View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17935_high_2 (Length: 776)

Name: NF17935_high_2
Description: NF17935
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17935_high_2
NF17935_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (10-776)||(37519599-37520365)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 37520365 - 37519599
Alignment:
Q  10 tcgaataatatgttccaagacaaaaactgatgaattttccaacnnnnnnnggccatagaatcaaaggtaatacaactacagcaacattaagagatgatga 109  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37520365 tcgaacaacatgttccaagacaaaaactgatgaattttccaacaaaaaaaggccatagaatcaaaggtaatacaactacagcaacattaagagatgatga 37520266  T
Q  110 atatatagggaaatccaagttagagacaccgcttgataatgatgaaacattcaacaatttcattaaacgtgctacgtataaaatcagaaccgtcacaatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37520265 atatatagggaaatccaagttagagacaccgcttgataacgatgaaacattcaacaatttcattaaacgtgctacgtataaaatcagaaccgtcacaatg 37520166  T
Q  210 tccaagtccaacattgatagggagcagagtaacaacactgcacctgcagcaccagatcatgaagctaatggtaataacagttataaggaaaattaccaaa 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37520165 tccaagtccaacattgatagggagcagaataacaacactgcacctgcagcaccagatcatgaagctaatggtaataacagttataaggaaaattaccaaa 37520066  T
Q  310 gggaccagtttgatgatttcattcagattgctaagnnnnnnntgagagcttcatcaagcattcgaaacaacagtttcttgaagaagccatgataattggt 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37520065 gggaccagtttgatgatttcattcagattgctaagaaaaaaatgagagcttcatcaagcattcgaaacaacagtttcttgaagaagccatgataattggt 37519966  T
Q  410 gatcctcaaagattatatgagttagcaacgtttggtgttgacttggcgttgactatgttctatgcttttgatcttcggtattgaggagtaatgtaacatg 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37519965 gatcctcaaagattatatgagttagcaacgtttggtgttgacttggcgttgactatgttctatgcttttgatcttcagtattgaggagtaatgtaacatg 37519866  T
Q  510 aaataaggtcccagtattggggcatggtttggnnnnnnnattttatttgaagtatatgatatgaaatgtagctaggggaataatttgggttttatggctg 609  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37519865 aaataaggtcccactattggggcatggtttggttttttttttttatttgaagtatatgatatgaaatgtagctaggggaataatttgggttttatggctg 37519766  T
Q  610 taagattataattcatattgatttgtataaacattgagattttaattaaaattgatttacatattaattatactttcgctattatctgaggatactttgg 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37519765 taagattataattcatattgatttgtataaacattgggattttaattaaaattgatttacatataaattatactttcgctattatctgaggatactttgg 37519666  T
Q  710 gcaaaagaaattaaataacggcctgaaatcaaataacagtgacatgaaaaactagtactaatgatta 776  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37519665 gcaaaagaaattaaataacggcctgaaatcaaataacagtgacatgaaaaactagtactaatgatta 37519599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University