View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17952_low_3 (Length: 715)

Name: NF17952_low_3
Description: NF17952
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17952_low_3
NF17952_low_3
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-711)||(5390687-5391382)
chr1 (19-630)||(5399406-5400017)
chr1 (19-663)||(5394225-5394869)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (153-572)||(3818681-3819103)
chr3 (153-572)||(47338774-47339196)
chr3 (204-583)||(47347233-47347615)
chr3 (319-413)||(47349942-47350036)
chr3 (496-572)||(47349783-47349859)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 711
Target Start/End: Original strand, 5390687 - 5391382
Alignment:
Q  19 catggcacaatcttgtagactttagtcttgtcaatcgaactaatgaaagaattcttagaattcctaaatcccaagaatccatgttccttagccttgttca 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5390687 catggcacaatcttgtacactttagttttgtcaatccaactaatgaacacattcttagaattcctaaatcccaagaatccatgttccttagacttgttca 5390786  T
Q  119 tactatccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5390787 tactatccaacacaccctccactctaaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcacaat 5390886  T
Q  219 ctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390887 ctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaac 5390986  T
Q  319 accttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390987 accttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcgg 5391086  T
Q  419 atattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgta 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5391087 atattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgta 5391186  T
Q  519 aacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttaccc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5391187 aacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttaccc 5391286  T
Q  619 acctgaataaaaatatagttcatctaattatataa---tagtgtatgttgtgacgtattttattgacaataatttgtttgtttagtataatctacc 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  5391287 acctgaataaaaatatagttcatctaattatataatagtagtgtatgttgtgacgtattttattgacaataatttgtttgtttagtttaatttacc 5391382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 564; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 630
Target Start/End: Original strand, 5399406 - 5400017
Alignment:
Q  19 catggcacaatcttgtagactttagtcttgtcaatcgaactaatgaaagaattcttagaattcctaaatcccaagaatccatgttccttagccttgttca 118  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5399406 catggcacaatcttgtaagcttttgtcttatcaatccaactaatgaacgaattcttagaattcctaaatcctaagaatccatgttccttagacttgttca 5399505  T
Q  119 tactatccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5399506 tactatccaacacaccctccactctaaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcacaat 5399605  T
Q  219 ctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399606 ctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaac 5399705  T
Q  319 accttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399706 accttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcgg 5399805  T
Q  419 atattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgta 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399806 atattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgta 5399905  T
Q  519 aacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttaccc 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5399906 aacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcgttccttttttcttaccc 5400005  T
Q  619 acctgaataaaa 630  Q
    ||||||||||||    
T  5400006 acctgaataaaa 5400017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 663
Target Start/End: Original strand, 5394225 - 5394869
Alignment:
Q  19 catggcacaatcttgtagactttagtcttgtcaatcgaactaatgaaagaattcttagaattcctaaatcccaagaatccatgttccttagccttgttca 118  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||    
T  5394225 catggcacaatcttgtaagcttttgtcttgtcaatccaactaatgaatgaattcttagaattcctaaatcctatgaatccatgttccttagctttgttca 5394324  T
Q  119 tactatccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaat 218  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5394325 tagaatccaacacaccctccagtctcaaactaaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcacaat 5394424  T
Q  219 ctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5394425 ctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaac 5394524  T
Q  319 accttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5394525 accttccacaaatgtttccacttgaaaacatcaccattactgcaattgaatgcttcattctttgcgttaggatccgctgcaccccaaatatgttgttcgg 5394624  T
Q  419 atattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgta 518  Q
     ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5394625 ctattaaattagcatctgaagcagtagaataacactcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaaaggaagaccctcatgcttgcaaattgcggcgta 5394724  T
Q  519 aacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttaccc 618  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5394725 aacacaaagcgtgccaatgacgttcatcatgctataaggtgaaaatccaaagatggggtgtggtcgattaatgaaccatgtcgttccttttttcttaccc 5394824  T
Q  619 acctgaataaaaatatagttcatctaattatataatagtgtatgt 663  Q
    ||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  5394825 acctgaacaaatatattgttcatttaattatataataatgtatgt 5394869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 80; Significance: 4e-37; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 153 - 572
Target Start/End: Original strand, 3818681 - 3819103
Alignment:
Q  153 atctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaa 252  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||   |  |||  |||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  3818681 atctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgttacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaac 3818780  T
Q  253 tccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacat 349  Q
    |||| |||| |||| |   ||||  |||| || || ||||| || || ||| ||||  |||| || |  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  3818781 tccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacat 3818880  T
Q  350 cgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaata 449  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |  || ||||  ||||| |||||  |  | ||    
T  3818881 caccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcagaagccatgtagta 3818980  T
Q  450 acattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatg 549  Q
    |   ||||| ||    || |  || ||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||||     
T  3818981 attctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcata 3819080  T
Q  550 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 572  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  3819081 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 3819103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 153 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 47339196 - 47338774
Alignment:
Q  153 atctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaa 252  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||   |  |||  |||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  47339196 atctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgtcacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaac 47339097  T
Q  253 tccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacat 349  Q
    |||| |||| |||| |   ||||  |||| || || ||||| || || ||| ||||  |||| || |  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  47339096 tccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacat 47338997  T
Q  350 cgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaata 449  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |  || |||| |||||| |||||  |  | ||    
T  47338996 caccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgctcagcaatcaaatcagcatcagaagccatgtagta 47338897  T
Q  450 acattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatg 549  Q
    |   ||||| ||    || |  || ||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||||     
T  47338896 attctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcata 47338797  T
Q  550 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 572  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  47338796 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 47338774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 204 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 47347615 - 47347233
Alignment:
Q  204 attctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatc 300  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |   ||||  |||| ||||| ||||| || || |||    
T  47347615 attctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaactccgacaacttcaaacgaggaccttcctcgtcaaacccatactcctcaatc 47347516  T
Q  301 tcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcac 400  Q
     ||||| |||| || || |||||||| |  |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||| ||||||||||||      
T  47347515 ccaaactgttccgccaaaaccttccatagttgtttccatctaaaaacatcaccattgctacagttaaaagcttcgttcttagcataaggatccactgcgg 47347416  T
Q  401 cccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatg 500  Q
    ||||||||||||| || |  || ||||  ||||| |||||    |||||| | ||||| ||  | ||||  || |||||  | || |||| ||| || ||    
T  47347415 cccaaatatgttgctctgcaatcaaatccgcatcagaagccacagaataagactcccaagctccctttgtaccgggaaatttcaacggaacaccttcgtg 47347316  T
Q  501 cttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtc 583  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||  || ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  47347315 cttgcaaattgcagcataaacacaaagtgtaccaacgagattcatcaaactataaggtgaaaatccaaatataacttgaggtc 47347233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 319 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 47350036 - 47349942
Alignment:
Q  319 accttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttg 413  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||| |||||    
T  47350036 accttccacaattgtttccacctaaaaacatcaccattgctacaattgaacgcttcattcttagcataagtatccactgcagcccaaatgtgttg 47349942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 496 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 47349859 - 47349783
Alignment:
Q  496 tcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagat 572  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |  |||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  47349859 tcatgcttgcaaattgcagcgtaaaggcaaagcgtgccaacaacattcatcaaactgtaaggtgagaatccaaagat 47349783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University