View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17942_high_5 (Length: 505)

Name: NF17942_high_5
Description: NF17942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17942_high_5
NF17942_high_5
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (18-498)||(15645397-15645877)
chr2 (100-498)||(15654449-15654844)
chr2 (115-498)||(15624772-15625152)
chr2 (183-494)||(15534000-15534311)
chr2 (188-468)||(15601210-15601490)
chr2 (183-494)||(15517487-15517798)
chr2 (209-498)||(15493657-15493946)
chr2 (18-91)||(15625409-15625482)
chr2 (18-91)||(15654958-15655029)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 15645877 - 15645397
Alignment:
Q  18 acatgcaatgcaacccttttttattcattttattgagaaattaaaagcgagctacttccacacttatcctattccgttccactataaataaaactcttaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15645877 acatgcaatgcaacccttttttattcattttattgagaaattaaaagcgagctacttccacacttatcctattccattccactataaataaaactcttaa 15645778  T
Q  118 ttgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttactaacatatatacattttcatgtgacagaaagtaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645777 ttgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttactaacatatatacattttcatgtgacagaaagtaa 15645678  T
Q  218 agaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645677 agaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgc 15645578  T
Q  318 agagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtacc 417  Q
    |||||| ||||||       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645577 agagtcgtggatgaaaaaaacggccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtacc 15645478  T
Q  418 gatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctca 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15645477 gatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcatctgcattcatctca 15645397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 100 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 15654844 - 15654449
Alignment:
Q  100 tataaataaaactcttaattgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttact-aacatatatacatt 198  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||   || |||||||| |||    |||||| ||| ||||||||||    
T  15654844 tataaataaagctcttcattgagtatgtatttgccactgtgtcaatagcaatataaaaaattaacatatctatat----tttacttaacgtatatacatt 15654749  T
Q  199 ttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatg 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654748 ttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatg 15654649  T
Q  299 aaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaac 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654648 aaacactaagagaaaatgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaac 15654549  T
Q  399 tactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctca 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15654548 tactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcatctgcattcatctca 15654449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 115 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 15625152 - 15624772
Alignment:
Q  115 taattgagtatgtgtttgtcactgtgtcaatagcaatataaattttttacatatctgtatgtattttact-aacatatatacattttcatgtgacagaaa 213  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||   || ||||| || |||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15625152 taattgagtatttgtttgccactgtgtcaatagcaatataaaaaattaacatagctatat----tttacttaacatatatacattttcatgtgacagaaa 15625057  T
Q  214 gtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15625056 gtaaagaagataatgttgcctggacagataaagatgagaaactctgaaggctttacagcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaagagaaa 15624957  T
Q  314 atgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcgg 413  Q
    | |||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15624956 acgcagagtcgtggatgaaaaaaactgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttaccaggcgg 15624857  T
Q  414 taccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctca 498  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15624856 taccgatgattctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgtttgcaatatcagatgcatttgcattcatctca 15624772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 183 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 15534311 - 15534000
Alignment:
Q  183 ctaacatatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagcta 282  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||    
T  15534311 ctaacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgttgccagcacaaataaagttgaaaaactctgaacgcttgactgcacaagagtta 15534212  T
Q  283 ttctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggag 382  Q
    ||||||| |||||||| || |||||| ||  |||||||||| ||||||       |||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15534211 ttctcaaatgagcatgcaaaactaagggaggatgcagagtcttggatgaaaaaaactgcggagtcatgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggag 15534112  T
Q  383 tgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgc 482  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||| ||||  |||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  15534111 tgttcgctgctgcagttactttaccaggtggtaccgatgacaccggaaaaccaaactagttgacgaaaacaccattcttggtatttgcaacatcagatgc 15534012  T
Q  483 atctgcattcat 494  Q
    ||||||||||||    
T  15534011 atctgcattcat 15534000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 188 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 15601490 - 15601210
Alignment:
Q  188 atatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctc 287  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||    
T  15601490 atataaacattttcatatgatagaaagtaaagaagataatgctgccagcacaaataaacatgagaaactctgaaggccttactgcacaagaagtcttctc 15601391  T
Q  288 aattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgttt 387  Q
    ||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||       | || |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  15601390 aaaagagcatcaaaaactaagagaaaatgcagagtcatggatgaagaaaaccgcagagtcttgtatgctaatttcagccgtcattgctaccggagtgttt 15601291  T
Q  388 gctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttt 468  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  15601290 gctgctgcaactactgtaccaggcggtatcgatgacacaggaaaaccaaattatttgaagaaaccatcatttttggtgttt 15601210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 183 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 15517798 - 15517487
Alignment:
Q  183 ctaacatatatacattttcatgtgacagaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagcta 282  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||  || ||||||  ||||| | |||||| |||| ||     
T  15517798 ctaacatatatacattttcatatgatagaatgtaaagaagataatgctgcccgcacagattaagtcgaaaaactccaaaggcgtgactgcagaagaactg 15517699  T
Q  283 ttctcaattgagcatgaaacactaagagaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggag 382  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||       |||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15517698 ttctcaaatgagcatgaaaaactaagggaagatgcagagtcttggatgaaaaaaactgcggagtcgtgtatgctaatttcaacagtcattgctaccggag 15517599  T
Q  383 tgtttgctgctgcaactactttaccaggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgc 482  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||| |||| |||| || | ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  15517598 tgttcgctgctgcagttactttaccaggtggtatcgataacacaggaaaaccaaactttttgaagaaaccatcatttttggggtttgcaatatcagatgc 15517499  T
Q  483 atctgcattcat 494  Q
    |||||| |||||    
T  15517498 atctgcgttcat 15517487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 209 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 15493946 - 15493657
Alignment:
Q  209 agaaagtaaagaagataatgttgcctgcacagataaagatgagaaactctgaaggctttactgcacaagagctattctcaattgagcatgaaacactaag 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||   | ||||||  ||| | | |||||| |||| || ||||| | ||||||||||| ||||||    
T  15493946 agaaagtaaagaagataatgttgccagcacaaattaagtcaaaaaactccaaagacatgactgcagaagaactgttctcgaatgagcatgaaaaactaag 15493847  T
Q  309 agaaaatgcagagtcatggatgnnnnnnnctgccgagtcttgcatgctaatttcaactgtcattgctaccggagtgtttgctgctgcaactactttacca 408  Q
     ||| |||||||||| ||||||       ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15493846 ggaagatgcagagtcttggatgaaaaaaactgccgagtcttgtatgctaatttcaacagtcattgctactggagtgttcgctgctgcaactactttacca 15493747  T
Q  409 ggcggtaccgatgactctggaaaaccacactatttgaataaaacatcattcttggtgttttcaatatcagatgcatctgcattcatctca 498  Q
    || |||||||||||| | ||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||| ||||||    
T  15493746 ggtggtaccgatgacacaggaaaaccaaactacttgaagaaaccatcattcttggtgtttgcaatatcagacacatttgcatttatctca 15493657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 15625482 - 15625409
Alignment:
Q  18 acatgcaatgcaacccttttttattcattttattgagaaattaaaagcgagctacttccacacttatcctattc 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15625482 acatgcaatgcaacccttttttattcattttattgagaaattaaaagcaagctacttccacacttatcctattc 15625409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 15655029 - 15654958
Alignment:
Q  18 acatgcaatgcaacccttttttattcattttattgagaaattaaaagcgagctacttccacacttatcctattc 91  Q
    |||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15655029 acatgcaatgcaactcttttta--tcattttattgagaaattaaaagcgagctacttccacacttatcctattc 15654958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University