  T
Q  423 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatt 521  Q
        | ||||||| ||||| | |||||||||| ||  ||  || ||   |||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||| |||||||||    
T  31095277 ttttcctaccaataaggtcatttaagctattttaccatatcaatttttaggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcaagacctaaaagttacaatt 31095178  T
Q  522 aaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||| || | |||||||||    
T  31095177 aaataacttaaagaacctaagtgttacaaacaatacttaaatgattaacttgtt 31095124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 305 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 22519921 - 22519807
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 403  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||| |||||| |||||| || || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519921 taaattacaccagaggtctttaaa-ttatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataa 22519823  T
Q  404 caagttggtcctttaa 419  Q
    ||||||| ||||||||    
T  22519822 caagttgatcctttaa 22519807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 324 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194394
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 413  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 48194394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 445 - 575
Target Start/End: Original strand, 49291205 - 49291335
Alignment:
Q  445 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 544  Q
    |||| |||||||  |||| || || ||| |||||||||||| ||| || |||||| |||||    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||    
T  49291205 taagttatttaatcgtaacaatttcaggaatttcagatcttcaaaatgtaagttactcgggtttaaaagttacaattaaataacttaaaagacttaaatg 49291304  T
Q  545 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  49291305 ttataaaaaatacttaaatgactaacttgtt 49291335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 305 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 33618010 - 33617920
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 397  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33618010 taaattacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagttttt--cgtaccgcttaggtcctttaagttaattaa 33617920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 560
Target Start/End: Original strand, 20141745 - 20141983
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 422  Q
    ||||||||||||| |||||| || | | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |        
T  20141745 tttaagttatttaattgtaataagtaggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtctttaagttt 20141844  T
Q  423 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 520  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||  || ||| ||| |||||||    
T  20141845 tattcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaataatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattatgggcctaaaaattacaat 20141944  T
Q  521 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  20141945 taaacaacttaaa-gacttaagcattacgaaaaatactta 20141983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 324 - 412
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889674
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 412  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22889674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 324 - 412
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941338
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 412  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22941338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 324 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 53769861 - 53769786
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 399  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53769861 tttaaattatttaattgtaataaattaatcatttaagtatttttcataccacttaggtcttttaaattatttaatt 53769786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 303 - 409
Target Start/End: Original strand, 2323266 - 2323372
Alignment:
Q  303 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 402  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||  ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||    
T  2323266 gttaaattacatcaaaagtcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgta 2323365  T
Q  403 acaagtt 409  Q
    |||||||    
T  2323366 acaagtt 2323372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 318 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 42676883 - 42676809
Alignment:
Q  318 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 392  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  42676883 aagtcttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagtta 42676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 48 - 93
Target Start/End: Original strand, 16840490 - 16840535
Alignment:
Q  48 gaacaaacatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaa 93  Q
    ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  16840490 gaacaaacatcaatcaagtcatcgtcttagtcgtaaatataagaaa 16840535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 510 - 575
Target Start/End: Original strand, 51580077 - 51580140
Alignment:
Q  510 aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  51580077 aaagttacaattaaataacgtaaa-gacctaaatgttacgaaaaatactta-agaactaacttgtt 51580140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 326 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013780
Alignment:
Q  326 taagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 409  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaa--ttttttcatactacttaagtcctttaaattaattaaatataataagtt 34013780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 329 - 404
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519448
Alignment:
Q  329 gttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 404  Q
    |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaac 22519448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 595 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 31095132 - 31095097
Alignment:
Q  595 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaag 630  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31095132 taacttgttataattaaataacttaaaggacgtaag 31095097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 323 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 34717660 - 34717567
Alignment:
Q  323 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 418  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||    
T  34717660 ttttaagttatttaattgtaataaatttgt-atttaagtttttt-cgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtttgtctttta 34717567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 368 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 40070360 - 40070309
Alignment:
Q  368 cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  40070360 cgtatcacttagatcatttaagttaattaaatataacaagttgatcctttaa 40070309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 355 - 409
Target Start/End: Original strand, 31095078 - 31095131
Alignment:
Q  355 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 409  Q
    |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31095078 tttaagtttttt-catatcacttacgtcctttaagttatttaattataacaagtt 31095131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 518 - 560
Target Start/End: Original strand, 53769786 - 53769828
Alignment:
Q  518 aattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  53769786 aattaaataatttaaaagacctaagtggtatgaaaaatactta 53769828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 378 - 419
Target Start/End: Original strand, 22519313 - 22519354
Alignment:
Q  378 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  22519313 aggtcctttaagttagttaattataacatgctggtcctttaa 22519354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 355 - 416
Target Start/End: Original strand, 48194179 - 48194239
Alignment:
Q  355 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 416  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  48194179 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaactgtaacaagttggtcctt 48194239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 6e-46; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 324 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 4559007 - 4558769
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacg-taccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 422  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||       
T  4559007 tttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttcctttaagtt 4558909  T
Q  423 nnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 520  Q
        | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  | |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||    
T  4558908 ttgtctgtaccaattaggtcctttaagctatttaaccgtaactatttgaggtattttagatcttaaaaatgcaagttattcatggcctaaaagttacaat 4558809  T
Q  521 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  4558808 taaataaattaaaagacctaagtgttacgaaaaatactta 4558769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 305 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 8198759 - 8198509
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 404  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8198759 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8198661  T
Q  405 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 503  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8198660 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8198561  T
Q  504 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 556  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8198560 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8198509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 305 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 8203519 - 8203269
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 404  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8203519 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8203421  T
Q  405 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 503  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8203420 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8203321  T
Q  504 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 556  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8203320 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8203269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 305 - 388
Target Start/End: Original strand, 45385838 - 45385921
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaa 388  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45385838 taaattacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccacttacgtcctttaa 45385921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 305 - 419
Target Start/End: Original strand, 4923428 - 4923542
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 404  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||| |||| |||     
T  4923428 taaattacaccggatgtctcttaagttttttaattataataaattgatcatttatgttttttccgtaccatttaggttttttacgttaataaattgtaat 4923527  T
Q  405 aagttggtcctttaa 419  Q
    |||||  ||||||||    
T  4923528 aagttaatcctttaa 4923542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 217 - 284
Target Start/End: Original strand, 8265959 - 8266027
Alignment:
Q  217 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt-tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaa 284  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  8265959 taacaaaatttgagaaaattataaatttaaagaaattgtatgtagttaagttaagaatcatacgaaaaa 8266027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 324 - 419
Target Start/End: Original strand, 42053964 - 42054059
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    |||||||||||||||| ||| || || ||| |||||||||| |   || ||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||    
T  42053964 tttaagttatttagttataataagttaatcctttaagttttgtttatatcacttaggttctttaagttgtttaattttaacaagttagtcctttaa 42054059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 479 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 6739554 - 6739472
Alignment:
Q  479 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagtt-acaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    ||||||||||| || |||||||| | | | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||    
T  6739554 agatcttaaaaatgtaagttattagaggcttaaagtttacaattaaataacttaaatgacctaaatgttacaaaaaatactta 6739472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 3289531 - 3289442
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 413  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  ||| ||||||  || ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  3289531 tttaaattatttaattgtaataaattggtcttttaagttttttttgtatcacttaaatcttttaattgaattaattgtaacaagttggtc 3289442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 515 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 42054102 - 42054042
Alignment:
Q  515 tacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||| |  |||||||||||    
T  42054102 tacaattaaataacttaaagaacctaagtgataggaaaaatacttaaaggactaacttgtt 42054042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 307 - 373
Target Start/End: Original strand, 4558680 - 4558745
Alignment:
Q  307 aattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtacc 373  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  4558680 aattacacgataattctcttaagttatttaattgtaataaattggtc-tttaagtttttttcgtacc 4558745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 494 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 4923607 - 4923553
Alignment:
Q  494 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgtta 547  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4923607 aagttattcggaacctaaaagttgcaattaaataacttaaagtacctaagtgtta 4923553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 324 - 382
Target Start/End: Original strand, 8198419 - 8198477
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 382  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8198419 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8198477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 324 - 382
Target Start/End: Original strand, 8203179 - 8203237
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 382  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8203179 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8203237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 303 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 32546538 - 32546464
Alignment:
Q  303 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt-ttttacgtaccactta 378  Q
    |||||||||||||| | ||  |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32546538 gttaaattacaccagaggt--tttaagttttttaatcgtaataaattgatcatttaagttatttttcgtaccactta 32546464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 88; Significance: 1e-41; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 318 - 560
Target Start/End: Original strand, 16419591 - 16419837
Alignment:
Q  318 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac---gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 414  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||     |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  16419591 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtca 16419690  T
Q  415 tttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-g 513  Q
    |||||       |||||||||| | |||| |||| |||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| |||||| |    
T  16419691 tttaagttttttcgtaccaatttgatcctttaagttatttaaccgtaacaatttgagggattttagatcttagaaatgtaagttatttggggcctaaaag 16419790  T
Q  514 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  16419791 tttcaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgacaaatactta 16419837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 432 - 559
Target Start/End: Original strand, 196111 - 196238
Alignment:
Q  432 caattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactt 530  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| || ||||||||| || | | |||||||||||||||||||||    
T  196111 caattaggtcctttaagttacttaaccgtaacaatttgaggtatttcatatcttaaaaatgtaagttattcagggcttaaaagttacaattaaataactt 196210  T
Q  531 aaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 559  Q
    ||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  196211 aaa-gacctaagtgtttcgaaatatactt 196238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 305 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 12458504 - 12458392
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 403  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  |||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12458504 taaattacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaa 12458405  T
Q  404 caagttggtcctt 416  Q
    |||||||||||||    
T  12458404 caagttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 324 - 462
Target Start/End: Original strand, 33547750 - 33547889
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt-tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 422  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||       
T  33547750 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtt 33547849  T
Q  423 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 462  Q
        | ||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  33547850 ttttcataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaa 33547889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 427 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 17411270 - 17411121
Alignment:
Q  427 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgg-gacctaaagttacaattaaat 525  Q
    ||||||||||| || || |||| |||||||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||  || |||||||||||||    
T  17411270 cgtaccaattatgtactttaagttatttaatcgtaataatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcggagactaaacgttacaattaaat 17411171  T
Q  526 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
    |||| ||| ||| || || ||| |||||||| ||| |  |||||||||||    
T  17411170 aactcaaaagacttatgtattacgaaaaatatttaaaagactaacttgtt 17411121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 433 - 557
Target Start/End: Original strand, 28477384 - 28477509
Alignment:
Q  433 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 531  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  28477384 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 28477483  T
Q  532 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 557  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  28477484 aagaacctaactgttatgaaaaatac 28477509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 433 - 557
Target Start/End: Original strand, 29789836 - 29789961
Alignment:
Q  433 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 531  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  29789836 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaattgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 29789935  T
Q  532 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 557  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  29789936 aagaacctaactgttatgaaaaatac 29789961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 386 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 7004390 - 7004200
Alignment:
Q  386 taagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatct 484  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||        | ||||||||||||| || |||| |||||||| |||| || |||||  |||| ||||||    
T  7004390 taagtttattaattataacaagttgatcctttatgttttctctgtaccaattaggttctttaagttatttaaccgtaacaatttgagaaattttagatct 7004291  T
Q  485 taaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
    ||||| |  ||||||||| ||   |||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||||||| |  |||||||||||    
T  7004290 taaaagtataagttattcagggtttaaatgttgcaattaaataacttaaa-gacataagtgatacaaaaaatacttaaaggactaacttgtt 7004200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 323 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 10544376 - 10544282
Alignment:
Q  323 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||   |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  10544376 ttttaagttatttatctgtaacaaattgac--tttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataataagttgatcatttaa 10544282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 445 - 541
Target Start/End: Original strand, 32548138 - 32548235
Alignment:
Q  445 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaa 541  Q
    |||| |||||||| |||| || ||| || |||| | ||||||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32548138 taagttatttaaccgtaacaatttgcggtattttaaatcttaaaaatgtaagctattcgggatctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaa 32548235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 355 - 411
Target Start/End: Original strand, 7202300 - 7202356
Alignment:
Q  355 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 411  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  7202300 tttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgg 7202356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 471 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 33547933 - 33547849
Alignment:
Q  471 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 554  Q
    ||||||||||| ||||||| |  ||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  33547933 gggatttcagaccttaaaaatttaagttattcgaaacttaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaaatggtatgaaaaa 33547849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 427 - 532
Target Start/End: Original strand, 7202313 - 7202419
Alignment:
Q  427 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 525  Q
    ||||||| ||||||||| || | || |||| ||||| |  ||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7202313 cgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgggagattttagatcttaaaaatttaagttattcggggcctaaaagttacaattaaat 7202412  T
Q  526 aacttaa 532  Q
    |||||||    
T  7202413 aacttaa 7202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 479 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 10544210 - 10544136
Alignment:
Q  479 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaa 552  Q
    ||||||||||| || || ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  10544210 agatcttaaaaatgtaaattattcaagacctaaaagttacaattaactaacttaaatgacctaagtgttacgaaa 10544136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 593 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 17411131 - 17411094
Alignment:
Q  593 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaag 630  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17411131 actaacttgttacaattaaataacttaaatgacgtaag 17411094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 433 - 533
Target Start/End: Original strand, 29693282 - 29693383
Alignment:
Q  433 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 531  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||    
T  29693282 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggtcctaaaagttacgattaaataattta 29693381  T
Q  532 aa 533  Q
    ||    
T  29693382 aa 29693383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 419
Target Start/End: Original strand, 31314513 - 31314609
Alignment:
Q  322 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    ||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  31314513 cttttgagttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgt-ttttaagttatttaattataacaaattagtcatttaa 31314609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 450 - 544
Target Start/End: Original strand, 9405267 - 9405362
Alignment:
Q  450 tatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 544  Q
    |||||||| |||| || |||||| |||||||||||||||| |   |||||||||| |  || || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  9405267 tatttaaccgtaacaatttgaggaatttcagatcttaaaaattttagttattcggcatttataaattacaattaaataacttaaaggatctaagtg 9405362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 324 - 397
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196135
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 397  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgat-atttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaa 196135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 378 - 419
Target Start/End: Original strand, 33547744 - 33547785
Alignment:
Q  378 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  33547744 aggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaa 33547785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 305 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 41331439 - 41331168
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 404  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  41331439 taaattatatcataagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataac 41331340  T
Q  405 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 503  Q
    |||||||| ||||||         |||||||| ||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||||||  ||||| ||||| |  ||||||||||    
T  41331339 aagttggttctttaagtttttcatgtaccaatgaggtcatttaagttatttaaccgtaacaattttggggattctagatcctaaaaattgaagttattcg 41331240  T
Q  504 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
      |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||    
T  41331239 atacctaaaagttataattaaataacttaaa-gacctaagtgctatgaaaaatatttaaactactaacttgtt 41331168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 305 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 18128632 - 18128375
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcattt-aagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 403  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18128632 taaattacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagtttttt-cgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaa 18128534  T
Q  404 caagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc 502  Q
     |||||||| ||||||        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||  ||| || |||  | |||||||||||||||| || |||||||||    
T  18128533 taagttggtgctttaattttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaaccataacaatttggcgaatttcagatcttaaaaatgtaagttattc 18128434  T
Q  503 -gggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
      ||    ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  18128433 aaggtttaaaagttacaattaaaaaatttaaaggatctaagtgttacgaagaatactta 18128375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 323 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 30552040 - 30551947
Alignment:
Q  323 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 416  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30552040 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 323 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 6589651 - 6589558
Alignment:
Q  323 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 416  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  6589651 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 320 - 399
Target Start/End: Original strand, 12422044 - 12422123
Alignment:
Q  320 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 399  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12422044 gtcttttaagttattaaattgtaataaattggtcatttaagtttttttcataccacttaggtcctttaagtaaattaatt 12422123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 303 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 32804736 - 32804629
Alignment:
Q  303 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 402  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |    
T  32804736 gttaaattacaccacaagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgca 32804637  T
Q  403 acaagttg 410  Q
    ||||||||    
T  32804636 acaagttg 32804629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 324 - 412
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532285
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 412  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaactataacaagttggt 1532285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 313 - 501
Target Start/End: Original strand, 20389633 - 20389822
Alignment:
Q  313 accataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 411  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |  |  ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20389633 accataggtcttttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttgg 20389732  T
Q  412 tcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 501  Q
    || || |        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||| || |||  | |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  20389733 tctttaagtttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaactgtaacaatttggcgaattttagatcttaaaaatgtaagttatt 20389822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 28003434 - 28003341
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  28003434 tttaaattatttaattgtaacaagttgatcgtt-aagtttttt-cgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatcctttaa 28003341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 474 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 48447402 - 48447315
Alignment:
Q  474 atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||  || | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  48447402 attttagatcttaaaaatgtaagttattttgggcataaaagttacaattaaataacttaaaggacctaagcgttacgaaaaatactta 48447315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 417
Target Start/End: Original strand, 5755594 - 5755685
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 417  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||  |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5755594 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt--cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 5755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 471 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 12264890 - 12264801
Alignment:
Q  471 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    ||||||||| ||||| ||| || |||||||||  | || ||||||||| ||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||    
T  12264890 gggatttcaaatctttaaaatgtaagttattcatggccaaaagttacacttaaataacttgaaagacctaagtggtacgaaaaatactta 12264801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 481 - 560
Target Start/End: Original strand, 12422262 - 12422342
Alignment:
Q  481 atcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||  || ||||||||    
T  12422262 atcttaaaagtataagttattcgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggatttaagtgttacaaacaatactta 12422342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 303 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 12422455 - 12422352
Alignment:
Q  303 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 402  Q
    |||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||    
T  12422455 gttaaattacaccggaatttctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttt-tgtatcacttacgtcttttaagttatttaatttta 12422357  T
Q  403 acaag 407  Q
    |||||    
T  12422356 acaag 12422352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 303 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 21921164 - 21920965
Alignment:
Q  303 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 402  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||  ||||  |||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  21921164 gttaaattacatcataagtcatttaagttatttaactataactaatttgtcatttaagtttttt-tttaccacttatgt-ctttaagttaattaactgta 21921067  T
Q  403 acaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 501  Q
    |||||||| |  |||||        ||||| ||||||||||| |||| ||||||||  ||| || ||| || |||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  21921066 acaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaaccataaaaatttggggaattttagaccttaaaaatgtaagttatt 21920967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 509 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 28002330 - 28002279
Alignment:
Q  509 taaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  28002330 taaagttacaattaaacaacttaaaggacctaagtggtatgaaaagtactta 28002279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 338 - 403
Target Start/End: Original strand, 32918529 - 32918595
Alignment:
Q  338 ttgtaagaaattgatcatttaagtttt-ttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 403  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918529 ttgtaataaattgatcttttgagttttatttcgtatcacttagctcctttaagttaattaattataa 32918595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 355 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 1532501 - 1532441
Alignment:
Q  355 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 416  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1532501 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 1532441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 323 - 399
Target Start/End: Original strand, 6586862 - 6586938
Alignment:
Q  323 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 399  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  6586862 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatctcttaaatttttttggtactacttaggtcatttaagttaatcaatt 6586938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 514 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 32857890 - 32857850
Alignment:
Q  514 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 554  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  32857890 ttacaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgaaaaa 32857850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 217 - 252
Target Start/End: Original strand, 21595127 - 21595162
Alignment:
Q  217 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaat 252  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21595127 taacaaactttgaaaaaattatgaatttaaagaaat 21595162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 325 - 404
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447362
Alignment:
Q  325 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 404  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  |  ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaac 48447362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 361 - 418
Target Start/End: Original strand, 5762696 - 5762753
Alignment:
Q  361 ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 418  Q
    |||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5762696 ttttttccgtaccacttaggtaatatatgttaattaattgtaacaagttggttcttta 5762753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 66; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 303 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 4003 - 3866
Alignment:
Q  303 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 402  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||    
T  4003 gttaaattacaccagaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccactgaggt-ctttaagttaattgattgta 3905  T
Q  403 acaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtc 441  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  3904 acaagttggtcctttaagttttttcgtaccaattaggtc 3866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 8e-27; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 324 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277209
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 410  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttg 2277209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 323 - 403
Target Start/End: Original strand, 27532989 - 27533069
Alignment:
Q  323 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 403  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  27532989 ttttaagttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaattataa 27533069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 340 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 37064768 - 37064689
Alignment:
Q  340 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37064768 gtaataaattaatcaattaagtttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 37064689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 305 - 407
Target Start/End: Original strand, 15907689 - 15907790
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 404  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  15907689 taaattacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtc-tttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataac 15907787  T
Q  405 aag 407  Q
    |||    
T  15907788 aag 15907790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 305 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 15908058 - 15907944
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 404  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15908058 taaattacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataac 15907959  T
Q  405 aagttggtcctttaa 419  Q
    |||||| ||||||||    
T  15907958 aagttgatcctttaa 15907944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 323 - 575
Target Start/End: Original strand, 2510015 - 2510263
Alignment:
Q  323 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaag-ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaann 421  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| |  |||| | |||||| | |||||||||||||    |||||||||||||  ||||| ||| ||||||||      
T  2510015 ttttaagttatttaattgtaataaattggt--tttatgttttttttcataccacttaggtc----aagttaattaattgcaacaaattgttcctttaagt 2510108  T
Q  422 nnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg-ggacctaaagttacaat 520  Q
         ||||| |||||| |||| |||| || |||| || || || ||||| ||||||| || |||||| || |||||||||| || |  ||| ||||| |    
T  2510109 ttttccgtacaaattagatcctttaagttacttaattgcaacaatttgagagatttcatattttaaaaatgtaagttattcgtggtctaaaaattacact 2510208  T
Q  521 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||    
T  2510209 taaataacttaaaggagctaagtgttacaaaaaataattaaagaactaacttgtt 2510263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 305 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 12807748 - 12807666
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttta 387  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12807748 taaattacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattgattttttaaattttttacataccacttaggtccttta 12807666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 445 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 3807000 - 3806871
Alignment:
Q  445 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 544  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||  |||||| ||||||||| || |||||| || || |  ||| ||| |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3807000 taagttatttaactgtaacaa-ttgagatatttcatatcttaaaaatgtaagttactcagggctaaaaattataattaaataattaaaaggacctaagtg 3806902  T
Q  545 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
     || |||||||||||| || |||||||||||    
T  3806901 ctacgaaaaatacttaaatgactaacttgtt 3806871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 320 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 32566969 - 32566875
Alignment:
Q  320 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 416  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  32566969 gtcttttaagttattttattataagaaattgatcctttagg--ttttatgtactatttaggtcatttaagtttattaattgtaacaagctagtcctt 32566875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 322 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 2967794 - 2967707
Alignment:
Q  322 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 410  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||| |  |||||||||||| | | | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2967794 cttttaagttatttaatcctaacaaattgttt-tttaagtttttttccttctacttagatcctttaaattaattaattataacaagttg 2967707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 324 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 3807091 - 3806998
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    ||||| ||||||| | |||| |||||| || | |||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  3807091 tttaaattatttaatagtaacaaattggtcctctaagtttttta--tacaacttatgtcttttaagttaattaattttaacaagttagtactttaa 3806998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 590 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 18080645 - 18080605
Alignment:
Q  590 ataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaag 630  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18080645 ataactaacttattacaattaaataacttaaatgacgtaag 18080605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 428 - 560
Target Start/End: Original strand, 12189869 - 12190002
Alignment:
Q  428 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 525  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12189869 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12189967  T
Q  526 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12189968 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12190002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 428 - 560
Target Start/End: Original strand, 12434297 - 12434430
Alignment:
Q  428 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 525  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12434297 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12434395  T
Q  526 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12434396 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12434430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 340 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 45445210 - 45445141
Alignment:
Q  340 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 410  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  45445210 gtaataaattggtcgtttaagtttttt-cgtaccaattaggtcctgtaaattatttaatcataacaagttg 45445141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 41216 - 41123
Alignment:
Q  301 atgttaaattacaccataag-tcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaa 393  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||||    
T  41216 atgttaaattacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttttgtgtaccacttatgttatttaagttaa 41123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 510 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 8453163 - 8453098
Alignment:
Q  510 aaagttacaattaaataacttaaacg-acctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgt 574  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  8453163 aaagttacaatcaaataacttaaaaggatgtaagtgttatgagaaatacttaaatgactaacttgt 8453098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 352 - 397
Target Start/End: Original strand, 32566724 - 32566769
Alignment:
Q  352 tcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 397  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32566724 tcatttaagtttttttcgtgccacttaagtcctttaagttatttaa 32566769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 2e-24; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 324 - 560
Target Start/End: Original strand, 363615 - 363853
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 422  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||       
T  363615 tttaagttatttaattgtaataaataggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagtt 363713  T
Q  423 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaat 520  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||    
T  363714 ttttcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctgggcctaaaagttacaat 363813  T
Q  521 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  363814 taaacaacttaaatgacttaagcattacgaaaaatactta 363853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 325 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 47726693 - 47726457
Alignment:
Q  325 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 424  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47726693 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47726595  T
Q  425 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 522  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47726594 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47726495  T
Q  523 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47726494 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47726457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 325 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 47747999 - 47747763
Alignment:
Q  325 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 424  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47747999 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47747901  T
Q  425 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 522  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47747900 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47747801  T
Q  523 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47747800 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47747763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 323 - 416
Target Start/End: Original strand, 16554303 - 16554396
Alignment:
Q  323 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 416  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16554303 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 429 - 559
Target Start/End: Original strand, 29954870 - 29955000
Alignment:
Q  429 taccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaattaaataa 527  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || |||  | |||||| ||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  29954870 taccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaataatttggagaatttcatatcttaaaaatgtaagttattctgggactaaaagttacaattaaataa 29954969  T
Q  528 cttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 559  Q
    |||||| |||||||||| || | |||||||||    
T  29954970 cttaaa-gacctaagtggtacggaaaatactt 29955000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 324 - 413
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470279
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 413  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 18470279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 802346 - 802251
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| || |||||  ||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  802346 tttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtcctttaa 802251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 305 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 12656474 - 12656368
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 404  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||     
T  12656474 taaattacaccgaaagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaatttttt-cgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaat 12656376  T
Q  405 aagttggt 412  Q
    ||||||||    
T  12656375 aagttggt 12656368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 410
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026194
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 410  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaataagttg 16026194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 303 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 11017075 - 11016877
Alignment:
Q  303 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcat-ttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattat 401  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||| | |||  |||||| | || |||||||||  ||||||||| |||||| |    
T  11017075 gttaaattacactatatgtcctttaagttatttaattataataaattaatcttcttattttttttgcatatcacttaggtgttttaagttatttaattgt 11016976  T
Q  402 aacaagttggtcctttaa--nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagtta 499  Q
    ||||||||| | ||||||         ||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||| ||||| | ||||||||| || ||||||    
T  11016975 aacaagttgat-ctttaagttgtttttcgttccaattaggtcctttaaactatttaaccgtaacaatttgagagatttaaaatcttaaaaatgtaagtta 11016877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 494 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 26706274 - 26706207
Alignment:
Q  494 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  26706274 aagttattcgaggcctaaaagttacaattaaataacttaaagaacctaagtgttacgaaaactactta 26706207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 324 - 419
Target Start/End: Original strand, 46530163 - 46530258
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| || |  ||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  46530163 tttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaacaagtttgccctttaa 46530258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 355 - 412
Target Start/End: Original strand, 48130213 - 48130268
Alignment:
Q  355 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 412  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48130213 tttaagtttttt--gtaccacttagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 48130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 318 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 48130516 - 48130428
Alignment:
Q  318 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 407  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  48130516 aagtcctttaaattatttaattgtaataaattgattatttaagttttct-tttaccatttaggtcttttaagttaattacttgtaacaag 48130428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 305 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 363906 - 363806
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagt-cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 403  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||   |||| ||| ||||||||  |||||| |||    
T  363906 taaattacaccagatgttcttttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaa 363807  T
Q  404 c 404  Q
    |    
T  363806 c 363806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 340 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 26706432 - 26706353
Alignment:
Q  340 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttt-aagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26706432 gtaataaattgattctttaagtttttt-cgtatcatttaagtccttttaagttaattaattattacaagtttgtcctttaa 26706353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 305 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 46530517 - 46530411
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaag---ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatta 400  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   |||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  46530517 taaattacaccagatgtcattttagttatttatttgtaacaaattgctctttttaagttttttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattg 46530418  T
Q  401 taacaag 407  Q
    |||||||    
T  46530417 taacaag 46530411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 217 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 2125168 - 2125101
Alignment:
Q  217 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgt-agtttagttaagaaccatacaaaaa 283  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || | |||||||||||||||||| ||||    
T  2125168 taacaaactttgagaaaattataaatttaaaaaaatcatggtgaatttagttaagaaccatacgaaaa 2125101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 514 - 560
Target Start/End: Original strand, 18470384 - 18470430
Alignment:
Q  514 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  18470384 ttacaattaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 18470430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 355 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 16026406 - 16026346
Alignment:
Q  355 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 416  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  16026406 tttaagtttttt-cgtacaacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 16026346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 355 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 18470495 - 18470439
Alignment:
Q  355 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 412  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18470495 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggt 18470439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 427 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 47600648 - 47600499
Alignment:
Q  427 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 525  Q
    |||||||||| |||| | |||| |||||||  |||| |  ||| || ||||||||| |||||| |  |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||     
T  47600648 cgtaccaatttggtcatttaagttatttaatcgtaaaagtttgtggtatttcagatgttaaaaattgaagtaatttgggtcctaaaagttacaattaaac 47600549  T
Q  526 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 575  Q
    ||||  || ||||||||  ||| |||||||||||| || ||||| |||||    
T  47600548 aactcgaaagacctaagcattacgaaaaatacttaaatgactaatttgtt 47600499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 53; Significance: 7e-21; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 328 - 563
Target Start/End: Original strand, 30534432 - 30534666
Alignment:
Q  328 agttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnn 426  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||   ||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| || || |            
T  30534432 agttatttaattgtaa-aaattggtcttttaagtttttttttgtaccgcttaggtc-tttatgttaattaattgtaaaaagttgctctttaagttttttc 30534529  T
Q  427 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaat 525  Q
    |||||||| ||| || | |||| ||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  30534530 cgtaccaactagctctt-taagttatttaactgtaacaatttgagatgttttagatcttaaaaatgtaagttatttggggcctacaagttacaattaaat 30534628  T
Q  526 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacat 563  Q
    || ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  30534629 aatttaaaagacctaagtcttacgaaaaatacttacat 30534666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 324 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265744
Alignment:
Q  324 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa--- 419  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||       
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaactataacaagttggtctgttaagtt 51265885  T
Q  420 nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttaca 518  Q
           |||| || ||| ||| | |||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||  | | | ||| |||||    
T  51265884 tttttcccgtatcactta-gtcttttaagttatttaaccgtaacaatttgagagatttcagatcttaaaaatttaagtttttcaaggcttgaaatttaca 51265786  T
Q  519 attaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    ||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  51265785 attaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 51265744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 355 - 512
Target Start/End: Original strand, 44291025 - 44291182
Alignment:
Q  355 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatt 453  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| | |||||        ||||||||  |||| || |||| ||||    
T  44291025 tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttggccttttaagttttttccgtaccaacaaggt-ctttaagttatt 44291123  T
Q  454 taactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa 512  Q
    |||| |||| || ||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  44291124 taaccgtaacaattttggggattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggacctaaa 44291182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 323 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 44291509 - 44291413
Alignment:
Q  323 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 419  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  44291509 ttttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtcctttaa 44291413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 305 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 48200471 - 48200367
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 404  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||| ||| |||     
T  48200471 taaattacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaattgattgtaat 48200372  T
Q  405 aagtt 409  Q
    |||||    
T  48200371 aagtt 48200367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 355 - 416
Target Start/End: Original strand, 51265679 - 51265739
Alignment:
Q  355 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 416  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51265679 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 51265739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 494 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 50898948 - 50898882
Alignment:
Q  494 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 560  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  50898948 aagttattcgagacgtaaaagttacaattaaacaacttaaat-acctaagtgttacgaaaaatactta 50898882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 305 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 1662357 - 1662257
Alignment:
Q  305 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 404  Q
    ||||||||| || | ||| |||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  1662357 taaattacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttt-tataccacttagatccattatgttaattaattgtaac 1662259  T
Q  405 aa 406  Q
    ||    
T  1662258 aa 1662257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University