View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17947_low_16 (Length: 307)

Name: NF17947_low_16
Description: NF17947
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17947_low_16
NF17947_low_16
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (1-289)||(25171-25456)
scaffold0182 (27-117)||(34421-34511)
[»] chr7 (25 HSPs)
chr7 (12-289)||(21763937-21764208)
chr7 (16-284)||(21628001-21628266)
chr7 (21-287)||(21714067-21714327)
chr7 (12-281)||(21808175-21808444)
chr7 (42-287)||(21651971-21652213)
chr7 (63-287)||(21788152-21788373)
chr7 (21-287)||(21771842-21772105)
chr7 (38-287)||(21663993-21664242)
chr7 (33-287)||(21704536-21704787)
chr7 (27-155)||(21725783-21725911)
chr7 (28-117)||(21740994-21741083)
chr7 (26-283)||(21785289-21785546)
chr7 (33-240)||(21992063-21992273)
chr7 (21-287)||(21681519-21681794)
chr7 (200-287)||(21623253-21623337)
chr7 (119-287)||(21646722-21646887)
chr7 (12-283)||(15713483-15713763)
chr7 (206-287)||(21689479-21689557)
chr7 (112-289)||(21791983-21792157)
chr7 (200-239)||(21745592-21745631)
chr7 (33-81)||(21622923-21622968)
chr7 (40-77)||(21689289-21689326)
chr7 (200-287)||(21725956-21726040)
chr7 (40-77)||(21791899-21791936)
chr7 (255-287)||(21992294-21992326)


Alignment Details
Target: scaffold0182 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 289
Target Start/End: Original strand, 25171 - 25456
Alignment:
Q  1 cgcattttgattttcgtaactttgcaagatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgagga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  25171 cgcattttgattttcgtaactttgcaagatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcagcccaaactcttaaagaaaaaattgagga 25270  T
Q  101 gctacaaaaatcaaagccaacaccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaa 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25271 gctacaaaaatcaaagcaaacaccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaa 25370  T
Q  201 cccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaga 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25371 cccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatctgaag---ttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcaga 25456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 27 - 117
Target Start/End: Original strand, 34421 - 34511
Alignment:
Q  27 agatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaagc 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  34421 agatcaatttccctcaaccattatcatattgaatgaatgatggcatccgaaactattaaagaaaaatttgtggaactacaaaaatcaaagc 34511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 170; Significance: 3e-91; HSPs: 25)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 12 - 289
Target Start/End: Original strand, 21763937 - 21764208
Alignment:
Q  12 tttcgtaactttgcaagatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgaggagctacaaaaat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||   |    
T  21763937 tttcgtaactttgcaagatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaactcttaaagaaaaatttgtggagctacaa---t 21764033  T
Q  112 caaagccaacaccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggt 211  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||| ||||| |||||| |||||||||| |    
T  21764034 caaagcaaacaccccaaaattcacgacccaagatacaaagggtgccatattaccgcagaaggatgtcaaatttggggaagcactacacacccaagttgtt 21764133  T
Q  212 gtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaga 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    | || |||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21764134 gtcaataggtcctatccatcatgacagatcagatctgaag---ttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcaga 21764208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 284
Target Start/End: Original strand, 21628001 - 21628266
Alignment:
Q  16 gtaactttgcaagatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaa 115  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |||| |||||    
T  21628001 gtaagtttgaaagatcaatattcctcaaccattattatattgaaagaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaatttgtggagttaaaaaattcaaa 21628100  T
Q  116 gccaacaccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtca 215  Q
    || |||||||| |||| ||| ||| |||||||||||||||||  || | | |||||| | |  | ||||  ||||||| |||  ||||||||| ||||||    
T  21628101 gcaaacaccccgaaatgcacgaccaaagatacaaagggtggccgatcatctcagaaataaaaaagattttgggaagtattactcacccaagtttgtgtca 21628200  T
Q  216 ataggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggca 284  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||| ||||     |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21628201 ataggtcctatccatcatggcagtacaaatctgaa---cataggagagaagtacaagcttgtgtgggca 21628266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 21 - 287
Target Start/End: Original strand, 21714067 - 21714327
Alignment:
Q  21 tttgcaagatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaagccaa 120  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||    
T  21714067 tttgaaagatcaatatccctcaaatatta---tattgaatgaaggatggcatcccaaactattaaagaaaaatttgtggagctacaaaaatcaatgcaaa 21714163  T
Q  121 caccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccg---cagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaat 217  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    | ||||   |||||| | | |||||||   |||| | |||  ||||||||| |||||| |    
T  21714164 caccccaaaattcacgaccgaagatacaaagggtgg---ttgaccgtttcagaaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagtttgtgtcatt 21714260  T
Q  218 aggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| |||||     ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21714261 aggtcctatccatcatgacaatccaaatctgaag---aaaggagagaagtacaaacttatgtgggcagca 21714327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 12 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 21808444 - 21808175
Alignment:
Q  12 tttcgtaactttgcaagatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaacta---ttaaagaaaaaattgaggagctacaaa 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||   || || |||| |||| ||||||| |||    
T  21808444 tttcgttactttgcaagatcaatattcctcagccattattatattgaatgaatgatggaatcccaaactacccttgaaaaaaagattgtggagctaaaaa 21808345  T
Q  109 aatcaaagccaacaccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaat-ttgaggaagtactacaaacccaagt 207  Q
    | ||||| | || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  | || | |||||| | | ||||| |||| |||| | |||  ||||||||    
T  21808344 attcaaatcaaataccccaaaattcacgaccaaagatacaaagggtggctgagtatctcagaaatagaacaaatcttga-gaagcattactcacccaagt 21808246  T
Q  208 tggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgg 281  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  21808245 tggtatcaataggtcctatccatcatggaaatataaatctgaag---ttaggagagaagtacaagcttatgtgg 21808175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 42 - 287
Target Start/End: Original strand, 21651971 - 21652213
Alignment:
Q  42 aaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaagccaacaccccaaaattcaccaccca 141  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |    
T  21651971 aaccattattatattgattgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaatttgtggaactacaaaaatcaaagcaaacaccccaaaattcacgaccaa 21652070  T
Q  142 agatacaaagggtggcatattaccgcagaaaga-taccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaata 240  Q
    |||||||||||||| || | || | |||||| |  | ||| ||||| |||  | ||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21652071 agatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaaacaattttga-gaaacattacacccccaagtttgtttcaataggtcctatccatcatgacaata 21652169  T
Q  241 aaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
     |||| ||||   |  ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  21652170 caaatatgaa---accaggagaggagtataagcttatgtgggcagca 21652213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 63 - 287
Target Start/End: Original strand, 21788152 - 21788373
Alignment:
Q  63 atgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaagccaacaccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatatt 162  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| | |    
T  21788152 atgatggcatcccaaactattaatgaaaaatttgtggagttacaaaaatcaaagcaaacaccccaaaattcacgaccgaaaatacaaagggtggcagagt 21788251  T
Q  163 accgcagaaagataccaaa-tttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggag 261  Q
    | | |||||| | |  ||| ||||| |||| | |||   ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||   |||||||    
T  21788252 atctcagaaatagaaaaaactttga-gaagcattactcgcccaagttgttgtcggtaggtcctatccatcatgacaacacaaatttgaag---ttaggag 21788347  T
Q  262 agaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  21788348 agaagtacaagcttatgtgggcagca 21788373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 21 - 287
Target Start/End: Original strand, 21771842 - 21772105
Alignment:
Q  21 tttgcaagatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaagccaa 120  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||    
T  21771842 tttgaaagatcaatatccctcaaccattatcatattgaatgaatgatggcatccgaaactattaaagaaaaatttgtggaactacaaaaatcaaagcaaa 21771941  T
Q  121 caccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaa-tttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaatag 219  Q
     |||||||||||||  ||| |||||||||||||||  | | |  | |||||| | |  ||| ||||| |||| | |||  ||||||||  ||||||||||    
T  21771942 taccccaaaattcaagaccgaagatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttga-gaagcattactcacccaagtgtgtgtcaatag 21772040  T
Q  220 gtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
    ||||||| |||||| | || | |||| |||   |||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  21772041 gtcctattcatcatcataacacaaatctga---tattagcagagaagtacaaacttatgtgggcagca 21772105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 38 - 287
Target Start/End: Original strand, 21663993 - 21664242
Alignment:
Q  38 cctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaacta---ttaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaagccaacaccccaaaattca 134  Q
    |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||   || || ||||||||| ||||||| |||| ||||||| || |||||||| ||||    
T  21663993 cctcaaccattattatattgaaagaatgatggcatcccaaactacccttgaaaaaaaaattgtggagctagaaaattcaaagcaaataccccaaagttca 21664092  T
Q  135 ccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaa-tttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggtcctatccatcat 233  Q
    | ||| ||||||||||||||| || |  | | |||||| | |  ||| ||||| |||||| |||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  21664093 cgaccaaagatacaaagggtgccacacaatctcagaaacagaaaaaactttga-gaagtattactcacccaagttcctgtcaataggtcctatccatcat 21664191  T
Q  234 gacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
    | ||||| | || |||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21664192 ggcaatacagatctgaag---ttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagca 21664242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 33 - 287
Target Start/End: Original strand, 21704536 - 21704787
Alignment:
Q  33 atatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaagccaacaccccaaaatt 132  Q
    |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| || |||| ||||||| |||||| | ||||     
T  21704536 atattcctcaaccattattatattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaatttgtcgagttaaaaaattcaaagcaaacacctccaaatg 21704635  T
Q  133 caccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaa-tttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggtcctatccatc 231  Q
    ||| ||| |||||||||||||||  | | || | |||||  | |  ||| ||||| | || | |||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  21704636 cacgaccaaagatacaaagggtgcaagagtatctcagaagtagaaaaaactttga-gcagcattactcacccaagttagtgtcgataggtcctatccatc 21704734  T
Q  232 atgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
    ||||||||  || | |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21704735 atgacaatccaactctgaag---ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 21704787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 27 - 155
Target Start/End: Original strand, 21725783 - 21725911
Alignment:
Q  27 agatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaagccaacacccc 126  Q
    |||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| || | |||    
T  21725783 agatcaatttccctcaaccattatcatattgaatgaatgatggcatccgaaactattaaagaaaaatttgtggaactacaaaaatcaaagcaaatatccc 21725882  T
Q  127 aaaattcaccacccaagatacaaagggtg 155  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  21725883 aaaattcaagaccgaagatacaaagggtg 21725911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 28 - 117
Target Start/End: Original strand, 21740994 - 21741083
Alignment:
Q  28 gatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaagc 117  Q
    ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  21740994 gatcaatattcctcaaccattattatattgaatgaatgatggcatcccaaactattaaagaaaaaattgtggagctacaaaaattaaagc 21741083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 26 - 283
Target Start/End: Original strand, 21785289 - 21785546
Alignment:
Q  26 aagatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaacta---ttaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaagccaaca 122  Q
    ||||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||| ||||||||||||   || || ||||||||| ||||||| |||| ||||||| || |    
T  21785289 aagatcaatatcccttaaccattatcatattgaatcaatgatgacatcccaaactacccttgaaaaaaaaattgtggagctagaaaattcaaagcaaata 21785388  T
Q  123 ccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaaga-taccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggt 221  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||  | | || |  ||||| |  |  || ||||| |||| | |||  ||||||||| ||||||||||||    
T  21785389 ccccaaaattcacgaccaaagatacaaagggtgcaagagtatctaagaaataggaaaaactttga-gaagcattactcacccaagttagtgtcaataggt 21785487  T
Q  222 cctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggc 283  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||     |||||||||||||||||||||||||||    
T  21785488 cctatccatcatgacaatccaaatctgaag---acaggagagaagtacaagcttatgtgggc 21785546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 33 - 240
Target Start/End: Original strand, 21992063 - 21992273
Alignment:
Q  33 atatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaacta---ttaaagaaaaaattgaggagctacaaaaatcaaagccaacaccccaaa 129  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    || |||||||||||| ||||||| |||| ||||||| || ||||||||    
T  21992063 atattcctcaaccattattatattgaatgaatgatggcatcccaaacttcccttgaagaaaaaattgtggagctagaaaattcaaagcaaataccccaaa 21992162  T
Q  130 attcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagatacca-aatttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggtcctatcc 228  Q
    |||||| | |  ||||||||||||||||| | || | || ||| | |  | | ||||| |||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21992163 attcacgaacacagatacaaagggtggcagagtatctcaaaaatagaaaagactttga-gaagcactactcacccaaattggtgtcaataggtcctatcc 21992261  T
Q  229 atcatgacaata 240  Q
    |||||| |||||    
T  21992262 atcatggcaata 21992273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 21 - 287
Target Start/End: Original strand, 21681519 - 21681794
Alignment:
Q  21 tttgcaagatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaacta---ttaaagaaaaaattgaggagctacaaaaat------ 111  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||   || ||||||| |||| ||||||||||| ||          
T  21681519 tttgaaagatcaatattcctcaaccattattacattgaatgaatgatgtcatcccaaactacccttgaagaaaatattgtggagctacaaatatacatag 21681618  T
Q  112 ---caaagccaacaccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaacccaagtt 208  Q
       |||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||   ||   || ||| | | |||| || | | || | ||||  ||||||||    
T  21681619 atacaaatcaaacaccccaaaattcacgaccaaagatacaaagggtgccacggtatgtcaaaaatagaacaaaatttaaggagcattacagccccaagtt 21681718  T
Q  209 ggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||| | || | |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21681719 tgtgtcaataggtcctatccatcatggcaatacagatctaaag---ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 21681794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 200 - 287
Target Start/End: Original strand, 21623253 - 21623337
Alignment:
Q  200 acccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21623253 acccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatggcaatacaaatctgaag---ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 21623337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 119 - 287
Target Start/End: Original strand, 21646722 - 21646887
Alignment:
Q  119 aacaccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaa-tttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaat 217  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || | || | |||||| | | |||| |||||||| | | ||||  |||||||||||||||||    
T  21646722 aacaccccaaaattcacgaccaaagatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaacaaaatttgagga-gcattacacccccaagttggtgtcaat 21646820  T
Q  218 aggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  |||||    |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21646821 aggtcctatccatcatgacaatccaaagctgaag---ataggagagaaatacaagcttatgtgggcagca 21646887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 12 - 283
Target Start/End: Original strand, 15713483 - 15713763
Alignment:
Q  12 tttcgtaactttgcaagatcaatatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaacta---ttaaagaaaaaattgaggagctacaa- 107  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||||||||||| |||||||   || || ||||||||| ||||||||||     
T  15713483 tttcgtgactttgcaagatcaatatccctcaaccatgattataatgaatgaatgatggcatcgcaaactacccttgaaaaaaaaattgtggagctacaaa 15713582  T
Q  108 -------aaat-caaagccaacaccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaaga-taccaaatttgaggaagtactaca 198  Q
           |||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||   || | |||||| | ||  || | ||| || | | |||     
T  15713583 gttacataaatacaaagcaaacaccccaaagttcacgaccaaagatacaaagggtgccaggctatctcagaaaaagtaaaaattatga-gatgcattacg 15713681  T
Q  199 aacccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggc 283  Q
     ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||   | ||| |||||||||||||||||||||||    
T  15713682 cacctaagttggtttcaataggccctatccatcatgacaatacaaatctaaag---tcaggggagaagtacaagcttatgtgggc 15713763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 206 - 287
Target Start/End: Original strand, 21689479 - 21689557
Alignment:
Q  206 gttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||  | | |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21689479 gttgatgtcaaaaggtcctatccatcatggcaataaatctctaaag---ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 21689557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 112 - 289
Target Start/End: Original strand, 21791983 - 21792157
Alignment:
Q  112 caaagccaacaccccaaaattcaccacccaagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggt 211  Q
    |||| |||||||||| || ||||  ||| |||||||||||||||||| | || | |||||||| |  ||||||   |||| | ||||  || | ||| ||    
T  21791983 caaatccaacacccccaagttcaaaaccaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagagaaaattttgagaagcattacatcccaaggtttgt 21792082  T
Q  212 gtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaga 289  Q
     ||||||||||| |||||||||| || || | || || |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792083 atcaataggtcccatccatcatggcagtacagatctggagtta---ggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaga 21792157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 200 - 239
Target Start/End: Original strand, 21745592 - 21745631
Alignment:
Q  200 acccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaat 239  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21745592 acccaagttggtgtcattaggtcctatccatcatgacaat 21745631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 81
Target Start/End: Original strand, 21622923 - 21622968
Alignment:
Q  33 atatccctcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaaacta 81  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21622923 atatccctcaaccatta---tattgaatgaatgatggcatcccaaacta 21622968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 77
Target Start/End: Original strand, 21689289 - 21689326
Alignment:
Q  40 tcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaa 77  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  21689289 tcaaccattattatattgaatgaatgatggcatcccaa 21689326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 200 - 287
Target Start/End: Original strand, 21725956 - 21726040
Alignment:
Q  200 acccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatttgaagttattaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| |||||| | || | |||| |||   |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  21725956 acccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcagaacacaaatctga---tattagcagagtagtacaaacttatgtgggcagca 21726040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 77
Target Start/End: Original strand, 21791899 - 21791936
Alignment:
Q  40 tcaaccattagtgtattgaatgaatgatggcatcccaa 77  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  21791899 tcaaccattattatattgaatgaatgatggcatcccaa 21791936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 255 - 287
Target Start/End: Original strand, 21992294 - 21992326
Alignment:
Q  255 ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagca 287  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21992294 ttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagca 21992326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University