View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17952_low_4 (Length: 683)

Name: NF17952_low_4
Description: NF17952
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17952_low_4
NF17952_low_4
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-673)||(4913842-4914514)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (2-670)||(2948992-2949676)
chr8 (61-669)||(3009791-3010415)
chr8 (1-673)||(37797843-37798531)
chr8 (210-657)||(2932352-2932799)
chr8 (210-657)||(2923005-2923452)
chr8 (2-190)||(2932853-2933041)
chr8 (37-149)||(2923529-2923641)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (55-664)||(1504094-1504719)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (36-673)||(28026540-28027193)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 637; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 673
Target Start/End: Original strand, 4913842 - 4914514
Alignment:
Q  1 aatgctgagtcttacactattcatttatctgcgagggaaaatggtaatgatgaaaaggtatgcagctactacatgtggaagcaaaagtttcctgtcaagt 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4913842 aatgctgagtcttacactatccatttatctgcgggggaaaatggtaatgatgaaaaagtatgcagctactacatgtgaaagcaaaagtttcctgtcaagt 4913941  T
Q  101 tggaaaatgtggtggaaaggagaatgggcgtggaagactgtgttgtgacgttggtcttcccgcatcaagagaggcttcacaagaataagagcttaccagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4913942 tggaaaatgtggtggaaaggagaatgggcgtggaagactgtgttgtgacgttggtcttcccacatcaagagaggcttcacaagaataagagcttaccagg 4914041  T
Q  201 ggtttatgcatggtcactaattttcctttcataattcaagctgattttgtccttgcctcatcaagggagacaattctcttggataataagtggaatcaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4914042 ggtttatgcatggtcactaattttcctttcataattcaagctgattttgtccttgcctcatcaagggagacaattctcttggataataagtggaatcaag 4914141  T
Q  301 ggatacttgaatgcgttccatcagcttttatggaagcattcagaacacttgttgcaggatcatatgaagctccagtaagcagcttgatttatttgttcaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4914142 ggatacttgaatgcgttccatcagcttttatggaagcattcagaacacttgttgcaggatcatatgaagctccagtaagcagcttgatttatttgttcaa 4914241  T
Q  401 gttcattccaattcatagttctcgtcatgggaacttcaatcatgtgagggaggaaattaaagcaaaactggctgaagaaaaaattattcctattgagaca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4914242 gttcattccaattcatagttctcgtcatgggaacttcaatcatgtgagggaggaaattaaagcaaaactggctgaagaaaaaattattcctattgagaca 4914341  T
Q  501 ttttagaaccagaagcacttctataagccccgtgaagtttgtaggctactgcataagtttcggaatattttgacaaaggcccggcaggaaggagtttact 600  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4914342 ttttcgaaccagaagcacttctataagccccgtgaagtttgtaggctactgcgtaagtttcggaatattttgacaaaggcccggcaggaaggagtgtact 4914441  T
Q  601 tgcttgacctatcttctcatgatacaatgaaaatcttgagttctttgtttgataaaaaagagtatgatgatgt 673  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4914442 tgcttgacctatcttctcatgatagaatgaaaatcttgagttctttgtttgataaaaaagagtatgatgatgt 4914514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 2 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 2949676 - 2948992
Alignment:
Q  2 atgctgagtcttacactattcatttatctgcgagggaaaatggtaatgatgaaaaggtatgcagctactacatgtggaagcaaaagtttcctgtcaagtt 101  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||   |||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2949676 atgctgaatcttacacaatccatttatctgcgggggaaaacaataatgacgaacaggaatgcagctactacatatggaagcaaaagtttcctgtcaagtt 2949577  T
Q  102 ggaaaatgtggtggaaaggagaatgggcgtggaagactgtgttgtgacgttggtcttcccgcatcaagagaggcttcacaagaataagagcttaccaggg 201  Q
    ||| || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2949576 ggagaacgttgtggaaaggagaatgggtgtggaagagtgtgttgtgacattggccttccctcaccaggagaggcttcacaaggataagagcttaccaggg 2949477  T
Q  202 gtttatgcat----------------ggtcactaattttcctttcataattcaagctgattttgtccttgcctcatcaagggagacaattctcttggata 285  Q
    ||||  ||||                ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  2949476 gttttcgcatttcttcctacagagatggtcactaattttccattcataattcaggcagattttgttcttgcctcgtcaagggagacaattctcttggatg 2949377  T
Q  286 ataagtggaatcaagggatacttgaatgcgttccatcagcttttatggaagcattcagaacacttgttgcaggatcatatgaagctccagtaagcagctt 385  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||  |||||||| | ||||||||| |  |||||||    
T  2949376 ataagtggaataaagggatacttgaatatgttccatcagcttttatagatgcattcaaaacacttgtcacaggatcagacgaagctccaatgtgcagctt 2949277  T
Q  386 gatttatttgttcaagttcattccaattcatagttctcgtcatgggaacttcaatcatgtgagggaggaaattaaagcaaaactggctgaagaaaaaatt 485  Q
    |   ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |  || || ||||||||||||||||||| ||||  |||||||  ||||||| |||||||||    
T  2949276 gccatatgtgttcaagttcattccaattaatagttctcctgttgagaccttcaatcatgtgagggagaaaatcgaagcaaatttggctgatgaaaaaatt 2949177  T
Q  486 attcctattgagacattttagaaccagaagcacttctataagccccgtgaagtttgtaggctactgcataagtttcggaatattttgacaaaggcccggc 585  Q
     |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| | ||||||| | |||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  2949176 gttcctattgagacattctcgaaccagaagcacttctgtaagccacatgaagttagcaggctactacctaaattttggaatattttgacaaaggcccagc 2949077  T
Q  586 aggaaggagtttacttgcttgacctatcttctcatgatacaatgaaaatcttgagttctttgtttgataaaaaagagtatgatga 670  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| |||||||| |   || ||||||||||| ||||  ||||||| ||  |||||||||||    
T  2949076 aggaaggagtgtactttgttgacctattttctcatggtcagattaaaatcttgagctcttcatttgatataagtgagtatgatga 2948992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 61 - 669
Target Start/End: Original strand, 3009791 - 3010415
Alignment:
Q  61 tgcagctactacatgtggaagcaaaagtttcctgtcaagttggaaaatgtggtggaaaggagaatgggcgtggaagactgtgttgtgacgttggtcttcc 160  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  3009791 tgcagttactacatgtggaagcaaaagtttcctgtcaagctggaaaatgtggtggaaaggagaaggggtgtggaagagtgtgttgtgacattggccttcc 3009890  T
Q  161 cgcatcaagagaggcttcacaagaataagagcttaccaggggtttatgcat----------------ggtcactaattttcctttcataattcaagctga 244  Q
    | || || ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  3009891 cacaacaggagaggctagacaaggataagagcttaccaggggtttatgcatttcttcctacagagatggtcactaattttccattcataattcaagcaga 3009990  T
Q  245 ttttgtccttgcctcatcaagggagacaattctcttggataataagtggaatcaagggatacttgaatgcgttccatcagcttttatggaagcattcaga 344  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| || ||||||| |    
T  3009991 ttttgttcttgcctcgtcaagggagacaattctctttgatgataagtggaatcaagggattcttgaatatgttccattagcttttatagatgcattcaaa 3010090  T
Q  345 acacttgttgcaggatcatatgaagctccagtaagcagcttgatttatttgttcaagttcattccaattcatagttctcgtcatgggaacttcaatcatg 444  Q
    ||||||||  | || ||  ||||||||||| ||  |||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |  || || |||||||| ||    
T  3010091 acacttgtgactggttctgatgaagctccactatccagcttgccttatatgttcaagttccttccaattcatagttctccttttgagatcttcaatcgtg 3010190  T
Q  445 tgagggaggaaattaaagcaaaactggctgaagaaaaaattattcctattgagacattttagaaccagaagcacttctataagccccgtgaagtttgtag 544  Q
    ||||| || |||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||    
T  3010191 tgaggcagaaaatcaaagcaaagctggatgaagaaaaaattatacctatcgagacattcataaaccagaagcacttctataagccccgtgaagttaacag 3010290  T
Q  545 gctactgcataagtttcggaatattttgacaaaggcccggcaggaaggagtttacttgcttgacctatcttctcatgatacaatgaaaatcttgagttct 644  Q
    | |||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||    
T  3010291 gttactacctaaattttggaatattttgacaaaggcccgcgaggaaggagtatacttgcttgacctatcttctcctgatgggatgaaaatcttgagttct 3010390  T
Q  645 ttgtttgataaaaaagagtatgatg 669  Q
    |  ||||||||||  ||||||||||    
T  3010391 tcatttgataaaagtgagtatgatg 3010415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 37798531 - 37797843
Alignment:
Q  1 aatgctgagtcttacactattcatttatctgcgagggaaaatggtaatgatgaaaaggtatgcagctactacatgtggaagcaaaagtttcctgtcaagt 100  Q
    |||||||||||||||||  | ||| | |||||   ||||||| |||||| ||| || |  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||    
T  37798531 aatgctgagtcttacacactgcatctctctgcagaggaaaatagtaatgctgagaaagagtgcagctactacatgtggaagcaaaaatttccggtcaggt 37798432  T
Q  101 tggaaaatgtggtggaaaggagaatgggcgtggaagactgtgttgtgacgttggtcttcccgcatcaagagaggcttcacaagaataagagcttaccagg 200  Q
      ||||||||||| ||||||||||  |  || ||||| || ||||||||  ||| ||||||  |||| ||||||||||| | |  ||| |||| ||||||    
T  37798431 cagaaaatgtggttgaaaggagaacagatgttgaagaatgggttgtgacactggccttcccaaatcaggagaggcttcataggggtaaaagctcaccagg 37798332  T
Q  201 ggtttatgcat----------------ggtcactaattttcctttcataattcaagctgattttgtccttgcctcatcaagggagacaattctcttggat 284  Q
    ||| |||||||                |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37798331 ggtctatgcatttcttcctacagagatggtcactaatttccctttcattattcaagcagattttgtccttgcctcatctagggagacaattctcttggat 37798232  T
Q  285 aataagtggaatcaagggatacttgaatgcgttccatcagcttttatggaagcattcagaacacttgttgcaggatcatatgaagctccagtaagcagct 384  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||  || ||||||| |||   || |    
T  37798231 aataaatggaaccaagggatacttgaatgtgttccatcggcctttatggatacattcaaaacacttgttgtaggatccgatcaagctccggtatcaagtt 37798132  T
Q  385 tgatttatttgttcaagttcattccaattcatagttctcgtcatgggaacttcaatcatgtgagggaggaaattaaagcaaaactggctgaagaaaaaat 484  Q
    ||  |  | ||||||||||| |||| ||| | ||||| |    || ||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||  ||| | | ||||| ||    
T  37798131 tggctcgtatgttcaagttccttcccattgaaagttcgccatttgagaagtttaatcatgtgagggacaaaatcaaagcaaagttggttaatgaaaatat 37798032  T
Q  485 tattcctattgagacattttagaaccagaagcacttctataagccccgtgaagtttgtaggctactgcataagtttcggaatattttgacaaaggcccgg 584  Q
    | ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||  | | ||  ||||||||||||  || || ||     
T  37798031 tgttcctattgagacatatacgaagcagaagcacttctataagcctggtgaagttagtaggctgctgtctgaattctggaatattttgagtaaagctcga 37797932  T
Q  585 caggaaggagtttacttgcttgacctatcttctcatgatacaatgaaaatcttgagttctttgtttgataaaaaagagtatgatgatgt 673  Q
     | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||   | ||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||    
T  37797931 gacgaaggagtgtacttgcttaacctatcttctcatgatgggaggaagatcttgagttcttcgtttgataaaagtgagtatgataatgt 37797843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 210 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 2932799 - 2932352
Alignment:
Q  210 atggtcactaattttcctttcataattcaagctgattttgtccttgcctcatcaagggagacaattctcttggataataagtggaatcaagggatacttg 309  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  2932799 atggttactaactttcccttcataattcaagcagattttgttcttgcctcgtcaagggaaacaattctattgaatgataagtggaatcaagggatacttg 2932700  T
Q  310 aatgcgttccatcagcttttatggaagcattcagaacacttgttgcaggatcatatgaagctccagtaagcagcttgatttatttgttcaagttcattcc 409  Q
    |||  ||||||||||| ||| | || ||||||| |||||||||  ||| |||| |||||    |||||  ||| |||  | ||| |||||||||| ||||    
T  2932699 aatatgttccatcagcctttgtagatgcattcaaaacacttgtgacagaatcaaatgaattaacagtatccagtttgcctgattggttcaagttccttcc 2932600  T
Q  410 aattcatagttctcgtcatgggaacttcaatcatgtgagggaggaaattaaagcaaaactggctgaagaaaaaattattcctattgagacattttagaac 509  Q
    |||| |||||||||    || ||| |||||| ||| ||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||     |     
T  2932599 aattgatagttctccgattgagaatttcaattatgcgagggagaaaatcaaagaaaaacttgctgaagaaaaaattgttcctattgagacattcacagag 2932500  T
Q  510 cagaagcacttctataagccccgtgaagtttgtaggctactgcataagtttcggaatattttgacaaaggcccggcaggaaggagtttacttgcttgacc 609  Q
    |||||||| ||||| |||||  |||||||| | |||||||| | ||| ||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||  |||||||| |||    
T  2932499 cagaagcagttctacaagcctagtgaagttagcaggctactacctaaattttggaatattttgacaatggcccgggtggaaggagtgcacttgcttcacc 2932400  T
Q  610 tatcttctcatgatacaatgaaaatcttgagttctttgtttgataaaa 657  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  2932399 tatcttctcatgatgggatgaaaatcttaagttcttcgtttgataaaa 2932352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 210 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 2923452 - 2923005
Alignment:
Q  210 atggtcactaattttcctttcataattcaagctgattttgtccttgcctcatcaagggagacaattctcttggataataagtggaatcaagggatacttg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  2923452 atggtcactaattttcctttcattattcaagcagattttgtccttgcctcatcaagggagacaattctcttggataataaatggaaccaaggaatacttg 2923353  T
Q  310 aatgcgttccatcagcttttatggaagcattcagaacacttgttgcaggatcatatgaagctccagtaagcagcttgatttatttgttcaagttcattcc 409  Q
    | || ||||||||||| ||| | || ||||||| |||||||||   |||||||  | |||||||||||   || |||  |  | ||||||||||| ||||    
T  2923352 actgtgttccatcagcatttttagatgcattcaaaacacttgtcataggatcagttcaagctccagtatctagtttggctagtatgttcaagttccttcc 2923253  T
Q  410 aattcatagttctcgtcatgggaacttcaatcatgtgagggaggaaattaaagcaaaactggctgaagaaaaaattattcctattgagacattttagaac 509  Q
     ||| | ||||||     || ||| || ||| ||||||||||  |||| ||||||||| ||| ||||||||  ||| ||||||||||||| |  |  ||     
T  2923252 cattgaaagttctacatttgagaagtttaattatgtgagggacaaaatcaaagcaaaattggttgaagaaagtattgttcctattgagacgtactccaag 2923153  T
Q  510 cagaagcacttctataagccccgtgaagtttgtaggctactgcataagtttcggaatattttgacaaaggcccggcaggaaggagtttacttgcttgacc 609  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| | ||| | |||| | | ||  ||||||||||||| || ||| || | ||| | ||  |||||||| |||    
T  2923152 cagaagcacttctataagcctggtgaagttagcaggttgctgcctgaattctggaatattttgactaaagccagggacgaaagcgtgcacttgcttaacc 2923053  T
Q  610 tatcttctcatgatacaatgaaaatcttgagttctttgtttgataaaa 657  Q
    ||||||||||||||   | |||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  2923052 tatcttctcatgatgggaggaaaatcttgagctcttcatttgataaaa 2923005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 2933041 - 2932853
Alignment:
Q  2 atgctgagtcttacactattcatttatctgcgagggaaaatggtaatgatgaaaaggtatgcagctactacatgtggaagcaaaagtttcctgtcaagtt 101  Q
    ||||||| |||||||| ||  || |||||||  |||||||  ||| ||| ||||||  |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2933041 atgctgaatcttacacaatcaatctatctgcaggggaaaagagtagtgacgaaaagaaatgctgctattacatgtggaaacaaaagtttcctgtcaagtt 2932942  T
Q  102 ggaaaatgtggtggaaaggagaatgggcgtggaagactgtgttgtgacgttggtcttcccgcatcaagagaggcttcacaagaataaga 190  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||| |||| |||||| | ||| ||||||||||| |||| |||||    
T  2932941 gcaaaatgtggtggaaaggagaaaggatgtggaagagtgtgttgtgacattggccttcccacgtcaggagaggcttcagaagattaaga 2932853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 37 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 2923641 - 2923529
Alignment:
Q  37 gaaaatggtaatgatgaaaaggtatgcagctactacatgtggaagcaaaagtttcctgtcaagttggaaaatgtggtggaaaggagaatgggcgtggaag 136  Q
    |||||| || ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||||| ||| ||||||||||  |  |||||||    
T  2923641 gaaaatagtgatgctgagaaggaatgcagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggccagaaaatgcggtcgaaaggagaacagatgtggaag 2923542  T
Q  137 actgtgttgtgac 149  Q
    | || ||||||||    
T  2923541 aatgggttgtgac 2923529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 55 - 664
Target Start/End: Original strand, 1504094 - 1504719
Alignment:
Q  55 aaggtatgcagctactacatgtggaagcaaaagtttcctgtcaagttggaaaatgtggtggaaaggagaatgggcgtggaagactgtgttgtgacgttgg 154  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| | || ||||| | || ||  || || || || |||||||| ||||    
T  1504094 aaggaatgcagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggttggaaaatttagtcgaaagaaaaaaggatgtcgaggagtgggttgtgacattgg 1504193  T
Q  155 tcttcccgcatcaagagaggcttcacaagaataagagcttaccaggggtttatgcat----------------ggtcactaattttcctttcataattca 238  Q
      |||||  |||| ||||||||| ||| |   |||| ||| |||||||| |||||||                |||||||||||||||||||||||||||    
T  1504194 cattcccaaatcaggagaggctttacaggggaaagaccttgccaggggtctatgcatttcttcctacagaaatggtcactaattttcctttcataattca 1504293  T
Q  239 agctgattttgtccttgcctcatcaagggagacaattctcttggataataagtggaatcaagggatacttgaatgcgttccatcagcttttatggaagca 338  Q
     || |||||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| || |||    
T  1504294 ggcagattttttccttgcttcatcaagggagacaattatgttggataataagtggaatcaagggatacttgaatatgttccgtcagcttttatagatgca 1504393  T
Q  339 ttcagaacacttgttgcaggatcatatgaagctccagtaagcagcttgatttatttgttcaagttcattccaattcatagttctcgtcatgggaacttca 438  Q
    |||| ||||||| | ||||||||| |||||||||||| |  |||||||  | |||||||||||||| |||||||| | ||||||| |  || || |||||    
T  1504394 ttcaaaacacttctcgcaggatcagatgaagctccagcatccagcttgcctaatttgttcaagttccttccaattgaaagttctccttttgagagcttca 1504493  T
Q  439 atcatgtgagggaggaaattaaagcaaaactggctgaagaaaaaattattcctattgagacattttagaaccagaagcacttctataagccccgtgaagt 538  Q
    ||||  ||||| |  |||| ||||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||    || ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  1504494 atcacatgaggaataaaatcaaagcaaaactgcatgaagaaaaaattgtacctattgagacattcacaaatcagaagcacttctttaagcctcgtgaagt 1504593  T
Q  539 ttgtaggctactgcataagtttcggaatattttgacaaaggcccggcaggaaggagtttacttgcttgacctatcttctcatgatacaatgaaaatcttg 638  Q
    | | |||||||||| ||  ||| |||| ||||||||||||||||   || ||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||   ||||||||||||    
T  1504594 tagcaggctactgcctacattttggaagattttgacaaaggcccatgagaaaggagtatacttgcttgacttaaattctcatgatgagatgaaaatcttg 1504693  T
Q  639 agttctttgtttgataaaaaagagta 664  Q
    |||||||  || |||||||| |||||    
T  1504694 agttcttcattcgataaaaaggagta 1504719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 161; Significance: 2e-85; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 36 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 28027193 - 28026540
Alignment:
Q  36 ggaaaatggtaatgatgaaaaggtatgcagctactacatgtggaagcaaaagtttcctgtcaagttggaaaatgtggtggaaaggagaatgggcgtggaa 135  Q
    ||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||| |||||| ||||| ||||  |  ||||||    
T  28027193 ggaaaatagtaataatgagaaggaatgcagctactacatgtggaagcaaaagtttccggtcaggtcagaaagtgtggtcgaaagaagaacagatgtggaa 28027094  T
Q  136 gactgtgttgtgacgttggtcttcccgcatcaagagaggcttcacaagaataagagcttaccaggggtttatgcat----------------ggtcacta 219  Q
    || || ||||||||  | | ||| ||  |||| ||||||||||||| |  ||| |||| ||| ||||| |||||||                ||||||||    
T  28027093 gaatgggttgtgacactcgccttgccaaatcaggagaggcttcacaggggtaaaagctcaccgggggtctatgcatttctgcctacagagatggtcacta 28026994  T
Q  220 attttcctttcataattcaagctgattttgtccttgcctcatcaagggagacaattctcttggataataagtggaatcaagggatacttgaatgcgttcc 319  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  28026993 attttcctttcattattcaagccgattttgtccttgcttcatcaagggagacaattctcttggataataaatggaaccaagggatacttgaatgtgttcc 28026894  T
Q  320 atcagcttttatggaagcattcagaacacttgttgcaggatcatatgaagctccagtaagcagcttgatttatttgttcaagttcattccaattcatagt 419  Q
    |  ||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||  || |||||||||||  ||| |||  |  | ||||||||||| |||| ||| | |||    
T  28026893 aatagcctttatggatgcattcaaaacacttgttgtaggatctgatcaagctccagtatccagtttggctcgtatgttcaagttccttcccattgaaagt 28026794  T
Q  420 tctcgtcatgggaacttcaatcatgtgagggaggaaattaaagcaaaactggctgaagaaaaaattattcctattgagacattttagaaccagaagcact 519  Q
    ||||    || ||| || ||| | ||||||||  |||| |||| |||| ||| | | ||||| ||| |||||||||||||||   |  | ||||||||||    
T  28026793 tctccatttgagaagtttaattacgtgagggacaaaatcaaagaaaaattggttaatgaaaatattgttcctattgagacatacaaagagcagaagcact 28026694  T
Q  520 tctataagccccgtgaagtttgtaggctactgcataagtttcggaatattttgacaaaggcccggcaggaaggagtttacttgcttgacctatcttctca 619  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||| |||| | | ||  ||||||||||| | || ||||||   |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  28026693 tctataagcctggtgaagttagtaggctgctgcctgaattctggaatattttgtctaaagcccggggcgaaggagtgtacttgcttaacctatcttctca 28026594  T
Q  620 tgatacaatgaaaatcttgagttctttgtttgataaaaaagagtatgatgatgt 673  Q
    ||||   | ||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||    
T  28026593 tgatgggaggaagatcttgagttcttcgtttgataaaagtgagtatgataatgt 28026540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University