View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17945_low_8 (Length: 502)

Name: NF17945_low_8
Description: NF17945
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17945_low_8
NF17945_low_8
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (66-487)||(8523042-8523463)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (86-487)||(12248416-12248817)
chr2 (71-460)||(11994139-11994528)
chr2 (93-397)||(32681739-32682043)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (82-477)||(42128835-42129230)
chr5 (82-477)||(42117714-42118108)
chr5 (93-487)||(34240281-34240675)
chr5 (104-487)||(34232538-34232924)
chr5 (93-481)||(42123461-42123849)
chr5 (91-487)||(41713293-41713693)
chr5 (415-485)||(41571757-41571827)
chr5 (127-322)||(41571920-41572115)
chr5 (127-202)||(41617679-41617754)
chr5 (225-290)||(41444445-41444510)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (93-470)||(11118106-11118483)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (93-481)||(25522773-25523161)
chr6 (222-481)||(24140921-24141180)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 66 - 487
Target Start/End: Original strand, 8523042 - 8523463
Alignment:
Q  66 tattctattccacatatattccaactcagtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgag 165  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8523042 tattctattcctcatgtattccaactcagtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggattttggtagaggaccactaaagttattgtttgag 8523141  T
Q  166 atatcaaaaatagttaaatctggaaatggatgcttgagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatatt 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8523142 atatcaaaaatagttaaatctggaaatggatgcttgatctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaataat 8523241  T
Q  266 gcaaggtttgaagccaatgaggaaaattgtcttctatgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgtttacagagagacagggatttaggaatatg 365  Q
    |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||| |||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8523242 gcagtgtttcaagccaatgaggaaaattgtcttctattatgttgttgccaaggtttaaaaacatcaaccctttacagagagacaaggatttaggaatatg 8523341  T
Q  366 accttctaattggttgccatagagattcagagtcttaagtgcactttcttttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatcc 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  8523342 accttctaattggttgccatagagattcagagtctcaagttcactttcttttgaaaagttacttggcaaagttccatgaaatttgttcatttgtagatcc 8523441  T
Q  466 aaaacttcaagggatgataaat 487  Q
    |||||||||||| |||||||||    
T  8523442 aaaacttcaaggtatgataaat 8523463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 86 - 487
Target Start/End: Original strand, 12248416 - 12248817
Alignment:
Q  86 ccaactcagtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaaaaatagttaaatc 185  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      
T  12248416 ccaattcagcaacattcttcatggcttcaaacttttcaaaataggcatttggtagcggaccactaaagttattgcctgagatatcaaaaatagttaaact 12248515  T
Q  186 tggaaatggatgcttgagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagccaatga 285  Q
    |||||||||||||||    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||| |    
T  12248516 tggaaatggatgctttgtatttagattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcagcagcaaaactttcaaatcttgcagtgtttgaagccaatca 12248615  T
Q  286 ggaaaattgtcttctatgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgtttacagagagacagggatttaggaatatgaccttctaattggttgccat 385  Q
    ||||| | ||||||||| |||||||| || || ||||||||| | |||| |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12248616 ggaaactcgtcttctattttgttgctgccgaggtttagaaacttcaaccctttacagagagacaaggatctaggaatatggccttctaattggttgccat 12248715  T
Q  386 agagattcagagtcttaagtgcactttcttttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatccaaaacttcaagggatgataa 485  Q
    | ||||||||||||| |||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  12248716 aaagattcagagtctcaagtgcactcatctttgagaagttacttggcaaagtgccatgaaatttgttcatttgtagattcaaaacttgaagggatgataa 12248815  T
Q  486 at 487  Q
    ||    
T  12248816 at 12248817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 71 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 11994528 - 11994139
Alignment:
Q  71 tattccacatatattccaactcagtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatc 170  Q
    |||||| ||| ||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  11994528 tattcctcatgtataccaattcagcaacattcttcatggcttcaaacttttcaaaataggcatttggtagcggaccactaaagttattgccttagatatc 11994429  T
Q  171 aaaaatagttaaatctggaaatggatgcttgagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaag 270  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||      
T  11994428 aaaaatagttaaacttggaaatggatgctttgtatttagattaacaatgatatcatgcaacttattgtctcgcagcagcaaaactttcaaatcttgcagt 11994329  T
Q  271 gtttgaagccaatgaggaaaattgtcttctatgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgtttacagagagacagggatttaggaatatgacctt 370  Q
    ||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||| || || ||||||||| | |||| |||||||||||  | |||| |||||||||| ||||    
T  11994328 gtttgaagccaatcaggaaactcgtcttctattttgttgctgccgaggtttagaaacttcaaccctttacagagagttaaggatctaggaatatggcctt 11994229  T
Q  371 ctaattggttgccatagagattcagagtcttaagtgcactttcttttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgta 460  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  11994228 ctaattggttgccatagagattcagagtctcaagtgcactctcctttgagaagttacttggcaaagtgccatgacatgtgttcatttgta 11994139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 93 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 32682043 - 32681739
Alignment:
Q  93 agtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaaaaatagttaaatctggaaat 192  Q
    |||||||||| |||||||||||||    || ||||| ||||||| || |  |||||| ||||| || |  ||||||||||||||  ||||    ||||||    
T  32682043 agtaacattcttcatggcttcaaaaaaatttaaataagcttttgatataaaaccactgaagttgtttccagagatatcaaaaatgattaagctaggaaat 32681944  T
Q  193 ggatgcttgagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagccaatgaggaaaat 292  Q
     |||| | |  ||||  ||| ||||||  |||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||  || ||||||||||  || ||||    
T  32681943 agatgttcgttctttaaattgacaatgggaccatgcaacttgttgtcacgcaaaaccaatactttcaaatcttgcattgtatgaagccaatatgggaaat 32681844  T
Q  293 tgtcttctatgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgtttacagagagacagggatttaggaatatgaccttctaattggttgccatagagatt 392  Q
    |||| ||||| |||||||| || || |||||||||   |||  |||||||  ||||| |||||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||| ||    
T  32681843 tgtcgtctattttgttgcttccgaggtttagaaactccaactttttacagccagacaaggatttcggaaaatggccttccaagtggttgccatagaggtt 32681744  T
Q  393 cagag 397  Q
    |||||    
T  32681743 cagag 32681739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 82 - 477
Target Start/End: Original strand, 42128835 - 42129230
Alignment:
Q  82 tattccaactcagtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaaaaatagtta 181  Q
    |||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  42128835 tattccaattgagtaacattcttcatggcttcaaactttttaaaataggcttttggtagcggaccgctaaagttattgcctgagatatcaaaaataatta 42128934  T
Q  182 aatctggaaatggatgcttgagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagcca 281  Q
    ||  ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  42128935 aacttggaaatggatgcttgatctttagattagcaatgataccatgcaacttgttgtcttgcaaaaccaacactttcaaatattgcagtgtttgaagcca 42129034  T
Q  282 atgaggaaaattgtcttctatgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgtttacagagagacagggatttaggaatatgaccttctaattggttg 381  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||   |||  | |||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  42129035 atcaggaaaattgtcttctatgttgttgcttccgaggtttagaaactccaactttgtacagagagacaaggattttggaaaatgaccttctaatttgttg 42129134  T
Q  382 ccatagagattcagagtcttaagtgcactttcttttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatccaaaacttcaagg 477  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  |||  |  | ||||||||||||||||||||| |||| |||  | |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  42129135 ccatggagatttagagtctgaagctcacagtactctgaaaagttacttggcaaagttccataaaatctattcatttgcaaatccaaaacttgaagg 42129230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 82 - 477
Target Start/End: Original strand, 42117714 - 42118108
Alignment:
Q  82 tattccaactcagtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaaaaatagtta 181  Q
    |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||  ||||||||||| | |||||||| ||||||| |||    
T  42117714 tattccaattcagtaactttcttcatggcttcaaatttttttaaaaatgcttttggtagcggacagctaaagttatttcctgagatataaaaaataatta 42117813  T
Q  182 aatctggaaatggatgcttgagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagcca 281  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||| |  |||||||||||    
T  42117814 aacttggaaatggatgcttgatctttggattaggaatgataccatgcaacttattgtcttgtaaaaccaacacttgcaaatattgtagtgtttgaagcca 42117913  T
Q  282 atgaggaaaattgtcttctatgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgtttacagagagacagggatttaggaatatgaccttctaattggttg 381  Q
        |||||  | |||| ||| |||||||| ||||| |||| |||| | |    ||||||  |||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42117914 gacgggaaatctttcttttattttgttgctgccaaggtttaaaaac-tcaggtttttacaatgagagaaagatttaggaatctgaccttctaattggttg 42118012  T
Q  382 ccatagagattcagagtcttaagtgcactttcttttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatccaaaacttcaagg 477  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  |||  || | ||||||||||||||||||||| |||| |||  | |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  42118013 ccatggagatttagagtctgaagcacacagtcctctgaaaagttacttggcaaagttccataaaatctattcatttgcaaatccaaaacttgaagg 42118108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 93 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 34240675 - 34240281
Alignment:
Q  93 agtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaaaaatagttaaatctggaaat 192  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||    
T  34240675 agtaactttcttcatggcttcaaaatattttaaataggcttttggtagcggaccagtaaagttattgcttgagatatcaaaaataactaaactaggaaat 34240576  T
Q  193 ggatgcttgagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagccaatgaggaaaat 292  Q
    |||||| ||| ||||  |||  |||||  |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |  |||||||||||   |||||| |    
T  34240575 ggatgcctgatctttaaattggcaatgtgaccatgcaacttattgtctcgcaaaaccagcactttcaagtattggagagtttgaagccagacaggaaatt 34240476  T
Q  293 tgtcttctatgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgttt-acagagagacagggatttaggaatatgaccttctaattggttgccatagagat 391  Q
    ||||||| || |||||| | | ||||||||| ||| |  |   |||  ||| | ||||  ||||||||||  |  ||||||||||||||| ||| |||||    
T  34240475 tgtcttccattttgttgttgcgaagatttag-aacttgcaggttttcgcagtgggacaaagatttaggaaagtacccttctaattggttgtcattgagat 34240377  T
Q  392 tcagagtcttaagtgcactttcttttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatccaaaacttcaagggatgataaat 487  Q
    |||||||  |||||  |||    |||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||    
T  34240376 tcagagtaataagtttactggactttgaaaagttattaggcaaagtgccataaaagttgttcatttgtagatccaaaatttgaagggatggtaaat 34240281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 104 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 34232924 - 34232538
Alignment:
Q  104 tcatggcttcaaactttttgaaataggcttt---tggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaaaaatagttaaatctggaaatggatgctt 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||   |||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||  ||||   |||||||||| |||    
T  34232924 tcatggcttcatactttttgaaatagtctttcggtggtagcggaccactaaagttatttcccgagatatcaaaaataactaaactgggaaatggattctt 34232825  T
Q  201 gagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagccaatgaggaaaattgtcttct 300  Q
    || ||||  |||  |||||  ||||||||||||||| ||||| ||||  | ||||||||||| |||||| ||||||| ||| | |||||| |||||||||    
T  34232824 gatctttaaattggcaatgtgaccatgcaacttattatctcgtaaaactagcactttcaaatcttgcaaagtttgaatccagtcaggaaatttgtcttct 34232725  T
Q  301 atgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgtttacagagagacagggatttaggaatatgaccttctaattggttgccatagagattcagagtct 400  Q
    || |||||||| || || |||||||||   | |  ||||||| | ||||  |||||||| | |||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||     
T  34232724 attttgttgctgccgaggtttagaaactccagcgttttacagtgggacaaagatttaggcaaatgaccttctatatggttgccattgagattcagactcc 34232625  T
Q  401 taagtgcactttcttttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatccaaaacttcaagggatgataaat 487  Q
     |||  |||| |  ||||| |||||||||||||||| ||||| |||  | |||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||    
T  34232624 gaaggtcactgtactttgagaagttacttggcaaagcgccataaaatctattcatttgtagatccaagacttgtagggatgataaat 34232538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 93 - 481
Target Start/End: Original strand, 42123461 - 42123849
Alignment:
Q  93 agtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaaaaatagttaaatctggaaat 192  Q
    |||| ||||| ||||||||||| | |||||  |||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |  ||||||||||||||  ||||   |||||||    
T  42123461 agtatcattcttcatggcttcataattttttgaataggcttttggtagaaaaccaccaaagttatttccagagatatcaaaaatgattaagcttggaaat 42123560  T
Q  193 ggatgcttgagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagccaatgaggaaaat 292  Q
     || |||  | ||||  |||  | |||  |||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||| |  ||||||| ||||| ||||||||    
T  42123561 agacgctcaatctttaaattggcgatgggaccatgaaacttattgtctcgcaaaaccagtactttcaaatcttgaagtgtttgaaaccaatcaggaaaat 42123660  T
Q  293 tgtcttctatgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgtttacagagagacagggatttaggaatatgaccttctaattggttgccatagagatt 392  Q
    |||||||||| |||||||| || || |||||||||  ||||  ||||||| |||||| |||||| |||| ||| |||||||| |||||||| ||||| ||    
T  42123661 tgtcttctattttgttgctaccgaggtttagaaactctaactctttacagcgagacaaggattttggaaaatggccttctaactggttgccgtagaggtt 42123760  T
Q  393 cagagtcttaagtgcactttcttttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatccaaaacttcaagggatg 481  Q
    ||||||   ||    ||  |  ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  42123761 cagagtgacaatactacagttctttgaaaagttacttggcaaagtaccataaaacatgttcatttgtagattcaaaacttgaagggatg 42123849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 91 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 41713693 - 41713293
Alignment:
Q  91 tcagtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaa-aaatagtta--aatct- 186  Q
    |||||||||||| |||||| || | | ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||  |||||||||| || || |||  || ||     
T  41713693 tcagtaacattcttcatggtttgataattttttaaataggcttttggtagcggaccactgaagtcattgcccgagatatcaacaattaattaataaactg 41713594  T
Q  187 ggaaatggatgcttgagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagccaatgag 286  Q
    ||||||||||| |||| ||||  |||   |||   |||||||||||| ||||  | ||||| ||||||||||||||    ||  ||| ||||||| | ||    
T  41713593 ggaaatggatgtttgatctttaaattggaaataggaccatgcaacttgttgttactcaaaaccaacactttcaaatgagacagagttggaagccactcag 41713494  T
Q  287 gaaaattgtcttctatgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgt--ttacagagagacagggatttaggaatatgaccttctaattggttgcca 384  Q
    ||||| || ||||||| || ||| | ||||||||||| |||||| |  ||   | |||   ||||  || ||||| | ||| |||||||||| |||||||    
T  41713493 gaaaactgccttctattttattgttgccaagatttag-aacattca-ggtccatgcagttggacaaagaattaggcaaatggccttctaatttgttgcca 41713396  T
Q  385 tagagattcagagtcttaagtgcactttcttttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatccaaaacttcaagggatgata 484  Q
    |||||||| ||||| | |||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  41713395 tagagatttagagtatgaagctcactgtcctttgaaaagttacttggcaaagtgccataaaatttgttcatttgtagatccaaaacttcaaggtatgata 41713296  T
Q  485 aat 487  Q
    |||    
T  41713295 aat 41713293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 415 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 41571827 - 41571757
Alignment:
Q  415 tttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatccaaaacttcaagggatgataa 485  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41571827 tttgaaaagttacttggtaaagtgccataaaatttgttcatttgtaaatccaaaacttgaagggatgataa 41571757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 41572115 - 41571920
Alignment:
Q  127 taggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaaaaatagttaaatctggaaatggatgcttgagctttggattaacaatgataccat 226  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||||  ||| |||||||||||| |||||   ||||||||||||||||  |||  |    ||||   |||||    
T  41572115 taggcttttggtagtgggccactgaagttattggatgaaatatcaaaaataattaaactaggaaatggatgcttgatatttacaccggcaataggaccat 41572016  T
Q  227 gcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagccaatgaggaaaattgtcttctatgttgttgctcccaagattta 322  Q
     ||| ||||| |||||||||| ||  |||| |||||||||||  |||||||||||    ||||||| |||||  || |||||||  ||||||||||    
T  41572015 acaaattattctctcgcaaaaccagtacttccaaatattgcatagtttgaagccaggatggaaaatagtctttaattttgttgcctccaagattta 41571920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 127 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 41617754 - 41617679
Alignment:
Q  127 taggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaaaaatagttaaatctggaaatggatgcttga 202  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||||  ||| |||||||||||| |||||   ||||||||||||||||    
T  41617754 taggcttttggtagtgggccactgaagttattggatgaaatatcaaaaataattaaactaggaaatggatgcttga 41617679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 225 - 290
Target Start/End: Original strand, 41444445 - 41444510
Alignment:
Q  225 atgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagccaatgaggaaa 290  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||| |  ||| |||||||||||||| |||||    
T  41444445 atgcaacttattggctcgcaaaaccagtactttcaaatgtgacaaagtttgaagccaatggggaaa 41444510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 4e-67; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 93 - 470
Target Start/End: Original strand, 11118106 - 11118483
Alignment:
Q  93 agtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaaaaatagttaaatctggaaat 192  Q
    |||||||||| |||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||  ||||||||||||||  ||||   |||||||    
T  11118106 agtaacattcttcatagcttcatagttttttaaataggcttttggtagaaaaccactaaagctgttgcccgagatatcaaaaatgattaagcttggaaat 11118205  T
Q  193 ggatgcttgagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagccaatgaggaaaat 292  Q
     |||||| || ||||  |||  |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||     
T  11118206 agatgctcgatctttaaattttcaatgggaccatgcaacttattgtctcgcaaaaccaatactttcaaatctggcaatgtttgaagccaatcaggaaaac 11118305  T
Q  293 tgtcttctatgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgtttacagagagacagggatttaggaatatgaccttctaattggttgccatagagatt 392  Q
    ||||||||||  ||||||| || || |||||||||   |||  ||||||  |||||| |||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||    
T  11118306 tgtcttctattctgttgctgccgaggtttagaaacgccaactttttacaccgagacaaggattttggaaaatggccttctaactggttgccatagaggtt 11118405  T
Q  393 cagagtcttaagtgcactttcttttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatccaaaac 470  Q
    ||||| |  ||    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  11118406 cagagacacaatacgactttcctttgaaaagttactaggcaaagtgccatgaaatttgttcatttgtagattcaaaac 11118483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 93 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 25523161 - 25522773
Alignment:
Q  93 agtaacattcatcatggcttcaaactttttgaaataggcttttggtagaggaccactaaagttattgcttgagatatcaaaaatagttaaatctggaaat 192  Q
    |||||||||| ||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||  |||||  || || || | |||||||||||||||  |||||  | |||||    
T  25523161 agtaacattcttcatggcttcataatttcttaaataggcttttggtagaaaaccacctaaattgttacctgagatatcaaaaatgattaaactttgaaat 25523062  T
Q  193 ggatgcttgagctttggattaacaatgataccatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagccaatgaggaaaat 292  Q
    | ||||||||  |||  ||| |||| |  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||  |||||||    
T  25523061 gaatgcttgatttttaaattgacaagggaaccatgcaacttgttgtctcgcaaaaccaacactttcaaatcctgcattgtttgaagccaatccggaaaat 25522962  T
Q  293 tgtcttctatgttgttgctcccaagatttagaaacattaaccgtttacagagagacagggatttaggaatatgaccttctaattggttgccatagagatt 392  Q
    |||||||||| ||||||  ||| || |||||||||   |||  ||||||  |  |||  ||||| |||| | |||||||||| | |||||||||||| ||    
T  25522961 tgtcttctattttgttgaccccgaggtttagaaactccaactttttacaccggaacaaagatttcggaaaacgaccttctaactcgttgccatagaggtt 25522862  T
Q  393 cagagtcttaagtgcactttcttttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatccaaaacttcaagggatg 481  Q
     ||||    || |  ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  25522861 tagagagacaattttactatgctttgaaaagttacttggcaaagtgccatgaaatctattcatttgtagattcaaaacttgaagggatg 25522773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 222 - 481
Target Start/End: Original strand, 24140921 - 24141180
Alignment:
Q  222 accatgcaacttattgtctcgcaaaagcaacactttcaaatattgcaaggtttgaagccaatgaggaaaattgtcttctatgttgttgctcccaagattt 321  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||  ||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||||| | || || |||    
T  24140921 accatgtaacttattgtctcgcaaaaccaatacttccaaatattgcagtgttagaagccaatcagaaaaattgtcttctattttgttgttgccgaggttt 24141020  T
Q  322 agaaacattaaccgtttacagagagacagggatttaggaatatgaccttctaattggttgccatagagattcagagtcttaagtgcactttcttttgaaa 421  Q
    ||| ||   ||   ||||||  |||||| |||||| |||| ||| |||||||| | ||| ||||||| ||||||||| | || | || | || |||||||    
T  24141021 agatactccaaatttttacatcgagacaaggatttcggaaaatggccttctaacttgttaccatagaaattcagagtgtcaattccattgtcctttgaaa 24141120  T
Q  422 agttacttggcaaagtgccatgaaacttgttcatttgtaaatccaaaacttcaagggatg 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| || |||||||  ||||||||    
T  24141121 agttacttggcaaagtgccatgaaatgtgttgatttgtagattcaaaactcgaagggatg 24141180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University