View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF17941_high_2 (Length: 634)
Name: NF17941_high_2
Description: NF17941
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF17941_high_2 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 42667100 - 42666500
Alignment:
| Q |
15 |
caaaggtaactaaatatgaaccaaaatgagtacatgttcttgtccactaggaaaactagtgttcttttagggtcagcttcctctatatggataaaaactt |
114 |
Q |
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| T |
42667100 |
caaagataactaaatatgaaccaaaatgagtacatgttcttgtccactaggaaaactagtgttcttttagggtc---ttcctctatatggataaaaactt |
42667004 |
T |
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| Q |
115 |
gaatatcaaccacataaaaacaataatgtagtatgaatcttaacttagttaaaaacataaaactatatcaccatcatatgcatgaataatgatcgataaa |
214 |
Q |
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| T |
42667003 |
gaatatcaaccacataaaaacaataatgtagtatgaatcttaacttagttaaaaacataaaactatatcaccatcatatgcatgaataatgatcgataaa |
42666904 |
T |
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| Q |
215 |
accgtactccgacatatgacctgctaaaacgcagttaaattgtcttttatattttatttggttacaatcatagaaatgctagaacaatcaatcaatttcc |
314 |
Q |
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| T |
42666903 |
accgtactccgacatatgacctgctaaaacgcagttaaattgtcttttatattttatttggttacaatcatagaaatgctagaacaatcaatcaatttcc |
42666804 |
T |
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| Q |
315 |
gttcagaaagttgaaagcacgataaagatgtaggacatgtatatactgatccatcaaactagtcatcatgataaaaccttaacatttgtcttttcagttt |
414 |
Q |
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| T |
42666803 |
gttcagaaagttgaaagcacgataaagatgtaggacatgtatatactgatccatcaaactagtcatcatgataaaaccttaacatttgtcttttcagttt |
42666704 |
T |
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| Q |
415 |
gtcctcatataattgtcaagtgatactgtttatatattgctggaattgtggagaatcatacatatatctatattatcaaataatttatatgatgcttaca |
514 |
Q |
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|
| T |
42666703 |
gtcctcatataattgtcaagtgatactgtttatatattgctggaattgtggagaatcatacatatatctatattatcaaataatttatatgatgcttaca |
42666604 |
T |
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| Q |
515 |
tgcatgaaccatcatatatagataaagatacatcctttctaattatttcacagttgataactatgacaaacaaatcttcatcggcattgcagggatatgc |
614 |
Q |
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| T |
42666603 |
tgcatgaaccatcatatatagataaagatacatcctttctaattatttcacagttgataactatgacaaacaaatcttcatcggcattgcagggatatgc |
42666504 |
T |
|
| Q |
615 |
agtg |
618 |
Q |
| |
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| T |
42666503 |
agtg |
42666500 |
T |
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