View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17943_low_1 (Length: 742)

Name: NF17943_low_1
Description: NF17943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17943_low_1
NF17943_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (15-696)||(44973511-44974189)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 44974189 - 44973511
Alignment:
Q  15 cataggaagacatgcatcatgttgaggaacataagcagagagttttctgaatgtggaagggttagtgataggtgaagagttaagggaaagtgtaccactt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44974189 cataggaagacatgcatcatgttgaggaacataagcagagagttttctgaatgtagaagggttagtgataggtgaagagttaagagaaagtgtaccactt 44974090  T
Q  115 aagggtaatcttctagctgaaagaatgtctagaagagttgattttcctgcaccacttggaccaacaatggcaagaatctcagaagggtatgctgtgaggg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44974089 aagggtaatcttctagctgaaagaatgtctagaagagttgattttcctgcaccacttggaccaacaatggcaagaatctcagaagggtatgctgtgaggg 44973990  T
Q  215 aaacatctttgaggatgtagtttnnnnnnnttggtgtacaatgtttgaagaagagaaatggtgcaatgatggagttgtttgtttgtaggtttttggagta 314  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44973989 aaacatctttgaggatgtagtttgggggggttggtgtacaatgtttgaagaagagaaatggtgcaatgatggtgttgtttgtttgtaggtttttggagta 44973890  T
Q  315 agagattgaagttgctgttagtttgtatgtttttggtggaagtggtgatggttggttttccatagctaagggagagaagttggagtgaaattaaggtttt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44973889 agagattgaagttgctgttagtttgtatgtttttggtggaagtggtgatggttggttttccatagctaagggagagaagttggagtgaaattaaggtttt 44973790  T
Q  415 ggtgggatggaacaatgagtgtttgtgtttccatgcgtt-ggaatgtataacgttggtgtggatgataaagagagacaaaaataaaggaataattaaaaa 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44973789 ggtgggatggaacaatgagtgtttgtgtttccatgcgttgggagagtataacgttggtgtggatgataaagagagacaaaaataaaggaataattaaaaa 44973690  T
Q  514 tgttttgtaccttttggtggttgcattattatcctactatttttcctatcatggaattatactgtattacaagcaatcagcacttatatatatagtccgt 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||    
T  44973689 tgttttgtaccttttggtggttgcattattatcctactatttttcctatcatggaattatactgtattacaagcaatcagcact----tatatagtccgt 44973594  T
Q  614 gagccttttgtgtttataaatgcaaaaatgatatacattttatttaacaactcattattttcttgtatcatgcatacacccat 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44973593 gagccttttgtgtttataaatgcaacaatcatatacattttatttaacaactcattattttcttgtatcatgcatacacccat 44973511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University