View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17956_high_1 (Length: 640)

Name: NF17956_high_1
Description: NF17956
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17956_high_1
NF17956_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-632)||(52558979-52559610)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 632
Target Start/End: Original strand, 52558979 - 52559610
Alignment:
Q  1 aaggtcgtttcatggtaacatatttttccacagcgattccagaagttagtgtacgtttggattcatggtaagtttgccaaaatcatgatgccaccgttat 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  52558979 aaggtcgttttatggtaacatatttttccacagcgattccagaagttagtgtacgtttggattcatggtaagtttgccaaaatcatgatgccaccgtgat 52559078  T
Q  101 tatggcaaactcactgtgatttcaagcatacacttggacattaggctgctaacctataccaataaaggtggaaccttgggtatgacatgaatatgtcaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52559079 tatggcaaactcactgtgatttcaagcatacacttggacattaggctgctaacctataccaataaaggtggaaccttgggtatgacatgaatatgtcaca 52559178  T
Q  201 gattcagcactacataaacttgtattctgagcttcactcaagaattaaaattgtgctcttaatacagggaataaacaacattgaaggctacaaaataaca 300  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52559179 ggttcaacactacataaacttgtattctgagcttcgctcaagaattaaaattgtgctcttaatacagggaataaacaacattgaaggctacaaaataaca 52559278  T
Q  301 cgttctgatcctaaggagttagttgaaagctacaagaagcgattcctggtatcataagacagaactaaatacattttttgaattcacaatgccactcaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52559279 cgttctgatcctaaggagttagttgaaagctacaagaagcgattcctggtatcataagacagaactaaatacattttttgaattcacaatgccactcaat 52559378  T
Q  401 tgctgtgttatccataatcctttcttatatgtaggcaaatccatgaattcaatgttcggcatcatagcaggagtcaagagttccaaaatgggtcagaaaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52559379 tgctgtgttatccataatcctttcttatatgtaggcaaatccatgaattcaatgttcggtatcatagcaggagtcaagagttccaaaatgggtcagaaaa 52559478  T
Q  501 tcagagccaaatgcattatatccatccagggaccaggaatcatacgacaagcaccgaccgctagacagactgattatgtcatccagaaaatgccacaaaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  52559479 tcagagccaaatgcattatatccatccagggaccaggaatcatacgacaagcaccgatcgctagacagactgattatgtcatccagaaaatgccacagaa 52559578  T
Q  601 tgtattaatgattagataataatatgatgatg 632  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52559579 tgaattaatgattagataataatatgaagatg 52559610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University