View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17941_low_5 (Length: 558)

Name: NF17941_low_5
Description: NF17941
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17941_low_5
NF17941_low_5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (23-548)||(52208512-52209037)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (23-548)||(47718296-47718821)
chr4 (23-548)||(47855262-47855787)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 548
Target Start/End: Original strand, 52208512 - 52209037
Alignment:
Q  23 cgtctcactggtgctcagaaggatttcatcgttgtcggttccgattccggtaggattgttattcttgattacaataaagagaaaaatgtttttgataaaa 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52208512 cgtctcactggtgctcagaaggatttcatcgttgtcggttccgattccggtaggattgttattcttgattacaataaagagaaaaatgtttttgataaaa 52208611  T
Q  123 ttcatcaagagacttttgggaaatctggttgccggagaattgttccaggtgagtatattgctgtagatcccaaaggtagagctgttatgattggtgcttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52208612 ttcatcaagagacttttgggaaatctggttgccggagaattgttcctggtgagtatattgctgtagatcccaaaggtagagctgttatgattggtgcttg 52208711  T
Q  223 tgaaaaacagaagcttgtttatgtgttgaatagagatactgctgctaggttaaccatttcgtcgccgttagaagctcataaatcacatactcttgtgttt 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52208712 tgaaaaacagaagcttgtttatgtgttgaatagagatactgctgctaggttaaccatttcgtctccgttagaagctcataaatcgcatactcttgtgttt 52208811  T
Q  323 tcaatttgtggtgttgattgtggttttgagaatcctatttttgctgctattgagttggattactctgaggcggataatgattcgtcgggtatggctgctg 422  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52208812 tcaatttgtggcgttgattgtggttttgagaatcctatttttgctgctattgagttggattactctgaggctgataatgattcgtcgggtatggctgctg 52208911  T
Q  423 ctgaagctcagaagaatttgacattctatgagcttgatttgggtcttaaccatgtttctagaaagtggtctgatcaggttgataatggggcaaatttgct 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52208912 ctgaagctcagaagaatttgacattctatgagcttgatttgggtcttaaccatgtttctagaaagtggtctgatcaggttgataatggggcaaatttgct 52209011  T
Q  523 tgttaccgttcctggtggtgatgatg 548  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||    
T  52209012 tgttactgttcctggtggtgctgatg 52209037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 23 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 47718821 - 47718296
Alignment:
Q  23 cgtctcactggtgctcagaaggatttcatcgttgtcggttccgattccggtaggattgttattcttgattacaataaagagaaaaatgtttttgataaaa 122  Q
    |||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || || || || ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||    
T  47718821 cgtctcaccggagctcagaaagacttcatcgtcgtcggttctgactccggcagaatcgtaatccttgattacaacaaacagaaaaacgtttttgataaaa 47718722  T
Q  123 ttcatcaagagacttttgggaaatctggttgccggagaattgttccaggtgagtatattgctgtagatcccaaaggtagagctgttatgattggtgcttg 222  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||  | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47718721 ttcaccaagaaacttttgggaaatcaggttgccggagaattgttcctggtcagtatcttgcaattgatcctaaaggtagagctgttatgattgctgcttg 47718622  T
Q  223 tgaaaaacagaagcttgtttatgtgttgaatagagatactgctgctaggttaaccatttcgtcgccgttagaagctcataaatcacatactcttgtgttt 322  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |   ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||| |||||| |||| |||    
T  47718621 tgaaaaaaagaagcttgtttatgttttgaatagagatagtttagctaggttaacaatttcttcgcctttagaagcaaataaatctcatactattgttttt 47718522  T
Q  323 tcaatttgtggtgttgattgtggttttgagaatcctatttttgctgctattgagttggattactctgaggcggataatgattcgtcgggtatggctgctg 422  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||| || ||| | ||| |  | ||| ||||||||     
T  47718521 tcaatttgtgctgttgattgtggttttgaaaatcctatatttgctgctattgaattggattgttctgatgctgatcaggatgctactggtgtggctgctt 47718422  T
Q  423 ctgaagctcagaagaatttgacattctatgagcttgatttgggtcttaaccatgtttctagaaagtggtctgatcaggttgataatggggcaaatttgct 522  Q
    || ||||||||||| ||||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  47718421 ctcaagctcagaagcatttgattttttatgaacttgatttgggtcttaatcatgtttctaggaagtggtctgatcaggttgataatggtgctaatatgct 47718322  T
Q  523 tgttaccgttcctggtggtgatgatg 548  Q
    ||| || ||||||||||||| |||||    
T  47718321 tgtgactgttcctggtggtgctgatg 47718296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 23 - 548
Target Start/End: Original strand, 47855262 - 47855787
Alignment:
Q  23 cgtctcactggtgctcagaaggatttcatcgttgtcggttccgattccggtaggattgttattcttgattacaataaagagaaaaatgtttttgataaaa 122  Q
    |||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || || || || ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||    
T  47855262 cgtctcaccggagctcagaaagacttcatcgtcgtcggttctgactccggcagaatcgtaatccttgattacaacaaacagaaaaacgtttttgataaaa 47855361  T
Q  123 ttcatcaagagacttttgggaaatctggttgccggagaattgttccaggtgagtatattgctgtagatcccaaaggtagagctgttatgattggtgcttg 222  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||  | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47855362 ttcaccaagaaacttttgggaaatcaggttgccggagaattgttcctggtcagtatcttgcaattgatcctaaaggtagagctgttatgattgctgcttg 47855461  T
Q  223 tgaaaaacagaagcttgtttatgtgttgaatagagatactgctgctaggttaaccatttcgtcgccgttagaagctcataaatcacatactcttgtgttt 322  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |   ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||| |||||| |||| |||    
T  47855462 tgaaaaaaagaagcttgtttatgttttgaatagagatagtttagctaggttaacaatttcttcgcctttagaagcaaataaatctcatactattgttttt 47855561  T
Q  323 tcaatttgtggtgttgattgtggttttgagaatcctatttttgctgctattgagttggattactctgaggcggataatgattcgtcgggtatggctgctg 422  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||| || ||| | ||| |  | ||| |||| |||     
T  47855562 tcaatttgtgctgttgattgtggttttgaaaatcctatatttgctgctattgaattggattgttctgatgctgatcaggatgctactggtgtggcagctt 47855661  T
Q  423 ctgaagctcagaagaatttgacattctatgagcttgatttgggtcttaaccatgtttctagaaagtggtctgatcaggttgataatggggcaaatttgct 522  Q
    || ||||||||||| ||||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  47855662 ctcaagctcagaagcatttgattttttatgaacttgatttgggtcttaatcatgtttctaggaagtggtctgatcaggttgataatggtgctaatatgct 47855761  T
Q  523 tgttaccgttcctggtggtgatgatg 548  Q
    ||| || ||||||||||||| |||||    
T  47855762 tgtgactgttcctggtggtgctgatg 47855787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University