View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17959_low_25 (Length: 290)

Name: NF17959_low_25
Description: NF17959
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17959_low_25
NF17959_low_25
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-274)||(4783369-4783642)
chr7 (1-274)||(4815798-4816071)
chr7 (1-274)||(4696724-4696997)
chr7 (1-249)||(4637170-4637418)
chr7 (1-274)||(4711606-4711879)
chr7 (69-274)||(4643995-4644200)
chr7 (1-249)||(4864235-4864486)
chr7 (13-249)||(4673016-4673252)
chr7 (6-247)||(4845551-4845792)
chr7 (8-133)||(4653925-4654050)
chr7 (95-249)||(4667254-4667408)
chr7 (95-274)||(4631215-4631394)
chr7 (197-263)||(4653819-4653885)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-249)||(18925285-18925524)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 4783369 - 4783642
Alignment:
Q  1 caaaccaaaccaaatgagaagttaaacatatctttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttattatgcttttattaacgggatcgaagttgtat 100  Q
    |||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||| || ||||||||  | ||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  4783369 caaatcaaaccaaacgagaagctaaacataactttcattcccaacaacacaaaccaattgattcctagttatgctttcattaacggaatcgaagttgtgt 4783468  T
Q  101 ctatgccttcttttctatattacacaaacctcagtgaccaagattatcatatcaatttacctggttttgacaacacggaatatcaagttcttaacgacaa 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  4783469 ctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcttatcaatttacctggttttgacaacacggattatcaagttcttaactacaa 4783568  T
Q  201 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagccaaccaagatacaggcatgtttc 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4783569 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttc 4783642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 4815798 - 4816071
Alignment:
Q  1 caaaccaaaccaaatgagaagttaaacatatctttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttattatgcttttattaacgggatcgaagttgtat 100  Q
    |||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||| || ||||||||  | ||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  4815798 caaatcaaaccaaacgagaagctaaacataactttcattcccaacaacacaaaccaattgagtcctagttatgctttcattaacggaatcgaagttgtgt 4815897  T
Q  101 ctatgccttcttttctatattacacaaacctcagtgaccaagattatcatatcaatttacctggttttgacaacacggaatatcaagttcttaacgacaa 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  4815898 ctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcgtatcaagttacctggttctgacaacacggaataccaagttcttaacaacaa 4815997  T
Q  201 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagccaaccaagatacaggcatgtttc 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4815998 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttc 4816071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 4696724 - 4696997
Alignment:
Q  1 caaaccaaaccaaatgagaagttaaacatatctttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttattatgcttttattaacgggatcgaagttgtat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |    
T  4696724 caaaccaaaccaaatgagaagttaaacataactttcattcccagcaacataaaccagtcaaatccttattatgctttcattaacggaatagaagttgtgt 4696823  T
Q  101 ctatgccttcttttctatattacacaaacctcagtgaccaagattatcatatcaatttacctggttttgacaacacggaatatcaagttcttaacgacaa 200  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | | |||||| | |  | || ||  || ||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  4696824 caatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgacccaaaatatcatttgatatcacttgacttagacaacagggactaccaagttcttaacgacaa 4696923  T
Q  201 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagccaaccaagatacaggcatgtttc 274  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| || |||   |||||||||||| | ||||||||||| || |||||||    
T  4696924 agcgttagagacggtttatagagtcaatgtgggtggcaatcaagttccaccaaaccaagatactggtatgtttc 4696997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4637418 - 4637170
Alignment:
Q  1 caaaccaaaccaaatgagaagttaaacatatctttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttattatgcttttattaacgggatcgaagttgtat 100  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4637418 caaatcaaaccaaatgaaaagttaaacataactttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttgttatgcttttattaacgggatcgaagttgtgt 4637319  T
Q  101 ctatgccttcttttctatattacacaaacctcagtgaccaagattatcatatcaatttacctggttttgacaacacggaatatcaagttcttaacgacaa 200  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||||  || | ||   |  ||  |  ||  |||||||||| | | ||| ||| |||||    
T  4637318 caatgccttcttttctctattacacaaacctcaatgacccaaattactatttgaaaccagttgactcagagtacacggaataccgaattcataaagacaa 4637219  T
Q  201 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttcca 249  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4637218 agctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttcca 4637170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 4711606 - 4711879
Alignment:
Q  1 caaaccaaaccaaatgagaagttaaacatatctttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttattatgcttttattaacgggatcgaagttgtat 100  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |    
T  4711606 caaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaacataaatcattcaaatccttattatgctttcattaacggaatcgaaattgtgt 4711705  T
Q  101 ctatgccttcttttctatattacacaaacctcagtgaccaagattatcatatcaatttacctggttttgacaacacggaatatcaagttcttaacgacaa 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  |||| | ||||| | | || | | | || | || ||  ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  4711706 ctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttgacaacacggaataccaaattcataacgacaa 4711805  T
Q  201 agctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagccaaccaagatacaggcatgtttc 274  Q
    |||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  4711806 agctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttc 4711879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 69 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 4644200 - 4643995
Alignment:
Q  69 ttatgcttttattaacgggatcgaagttgtatctatgccttcttttctatattacacaaacctcagtgaccaagattatcatatcaatttacctggtttt 168  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||| | |    
T  4644200 ttatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcgtatcaagttagatggctct 4644101  T
Q  169 gacaacacggaatatcaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagccaaccaagatacaggca 268  Q
    ||  | |    ||| ||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||| |    
T  4644100 gaagatataccataccaaattcttaatgacaaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcgaattcaagttccaccaaaccaagatacaggta 4644001  T
Q  269 tgtttc 274  Q
    ||||||    
T  4644000 tgtttc 4643995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4864486 - 4864235
Alignment:
Q  1 caaaccaaaccaaatgagaagttaaacatatctttcattcct---aacagcataaaccaatcaaatccttattatgcttttattaacgggatcgaagttg 97  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    || |  ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||| |    
T  4864486 caaatcaaatcaaatgagaagctaaacataactttcattccggccaataatataaatcaatcaaatccttattatgccttcattaatggaatagaagtcg 4864387  T
Q  98 tatctatgccttcttttctatattacacaaacctcagtgaccaagattatcatatcaatttacctggttttgacaacacggaatatcaagttcttaacga 197  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| || | || | || ||  |||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  4864386 tgtctatgccttcttttctatattacacaaacctcaatgacccaaaatattatttgaaatcacttgactttgacaacacgaactaccaagttcttaacga 4864287  T
Q  198 caaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttcca 249  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||    
T  4864286 caaagcgttagagacggtttatagagtcaatgtcggtgaaagtcaagttcca 4864235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4673252 - 4673016
Alignment:
Q  13 aatgagaagttaaacatatctttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttattatgcttttattaacgggatcgaagttgtatctatgccttctt 112  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||| | || ||| ||| ||||||||  | | |||||||| |||||||| |||||| |||| || ||||||||||    
T  4673252 aatgagaagctaaacataaatttcattccaagcatcatgaacaaatcaaatgttaaatatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtcaatgccttctt 4673153  T
Q  113 ttctatattacacaaacctcagtgaccaagattatcatatcaatttacctggttttgacaacacggaatatcaagttcttaacgacaaagctttagagac 212  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| | || | || ||  || |||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||| || |     
T  4673152 ttctctattacacaaacctcagtgacccaaattatcatttgaaatcacttgacttagacaacacggaataccaaattcataacgaaaaagctttggaaat 4673053  T
Q  213 ggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttcca 249  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  4673052 ggtttatagagtcaacgttggtgaaagtcaagttcca 4673016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 6 - 247
Target Start/End: Original strand, 4845551 - 4845792
Alignment:
Q  6 caaaccaaatgagaagttaaacatatctttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttattatgcttttattaacgggatcgaagttgtatctatg 105  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||| |||| ||||||| |||  ||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||| || |||    
T  4845551 caaaccaaatgggaagctaaacataactttctttccgaacaacataaacgaattgaatcctttttatgctttcgttaacggaatcgaagttgtgtcgatg 4845650  T
Q  106 ccttcttttctatattacacaaacctcag-tgaccaagattatcatatcaatttacctggttttgacaacacggaatatcaagttcttaacgacaaagct 204  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||  | ||||| || |||| |||  ||| ||||||||||  |||||  || ||| ||| || ||||||    
T  4845651 ccttcttttctctattacacaaacc-cagatgacttaaattattatttcaaattaattggctttgacaacagagaatacgaaattcgtaatgataaagct 4845749  T
Q  205 ttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttc 247  Q
    || |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  4845750 ttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttc 4845792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 4654050 - 4653925
Alignment:
Q  8 aaccaaatgagaagttaaacatatctttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttattatgcttttattaacgggatcgaagttgtatctatgcc 107  Q
    |||| ||| ||||| |||||||| |||||||||| |||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||    
T  4654050 aaccgaataagaagctaaacataactttcattcccaacaacacaaaccattcaaatccttattatgctttcattaatggaattgaagttgtgtctatgcc 4653951  T
Q  108 ttcttttctatattacacaaacctca 133  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||    
T  4653950 ttcttttctctattactcaaacctca 4653925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 95 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4667408 - 4667254
Alignment:
Q  95 ttgtatctatgccttcttttctatattacacaaacctcagtgaccaagattatcatatcaatttacctggttttgacaacacggaatatcaagttcttaa 194  Q
    |||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| | |  |||| ||  ||||||| ||  ||||| ||  ||| |||    
T  4667408 ttgtgtctatgccgtcttttctctattacacaaacctcagtgacccaaattatcatttgacattacttgactttgacagcaatgaataccatattcctaa 4667309  T
Q  195 cgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttcca 249  Q
    | |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  4667308 caacaaagctatggagacggtttatagagtcagcgttggtgaaagtcaagttcca 4667254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 4631394 - 4631215
Alignment:
Q  95 ttgtatctatgccttcttttctatattacacaaacctcagtgaccaagattatcatatcaatttacctggttttgacaacacggaatatcaagttcttaa 194  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    | || ||| | ||  ||| || |||||||| |   ||||| ||  |||||||    
T  4631394 ttgtgtctatgccttcttttctctattacactaatctcagtgacacgaactaccatttaaagatacttgattttgacagcggtgaataccagattcttaa 4631295  T
Q  195 cgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagccaaccaagatacaggcatgtttc 274  Q
    | |||||||| | || || |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||  | |||||||| |||||||    
T  4631294 caacaaagctatggaaacagtttatagagtcaacgctggtgaaaatcaagttccaccaaattatgatacaggtatgtttc 4631215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 4653885 - 4653819
Alignment:
Q  197 acaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagccaaccaagatac 263  Q
    |||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||    
T  4653885 acaaagctctggagacagtttatagtgtcaacgttggtgaaaatcaagttccaccaaacctagatac 4653819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 18925285 - 18925524
Alignment:
Q  7 aaaccaaatgagaagttaaacatatctttcattcctaacagcataaaccaatcaaatccttattatgcttttattaacgggatcgaagttgtatctatgc 106  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||||| ||| ||||  |||||   ||||| || ||||| || ||  | || || ||||    
T  18925285 aaaccaactgagaagttaaatataactttcattccaaacaccataaatcaaccaaaggcttat---gctttcatcaacggaattgagatcgtgtccatgc 18925381  T
Q  107 cttcttttctatattacacaaacctcagtgaccaagattatcatatcaatttacctggttttgacaacacggaatatcaagttcttaacgacaaagcttt 206  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||  | || ||||| | || |||| |||  |||| |||| | ||||  || |    |  |||||||  ||    
T  18925382 cttcttttctctattacacaaacctcaatgactcaaatcatcatttaaagttacttggccttgaaaacatgaaatacaaaatcagcagtgacaaagtgtt 18925481  T
Q  207 agagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttcca 249  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  18925482 agagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttcca 18925524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University