View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17927_low_4 (Length: 506)

Name: NF17927_low_4
Description: NF17927
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17927_low_4
NF17927_low_4
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (20-491)||(7100107-7100578)
chr1 (23-491)||(7580668-7581136)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (20-462)||(17983584-17984026)
chr5 (34-483)||(30207222-30207671)
chr5 (23-477)||(30520588-30521042)
chr5 (23-477)||(30560928-30561382)
chr5 (34-491)||(30750346-30750803)
chr5 (23-486)||(30476064-30476527)
chr5 (33-483)||(29872873-29873323)
chr5 (34-491)||(30061072-30061529)
chr5 (33-491)||(29854010-29854468)
chr5 (34-491)||(17417542-17417999)
chr5 (23-491)||(30337474-30337942)
chr5 (33-486)||(30400773-30401226)
chr5 (23-491)||(30436502-30436970)
chr5 (23-476)||(30484090-30484543)
chr5 (23-491)||(30676237-30676705)
chr5 (34-491)||(30241330-30241787)
chr5 (34-470)||(30712398-30712834)
chr5 (253-465)||(30330184-30330396)
chr5 (60-187)||(30330433-30330559)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (23-491)||(13617284-13617756)
chr4 (23-483)||(52352648-52353108)
chr4 (23-476)||(20295546-20295999)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (34-483)||(25292904-25293353)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (23-476)||(26708021-26708474)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 491
Target Start/End: Original strand, 7100107 - 7100578
Alignment:
Q  20 gaggcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7100107 gaggcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtc 7100206  T
Q  120 cgaattcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7100207 cgaattcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaa 7100306  T
Q  220 ctccattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgtt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7100307 ctccattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgtt 7100406  T
Q  320 ttgaaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7100407 ttgaaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagagttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagt 7100506  T
Q  420 cagagtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 491  Q
    |||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7100507 cagagtcctttgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacatctttg 7100578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 23 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 7581136 - 7580668
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |    
T  7581136 gcaacctccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttcgatccaccagacaacacagatttcaatttattccatttctcatggtctagtccaa 7581037  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactc 222  Q
    |||||||||||| | ||||  |||| ||||| |||||||||| ||||| |||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  |    
T  7581036 attcaaattcttgactttttatccaaacatcgtccaaaaccagcaaacgtctttttccttgcaacatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacc 7580937  T
Q  223 cattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 322  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7580936 cattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgaccgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 7580837  T
Q  323 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 422  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |    
T  7580836 aaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccg 7580737  T
Q  423 agtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 491  Q
    ||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7580736 agtccctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 7580668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 20 - 462
Target Start/End: Original strand, 17983584 - 17984026
Alignment:
Q  20 gaggcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtc 119  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||| |||| |||||||| ||    
T  17983584 gaggcaacatccatgtcacgagtagacactaaaatggaagtacctttggatccacaagacaacacagacttcaacctattccacttcttttggtttaatc 17983683  T
Q  120 cgaattcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaa 219  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  17983684 cgaattcaaattcttcacttttgttccacacatcgtcgaaaaccaacaagcatcttttacgttgcaacatttcttgcacctttctttgtattacctctaa 17983783  T
Q  220 ctccattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgtt 319  Q
      | |||  |||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  17983784 acctatttcatcaaatttttgttctgtcatggattctataacggaacacaaaattcccttgactgagaaaacctttgaaacccaaacccaaatttttgtt 17983883  T
Q  320 ttgaaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagt 419  Q
    |||||| | ||||||||  ||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  17983884 ttgaaaatttcactcacgttatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaacccaacaatgggatagacggaaaggaagt 17983983  T
Q  420 cagagtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctc 462  Q
    |||||  ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17983984 cagagaacctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttctc 17984026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 34 - 483
Target Start/End: Original strand, 30207222 - 30207671
Alignment:
Q  34 atcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattct 133  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||   ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||      
T  30207222 atcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacacgataacactgatttcagtatattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgc 30207321  T
Q  134 tcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactccattgaa---- 229  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| || |||| || || ||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||||    ||||||        
T  30207322 tgatttttgttccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttaccttgcagcaattcctgcacctttctttgtattacatctaa----attgaagccg 30207417  T
Q  230 tcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgt 329  Q
    ||| |||| | | |||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||     
T  30207418 tcatacttctctcttgtgatagattctataatggagcacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcggaaacacaaacccatatttttgtattaaaattgc 30207517  T
Q  330 cactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcagagtccct 429  Q
     |||||||||| |||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  30207518 tactcaccctagcatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaatgggatagacggaaaggaagtcggagtccct 30207617  T
Q  430 ggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaa 483  Q
     || |||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30207618 cgcttgggtgagaagaaactcgataatcttctctttatcatcttctcgcccaaa 30207671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 23 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 30521042 - 30520588
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||| ||| | |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |    
T  30521042 gcaacatccttatcacgagtggagactaaaatggatgaacctttggatccagttgacaacacggatttcaacttattccatttctcttggcttaatccaa 30520943  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactc 222  Q
    |||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||| || || ||||||||||| || |||||| |||||||| ||    
T  30520942 attccagttcttgatttctgttccacacatcatccaaaacaagcaaatatcttttaccttccaacaattcttgcacttgtcgttgtataacatctaaatc 30520843  T
Q  223 cattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 322  Q
     |  | ||||||||||| | |||  |  ||||||||||| | |||||||||    || || |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |      
T  30520842 taaggcatcacacttttctcttgaaaaagattctataatagtacacaaaattttgttaacagagaaagcctcagaaacacaaacccaaatttttgtatca 30520743  T
Q  323 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 422  Q
    ||||||||||||||||  | |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||| || ||||| ||||||| ||| |||| |||||    
T  30520742 aaattgtcactcacccggtgatcattataaactaattgagcaagagttgttttcccaataccacctaagccaacaattggatagatggaaaggaggtcag 30520643  T
Q  423 agtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcg 477  Q
    || || | || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  30520642 agccctttgcttgggtgagaagaaactcgacaatcttctctttatcatcttctcg 30520588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 23 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 30561382 - 30560928
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||| ||| | |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |    
T  30561382 gcaacatccttatcacgagtggagactaaaatggatgaacctttggatccagttgacaacacggatttcaacttattccatttctcttggcttaatccaa 30561283  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactc 222  Q
    |||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||| || || ||||||||||| || |||||| |||||||| ||    
T  30561282 attccagttcttgatttctgttccacacatcatccaaaacaagcaaatatcttttaccttccaacaattcttgcacttgtcgttgtataacatctaaatc 30561183  T
Q  223 cattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 322  Q
     |  | ||||||||||| | |||  |  ||||||||||| | |||||||||    || || |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |      
T  30561182 taaggcatcacacttttctcttgaaaaagattctataatagtacacaaaattttgttaacagagaaagcctcagaaacacaaacccaaatttttgtatca 30561083  T
Q  323 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 422  Q
    ||||||||||||||||  | |||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||| || ||||| ||||||| ||| |||| |||||    
T  30561082 aaattgtcactcacccggtgatcattataaactaattgagcaagagttgttttcccaataccacctaagccaacaattggatagatggaaaggaggtcag 30560983  T
Q  423 agtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcg 477  Q
    || || | || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  30560982 agccctttgcttgggtgagaagaaactcgacaatcttctctttatcatcttctcg 30560928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 34 - 491
Target Start/End: Original strand, 30750346 - 30750803
Alignment:
Q  34 atcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattct 133  Q
    |||||| || |||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||||||||| |  |||  ||  |||| |||| |    
T  30750346 atcacgggtggacaataaaatggaactacctttggatccacaagacaacacaggtttcaatttgttccatttctctcgtgttaaccctgattccaattgt 30750445  T
Q  134 tcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactccattgaatcac 233  Q
    |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| || | ||||||| |||||||  |||||| |  |||| |    |  ||    
T  30750446 tcattttgattccatacatcatccaaaaccaacaaatatcttttcccttgcaacaatccttgcacctttctttccattacagcatactcaaagtcaggac 30750545  T
Q  234 acttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtcact 333  Q
    |||| | |  ||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  30750546 acttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgtcact 30750645  T
Q  334 caccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcagagtccctggcc 433  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  30750646 caccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtcccttgct 30750745  T
Q  434 tgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 491  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  30750746 tgggtgagaagaaactcagcaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacttttg 30750803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 23 - 486
Target Start/End: Original strand, 30476064 - 30476527
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||| |    
T  30476064 gcaacatccttatcacgagtggaaactaaaatggaagatcctttggatccacatgacaacgcagatttcaacttgttccatttgtcttggcttaatccta 30476163  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactc 222  Q
     ||| ||| ||| |||| || |||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  | |||| |  |||||||||||||||||||||| ||    
T  30476164 gttccaatccttgatttctgctccatacatcatccaaaaccagcaaaaatcttttaccttgcaatagttctcgtgcttttctttgtattacatctaaatc 30476263  T
Q  223 cattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 322  Q
    ||  | |||| |||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||| ||     
T  30476264 caaggcatcaaacttgtcttttgtgatagattctataatggaacacaaaatccttttgacagagaaagtctccgaaacacaaatccaaacttttgtatta 30476363  T
Q  323 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 422  Q
    ||||||  ||| ||||||| ||||||||| |||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||  || ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  30476364 aaattgctacttaccctatgatcattgtagaccatttgagcaagtgttgttttaccaacaccacctaggccaacaataggatagatggataggaagtcag 30476463  T
Q  423 agtccctg-gcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacac 486  Q
    | | | || || |||||||||||||| || |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  30476464 a-tacttgcgcttgggtgagaagaaactcgacaatcctctctctatcatctactcgtccaaacac 30476527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 33 - 483
Target Start/End: Original strand, 29872873 - 29873323
Alignment:
Q  33 tatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattc 132  Q
    ||||||| || |||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| | |||||| || || ||  |||||||  |||| ||||     
T  29872873 tatcacgggtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaacacagacttcaaatgattccacttatcatgtgttagtccagattccaattg 29872972  T
Q  133 ttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactccattgaatca 232  Q
    ||   |||||||||||| |||||||||||| | |||| || || ||||||||| || ||||||||| |||||||  ||||||||||| || |    | ||    
T  29872973 ttgggttttgttccacagatcatccaaaacgagcaaatattttttaccttgcagcacttcttgcacctttctttccattacatctaattcgaagtcagca 29873072  T
Q  233 cacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtcac 332  Q
    ||||| | | |||| || |||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||| ||| | |  |||||| |||    
T  29873073 cacttctctcttgtgatagattctataatggaacaacaaatcctcttgacagagaaagtctcagaaacacaaacccaaatatttttgtcaaaattgccac 29873172  T
Q  333 tcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcagagtccctggc 432  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||   || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  29873173 tcaccctaacatcattgtagaccaattgaacgagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacggaaaggaagtcagagtccctcgc 29873272  T
Q  433 ctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaa 483  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29873273 ttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcatcttctcgtccaaa 29873323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 34 - 491
Target Start/End: Original strand, 30061072 - 30061529
Alignment:
Q  34 atcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattct 133  Q
    |||||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||||||||| |  |||  ||  |||| |||| |    
T  30061072 atcacgggtggacactaaaatggaactacctttggatccacaagacaacacaggtttcaatttgttccatttctctcgtgttaaccctgattccaattgt 30061171  T
Q  134 tcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactccattgaatcac 233  Q
    | |||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||| || | ||||||| | |||||  |||||| |  | || |    |  ||    
T  30061172 tgattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatcttttcccttgcaacaatccttgcacctctctttccattacagcataatcaaagtcaggac 30061271  T
Q  234 acttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtcact 333  Q
    |||| |||  ||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||    
T  30061272 acttctgtaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgccact 30061371  T
Q  334 caccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcagagtccctggcc 433  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  30061372 caccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtcccttgct 30061471  T
Q  434 tgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 491  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  30061472 tgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacttttg 30061529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 33 - 491
Target Start/End: Original strand, 29854010 - 29854468
Alignment:
Q  33 tatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattc 132  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| | ||||||||| |||||  |||  ||  |||| ||||     
T  29854010 tatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaacacagacttcaaatgattccatttatcttgtgttaacccatattccaattg 29854109  T
Q  133 ttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactccattgaatca 232  Q
    || |||||  |||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||| || |||||||||  ||||||  | ||||||||| || |    | ||    
T  29854110 ttgattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgcaacaattcttgcacccttctttccaatacatctaaatcaaagtcagca 29854209  T
Q  233 cacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtcac 332  Q
     |||| | | |||| || ||||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||   || ||||| ||||||||||||||| | |  |||||| |||    
T  29854210 gacttctctcttgtgatagattctacaatagaacacaaaattctcttgactgagaaagtttcagaaacgcaaacccaaatttttttatcaaaattgccac 29854309  T
Q  333 tcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcagagtccctggc 432  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |     
T  29854310 tcaccctaacatcattgtagaccaattgaagaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaaaaatgggatagacggaaaggaagtctgagtccctcgt 29854409  T
Q  433 ctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 491  Q
     |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29854410 ttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcatcttctcgtccaaacacttttg 29854468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 34 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 17417999 - 17417542
Alignment:
Q  34 atcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattct 133  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||| |    
T  17417999 atcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacacataaacactgatttcaacgtattccatttctcttggcttaatccgaatgctaattgt 17417900  T
Q  134 tcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactccattgaatcac 233  Q
    |   |||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||| |||||| ||  | ||||| ||| |||||| ||| ||||||||| ||||  | |||||    
T  17417899 tgcattttgttccacacatcgtccaaaaccagaaaatatcttttacctttcaatagttctttcacctttcttagtaatacatctaaatccaaggcatcac 17417800  T
Q  234 acttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtcact 333  Q
    |||||     | | || |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| | || |||||||||| |||||||||||| || ||||||  |||    
T  17417799 actttccacctattatagattctatgatggaacacaaaatcctcttgattgagaaagcatcagaaacacaaatccaaatttttgtattaaaattgctact 17417700  T
Q  334 caccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcagagtccctggcc 433  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||  || |||||||| |||| ||||||||| || || ||||||||||| || ||||  ||| | ||||| ||     
T  17417699 caccctaacatcattgtagaccaattgagctagagttgttttaccaataccacctaacccaactatgggatagactgaaaggatttcacaatcccttgct 17417600  T
Q  434 tgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 491  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  17417599 tgggtgagcagaaactcaacaatcttctttgtatcatcttcccgtccaaacacctttg 17417542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 23 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 30337942 - 30337474
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||   ||||||| | |||||  |||  ||      
T  30337942 gcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaacgattccatctatcttgtgttaacccag 30337843  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactc 222  Q
    |||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || |||| || || | ||||||| || | ||||||| |||| ||  |||||| |  | ||    
T  30337842 attccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttccttccattacagcataatc 30337743  T
Q  223 cattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 322  Q
     |    |  |||||| | |  ||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||      
T  30337742 aaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttttca 30337643  T
Q  323 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 422  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  30337642 aaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcag 30337543  T
Q  423 agtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 491  Q
    ||||| | || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  30337542 agtccttcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacttttg 30337474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 33 - 486
Target Start/End: Original strand, 30400773 - 30401226
Alignment:
Q  33 tatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattc 132  Q
    ||||||| || |||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||   ||||||| | |||||  |||  ||  |||| ||||     
T  30400773 tatcacgggtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaacgattccatctatcttgtgttaacccagattccaattg 30400872  T
Q  133 ttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactccattgaatca 232  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||| || |||| || || | ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  | ||||    
T  30400873 ttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattctcccttgcaacaattcttgcacctttctttgtattacatctgaatccaaggcatca 30400972  T
Q  233 cacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtcac 332  Q
    ||  | | |  ||| ||  |||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||||||||  | || | |  |||| ||| |    
T  30400973 catatctctcctgtaatatattctataatagaacacaaaatcctcttgacagagaaagtctcggaaacacaaacccaagatcttatgtcaaaatagtccc 30401072  T
Q  333 tcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcagagtccctggc 432  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||  ||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  30401073 tcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgttttaccaataccacctaaaccaacaatggggtagacggaaaggaagtcagagtccctcgc 30401172  T
Q  433 ctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacac 486  Q
     |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  30401173 atgggtgagaagaaactcaaaaatcttttctttatcatcttttcgtccaaacac 30401226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 23 - 491
Target Start/End: Original strand, 30436502 - 30436970
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| || |||||||| | || |||| | |||||  |||  || |    
T  30436502 gcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaatgatcccatctatcttgtgttaacccaa 30436601  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactc 222  Q
    |||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || |||| || || | ||||||| || | ||||||| |||||||  ||||||||||| ||    
T  30436602 attccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttctttccattacatctaaatc 30436701  T
Q  223 cattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 322  Q
     |    | ||||||| | | |||| || ||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| | |      
T  30436702 aaagtcagcacacttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatccttttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttatca 30436801  T
Q  323 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 422  Q
    ||||||  |||||||||| |||||||||| | |||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| || |  |||||||    
T  30436802 aaattgcgactcaccctaacatcattgtagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaacgggatagacagaaataaagtcag 30436901  T
Q  423 agtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 491  Q
    ||||| | ||  |||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| ||||    
T  30436902 agtccttcgcaagggtaagaagaaactggacaatcttttctttatcatcgtctcttcctaacacttttg 30436970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 23 - 476
Target Start/End: Original strand, 30484090 - 30484543
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||   ||||||| | |||||  |||  ||      
T  30484090 gcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaacgattccatctatcttgtgttaacccag 30484189  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactc 222  Q
    |||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || |||| || || | | ||||| || | ||||||| |||||||  |  |||||||||||    
T  30484190 attccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttccgttgcaacaatccttgcacctttctttccaagacatctaactc 30484289  T
Q  223 cattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 322  Q
     |    || |||||| | |  ||| || |||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| | |      
T  30484290 aaagtcatgacacttctctaatgtaatagattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttatca 30484389  T
Q  323 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 422  Q
    ||||||  |||||||||| |||||||||| | |||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || | ||||| ||    
T  30484390 aaattgcgactcaccctaacatcattgtagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacagaaatgaagttag 30484489  T
Q  423 agtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctc 476  Q
    ||||| | || | |||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||    
T  30484490 agtccttcgcataggtgagaagaaactcgacaatcttttctttatcatcgtctc 30484543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 30676705 - 30676237
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||   ||||||| | |||||  |||  ||      
T  30676705 gcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttagatccacacgacaaaacagatttcaaacgattccatctatcttgtgttaacccag 30676606  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactc 222  Q
    |||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||| || | ||||||| |||| ||  |||||| |  ||||    
T  30676605 attccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatcttttcccttgcaacaatccttgcacctttccttccattacagcatactc 30676506  T
Q  223 cattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 322  Q
     |    |  |||||| | |  ||| || ||||| | ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||||||||| |||| | |      
T  30676505 aaagtcaggacacttctctaatgtgatagattcgaaaatagaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaacttttttatca 30676406  T
Q  323 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 422  Q
    |||| | ||||||||||| |||||||| | | |||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| || | ||||||||    
T  30676405 aaatggccactcaccctaacatcattgaagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaaaaatgggatagacagaaatgaagtcag 30676306  T
Q  423 agtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 491  Q
    ||||| | || |||||||||||||| || |||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  30676305 agtccttcgcatgggtgagaagaaactcgacaatcttttcttgatcaacttctcgtccaaacacttttg 30676237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 34 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 30241787 - 30241330
Alignment:
Q  34 atcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattct 133  Q
    ||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||| |  |||  ||  |||| |||| |    
T  30241787 atcacgagtggatactaaaatggaactacctttggatccacatgacaacacagatttcaatgtgttccatttctctcgtgttaaccctgattccaattgt 30241688  T
Q  134 tcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactccattgaatcac 233  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| | |||| || || ||||||| | || ||| ||||| ||| | ||| |||||| ||| || |    ||||     
T  30241687 tcattttgattccacacatcatccaaaactagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcat 30241588  T
Q  234 acttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtcact 333  Q
    |||| | || ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||  ||| |||||||||||||||| ||| || || ||||||  |||    
T  30241587 acttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacacaaacccaaactttagtattaaaattgctact 30241488  T
Q  334 caccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcagagtccctggcc 433  Q
    |||  || |||||||||| ||| |||||  ||| || |||||||||| ||||||||| || | || |||||||| ||| |||||||| |||||| | ||     
T  30241487 cacggtaacatcattgtagaccgattgaagaagagtggtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgct 30241388  T
Q  434 tgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 491  Q
    |||||||||||||| |  | |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  30241387 tgggtgagaagaaactggataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttg 30241330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 34 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 30712834 - 30712398
Alignment:
Q  34 atcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattct 133  Q
    |||||| || |||| ||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||   || |||| | |||||  |||  ||  |||| |||| |    
T  30712834 atcacgggtggacaataaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagattttaaacgatcccatctatcttgtgttaacccagattccaattgt 30712735  T
Q  134 tcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactccattgaatcac 233  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||| || |||| || || | ||||||| || | ||||||  |||||||  |  ||||||||||| |    |  ||    
T  30712734 tcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttgcagctttctttccaagacatctaactcaaagtcaggac 30712635  T
Q  234 acttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtcact 333  Q
    |||| | |  ||| || |||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||||||||| |||| | |  ||||||  |||    
T  30712634 acttctctaatgtaatagattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaaattttttatcaaaattgcgact 30712535  T
Q  334 caccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcagagtccctggcc 433  Q
    ||||||| |||||||||| | |||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||| | ||     
T  30712534 caccctaacatcattgtagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacagaaatgaagtcagagtccttcgca 30712435  T
Q  434 tgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcat 470  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  30712434 tgggtgagaagaaactcgacaatcttttctttatcat 30712398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 253 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 30330396 - 30330184
Alignment:
Q  253 ttctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtcactcaccctatcatcattgtaa 352  Q
    ||||||||| ||||||| |||||  ||||  ||||||  |||  | ||||||||||||||| || | || |||||  |||||||||||  ||||| ||      
T  30330396 ttctataatagaacacacaatcctattgagagagaaagtctcatatacacaaacccaaattattatattaaaatttccactcaccctaatatcatcgtgg 30330297  T
Q  353 accaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcagagtccctggcctgggtgagaagaaagtcaa 452  Q
    | |||| ||  ||  ||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||| ||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||| |  |    
T  30330296 atcaatcgaacaatagttgtttttccaatacctcctaaaccaactatgggatagatggaaaggaagtcagtgtccctcgcttgggtgagaagaaacttga 30330197  T
Q  453 caatcttctcttt 465  Q
    ||||||| |||||    
T  30330196 caatcttatcttt 30330184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 60 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 30330559 - 30330433
Alignment:
Q  60 tacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaa 159  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||| | || || ||||||||||||||| || |||||    
T  30330559 tacctttggatacacacgacaacacatatttcaacatattccatttctcttggcataatccgaattctagtttttgatttttgttccacac-tcgtccaa 30330461  T
Q  160 aaccaacaaacatcttgtaccttgcatc 187  Q
    || ||||||| || || |||||| ||||    
T  30330460 aatcaacaaatatattttaccttacatc 30330433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 23 - 491
Target Start/End: Original strand, 13617284 - 13617756
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||  |||| || || ||    
T  13617284 gcaacatcgatatcacgagtagacactaaaacagaagtacctttcaatccacaagacaacacgaatttcaacgtattccatttcttatggtctattctga 13617383  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtac--cttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaac 220  Q
    ||||||| |||| | |||||||||| || || |||||||| | |||| ||||| |||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  13617384 attcaaactcttgacttttgttccaaacgtcgtccaaaacaagcaaaaatcttttacaccttgcagcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaa 13617483  T
Q  221 tccattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttt 320  Q
    |   ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| | || || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  13617484 tatgttgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaaagcaaaattctctagattgagaaaacctctaaaatacatacccaaatttttgttt 13617583  T
Q  321 tgaaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaa--agggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaag 418  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| || || | ||||| |  ||  || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | || || |||    
T  13617584 tgaaattgtcacccaccttatcatcattttagacaatttgagcaggagttttttttttgcaacaccacctaaaccaacaatgggatagtcagaaagaaag 13617683  T
Q  419 tcagagtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 491  Q
    |||||| ||||  | ||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  13617684 tcagaggccctcacttgggtgagatgaaacctaacaatcttctctttattatcttatcgtccaaacacctttg 13617756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 483
Target Start/End: Original strand, 52352648 - 52353108
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    ||||||||| |||||| ||| || ||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||| |    
T  52352648 gcaacatccttatcacaagtggaaactaaaatgtaagcacctttggatccacaggacaacacagatttcaacttgttccatttttcttggcttaatccta 52352747  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactc 222  Q
     ||  ||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||| || |||||||||| |||||||| ||    
T  52352748 gtttgaattctagatttctattccacacatcatccaaaaccaacaaatatcttttaccttgcaacaattcttgcgctcttctttgtatcacatctaaatc 52352847  T
Q  223 cattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 322  Q
     |    ||||||||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| | |      
T  52352848 taagccatcacacttttctcttgtaatagattctataatggaacacaaaatcctattgacagagaaatcctcagaaacacaaacccaaatttttctatga 52352947  T
Q  323 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 422  Q
    || || | |||||| ||| |||||||||| |||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||    |||||||||     
T  52352948 aattttttactcactctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgttttaccaacaccacctaaaccaacaataggatacacaacaaggaagtcaa 52353047  T
Q  423 agtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaa 483  Q
    | |  || || |||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  52353048 acttactcgcttgggtgagaagaaactcggcaatcttctctttatcttctttccgtccaaa 52353108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 23 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 20295999 - 20295546
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||||   | ||||| | ||  |  |||  ||      
T  20295999 gcaacatccttatcacgagttgacactaaaatggaactaccttttgatccacatgacaaaacagatttcaaacgagtccatatatcgggtgttaacccag 20295900  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactc 222  Q
    |||| ||||  |||||||  |||||||||||||| |||| ||||||| || || | ||||||| || | ||||||| |||||||  | ||| ||||| ||    
T  20295899 attccaattgatcattttgattccacacatcatctaaaatcaacaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttctttccaatacgtctaagtc 20295800  T
Q  223 cattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 322  Q
     |    |  |||||| | |  ||| || ||||||||||| |||| |||||||| || ||  ||||||  ||| |||||||||||||||||| || | |      
T  20295799 aaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacgcaaaatcctctcgaaggagaaagtctcagaaacacaaacccaaattcttttatca 20295700  T
Q  323 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 422  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||||| || ||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||    
T  20295699 aaattgccactcacgcgatcatcattgtagactaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacagaaatgaagtcag 20295600  T
Q  423 agtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctc 476  Q
    ||||| | || |||||||||||||| || |||||||| | ||||||||| ||||    
T  20295599 agtccttcgcatgggtgagaagaaactcgacaatcttttttttatcatcgtctc 20295546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 4e-98; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 34 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 25293353 - 25292904
Alignment:
Q  34 atcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattct 133  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| |||  |||||||||   ||||| || ||||||||| ||||| |||| |||||| ||| || |||||| ||||      
T  25293353 atcacgagtggacactaaaatggaactacgattggatccaaccgacaatacagatttcaacatattcaatttttcttgggttaatctgaattccaattgc 25293254  T
Q  134 tcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactccattgaatcac 233  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||  | |||| || || |||||||||  | ||||| ||| |||||||||||||||||||| || |  | |||||    
T  25293253 tgatttttgttccacacatcgtccaaaataagcaaatatattttaccttgcaatagttcttacacctttctttgtattacatctaaatcaaaggcatcac 25293154  T
Q  234 acttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtcact 333  Q
    |||| | | | || || ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||  |||    
T  25293153 acttctctctagtgatagattctataatggaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttgtattaaaagtgctact 25293054  T
Q  334 caccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcagagtccctggcc 433  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||     
T  25293053 caccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaatgggatggacggaaaggaagtcagagtcccttgct 25292954  T
Q  434 tgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaa 483  Q
    ||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25292953 tgggtaagaagaaactcgacagtcttctctttatcatcttctcgtccaaa 25292904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 23 - 476
Target Start/End: Original strand, 26708021 - 26708474
Alignment:
Q  23 gcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatttctcttggtttagtccga 122  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||   ||||||| | |||||  |||  ||      
T  26708021 gcaacatccttatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacaggacaaaacagatttcaaacgattccatctatcttgtgttaacccat 26708120  T
Q  123 attcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttctttgtattacatctaactc 222  Q
    |||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || |||| || || | ||||||| || | ||||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  26708121 attccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttctttccattacatctaactc 26708220  T
Q  223 cattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttg 322  Q
     |    |  |||||| | |  ||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| | |      
T  26708221 aaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgactgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttatca 26708320  T
Q  323 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagggttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 422  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| | ||| |||  ||| ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| || | ||||||||    
T  26708321 aaattgtcactcaccctaacatcgttgtagatcaactgaacaagagttgtttttccaataccacctaagccaacaatgggatagacagaaatgaagtcag 26708420  T
Q  423 agtccctggcctgggtgagaagaaagtcaacaatcttctctttatcatcttctc 476  Q
    ||||| | || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||    
T  26708421 agtccttcgcatgggtgagaagaaactcgacaatcttttctttatcatcgtctc 26708474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University