View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17933_low_6 (Length: 440)

Name: NF17933_low_6
Description: NF17933
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17933_low_6
NF17933_low_6
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (18-411)||(25317537-25317930)
chr6 (18-411)||(26205031-26205424)
chr6 (18-411)||(15673508-15673901)
chr6 (18-411)||(23347530-23347923)
chr6 (18-397)||(8872890-8873269)
chr6 (144-411)||(19348948-19349217)
chr6 (193-412)||(13755147-13755366)
chr6 (51-370)||(33629821-33630140)
chr6 (57-370)||(1682770-1683077)
chr6 (170-381)||(19256758-19256969)
chr6 (261-370)||(4406736-4406845)
chr6 (290-370)||(33745819-33745899)
chr6 (317-357)||(14528110-14528150)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (18-411)||(13549807-13550200)
chr2 (18-411)||(22052310-22052703)
chr2 (18-411)||(43627182-43627575)
chr2 (18-397)||(33547569-33547948)
chr2 (20-397)||(9949330-9949707)
chr2 (39-411)||(31085722-31086094)
chr2 (18-370)||(45421242-45421595)
chr2 (20-411)||(26179993-26180382)
chr2 (305-397)||(26681578-26681670)
chr2 (312-397)||(31594251-31594336)
chr2 (335-411)||(35694316-35694392)
chr2 (176-348)||(31774430-31774602)
chr2 (299-348)||(28916217-28916266)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (18-413)||(45942532-45942927)
chr7 (18-411)||(45235633-45236026)
chr7 (18-397)||(13439750-13440129)
chr7 (18-370)||(15653769-15654121)
chr7 (18-398)||(12378789-12379169)
chr7 (18-370)||(46623428-46623781)
chr7 (18-354)||(3104643-3104980)
chr7 (237-411)||(30385883-30386056)
chr7 (261-411)||(28327039-28327189)
chr7 (146-387)||(43105018-43105259)
chr7 (334-384)||(3632511-3632561)
chr7 (236-268)||(41339351-41339383)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (18-411)||(32918000-32918394)
chr5 (18-411)||(15499710-15500103)
chr5 (18-397)||(6264262-6264641)
chr5 (18-397)||(34480653-34481032)
chr5 (57-370)||(10487023-10487322)
chr5 (237-350)||(31862337-31862450)
chr5 (319-411)||(34858058-34858150)
chr5 (206-357)||(6020475-6020626)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (32-411)||(14119448-14119832)
chr1 (18-411)||(32353361-32353754)
chr1 (18-397)||(37530261-37530642)
chr1 (18-397)||(48073495-48073875)
chr1 (18-411)||(3692310-3692703)
chr1 (73-396)||(36928865-36929188)
chr1 (73-370)||(36305508-36305805)
chr1 (57-370)||(48265821-48266134)
chr1 (227-411)||(38231370-38231554)
chr1 (57-370)||(21527885-21528198)
chr1 (161-370)||(4644737-4644945)
chr1 (291-370)||(14365962-14366041)
chr1 (262-370)||(47116012-47116120)
chr1 (176-348)||(30970830-30971002)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (18-411)||(6176542-6176935)
chr3 (18-411)||(23601456-23601849)
chr3 (18-411)||(2813564-2813957)
chr3 (18-411)||(7146724-7147117)
chr3 (18-411)||(29309090-29309484)
chr3 (18-397)||(25873174-25873555)
chr3 (19-411)||(9378780-9379172)
chr3 (18-370)||(30167409-30167761)
chr3 (57-370)||(49732035-49732349)
chr3 (18-167)||(14904230-14904379)
chr3 (118-387)||(28675092-28675362)
chr3 (291-370)||(13448202-13448281)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (18-411)||(8487045-8487438)
chr4 (18-411)||(23873540-23873933)
chr4 (18-411)||(2631081-2631474)
chr4 (18-411)||(55298306-55298696)
chr4 (18-246)||(20674870-20675098)
chr4 (18-370)||(7663303-7663654)
chr4 (41-370)||(3130066-3130395)
chr4 (73-370)||(47540649-47540946)
chr4 (57-411)||(23279290-23279644)
chr4 (57-370)||(8655176-8655489)
chr4 (241-411)||(20673392-20673564)
chr4 (345-411)||(12776599-12776664)
chr4 (323-370)||(1121013-1121060)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (18-411)||(2871874-2872266)
chr8 (18-411)||(16421074-16421466)
chr8 (19-339)||(35405460-35405780)
chr8 (94-411)||(412502-412822)
chr8 (73-370)||(7452076-7452373)
chr8 (41-370)||(19384797-19385126)
chr8 (306-370)||(30501692-30501756)
chr8 (237-329)||(39482985-39483077)
chr8 (237-361)||(27083348-27083472)
chr8 (296-356)||(34642101-34642161)
[»] scaffold0418 (1 HSPs)
scaffold0418 (18-370)||(7399-7751)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (106-370)||(134788-135052)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (106-370)||(312615-312879)
scaffold0002 (106-370)||(328069-328333)
[»] scaffold0287 (1 HSPs)
scaffold0287 (334-384)||(13524-13574)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 25317930 - 25317537
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25317930 ccttgaaggtgtccgtttttgcgtggaggctcatccgagatcgtttaccaaaaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 25317831  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25317830 gtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggc 25317731  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25317730 tgctatggggtggacacagataatattttcgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 25317631  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25317630 ggcttctttgtgcatgagttgtgtggaatgaaagaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttattagataagattaa 25317537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 26205424 - 26205031
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26205424 ccttgaaggtgtccgtttttgcgtggaggctcatccgagatcgtttaccaaaaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 26205325  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26205324 gtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggc 26205225  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26205224 tgctatggggtggacacagataatattttcgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 26205125  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26205124 ggcttctttgtgcatgagttgtgtggaatgaaagaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttattagataagattaa 26205031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 15673901 - 15673508
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15673901 ccttgaaggggtccgtttttgcgtggaggctcatccgggatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagaagggtgttgtcgcctgacatgtcctc 15673802  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
     ||||||||| |||||||||||||| ||||||| | || | | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15673801 ttgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgacatttatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgagattggattggt 15673702  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15673701 tgctatggggtggacacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 15673602  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15673601 ggcttctatgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtttgtttaatcattttgttacccccatcccttgtttattagataagattaa 15673508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Original strand, 23347530 - 23347923
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  23347530 ccttgaaggttttcgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgccatcgcctgacatgtcctc 23347629  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  23347630 gtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgagattggattgga 23347729  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23347730 tgctatggggtggatacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgacaggcggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatat 23347829  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||| | |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23347830 ggcttttatgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttaccagataagattaa 23347923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Original strand, 8872890 - 8873269
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |  |||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8872890 ccttgaaggtttccgttttcgcgtggaggctcatttgtgatcgtttaccgacaaggacaaatttgatttctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 8872989  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    ||| |||||| |||||||||||||  ||||||| || | ||  |||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |    
T  8872990 gtgcgttgctggttgtggtcatcccgaatcggcacatcatccttttttattgtgtgacacttttggttctctgtgacatttggtgcgagattggattgct 8873089  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |    
T  8873090 tgctatggggtggacgcagataatattttcgatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgttagacgttcttttatgcaactaatat 8873189  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgttta 397  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8873190 ggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgttta 8873269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 144 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 19349217 - 19348948
Alignment:
Q  144 aatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatat 243  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  19349217 aatcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacatttggttttctgtggcatttggtgtgagattgaattggttgctatggggtgtacacggataatat 19349118  T
Q  244 ttccgatcattttttacag--tttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgt 341  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |    
T  19349117 ttccgatcattttttacacaatttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacggtcttttatgcaactaatatggcttctctgtgcctgggttgttt 19349018  T
Q  342 ggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  19349017 ggaatgaacgaaataaccgtatgtttaatcatggtgttacccccatcccttgtttactagataagattaa 19348948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 193 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 13755366 - 13755147
Alignment:
Q  193 gcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgct 292  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||    
T  13755366 gcatttggtgcgagtttggattggttgctgtagggtggacacagataatatatcagatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgct 13755267  T
Q  293 agacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatccctt 392  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13755266 agacgttcttttatgcaactaatatgacttctatgtgtctgggttgtgtggaatgagcgtaacaaccgtatgtttaatcaggttgttacccccatccatt 13755167  T
Q  393 gtttatcagataagattaaa 412  Q
    |||||  |||||||||||||    
T  13755166 gtttactagataagattaaa 13755147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 51 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 33630140 - 33629821
Alignment:
Q  51 tccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggc 150  Q
    ||||| |||||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||  ||||| ||| |||| ||||||||  || ||||    
T  33630140 tccgagatcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatccggaaacggc 33630041  T
Q  151 gcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgat 250  Q
     |||| ||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||  | |||||| | || ||     
T  33630040 ccaacatctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatttatctgac 33629941  T
Q  251 cattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaac 350  Q
    |||||| | ||||||||| ||||| ||  ||||| |    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||    
T  33629940 cattttcttcagtttacttatttgacagatggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtggaattaac 33629841  T
Q  351 gaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||||| || || ||||||    
T  33629840 gaaataatcgcctgtttaat 33629821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 57 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 1683077 - 1682770
Alignment:
Q  57 atcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacc 156  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||  ||||| ||| |||| |||||| |  || |||| ||||     
T  1683077 atcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcattcggaaacggcccaaca 1682978  T
Q  157 tctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcatttt 256  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| || || ||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||  | |||||| | || || ||||||    
T  1682977 tctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttgacatatggtgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatttatctgaccatttt 1682878  T
Q  257 ttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaata 356  Q
     | ||||||||| ||||| ||      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1682877 cttcagtttacttatttgaca------ggtggtgctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtggaatgaacgaaata 1682784  T
Q  357 accgtctctttaat 370  Q
    | ||||| ||||||    
T  1682783 atcgtctgtttaat 1682770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 170 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 19256969 - 19256758
Alignment:
Q  170 tgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactc 269  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||| |  ||||| || |   |||| ||||| ||||||||||| || | |||||    
T  19256969 tgtaatacttttggttctttatggcatatggtgcgtgattggattggttgttgcggggtagataatcataacatttcagatcattttttgcaatgtactc 19256870  T
Q  270 atttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaa 369  Q
     | || || | | ||||   |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||  | ||||||||    
T  19256869 ttctgacaggggctggtaaagctagacgctcttttatgcaactcatttggcttctgtgtgtctaggttgtttggaatgaacgaaataattgcctctttaa 19256770  T
Q  370 tcaggttgttac 381  Q
    | | ||||||||    
T  19256769 taatgttgttac 19256758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 261 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 4406845 - 4406736
Alignment:
Q  261 agtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccg 360  Q
    ||||||||||| ||  | ||||||||   ||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||    
T  4406845 agtttactcatatgataggtggtggtaaagctagacgttcgtttctgcagctaatatgacttctttgtgcctgggttgtgtggaatgaacgaaacaatcg 4406746  T
Q  361 tctctttaat 370  Q
    ||| ||||||    
T  4406745 tctgtttaat 4406736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 290 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 33745899 - 33745819
Alignment:
Q  290 gctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||||||||| ||| | || || || |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  33745899 gctagacgttcatttcttcagctcatatggcttctttgtgcttgggttgtgtggaatgagcgaaataatcgtctgtttaat 33745819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 317 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 14528150 - 14528110
Alignment:
Q  317 tggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataa 357  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||    
T  14528150 tggcttctttgtgccttggttgtgtggaatgaacgtaataa 14528110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 13550200 - 13549807
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13550200 ccttgaaggtgttcgttttcgtgtggaggctcatccgagatcgtttaccaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcatgacatgtcctc 13550101  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    ||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13550100 gtgtgttactggttgtggtcatcctgaatcggtgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggctctctgtggcatctggtgcgtgattggattggt 13550001  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13550000 tgctatggggtggacacatataatatttccgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaacttattt 13549901  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13549900 ggcttctttgtgcctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttattagataagattaa 13549807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 22052703 - 22052310
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||    
T  22052703 ccttgaaggtgtccgttttcgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagaagggtgttggtgcctgatatgtcctc 22052604  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  22052603 gtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtggcatttggtgcgtgattggattggt 22052504  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  22052503 tgctgtggggtagacacaaataatatttccgatcattttcttcagtttactcatttgtcaggtggtggtgttgctagacggtcttttttgcaactcattt 22052404  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  22052403 ggcttctatgtgtctgggttatctggaatgaacgaaataaccgtcagtttaatcatgttgttacccccatccattgtttattagataagattaa 22052310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 43627575 - 43627182
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  43627575 ccttaaaggtttccgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcttc 43627476  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    | ||||||||  ||||||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| || ||||| |||    
T  43627475 gcgtgttgctgattgtggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctttgtggcatttggtgcgtgactggatcggt 43627376  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |    
T  43627375 tgctttggggtggacacagataatatttcatatcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaacttatat 43627276  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  43627275 ggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccggatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaa 43627182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 33547948 - 33547569
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |     
T  33547948 ccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcctccgtgatcgtttatcaacaaggacaaatttgattgctcgacgggtgttgtcgtctgacatgtcttt 33547849  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| | || ||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||    
T  33547848 gtgtgttgctggctgcggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgtgattggatcggt 33547749  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33547748 tgctttggggtggacacaaataatatttcagctcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatct 33547649  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgttta 397  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  33547648 ggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccctgttta 33547569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 20 - 397
Target Start/End: Original strand, 9949330 - 9949707
Alignment:
Q  20 ttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgt 119  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||||| | ||  | |||||| | ||||||   ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  9949330 ttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctccttcgtgaccgtttaccgacaaggttaaatttgatttctagacgggtgctatcgcctgacatgtcttcgt 9949429  T
Q  120 gtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttg 219  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||  || || ||||  ||| |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9949430 gtgttgctgggtgtggtcatcctgaatcggcccaacaccttttcttatcgtgtgatacctttggttcgatgtggcatttggtgcgagattggattggttg 9949529  T
Q  220 ctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttgg 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||    
T  9949530 ctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagttcactcttttggctggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaacttatatgg 9949629  T
Q  320 cttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgttta 397  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  9949630 cttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgtaataatcgtctgtttaatcatgtggttacccccatcccttgttta 9949707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 39 - 411
Target Start/End: Original strand, 31085722 - 31086094
Alignment:
Q  39 cgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtca 138  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | || || ||    
T  31085722 cgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaagaaagacaaatttgattgctagacgggtgctgtcgtctgacatgtcctcgtgtgttgctgggtgcggaca 31085821  T
Q  139 tcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagat 238  Q
    |||| || |||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||| || |||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||| | |||    
T  31085822 tcctgaaacggcacaacatctctttttattgtgaaatacttttggttcgctttggcatttggtgagtgattggatcggttgctatggggtggacgcggat 31085921  T
Q  239 aatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttg 338  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||| || || ||| | |||| ||||||||    
T  31085922 aatatttctgatcattttttacagtttactcatttgtcaggtggtggtaatgctagacgttcttttatgcaactcatatgccttttgtgtgcctgggttg 31086021  T
Q  339 tgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    | |||||| |||||||||||||  | |||||| | |||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  31086022 tttggaattaacgaaataaccgcatgtttaataatgttgttactcccatcccgtgtttattagacaagattaa 31086094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 45421595 - 45421242
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| || |||||   |||||| |||||||   |||||||| |||| | |||||| ||||||||| || |||||||| || |||| |||||||     
T  45421595 ccttgaaggtatcagtttttgtgtggagactcatccaggatcgtttaccaacgaagactaacttgattgctcgaagggtgttgccgactgatatgtcctt 45421496  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctcttttt-attatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattgg 216  Q
     ||||| ||| |||| ||||||||| |||||||  ||| | | ||||| |||||| || ||||||||||| || |||||| ||| | | |||||||||||    
T  45421495 atgtgtcgctggttgcggtcatcctgaatcggctaaacatattttttttattatgaaacacttttggttcgctttggcatttggagagtgattggattgg 45421396  T
Q  217 ttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatt 316  Q
    |||    ||||||||  |||||||||||| |||||||||| | || |||||| ||||| || |||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||     
T  45421395 ttgtgcgggggtggatgcagataatatttacgatcattttattcaatttacttatttgacaggtggtaatgtttctagacgttcttttatgcaacttata 45421296  T
Q  317 tggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  45421295 tggcttctttgtgcatgggttgtgtggaatgaacgcaataatcgtctgtttaat 45421242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 411
Target Start/End: Original strand, 26179993 - 26180382
Alignment:
Q  20 ttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgt 119  Q
    |||||||| || |||||  |||||| |||||||||  |||| ||| |||||| ||  ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||  |    
T  26179993 ttgaaggtatcagtttttgcgtggatgctcatccgtgatcggttaccaacaaagataaatttaattgctaga-gggtgctgtcgcctgacatttgctttt 26180091  T
Q  120 gtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttg 219  Q
    || ||||| | ||  | |||||| || || | ||||  ||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||  |||| || |||||||| || ||    
T  26180092 gtattgctgggtgcagacatcctgaaacgacacaacacctctttttattgtgtaatacatgtggttcgctttggcagatggttcgtgattggatcggatg 26180191  T
Q  220 ctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttgg 319  Q
     | |||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||| || |||    
T  26180192 ttgtggggtggacgctgataatatttcc-accattttttacaatttacttttttggcaggtggtggtaatgctaggcgttcttttctgcaactcatatgg 26180290  T
Q  320 cttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||| |||| ||| ||||| || ||| |||||||||| || || | |||| | |||||||| ||||||||  |||||| ||| ||| ||||    
T  26180291 cttctgtgtgcctgagttgtatgaaataaacgaaataatcgcctttataataatgttgttactcccatcccccgtttattagacaaggttaa 26180382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 305 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 26681670 - 26681578
Alignment:
Q  305 atgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgttta 397  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26681670 atgcaactaatatggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgttta 26681578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 312 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 31594336 - 31594251
Alignment:
Q  312 taatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgttta 397  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31594336 taatatggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgttta 31594251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 335 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 35694392 - 35694316
Alignment:
Q  335 gttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  35694392 gttgtttggaatgaacgaaataaccgtgtgtttaatcatgttgttatccccatcccttgtttactagataagattaa 35694316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 31774602 - 31774430
Alignment:
Q  176 acttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttgg 275  Q
    |||||||||||| | |||||  | | ||||| |||||||||||   ||||||||||| | ||   |||||| | ||||||||| ||||| |||||| ||     
T  31774602 acttttggttctatttggcagttagcgcgagcttggattggttttcatggggtggactctgaagttatttctgctcattttttgcagttcactcatatga 31774503  T
Q  276 caagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatga 348  Q
    || |||| |||   |||| | ||||||| |||||||| || || ||||||||||  || ||||||||||||||    
T  31774502 caggtggcggtaaagctaaatgttctttcatgcaactcatctgacttctttgtgcttgagttgtgtggaatga 31774430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 299 - 348
Target Start/End: Original strand, 28916217 - 28916266
Alignment:
Q  299 tcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatga 348  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||    
T  28916217 tcttttatgcaattaatttggctcctttgtatctgggtagtttggaatga 28916266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 18 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 45942927 - 45942532
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  45942927 ccttgaaggtgtccgttttcgcgtggaggctcatctgagatcgtttaccaacaaggactaatttgattgctaaacgggtgttgtcgcctgacatatcctc 45942828  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||| | |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  45942827 gtgtgttgttggttgtggtcatcctgagtcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggctctctgtgccatctggtgcgagatttgattggt 45942728  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  45942727 tgctatggggtggacacaaataatatttccgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctacacattcttttatgcaactaattt 45942628  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaaaa 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45942627 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccatttgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttattagataagattaaaa 45942532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 45236026 - 45235633
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45236026 ccttgaaggtttccgttttcgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaagataaatttgattgcaagacgggtgatgtcgcctgacatgtcctc 45235927  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||| | |||||||||||||| || | |  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  45235926 gtgtgttgttggttgtggtcatcctgaaacagtacaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtgacatttggtgcgagattggattggt 45235827  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45235826 tgctatggggtggacgcggataatatttctgataatttttgacagtttactcatttgacaggtggtggaattgctagacgttcttttatgcaactaatat 45235727  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  45235726 ggcttccatgtgtctgggttgtttggaatgaatgaaataaccgtttgtttaatcatgttgttatccccatcccttgtttattagaaaagattaa 45235633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 13440129 - 13439750
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||    
T  13440129 ccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctcgacgggtgttgtcgtctgacatgtcttc 13440030  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| | || ||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||    
T  13440029 gtgtgttgctggctgcggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgtgattggatcggt 13439930  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13439929 tgctttggggtggacacagataatatttcagctcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatct 13439830  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgttta 397  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  13439829 ggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcacgttgttacccccatcccctgttta 13439750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 370
Target Start/End: Original strand, 15653769 - 15654121
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| || |||||  ||||||| ||| ||||  |||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||     
T  15653769 ccttgaaggtatcagtttttgcgtggagactcctccgggatcgtttaccaacaaagactaacttgattgctcgacgggtgttgccgactgatatgtcctt 15653868  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
     ||||| ||| |||| ||||||||| || |||| |||| ||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  15653869 atgtgtcgctggttgcggtcatcctgaaacggctcaacatctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggt 15653968  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    ||    ||||||||  | |||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||  | |||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |    
T  15653969 tgtgcgggggtggatgctgataatatttccgaccattttcttcagtttacttatttgataggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatat 15654068  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15654069 ggcttctttgtgcatgagttgtgtggaatgaacgaaataatcgtctgtttaat 15654121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 398
Target Start/End: Original strand, 12378789 - 12379169
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| || |||||   |||||| ||||||||  |||| ||| |||||| ||  ||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||| ||    
T  12378789 ccttgaaggtatcagtttttgtgtggagactcatccgtgatcggttaccaacaaagataaatctgattgctagacaggtgttgacgactgacatgtcatc 12378888  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| | ||| | ||| || || |||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  | |||||| ||||||| |||||||| ||     
T  12378889 gtgtgttgctggctgtagacattctgaaacggcgcaacacctctttttattgtgtaacacttttggttcaatttggcatatggtgcgtgattggataggg 12378988  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||  || ||||||||   |||||||||||||||||||||||  | |    
T  12378989 tgctatggggtggaagctgataatattcccgaacattttttacagtttacttattttacaggtggtggtaaagctagacgttcttttatgcaactcgtat 12379088  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttat 398  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||  | || |||||| | || ||||| |||||||| |||||||    
T  12379089 ggcttctgtgtgcctgcgttgtgtggaatgaacgaaataaatgcctgtttaataatgtagttactcccatcccctgtttat 12379169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 46623781 - 46623428
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| || |||||  ||||||| ||||||||  |||||||| |||| | || ||| ||||||||| || |||||||| || |||| |||||||     
T  46623781 ccttgaaggtatcagtttttgcgtggagactcatccgggatcgtttaccaacgaagaataacttgattgctcgaagggtgttgccgactgatatgtcctt 46623682  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctcttttta-ttatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattgg 216  Q
     ||||| ||| |||| ||||||||| ||||||| |||| ||| |||||  |||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||    
T  46623681 atgtgtcgctggttgcggtcatcctgaatcggctcaacatcttttttttgttatgtaacacttttggttcactttggcatatggtgcgtgattggattgg 46623582  T
Q  217 ttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatt 316  Q
    |||    ||||||||  | |||||||||| ||| |||||| | ||||||||| ||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||     
T  46623581 ttgtgcgggggtggatgctgataatattttcgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgttgtttctagacgttcttttatgcaacttata 46623482  T
Q  317 tggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  46623481 tggcttctttgtgcatgggtcgtgtgaaatgaacgaaataatcgtctgtttaat 46623428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 3104980 - 3104643
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| || |||||   ||||| |||||||||  |||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||| || || ||||||||||||     
T  3104980 ccttgaaggtttcagtttttgtgtggatgctcatccgtgatcgtttaccaacaaagacaaatttgatagctagacgggtgctggcggctgacatgtcctt 3104881  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||| | | || || |||||| || |||  ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| || | || |||||||||||     
T  3104880 gtgtgttgttggctgcggacatcctgaaacgggacaacacctctttttattgtgtaatacttttggttccctttggcatatgtt-cgcgattggattggc 3104782  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcatttttt--acagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaat 315  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |    
T  3104781 tgctatggggtggacactggtaatatttccgaccattttttttacagtttattcatttgacaagtggtgctaatgctagacgttcttttatgcaactatt 3104682  T
Q  316 ttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaa 354  Q
     || ||| | |||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  3104681 atgtcttatgtgtgcctgtgttgtttggaatgaacgaaa 3104643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 237 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 30386056 - 30385883
Alignment:
Q  237 ataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggt 336  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  30386056 ataatatttcagatcatgttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgttgctagacattcttt-atgcaacttatatggcttctatgtgtctgggt 30385958  T
Q  337 tgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  30385957 tgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagacaagattaa 30385883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 261 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 28327189 - 28327039
Alignment:
Q  261 agtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccg 360  Q
    |||| |||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  28327189 agttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctttgtgcttgggttgtttggaatgaacgtaataaccg 28327090  T
Q  361 tctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
      | |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  28327089 aatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaa 28327039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 146 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 43105259 - 43105018
Alignment:
Q  146 tcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatattt 245  Q
    |||||||||| |||||||||||| || ||  |||||||||| || |||||  ||||||| ||||||||||  || | ||| ||  |||| |||||||| |    
T  43105259 tcggcgcaacatctctttttattgtgcaactcttttggttcactttggcacttggtgcgggattggattgagtgttgtggagtcaacactgataatatat 43105160  T
Q  246 ccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaa 345  Q
    | || |||||| | ||||||||||||||| || ||||||||   ||| ||||  |||||||| |||| ||||||||| | || |  ||| |||| |||||    
T  43105159 ctgaccattttctgcagtttactcatttgacaggtggtggtagagctcgacgggcttttatgtaactcatttggcttttgtgcgcttggcttgtttggaa 43105060  T
Q  346 tgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccat 387  Q
    ||||| ||| || || || |||||| | || ||||| |||||    
T  43105059 tgaacaaaacaatcgcctgtttaataatgtggttactcccat 43105018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 334 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 3632561 - 3632511
Alignment:
Q  334 ggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccc 384  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  3632561 ggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccc 3632511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 236 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 41339383 - 41339351
Alignment:
Q  236 gataatatttccgatcattttttacagtttact 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41339383 gataatatttccgatcattttttacaatttact 41339351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 32918394 - 32918000
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32918394 ccttgaaggtgtccgttttcgcgtggaggctcatccgagatcgtttaccaacaaagacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctt 32918295  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatac-ttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattgg 216  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  32918294 gtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaataccttttggttctatgtgccatttggtgcgagattggattgg 32918195  T
Q  217 ttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32918194 ttgctatggggtggacacagataatatttctgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacggtcttttatgcaactaatt 32918095  T
Q  317 tggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32918094 tggcttctatgtgcctgggttgtttggaatgaacgaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttattagataagattaa 32918000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Original strand, 15499710 - 15500103
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||  || ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  15499710 ccttgaaagtgtccgtttttgcgtggaggctcatccgtgattgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttggtgcctgacatgtcctc 15499809  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  15499810 gtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtggcatttggtgcgtgattggattggt 15499909  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  15499910 tgctgtggggtggacacaaataatatttccgatcattttcttcagtttactcatttgtcaggtggtggtgttgctagacggtcttttttgcaactcattt 15500009  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  15500010 ggcttctatgtgtctgggttatctggaatgaacgaaataaccatctgtttaatcatgttgttacccccatcaattgtttattagataagattaa 15500103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Original strand, 6264262 - 6264641
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||  || ||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6264262 ccttgaaggtttccgttttcgcatggaggctcattcgtgattgtttaccgacaaggacaaatttgatttctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 6264361  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    || ||||||| |||||||||||||  ||||||| |||| ||| |||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  6264362 gtatgttgctggttgtggtcatcccgaatcggcacaacatctttttttattgtgtgatacttttgattctctatggcatttggtgcgagattgtattggt 6264461  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  6264462 tgctatggggtggacgccgataatattttcgatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctaaacgttcttttatgcaactaatat 6264561  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgttta 397  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6264562 ggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgaaataaccgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccttgttta 6264641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 34481032 - 34480653
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||| | ||  | |||||| | ||||||   ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||    
T  34481032 ccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctccttcgtgaccgtttaccgacaaggttaaatttgatttctagacgggtgctatcgcctgacatgtcttc 34480933  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |  ||||| ||||| ||||||| ||||  || || ||||  ||| |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34480932 gtgtgttgctgggggtggttatcctgaatcggcccaacaccttttcttatcgtgtgatacctttggttcgatgtggcatttggtgcgagattggattggt 34480833  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |    
T  34480832 tgctatggggtggacacagataatatttccaatcattttttacagttcactcttttggcaggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaacttatat 34480733  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgttta 397  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  34480732 ggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgtaataatcgtctgtttaatcatgtggttacccccatcccttgttta 34480653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 57 - 370
Target Start/End: Original strand, 10487023 - 10487322
Alignment:
Q  57 atcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacc 156  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||||||| | |||||||| |||  |||||||||||  ||||| ||| |||| ||||||||  || |||| ||||     
T  10487023 atcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgtcgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatccggaaacggcccaaca 10487122  T
Q  157 tctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcatttt 256  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||| || ||||||| ||||||||||| ||||              |||||||| || || ||||||    
T  10487123 tctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggtatatggtgcgtgattggattggatgct--------------gataatatatctgaccatttt 10487208  T
Q  257 ttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaata 356  Q
     | || |||| | ||||| || |||||| |    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  10487209 cttcaatttatttatttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctttgtgcctgggttgtgtggaatgagcgaaata 10487308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 237 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 31862450 - 31862337
Alignment:
Q  237 ataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggt 336  Q
    |||||||||  |||||||| || |||||||||||| || || |||||||    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31862450 ataatatttttgatcatttattgcagtttactcatatgacaggtggtggcaaagctagacggtctttcatgcaactaatatggcttctttgtgtctgggt 31862351  T
Q  337 tgtgtggaatgaac 350  Q
    | ||||||||||||    
T  31862350 tttgtggaatgaac 31862337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 319 - 411
Target Start/End: Original strand, 34858058 - 34858150
Alignment:
Q  319 gcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||   |||||||||||    
T  34858058 gcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaaccatgttgttacccctatcccctgtttacttgataagattaa 34858150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 206 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 6020626 - 6020475
Alignment:
Q  206 gattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttctttta 305  Q
    |||||||||||||  || |||||||||   ||| ||||||| ||||||||    ||||| |||||| || || |||| |||   |||||| ||||||||     
T  6020626 gattggattggtttttacggggtggacttcgatgatatttctgatcatttacagcagttcactcatatgacaggtggaggtaaagctagatgttcttttc 6020527  T
Q  306 tgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataa 357  Q
     |||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||    
T  6020526 agcaacttatatggctcctttatgtctgggttgtgtggaatgagcgtaataa 6020475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 265; Significance: 1e-148; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 32 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 14119832 - 14119448
Alignment:
Q  32 gttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagtt 131  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  14119832 gttttcgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgttggtt 14119733  T
Q  132 gtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattgg-----ttgctatggg 226  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     ||||||||||    
T  14119732 gtggtcatcctgaatcggcgcaacatctctttttattgtgtaatacttttggttctctgtggcatttggtgcgagattggattggattggttgctatggg 14119633  T
Q  227 gtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttcttt 326  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |    
T  14119632 gtggacgcagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacggtcttttatgcaactaatatggcttttat 14119533  T
Q  327 gtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||    
T  14119532 gtgtctgggttgtttggaatgaacgaaataatcgtctgtttaatcatgttgttacccccgtcccttgtttactagataagattaa 14119448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Original strand, 32353361 - 32353754
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32353361 ccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcttc 32353460  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    | ||||||||   |||||||||||| ||||||  | || ||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  32353461 gagtgttgctgaatgtggtcatcctgaatcggatcgacatctatttttaatgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgagattggatcggt 32353560  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32353561 tgctttggggtggacacagataatatttcagatcattttttatagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatct 32353660  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  32353661 ggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaattatgttgttacccccatcccttgtttacttgataagattaa 32353754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 37530642 - 37530261
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||| | ||  | |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  37530642 ccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctccttcgtgaccgtttatcgacaaggacgaatttgatttctagacgggtgctatcgcctgacatgtcctc 37530543  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    ||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||  || |||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||     
T  37530542 gtgcgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacaacacctttttttattgtgtgatacctttggttcgctgtggcatttggtgcgagattggattgga 37530443  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgt--tgctagacgttcttttatgcaactaat 315  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  37530442 tgctatggggtggacgcagataatattttcgatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgttctgctagacgttcttttatgcaactaat 37530343  T
Q  316 ttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgttta 397  Q
     |||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37530342 atggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacttaataatcgtttgtttaatcatgttgttacccccatcccttgttta 37530261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Original strand, 48073495 - 48073875
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||    
T  48073495 ccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcctccgtgatcgtttaacaacaaggacaaatttgattgctcgacgggtgttgtcgtctgacatgtcttc 48073594  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| | |  ||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||    
T  48073595 gtgtgttgctggctacggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgtgattggatcggt 48073694  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatca-ttttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatt 316  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||  | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||     
T  48073695 tgctttggggtggacacagataatatttcagctcatttttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgttagacgttcttttatgcaactaatc 48073794  T
Q  317 tggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgttta 397  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  48073795 tggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcacgttgttacccccatcccctgttta 48073875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 3692703 - 3692310
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| | ||||||  || || ||||| ||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3692703 ccttgaaggttttcgtttttgcgcggcggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgccggacatgtcctc 3692604  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| | |||||||||||| ||||||| | || ||| ||||||||  || |||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  3692603 gtgtgttgctggctgtggtcatcctgaatcggcacgacatctatttttattgcgtgatacttttgactctctgtggcatttggtgcgagcttggattggt 3692504  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| |||||||||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3692503 tgctgtggggtggacaccgataatatatcatatcattttttccagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatat 3692404  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| || |  |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  3692403 ggcttctatgtgcctgggttgtgtggaatgagcgtagcaaccgtttgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaa 3692310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 73 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 36929188 - 36928865
Alignment:
Q  73 gactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgt 172  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||  ||||| ||| |||| ||||||||| ||  ||| |||| ||||||||| || |||    
T  36929188 gactaatttgattgctcgacgagtgttgttgcctgatatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatcctgaaatggctcaacatctctttttgttgtgt 36929089  T
Q  173 aatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatt 272  Q
    || ||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||   ||||||||  | ||||||||||| ||||||||| | || |||||| |||    
T  36929088 aacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgcacgggggtggatgccgataatatttcagatcattttcttcaatttacttatt 36928989  T
Q  273 tggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatca 372  Q
    || || |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |    
T  36928988 tgacaggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatttggctactttgtgcttgggttgtgtggaatgaacgaaataatcgtctgtttaataa 36928889  T
Q  373 ggttgttacccccatcccttgttt 396  Q
     ||| | || ||||||||| ||||    
T  36928888 tgttataactcccatccctcgttt 36928865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 73 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 36305805 - 36305508
Alignment:
Q  73 gactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgt 172  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| |||| | ||||||| || |||| |||| ||||||||| || |||    
T  36305805 gactaatttgattgctcgacaggtgttgtcgcctgatatgtccttatgtgtcgctggttgcgatcatcctgaaacggctcaacatctctttttgttgtgt 36305706  T
Q  173 aatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatt 272  Q
    || ||||||||||  || |||||| || |||| |||||||||||||||   ||||||||  | ||||||||||| ||||||||| | || |||||| |||    
T  36305705 aacacttttggtttgctttggcatatgctgcgtgattggattggttgcacgggggtggatgccgataatatttcagatcattttcttcaatttacttatt 36305606  T
Q  273 tggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    || || |||||| |||| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  36305605 tgacaggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggctactttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataatcgtctgtttaat 36305508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 57 - 370
Target Start/End: Original strand, 48265821 - 48266134
Alignment:
Q  57 atcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacc 156  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||  || |||| |||      
T  48265821 atcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctagttgcggtcatccagaaacggcccaata 48265920  T
Q  157 tctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcatttt 256  Q
    ||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||  | |||||||| || || ||||||    
T  48265921 tctttttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatttggtgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatctgaccatttt 48266020  T
Q  257 ttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaata 356  Q
     | ||||||||| ||||| || ||| || |    ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48266021 cttcagtttacttatttgacaggtgatgctaagtctagatgttattttatgcaacttatttggcttctctgtgtctgggttgtgtggaatgagcgaaata 48266120  T
Q  357 accgtctctttaat 370  Q
    | ||||| ||||||    
T  48266121 atcgtctgtttaat 48266134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 227 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 38231554 - 38231370
Alignment:
Q  227 gtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttcttt 326  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| || |||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |    
T  38231554 gtggatacagataatatttcatatcattttttacatttcacttttttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatatgacttctat 38231455  T
Q  327 gtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  38231454 gtgcctgagttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaa 38231370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 57 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 21528198 - 21527885
Alignment:
Q  57 atcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacc 156  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||||||| | |||||||| |||  |||||||||||  ||||  ||| |||  ||||||||  || |||| ||||     
T  21528198 atcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgtcgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgccgctggttacggtcatccggaaacggcccaaca 21528099  T
Q  157 tctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcatttt 256  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||| || ||||||| ||||||||||||||||  |||||| |  | |||||||| || || ||||||    
T  21528098 tctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggtatatggtgcgtgattggattggttgctcgggggtgcatgctgataatatatctgaccatttt 21527999  T
Q  257 ttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaata 356  Q
     | ||||||| ||||||| || |||||| |    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  21527998 cttcagtttattcatttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtggaatgagcgaaata 21527899  T
Q  357 accgtctctttaat 370  Q
    | || || ||||||    
T  21527898 atcgactgtttaat 21527885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 161 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 4644945 - 4644737
Alignment:
Q  161 tttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttac 260  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||  | |||||| |||    
T  4644945 tttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgctc-ggggtggatactgataatatttcttaccattttctac 4644847  T
Q  261 agtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccg 360  Q
    |||||||| ||||| ||  ||||| |  | ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |     
T  4644846 agtttacttatttgacagatggtgctaattctagacgttcttttatgcaacttgtttggcttctctgtgcctgggttgtgtggaatgaacgaaataatca 4644747  T
Q  361 tctctttaat 370  Q
    ||| ||||||    
T  4644746 tctgtttaat 4644737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 291 - 370
Target Start/End: Original strand, 14365962 - 14366041
Alignment:
Q  291 ctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  14365962 ctagacgttcttttatgcaacttatttagcttctctgtgcttgggttgtgtggaatgagcgaaataatcgtctgtttaat 14366041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 262 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 47116120 - 47116012
Alignment:
Q  262 gtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgt 361  Q
    ||||||| ||||| || |||||| |  | |||||||||||||||||||| | || || ||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||    
T  47116120 gtttacttatttgacaggtggtgttaattctagacgttcttttatgcaatttatatgacttttttgtgcctgagttgtgtggaatgaacaaaataatcgt 47116021  T
Q  362 ctctttaat 370  Q
    || ||||||    
T  47116020 ctgtttaat 47116012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 176 - 348
Target Start/End: Original strand, 30970830 - 30971002
Alignment:
Q  176 acttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttgg 275  Q
    |||||||||||| | |||||  | | ||||| |||||||||||   ||||||||||| | |||  |||||| | |||||| || ||||| |||||| |||    
T  30970830 acttttggttctatttggcagttagcgcgagcttggattggttttcatggggtggactctgatgttatttctgctcatttgtttcagttcactcatatgg 30970929  T
Q  276 caagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatga 348  Q
    || |||| |||   |||| | ||||||| |||||||| || ||||| |||||||  |||||||||||| ||||    
T  30970930 caggtggcggtaaagctaaatgttctttcatgcaactcatctggctcctttgtgcttgggttgtgtggcatga 30971002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Original strand, 6176542 - 6176935
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| || |||||  | ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6176542 ccttgaaggtttctgtttttgcatggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 6176641  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |  | ||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6176642 gtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgccatctatttttattgtgtgatacttttagttctctgtggcatttggtgcgagattggattggt 6176741  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6176742 tgctatggggtggatacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatat 6176841  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||| | |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||    
T  6176842 ggcttttatgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttaccctcatctcttgtttactagataagattaa 6176935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 23601849 - 23601456
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    ||||| |||| || |||||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  23601849 ccttggaggtttctgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcttc 23601750  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||||||  | || ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  23601749 gtgtgttgctgtttgtggtcatcctgaatcggttcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgagattggatcggt 23601650  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23601649 tgctttggggtggacactgataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatct 23601550  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  23601549 ggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaa 23601456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Original strand, 2813564 - 2813957
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2813564 ccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgctgtcgcctgacatgtcctc 2813663  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||     
T  2813664 gtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgacatctatttttattgtgcgatacttttgattctctgtggcatttggtgcgcgattggattggg 2813763  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  2813764 tgatatggggtggatacagataatatttcaaatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcgtttatgcaactaatat 2813863  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    | ||||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  2813864 gacttctatgtgcctgggtagtctggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaa 2813957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 7147117 - 7146724
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7147117 ccttaaaggtttccgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcttc 7147018  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| | |    
T  7147017 gtgtgttgctgattgtggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgtgactggatcgat 7146918  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| || |    
T  7146917 tgctttggggtggacacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgctagacgttcttttttgcaacttatat 7146818  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  7146817 ggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccggatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaa 7146724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 29309484 - 29309090
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||  |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29309484 ccttgaaggtttccgtttttacgtggcggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaacttgattgctagacgggtgctgtcgcctgacatgtcctc 29309385  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||    
T  29309384 gtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtgacatttggtgcgagcttggattggt 29309285  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29309284 tgctgtggggtggacacaaataatatatcagatcattttttacagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatat 29309185  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttac-ccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||| | |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||  || |||||||||    
T  29309184 gacttctatgtgtctgggttgtgtggaatgagcgtaacaaccgtatgtttaatcatgttgttaccccccatctcttgtttactagctaagattaa 29309090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Original strand, 25873174 - 25873555
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||| | ||  | |||||| | |||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  25873174 ccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctccttcgtgaccgtttaccgacaaggataaatttgatttctagacgggtgttatcgcttgacatgtcttc 25873273  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctcttttt-attatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattgg 216  Q
    |||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||  || ||||| ||  ||| |||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||    
T  25873274 gtgtgttgctgggtgtggtcatcctgaatcggcacaacaccttttttttatcgtgtgatacctttggttcgatgtggcatttggtgcgagattggattgg 25873373  T
Q  217 ttgctatggggtggacacagataatatttccgatcatttt-ttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaat 315  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||    
T  25873374 atgctatggggtggacgcagataatatttccgatcatttttttacagttcactcatttggcaggtggtggtgctgctaggcgttcttttatgcaactcat 25873473  T
Q  316 ttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgttta 397  Q
     |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  25873474 atggcttctatgtgtctgggttgtttggaatgaacgtaataatcgtctgtttaatcatgttgttacccccatcccgtgttta 25873555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 9379172 - 9378780
Alignment:
Q  19 cttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcg 118  Q
    ||||||||| || |||||  |||||||||||||| |  |||||||| ||||||  || |||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||| |    
T  9379172 cttgaaggtatcagtttttgcgtggaggctcatctgtgatcgtttaccaacaaaaacaaatttgattgttagacaggtgttgtcgtcttacatgtccttg 9379073  T
Q  119 tgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggtt 218  Q
    ||| ||| | |||||||||||||| || |||| ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  | |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  9379072 tgtattgatggttgtggtcatcctgaaacggcacaacacctctttttattgtgtaacacttttggttcgatttggcatatggtgcgtgattggattggtt 9378973  T
Q  219 gctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttg 318  Q
    || ||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||  || ||| ||||||||||||||||| || ||    
T  9378972 gcaatggggtggacgcggataatatttccgaccatttgttacagtttactcatatgacaagtggtggtaatgatagtcgttcttttatgcaactcatatg 9378873  T
Q  319 gcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
     ||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||  | ||||| |||||| | |||||||| ||||||||  |||||| ||| ||| ||||    
T  9378872 acttctgtgtgcctgggttgtttggaatgaatgaaactatcgtctgtttaataatgttgttactcccatcccccgtttattagacaaggttaa 9378780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 370
Target Start/End: Original strand, 30167409 - 30167761
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    ||||||| || || |||||  ||||||| ||| ||||  |||| ||| |||| | |||||| ||||||||| || |||||||| || |||| || ||||     
T  30167409 ccttgaatgtttcagtttttgcgtggagactcctccgtgatcgattaccaacgaagactaacttgattgctcgaagggtgttgccgactgatatctcctt 30167508  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
     ||||| ||| |||| ||||| ||| |||||||   || ||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  30167509 atgtgtcgctggttgcggtcagcctgaatcggctacacatctttttttgttttgtaacacttttggttcgctttggcatttggtgcgtgattggattggt 30167608  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    ||    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |  |||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |    
T  30167609 tgtgcgggggtggatgcagataatatttccgatcattttcttcagtttacttatttgacgggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatat 30167708  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  30167709 ggcttctttgtgcatgggttgtgtggaatgaacgcaataatcgtctgtttaat 30167761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 57 - 370
Target Start/End: Original strand, 49732035 - 49732349
Alignment:
Q  57 atcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcct-aaatcggcgcaac 155  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||  ||||| ||| |||| ||||||||  ||| |||| ||||    
T  49732035 atcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatccggaaaacggcccaac 49732134  T
Q  156 ctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattt 255  Q
     ||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| |||| || ||||||||||||||||  ||||||||  | |||||||| ||||| |||||    
T  49732135 atctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatgtggtacgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataatatatccgaccattt 49732234  T
Q  256 tttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaat 355  Q
    | | ||||||||| ||||| || |||||| |    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| || ||||||    
T  49732235 tcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcccgggttgtgtggaacgagcgaaat 49732334  T
Q  356 aaccgtctctttaat 370  Q
    || ||||| ||||||    
T  49732335 aatcgtctgtttaat 49732349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 167
Target Start/End: Original strand, 14904230 - 14904379
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  14904230 ccttgaaggtttccatttttgcgttgaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgctgttgcctgacatgtcctc 14904329  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttat 167  Q
    || ||||||| |||||||||||||| ||||||| | || ||| |||||||    
T  14904330 gtatgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgacatctatttttat 14904379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 118 - 387
Target Start/End: Original strand, 28675092 - 28675362
Alignment:
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaata-cttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattgg 216  Q
    |||||||||| | ||||| | ||||  | |||| |||| |||||||||||| ||||| | | ||||||||  | |||||  | ||||| || ||||||||    
T  28675092 gtgtgttgctgggtgtggacttcctcgaacggcacaacatctctttttattgtgtaacaacctttggttcattttggcagattgtgcgtgactggattgg 28675191  T
Q  217 ttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatt 316  Q
    ||| |   ||||||| ||  |||||||||| || ||||| || || ||||||||| ||  | ||| ||||   ||||||||||||||||||||||| |||    
T  28675192 ttgtttcagggtggatacttataatatttcggaccatttattgcaatttactcatatgataggtgatggtaaagctagacgttcttttatgcaactcatt 28675291  T
Q  317 tggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccat 387  Q
    || ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| || || |||||| | |||||||| |||||    
T  28675292 tgacttctgtgtgtctgtgttgtgtggaattaacgaaataatcgcctatttaataatgttgttactcccat 28675362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 291 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 13448281 - 13448202
Alignment:
Q  291 ctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  13448281 ctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgagttgtgtggaatgaacgaaataatcgtctgtttaat 13448202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Original strand, 8487045 - 8487438
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| || |||||  ||||||||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8487045 ccttgaaggtttctgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgttaaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 8487144  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |  | ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  8487145 gtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgccatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggtatttggtgcgagattggattggt 8487244  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8487245 tgctatggggtggatacagataatatttcagatcatttcttacagttcacttatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatat 8487344  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||| | |||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8487345 ggcttttatgtgcctgggttgtttggactgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttattagataagattaa 8487438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Original strand, 23873540 - 23873933
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||    
T  23873540 ccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctcgacgggtgttgtcgtctgacatgtcttc 23873639  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |  | ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||    
T  23873640 gtgtgttgctggttgcggtcatcctgaatcggctcgtcatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgtgattggatcggt 23873739  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  | |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23873740 tgctttggggtggacacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgataggtggaggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatct 23873839  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||   |||||||||||    
T  23873840 ggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgtgacccccatcccctgtttacttgataagattaa 23873933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 2631474 - 2631081
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||   |||| ||||| ||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2631474 ccttgaaggtttccgtttttgtgtggcggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgccagacatgtcctc 2631375  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||| | | |||||||||||| | ||||| | || ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  2631374 gtgtgttggtggatgtggtcatcctgagtcggcacgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgagcttggattggt 2631275  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    || | |||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2631274 tgttgtggggtggacaccgataatatatcagatcattttttccagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatat 2631175  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||| || || |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  2631174 ggcttctatgtgcatgggttgtgtggaatgagcgtaacaaccgtttgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaa 2631081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 55298696 - 55298306
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||    
T  55298696 ccttgaaggtttccgtttttgcgtggaggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctcgacgggtgttgtcgtctgacatgtcttc 55298597  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| | || ||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||    
T  55298596 gtgtgttgctggctgcggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgtgattggatcggt 55298497  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||  | ||||||||| |||   ||||||||||||||||||||| |    
T  55298496 tgctttggggtggacacagataatatttcagctcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgctgc---acgttcttttatgcaactaatct 55298400  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||   |||||||||||    
T  55298399 ggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccctatcccctgtttacttgataagattaa 55298306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 20675098 - 20674870
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||    
T  20675098 ccttgaaggttttcgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagatgggtgctttcgcctgacatgtcttc 20674999  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20674998 gtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggcacgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgagattggattggt 20674899  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttc 246  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20674898 tgctatggggtggacacatataatatttc 20674870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 370
Target Start/End: Original strand, 7663303 - 7663654
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| || |||||  ||||||| ||||||||| |||||||| |||| | |||||| ||||||||| || |||||||| || |||| |||||||     
T  7663303 ccttgaaggtatcagtttttgcgtggagactcatccgagatcgtttaccaacgaagactaacttgattgctcgaagggtgttgccgactgatatgtcctt 7663402  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
     ||||| ||| |||| ||||||||| ||||||| |||| | | ||||| || || || ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  7663403 atgtgtcgctggttgcggtcatcctgaatcggctcaacattttttttt-ttgtgcaacacttttggttcgctttggcatttggtgcgtgattggattggt 7663501  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    ||    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||| || |||||  |||| |||||||||||||||||||||| || |    
T  7663502 tgtgcgggggtggatgcagataatatttccgatcattttattcattttacttatttgacaggtggttttgtttctagacgttcttttatgcaacttatat 7663601  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  7663602 ggcttctttgtgcatgggttgtgtggaatgaacgcaataatcgtctgtttaat 7663654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 41 - 370
Target Start/End: Original strand, 3130066 - 3130395
Alignment:
Q  41 tggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatc 140  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||| |  ||||| ||| |||| |||||||    
T  3130066 tggagactcctccgagatcgtttaccgacaaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtctttatgtgtagctggttgcggtcatc 3130165  T
Q  141 ctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataa 240  Q
    |  || |||| |||| ||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||  | |||||    
T  3130166 cagaaacggcccaacatctctttttgttgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 3130265  T
Q  241 tatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtg 340  Q
    | | || || |||||| | ||||||||| | ||| || |||||| |    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  3130266 tttatctgaccattttcttcagtttacttagttgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctttgtgcctgggttgtg 3130365  T
Q  341 tggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  3130366 tggaatgaacaaaataatcgtctgtttaat 3130395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 73 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 47540946 - 47540649
Alignment:
Q  73 gactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgt 172  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||  ||||| ||| | || ||||||||  || |||| |||| ||| || || || |||    
T  47540946 gactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggatgcggtcatccggaaacggcccaacatctattcttgttgtgt 47540847  T
Q  173 aatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatt 272  Q
    || ||||||||||| || |||||| ||||||| | ||||||||||||||  ||||||||  | |||||| | || || |||||| | ||||||||| |||    
T  47540846 aacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtggttggattggttgctcgggggtggatgctgataatttatctgaccattttcttcagtttacttatt 47540747  T
Q  273 tggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    || || |||||| |    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  47540746 tgacaggtggtgctaagtctagacgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtggaatgaacgaaataatcgtctgtttaat 47540649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 57 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 23279644 - 23279290
Alignment:
Q  57 atcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacc 156  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||| ||| | |||||||| |||||  |||  ||||||  ||||||| | | || ||||| ||| || || | ||||     
T  23279644 atcgattaccaacaaagactaatttggttgatcgacgggtgctgtcgaatgatttgtccttatgtgttgttggctgcggtcaacctgaaacgacacaaca 23279545  T
Q  157 tctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcatttt 256  Q
    |||||||||||| |||||  ||||  |||| || |||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| |    ||||||||||| || ||||||    
T  23279544 tctctttttattgtgtaactctttaagttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgttgtggggtgaatgttgataatatttctgaccatttt 23279445  T
Q  257 ttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaata 356  Q
    |||||||||||| ||||| || || ||| |    ||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  23279444 ttacagtttacttatttgacaggtagtgctcactctagatgctcttttatgcaacttatatggcttctttgtgtgtgggttgtgtggaacgaacgaaata 23279345  T
Q  357 accgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    | ||||| |||||| | |||||||| ||||||||  |||||| ||| ||| ||||    
T  23279344 atcgtctgtttaataatgttgttactcccatcccccgtttattagacaaggttaa 23279290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 57 - 370
Target Start/End: Original strand, 8655176 - 8655489
Alignment:
Q  57 atcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacc 156  Q
    |||| ||| |||||| || ||||||||||||| | |||||||| |||| | |||||||||  ||||| ||| ||||||||||||   || |||| ||||     
T  8655176 atcggttaccaacaaagattaatttgattgctcgtcgggtgttatcgcatcacatgtccttatgtgtcgctggttgtggtcatctggaaacggctcaaca 8655275  T
Q  157 tctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcatttt 256  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||  || |||||  | |||||||| |  || ||||||    
T  8655276 tctctttttatcgtgtaacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgctcgggagtggatgctgataatatatatgaccatttt 8655375  T
Q  257 ttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaata 356  Q
     | ||||||| |||||||||| ||| ||      | || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  8655376 cttcagtttattcatttggcaggtgatgcaaagtcaaggcgttcttttatgcaacttatttggcttctctgtgcctgggttgtgtggaatgagcgaaata 8655475  T
Q  357 accgtctctttaat 370  Q
    | || || ||||||    
T  8655476 atcgcctgtttaat 8655489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 241 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 20673564 - 20673392
Alignment:
Q  241 tatttccgatcatttttt-acagtttactcatttggcaagt-ggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttg 338  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || |||||    
T  20673564 tatttcagatcatttttttacagttcactcattttgacagttggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatatggcttctatgtgcctaggttg 20673465  T
Q  339 tgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    | ||||||||||  ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  20673464 tttggaatgaacataataaccgtatgtttaatcatgttgttacccccatcccttgtttactagataagattaa 20673392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 411
Target Start/End: Original strand, 12776599 - 12776664
Alignment:
Q  345 atgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  12776599 atgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgtta-ccccatcccttgtttactagataagattaa 12776664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 323 - 370
Target Start/End: Original strand, 1121013 - 1121060
Alignment:
Q  323 ctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1121013 ctttgtgcctggattgtgtggaatgaacgaaataatcgtctgtttaat 1121060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 2872266 - 2871874
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  2872266 ccttaaaggtttccgtttttgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgatatgtcttc 2872167  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||||||| | || ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||    
T  2872166 gtgtgttgctgattgtggtcatcctgaatcggctcgacatctatttttattgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgtgactggatcggt 2872067  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |    
T  2872066 tgctttggggtggacacagataatatttcagatcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgttgctggacgttcttttatgcaacttatat 2871967  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |   | |||||||| ||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  2871966 ggcttctttgtgcctgggttgtttggaatgaacgtaataatcagatgtttaatcatgttgtta-ccccataccttgtttactagataagattaa 2871874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Original strand, 16421074 - 16421466
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||| ||||| ||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16421074 ccttgaaggtttccgtttttgcgtggcggctcctccgtgatcgtttaccaacaaggacaaatttgattgctagacgggtgttgtcgccggacatgtcctc 16421173  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
    |||||||||| | |||||||||||| ||||||| | || ||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  16421174 gtgtgttgctggctgtggtcatcctgaatcggcacgacgtctatttttgttgtgtgatacttttggttctctgtggcatttggtgcgagcttggattggt 16421273  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    || | |||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16421274 tgttgtggggtggacaccgataatatatcagatca-tttttccagttcactcatttgacaggtggtggtgctgctagacgttcttttatgcaactaatat 16421372  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcccttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  16421373 ggcttctatgtgtttgggttgtgtggaatgagcgtaacaaccgtttgtttaatcatattgttacccccatcccttgtttactagataagattaa 16421466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 35405780 - 35405460
Alignment:
Q  19 cttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcg 118  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35405780 cttgaaggttttcgttttcgcgtggaggctcatccgtgatcgtttaccaacaaagacaaatttgattgcaagacgggtgttgtcgcccgacatgtcctcg 35405681  T
Q  119 tgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggtt 218  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || |||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  35405680 tgtgttgctggttgtggtcatcctgaaacggcacaacatctctttttattgtgtaatatttttggttctctgtggcatttggtgcaggattggattggtt 35405581  T
Q  219 gctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttg 318  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  35405580 gctatggggtggacgcagataatatttccgatcatttttttcagtttactcatttgacaggtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaacttatatg 35405481  T
Q  319 gcttctttgtgtctgggttgt 339  Q
    | |||| ||||||||||||||    
T  35405480 gtttctatgtgtctgggttgt 35405460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 94 - 411
Target Start/End: Original strand, 412502 - 412822
Alignment:
Q  94 ggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatactt----ttggttctct 189  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||| ||| ||||||    |||| |||||    
T  412502 ggtgttgtcgtctgatatgtcctcgtgtgttgctggttgtggtcatcctgaatcggctcaacatctctatttattgtgtgatacttaattttggctctct 412601  T
Q  190 gtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgtt 289  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | |||||||||||    
T  412602 gtggcatttggtgcgagattggattggttgctatggggtggacgtagataatatttccgatcattttttacagttcactcatttgataggtggtggtgtt 412701  T
Q  290 gctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccccatcc 389  Q
    |  | ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  412702 gtcaaacggtcttttatgcaactaatattgcttctttgtgtctgggttgtttggaatgaacgaaataaccgtctgtttaatcatgttgtta-ccccatcc 412800  T
Q  390 cttgtttatcagataagattaa 411  Q
    ||||||||  ||||||||||||    
T  412801 cttgtttactagataagattaa 412822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 73 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 7452373 - 7452076
Alignment:
Q  73 gactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgt 172  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||  ||||| ||| |||| ||||||||| || |||| |||| ||||||| | || |||    
T  7452373 gactaatttgattgctcgacgggtgttgttgcctgatatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatcctgaaacggctcaacatctctttctgttgtgt 7452274  T
Q  173 aatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatt 272  Q
    || ||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||   ||||||||  | ||||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||    
T  7452273 aacacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgcacgggggtggatgccgataatatttcagatcattttcttcagtttacttatt 7452174  T
Q  273 tggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    || || |||||| |||| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  7452173 tgacaggtggtgctgtttctagacgttcttttatgcaacttatatggctactttgtgactgggttgtgtggaatgaacaaaataatcgtctgtttaat 7452076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 41 - 370
Target Start/End: Original strand, 19384797 - 19385126
Alignment:
Q  41 tggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatc 140  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||| | || | |||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||  ||||| ||| |||| |||||||    
T  19384797 tggagactcttccgagatcgtttaccgacgaagactaatttgattgctcgacgggtgttatcgaatgacatgtccttatgtgtcgctggttgcggtcatc 19384896  T
Q  141 ctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggttgctatggggtggacacagataa 240  Q
    |  || |||| |||| ||| || || || ||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||  | |||||    
T  19384897 cggaaacggcccaacatctattcttgttgtgtaatacttttggttcgctttggcatatggtgcgtgattggattggttgctcgggggtggatgctgataa 19384996  T
Q  241 tatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtg 340  Q
    | | || || |||||| | ||||||||| ||||| || |||||| |    | |||||||||||||||||||| |||| |||| | |||| ||| ||||||    
T  19384997 tttatctgaccattttcttcagtttacttatttgacaggtggtgctaagtccagacgttcttttatgcaacttatttagcttatctgtgcctgtgttgtg 19385096  T
Q  341 tggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  19385097 tggaatgaacgaaataatcgtctgtttaat 19385126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 306 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 30501756 - 30501692
Alignment:
Q  306 tgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||| |||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30501756 tgcaattaatctggcttctttgtgcttgggttttgtggaatgaacgtaataaccgtctgtttaat 30501692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 329
Target Start/End: Original strand, 39482985 - 39483077
Alignment:
Q  237 ataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtg 329  Q
    |||||||||  |||||||| || |||||||||||| || ||||||||||    |||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  39482985 ataatatttatgatcatttattgcagtttactcatatgacaagtggtggcaaagctagagggtctttcatgcaactaatatggcttctttgtg 39483077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 237 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 27083472 - 27083348
Alignment:
Q  237 ataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggt 336  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||||| || || || ||| ||||   |||| |||||| ||  |||| |||||||| || || |||   |||||    
T  27083472 ataatatttccgatcatttggtgcagtttacttatatgacaggtgttggtaaagctaaacgttcgttcctgcagctaatttgactactgtgtacttgggt 27083373  T
Q  337 tgtgtggaatgaacgaaataaccgt 361  Q
    ||||||||||||||| || ||||||    
T  27083372 tgtgtggaatgaacgtaacaaccgt 27083348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 296 - 356
Target Start/End: Original strand, 34642101 - 34642161
Alignment:
Q  296 cgttcttttatgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaata 356  Q
    |||||||| || ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  34642101 cgttctttcatacaacttatatggctcctatgtgtctgggtagtgtggaatgaacgtaata 34642161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0418 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0418
Description:

Target: scaffold0418; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 7751 - 7399
Alignment:
Q  18 ccttgaaggtgtccgttttcacgtggaggctcatccgacatcgtttatcaacaaggactaatttgattgctagacgggtgttgtcgcctgacatgtcctc 117  Q
    |||||||||| || |||||  ||||||| ||||||||| |||||||| |||| | |||||| ||||||||| || |||||||| || |||| |||||||     
T  7751 ccttgaaggtatcagtttttgcgtggagactcatccgagatcgtttaccaacgaagactaacttgattgctcgaagggtgttgccgactgatatgtcctt 7652  T
Q  118 gtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcgagattggattggt 217  Q
     ||||| ||| |||| ||||||||| ||||||| |||| | | ||||| || || || ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  7651 atgtgtcgctggttgcggtcatcctgaatcggctcaacattttttttttttgtgcaacacttttggttcgctttggcatttggtgcgtgattggattggt 7552  T
Q  218 tgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttcttttatgcaactaattt 317  Q
    ||    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||| || |||||  |||| |||||||||||||||||||||| || |    
T  7551 tgtgcgggggtggatgcagataatatttccgatcattttattcattttacttatttgacaggtggttttgtttctagacgttcttttatgcaacttatat 7452  T
Q  318 ggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  7451 ggcttctttgtgcatgggttgtgtggaatgaacgcaataatcgtctgtttaat 7399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 106 - 370
Target Start/End: Original strand, 134788 - 135052
Alignment:
Q  106 tgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcga 205  Q
    |||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||  || |||| |||| |||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||| |||||||     
T  134788 tgacatgtccttatgtgtcgctggttgtggtcatccggaaacggctcaacatctctttttattgtgtaacacgtttggttcgctttggcatatggtgcgt 134887  T
Q  206 gattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttctttta 305  Q
    ||||||||||||||||  || |||||    |||||||| |  || ||||||   ||||||| |||||||||| ||||||      | |||||||||||||    
T  134888 gattggattggttgctcgggagtggatgatgataatatatgtgaccattttcgtcagtttattcatttggcaggtggtgcaaagtcaagacgttctttta 134987  T
Q  306 tgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||| |||||| |||||||| || || ||||||    
T  134988 tgcaacttatttggcttctctgtgcttgggttgtgtcgaatgagcgaaataatcgcctgtttaat 135052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 106 - 370
Target Start/End: Original strand, 312615 - 312879
Alignment:
Q  106 tgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcga 205  Q
    |||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||  || |||| |||| |||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||| |||||||     
T  312615 tgacatgtccttatgtgtcgctggttgtggtcatccggaaacggctcaacatctctttttattgtgtaacacgtttggttcgctttggcatatggtgcgt 312714  T
Q  206 gattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttctttta 305  Q
    ||||||||||||||||  || |||||    |||||||| |  || ||||||   ||||||| |||||||||| ||||||      | |||||||||||||    
T  312715 gattggattggttgctcgggagtggatgatgataatatatgtgaccattttcgtcagtttattcatttggcaggtggtgcaaagtcaagacgttctttta 312814  T
Q  306 tgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||| |||||| |||||||| || || ||||||    
T  312815 tgcaacttatttggcttctctgtgcttgggttgtgtcgaatgagcgaaataatcgcctgtttaat 312879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 106 - 370
Target Start/End: Original strand, 328069 - 328333
Alignment:
Q  106 tgacatgtcctcgtgtgttgctagttgtggtcatcctaaatcggcgcaacctctctttttattatgtaatacttttggttctctgtggcatctggtgcga 205  Q
    |||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||  || |||| |||| |||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||| |||||||     
T  328069 tgacatgtccttatgtgtcgctggttgtggtcatccggaaacggctcaacatctctttttattgtgtaacacgtttggttcgctttggcatatggtgcgt 328168  T
Q  206 gattggattggttgctatggggtggacacagataatatttccgatcattttttacagtttactcatttggcaagtggtggtgttgctagacgttctttta 305  Q
    ||||||||||||||||  || |||||    |||||||| |  || ||||||   ||||||| |||||||||| ||||||      | |||||||||||||    
T  328169 gattggattggttgctcgggagtggatgatgataatatatgtgaccattttcgtcagtttattcatttggcaggtggtgcaaagtcaagacgttctttta 328268  T
Q  306 tgcaactaatttggcttctttgtgtctgggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaat 370  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||| |||||| |||||||| || || ||||||    
T  328269 tgcaacttatttggcttctctgtgcttgggttgtgtcgaatgagcgaaataatcgcctgtttaat 328333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0287 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0287
Description:

Target: scaffold0287; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 334 - 384
Target Start/End: Original strand, 13524 - 13574
Alignment:
Q  334 ggttgtgtggaatgaacgaaataaccgtctctttaatcaggttgttacccc 384  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  13524 ggttgtttggaatgaacgtaataaccgtatgtttaatcatgttgttacccc 13574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University