View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17934_high_2 (Length: 758)

Name: NF17934_high_2
Description: NF17934
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17934_high_2
NF17934_high_2
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (18-745)||(221439-222166)
chr3 (18-715)||(216521-217221)
chr3 (22-298)||(210338-210617)
chr3 (79-291)||(224827-225039)
chr3 (22-298)||(197063-197339)
chr3 (33-294)||(204865-205126)
chr3 (21-244)||(198274-198500)
chr3 (21-252)||(226108-226339)
chr3 (631-726)||(196601-196696)
chr3 (21-252)||(211665-211896)
chr3 (303-367)||(196964-197028)
chr3 (21-121)||(203459-203559)
chr3 (428-518)||(205246-205336)
chr3 (303-364)||(205165-205226)
chr3 (487-567)||(210029-210109)
chr3 (691-745)||(206406-206460)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (304-739)||(29837752-29838180)
chr5 (18-298)||(29838216-29838496)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (22-297)||(6903364-6903639)
chr4 (303-518)||(6903103-6903328)
chr4 (21-244)||(6904803-6905026)
chr4 (691-740)||(6901880-6901929)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (46-267)||(3808342-3808564)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 652; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 222166 - 221439
Alignment:
Q  18 acaattactgttcccgatggttgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatact 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  222166 acaattactgttcccgatggctgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaacgacgtttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatact 222067  T
Q  118 attctatagggtatggttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  222066 attctatagggtatggttccttcttgcgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttaatgttgttatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatcc 221967  T
Q  218 attcaaaactcaaagtacaaatggagaaacaaacacaaagtttcatagtcctaggaaaaggtccaaggttgaaacaagtgacaatcatgcttctaaaaga 317  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  221966 attcaaaactcaaagtattaatggagaaacaaacacaaagtgtcatagtcctaggaaaaggtccaaggttgaaacaagtgacaatcatgcttctaaaaga 221867  T
Q  318 gcagaggaagctgccaaggaattcaatccaaaaaacccttacttttgttccaaaattcttaagggaaagtatgtggtgaggattttactttaaagcaaat 417  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  221866 tcagaggaagctgccaaggaattcaatccaaaaaacccttacttttgttccaaaattcttaagagaaaatatgtggtgagaattttactttaaagcaaat 221767  T
Q  418 gttgagttatttatttatgttgccactttaattgatatctcatttaatgtgcagtatgttaatgctgattttgcttcaaagtatctaaagccaaatgttc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  221766 gttgagttatttatttatgttgccactttaattgatatctcatttaatgtgcagtatgttaatgctgattttgcttcaaagtatctaaagccaaatgttc 221667  T
Q  518 ctataaagatccaaacttctcatggtgagcagtgggaagtttttggcatattgcatgacgccaattcgtcatcagcaatgaaaataacgaggggattttc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  221666 ctataaagatccaaacttctcatggtgagcagtgggaagtttttggcatattgcatgacgccaattcgtcatcagcaatgaaaataacgaggggattttc 221567  T
Q  618 aatatttcaaagggacaataatctgtcacatggagattattgtgtgtttgagctgatcaagaataatccgttggtgctaaaagtcacgatgtttcgtgcg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  221566 aatatttcaaagggacaataatctgtcacatggagattattgtgtgtttgagctgatcaagaataatccgttggtgctaaaagtcacaatgtttcgtgcg 221467  T
Q  718 gctgactatggcgattaacaacttatgt 745  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  221466 gctgactatggcgattaacaacttatgt 221439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 217221 - 216521
Alignment:
Q  18 acaattactgttcccgatggttgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatact 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  217221 acaattactgttcccgatggttgtgattgggaaatgaaactgaagaaatgcggcaatgacgtttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatact 217122  T
Q  118 attctatagggtatggttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgc 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  217121 attctatagggtatggttccttcctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctattgagatttgctatcc 217022  T
Q  218 attcaaaactcaaagtacaaatggagaaacaaacacaaagtttcatagtcctaggaaaaggtccaaggttgaaacaagtgacaatcatgcttctaaaaga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  217021 attcaaaactcaaagtacaaatggagaaacaaaaacaaagtttcatagtcctaggaaaaggtccaaggttgaaacaagtgacaatcatgcttctaaaaga 216922  T
Q  318 gcagaggaagctgccaaggaattcaatccaaaaaacccttacttttgttccaaaattcttaagggaaagtatgtggtgaggattttactttaaagcaaat 417  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  216921 gcagaggaagctgccaaagaatttaatccaaaaaacccttatttttgttccaaaattcttaagggaaattatgtggtgaggattttactttaaagcaaat 216822  T
Q  418 gttgagttatttatttatgttgccactttaattgatatctcatttaatgtgcagtatgttaatgctgattttgcttcaaagtatctaaagccaaatgttc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  216821 gttgagttatttatttatgttgccactttaattaatatctcatttaatgtgcagtatgttaatgctgattttgcttcaaagcatctgaatccaaatgttc 216722  T
Q  518 ctataaagatccaaacttctcatggtgagcagtgggaagtttttggcatattgcatgacgccaattcgtcat---cagcaatgaaaataacgaggggatt 614  Q
    |||||||| |||||| |||||| ||  |||||||||||||||   |   | ||||||| ||||| || ||||   ||||||||| |||| | ||||||||    
T  216721 ctataaagctccaaaattctcacggaaagcagtgggaagtttcatgtgcaatgcatgatgccaaatcatcatcaacagcaatgataatatcaaggggatt 216622  T
Q  615 ttcaatatttcaaagggacaataatctgtcacatggagattattgtgtgtttgagctgatcaagaataatccgttggtgctaaaagtcacgatgtttcgt 714  Q
    | | ||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  |||   |||||||||||||| |||||||||    
T  216621 tcctatatttctaaggggcaacaatctgtctcatggagattattgtgtgttcgagctgatcaataagacgccggatgtgctaaaagtcacaatgtttcgt 216522  T
Q  715 g 715  Q
    |    
T  216521 g 216521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 22 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 210617 - 210338
Alignment:
Q  22 ttactgttcccgatggttgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaa---atggcaacagtttgcagaatacta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| | ||  ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  210617 ttactgttcccgatggttgtgattgggaaatggacttgaagaaatgtggcgaggatgtttacttttgcaacaaggaatggcaacagtttgcagaatacta 210518  T
Q  119 ttctatagggtatggttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgca 218  Q
    |||| || | || |||| ||| |||| ||||| ||| |||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  210517 ttctttaagatacggttgcttcctgtctttcagatacgaagggaattcaaattttagcgttattatatttgatgcaacttctgttgaaatttgctatcca 210418  T
Q  219 ttcaaaactcaaagtacaaatggagaaacaaacacaaagtttcatagtcctaggaaaaggtccaaggttgaaacaagtga 298  Q
    || ||||||| |||||| | |||||||||||||||  ||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  210417 ttaaaaactccaagtactagtggagaaacaaacaccgagtgtcctaggcctatgaaaaggtccaaggttgaaacaagtga 210338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 79 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 225039 - 224827
Alignment:
Q  79 tttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatactattctatagggtatggttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgt 178  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || | ||||||| |||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  225039 tttacttttgcaacaaatggaaacaatttgcagaatactattctttaagatatggttgcttcatgtctttcaaatatgaagggaattcaaagtttagtgt 224940  T
Q  179 ctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgcattcaaaactcaaagtacaaatggagaaacaaacacaaagtttcatagtcctaggaaaagg 278  Q
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| || ||| |||| |||||||    
T  224939 tattatatttgatgtaacttctgttgagatttgctatccactcaaaactccaagtactaatggagaaacaaacacagagtgtcctagacctacgaaaagg 224840  T
Q  279 tccaaggttgaaa 291  Q
    |||| ||||||||    
T  224839 tccagggttgaaa 224827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 197339 - 197063
Alignment:
Q  22 ttactgttcccgatggttgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatactattc 121  Q
    |||| |||||||||||| |||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||| || |||| ||| ||||||||||    
T  197339 ttacagttcccgatggtcgtgattggaaaatgagattgaagaaacgcggcaatgacattttcttttccaacgaatgggaagagttcgcaaaatactattc 197240  T
Q  122 tatagggtatggttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgcattc 221  Q
      |||||||||||| ||  || | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||||||| | ||||| |||||||||||| ||| ||||     
T  197239 attagggtatggttgctacctatctttcaaatacgaagggaattcaaagtttagtgttattatatttgacgtaacttatgttgagatttgttatccatta 197140  T
Q  222 aaaactcaaagtacaaatggagaaacaaacacaaagtttcatagtcctaggaaaaggtccaaggttgaaacaagtga 298  Q
    ||||||| ||||   ||||||||| |||||||||| | |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  197139 aaaactccaagtgttaatggagaaccaaacacaaaatgtgctagtcctacgaaaaggtccaaggttgaaacaagtga 197063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 33 - 294
Target Start/End: Original strand, 204865 - 205126
Alignment:
Q  33 gatggttgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatactattctatagggtatg 132  Q
    |||||| ||||||||  ||||  | ||||||||  |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||  |||| | ||    
T  204865 gatggtcgtgattggagaatgagattgaagaaacacggcaatgacattttcttttacaacgaatggcaagagtttgcaaaatactattcgttaggatgtg 204964  T
Q  133 gttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgcattcaaaactcaaag 232  Q
    ||| ||  || | ||||||||| |||||  ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||||||||  ||    
T  204965 gttgctacctatctttcaaatacgaaggaaattcaaagtttagtgttgttatatttgatgtaacttcggttgagatttgctatccactcaaaactccgag 205064  T
Q  233 tacaaatggagaaacaaacacaaagtttcatagtcctaggaaaaggtccaaggttgaaacaa 294  Q
    ||| |||||||||||||| ||| | | || || |||||| ||||| || | |||||||||||    
T  205065 tactaatggagaaacaaatacacaatgtcctactcctagaaaaagttcaagggttgaaacaa 205126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 21 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 198500 - 198274
Alignment:
Q  21 attactgttcccgatggttgtgat---tgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatact 117  Q
    ||||||||||| |||||| || ||   |||||||||| |||||||||||| ||| |  || ||| | || ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  198500 attactgttcctgatggtcgtcatgaatgggaaatgggactgaagaaatgtggcgagcacgttttccttagcaacaattggcaacagtttgcagaatact 198401  T
Q  118 attctatagggtatggttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgc 217  Q
    ||| |||    |||||||  | | |   |||||| ||| ||||| |||||||||||| |||  |||||| |||| ||||||||||||||||||  ||| |    
T  198400 attgtatttattatggttgttatttagatttcaactatcaagggaattcaaagtttaatgttgttatatatgatacaacttctgttgagatttcttattc 198301  T
Q  218 attcaaaactcaaagtacaaatggaga 244  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  198300 attcaaaactccaagtactaatggaga 198274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 226339 - 226108
Alignment:
Q  21 attactgttcccgatggttgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatactatt 120  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||| |||||||| |||    | |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  226339 attactgttcccgatggtcgtgagtggaatatggaactaaagaaatgtggcggccaaattttcttttgcaacaattggcaacagtttgcagaatactatt 226240  T
Q  121 ctatagggtatggttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgcatt 220  Q
     |||    |||||||  | | |   |||||||||||||||| |||||||||| | |||  ||||||  |||  |||||||||||||||||  ||| ||||    
T  226239 gtatttattatggttgttatttagatttcaaatatgaagggaattcaaagttcaatgttgttatatacgatagaacttctgttgagatttcttatccatt 226140  T
Q  221 caaaactcaaagtacaaatggagaaacaaaca 252  Q
    | ||||||  || || ||||||||| ||||||    
T  226139 ccaaactcggaggactaatggagaaccaaaca 226108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 631 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 196696 - 196601
Alignment:
Q  631 gacaataatctgtcacatggagattattgtgtgtttgagctgatcaagaataatccgttggtgctaaaagtcacgatgtttcgtgcggctgactat 726  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||| | |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  196696 gacaacaatctgtcacatcgagattattgtgtgtatgagctcatcaagaagaagccggttgtgctagaagtcacaatgtttcgtgcggttgactat 196601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 21 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 211896 - 211665
Alignment:
Q  21 attactgttcccgatggttgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatactatt 120  Q
    ||||| |||||||||| |  ||| ||||| |||||||| |||||||| |||    | |||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  211896 attaccgttcccgatgctcttgagtgggatatggaactcaagaaatgtggcggccaaattttcttttgcaacaattggcagcaatttgcagaatactatt 211797  T
Q  121 ctatagggtatggttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgcatt 220  Q
    ||||    |||||||  | | |   ||||||||| |||||| |||||||||| | |||  ||||||  ||| ||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  211796 ctatttattatggttgttatttagatttcaaatacgaagggaattcaaagttcaatgttgttatatacgatacaacttctgttgagatttcttatccatt 211697  T
Q  221 caaaactcaaagtacaaatggagaaacaaaca 252  Q
    | ||||||  || || ||||||||| ||||||    
T  211696 ccaaactcggaggactaatggagaagcaaaca 211665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 303 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 197028 - 196964
Alignment:
Q  303 catgcttctaaaagagcagaggaagctgccaaggaattcaatccaaaaaacccttacttttgttc 367  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  197028 catgcttctacaagagcagaggttgctgccaatgaattcaaaccaaaaaacccttatttttgttc 196964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 21 - 121
Target Start/End: Original strand, 203459 - 203559
Alignment:
Q  21 attactgttcccgatggttgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatactatt 120  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| |||    |  ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  203459 attaccgttcccgatggtcgtgagtgggatatggaactcaagaaatgtggcggccaagttttcttttgcaacaattggcaacactttgcagaatactatt 203558  T
Q  121 c 121  Q
    |    
T  203559 c 203559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 428 - 518
Target Start/End: Original strand, 205246 - 205336
Alignment:
Q  428 ttatttatgttgccactttaattgatatctcatttaatgtgcagtatgttaatgctgattttgcttcaaagtatctaaagccaaatgttcc 518  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||  ||||| || ||||||| |||||| |||| | ||||||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  205246 ttatttatgttgtcacttaaattgatcactcatctattgtgcagaatgttactgctaaatttgctcaaaagtatctaatgccaaatgttcc 205336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 303 - 364
Target Start/End: Original strand, 205165 - 205226
Alignment:
Q  303 catgcttctaaaagagcagaggaagctgccaaggaattcaatccaaaaaacccttacttttg 364  Q
    ||||||| |||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  205165 catgcttttaaaagtgcagaggttgctgccaatgaattcaatccaaaaaacccttatttttg 205226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 487 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 210109 - 210029
Alignment:
Q  487 tttgcttcaaagtatctaaagccaaatgttcctataaagatccaaacttctcatggtgagcagtgggaagtttttggcata 567  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||| ||| || ||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||    
T  210109 tttgcttcagaatatctgaagccaaatgctcctataaagctcctaaattctcatagagaggagtggaaagtttttggcata 210029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 691 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 206460 - 206406
Alignment:
Q  691 gtgctaaaagtcacgatgtttcgtgcggctgactatggcgattaacaacttatgt 745  Q
    |||||| ||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  206460 gtgctagaagtcacgatgtttcatgtggttgactattgcgattaacaactcatgt 206406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 304 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 29838180 - 29837752
Alignment:
Q  304 atgcttctaaaagagcagaggaagctgccaaggaattcaatccaaaaaacccttacttttgttccaaaattcttaagggaaagtatgtggtgaggatttt 403  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||| ||| |||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||  |||||||||| |||| ||||||  ||||    
T  29838180 atgcttctaaaagagtagaggatgccgccaaagaactcaacccaaacaacccttattttcgttccaaaatcgttaagggaaaatatgcggtgagattttt 29838081  T
Q  404 actttaaagcaaatgttgagttatttatttatgttgccactttaattgatatctcatttaatgtgcagtatgttaatgctgattttgcttcaaagtatct 503  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||    ||| |||||| ||||||| ||||||  | | ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  29838080 actttaaagtaaatgttgagttatttat----gtttccacttaaattgatctctcatccattatgcagtatgttaattttgattttgctacaaagtatct 29837985  T
Q  504 aaagccaaatgttcctataaagatccaaacttctcatggtgagcagtgggaagtttttggcatattgcatgacgccaattcgtcatcagcaatgaaaata 603  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || || ||||     |||||||||||  |||||    
T  29837984 aaagccaaatattcctataaagctccaaaattctcatggagagcagtgggaagtgtttggcatctttcacgatgcca---gatcatcagcaatacaaata 29837888  T
Q  604 acgaggggattttcaatatttcaaagggacaataatctgtcacatggagattattgtgtgtttgagctgatcaagaataatccgttggtgctaaaagtca 703  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| | |||||||||||||    
T  29837887 acgaggggattttctatatttcaaaaggacaacaacctgtcgtatggagattattgtgtgtttgagctgatcaagacaaaaccggttgtgctaaaagtca 29837788  T
Q  704 cgatgtttcgtgcggctgactatggcgattaacaac 739  Q
    | |||||||||||   ||||||| ||||||||||||    
T  29837787 caatgtttcgtgctattgactattgcgattaacaac 29837752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 29838496 - 29838216
Alignment:
Q  18 acaattactgttcccgatggttgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatact 117  Q
    |||||||||||||| |||||| |||  ||| ||||||||||||||||| | ||| |  |  ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |    
T  29838496 acaattactgttccagatggtcgtgtatggaaaatggaactgaagaaacgtggcgagaatgttttcttttgcaacaaatggcaagagtttgtagaatatt 29838397  T
Q  118 attctatagggtatggttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgc 217  Q
    |||||||||| ||||||| |||  | | |||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |    
T  29838396 attctataggatatggttgcttcatttctttcaaatatgaagggaattcaaagtttagtgttattatatttgatgcaacttctgttgaaatttcctatcc 29838297  T
Q  218 attcaaaactcaaagtacaaatggagaaacaaacacaaagtttcatagtcctaggaaaaggtccaaggttgaaacaagtga 298  Q
     ||| |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||| | || |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  29838296 tttcgaaactccaagtactaatggagaaccaaaaacaaattatcctagttctagaaaaaggtccaaggttgaaacatgtga 29838216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 22 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 6903639 - 6903364
Alignment:
Q  22 ttactgttcccgatggttgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatactattc 121  Q
    |||||| ||| |||||| ||||||||  ||||  | ||||||||  ||||||| |||||| ||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  6903639 ttactgctcctgatggtcgtgattggagaatgagattgaagaaacacggcaattacattttcttttacaacgaatggcaagagtttgcaaaatactattc 6903540  T
Q  122 tatagggtatggttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgcattc 221  Q
      |||| ||||||| ||  || | ||||||||| |||||  ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || ||    
T  6903539 attaggatatggttgctacctatctttcaaatacgaaggaaattcaaagtttagtgttattatatttgatgtaacttcggttgagatttgctatccactc 6903440  T
Q  222 aaaactcaaagtacaaatggagaaacaaacacaaagtttcatagtcctaggaaaaggtccaaggttgaaacaagtg 297  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||| ||| | | || || |||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  6903439 aaaactccgagtactaatggagaaacaaatacacaatgtcctactcctagaaaaagttccagggttgaaacaagtg 6903364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 303 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 6903328 - 6903103
Alignment:
Q  303 catgcttctaaaagagcagaggaagctgccaaggaattcaatccaaaaaacccttacttttgttccaaaattcttaagggaaagtatgtggtgaggattt 402  Q
    ||||||| |||||  |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||| ||||   ||||||||| ||||    
T  6903328 catgcttttaaaaatgcagaggttgctgccaatgaattcaatccaaaaaacccttatttttgttcaaaaattgctaagcgaaatcttgtggtgagaattt 6903229  T
Q  403 tac--------------tttaaagcaaatgttgagttatttatttatgttgccactttaattgatatctcatttaatgtgcagtatgttaatgctgattt 488  Q
    |||               |||||| ||||||||||    |||||||||||| ||||| |||||||  ||||| || ||||||| |||||| |||| | ||    
T  6903228 taccttgtagtttttggcttaaagtaaatgttgag----ttatttatgttgtcacttaaattgatcactcatctattgtgcagaatgttactgctaaatt 6903133  T
Q  489 tgcttcaaagtatctaaagccaaatgttcc 518  Q
    ||||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  6903132 tgctcaaaagtatctaatgccaaatgttcc 6903103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 6905026 - 6904803
Alignment:
Q  21 attactgttcccgatggttgtgattgggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatactatt 120  Q
    ||||| ||||||| |||| |||| ||||| |||||||| |||||||| |||    |  ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  6905026 attaccgttcccggtggtcgtgagtgggatatggaactcaagaaatgtggcggccaagttttcttttgcaacaattggcaacactttgcagaatactatt 6904927  T
Q  121 ctatagggtatggttcctttctgtgtttcaaatatgaaggggattcaaagtttagt-gtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgcat 219  Q
    | ||  | ||  |||  | | |   |||||| ||||||| | ||||||| ||| || ||  |||||| |||| |||||| |||||||||||  ||| |||    
T  6904926 ccatcagttacagttgttatttagatttcaagtatgaagagaattcaaa-tttcgtagttgttatatatgatccaacttttgttgagatttcttatccat 6904828  T
Q  220 tcaaaactcaaagtacaaatggaga 244  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||    
T  6904827 tcaaaactccaagtactaatggaga 6904803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 691 - 740
Target Start/End: Original strand, 6901880 - 6901929
Alignment:
Q  691 gtgctaaaagtcacgatgtttcgtgcggctgactatggcgattaacaact 740  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  6901880 gtgctagaagtcacgatgtttcgtgtggttgactattgcgattaacaact 6901929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 71; Significance: 9e-32; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 46 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 3808564 - 3808342
Alignment:
Q  46 gggaaatggaactgaagaaatgcggcaatgacatttacttttgcaacaaatggcaacagtttgcagaatactattctatagggtatggttcctttctgtg 145  Q
    |||||||||||||||| | ||| || |||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||   ||||||||| || ||||| |||||||  |  || |     
T  3808564 gggaaatggaactgaaaagatggggtaatggcgttttcttttgcaacaaatggcaagagttcatagaatactactcaataggatatggttggtacctttc 3808465  T
Q  146 tttcaaatatgaaggggattc-aaagtttagtgtctttatatttgatgcaacttctgttgagatttgctatgcattcaaaactcaaagtacaaatggaga 244  Q
    |||||| ||||||||  |||| ||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||| ||| ||||    
T  3808464 tttcaattatgaaggaaattccaaagtttagtgttattatatttgacgtaacttctgttgggatttgctatccgttcaaaactccaagtactaatagaga 3808365  T
Q  245 aacaaacacaaagtttcatagtc 267  Q
    | |||||||||||| || |||||    
T  3808364 accaaacacaaagtatcctagtc 3808342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University