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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17960_low_1 (Length: 1138)

Name: NF17960_low_1
Description: NF17960
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17960_low_1
NF17960_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (22-1115)||(2776551-2777641)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 947; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 947; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 1115
Target Start/End: Original strand, 2776551 - 2777641
Alignment:
Q  22 gatgttgcaatttctaatcctattatgctgagtcttgcgacacatccaatgcaatatcatcatctctgctacataaataaaatagagtaaaaaataataa 121  Q
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T  2776551 gatgttgcaatttctaatcctattatgctgagtcttgcgacacatccaatgcaatatcatcatctctgctacataaataaaatagagtaaaaaataataa 2776650  T
Q  122 gatgaatcttacaagctggcgggtacgaagagcaagaagagatttccgagctaagaatgcggccatttctgcaaaaatgaagaaagaagtttgtttgatt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2776651 gatgaatcttacaagctggcgggtacgaagagcaagaagagatttccgagctaagaatgcggccatttctgcaaaaatgaagaaagaagtttgtttgatt 2776750  T
Q  222 cagtttgaattgaatcgataatttgaagaaaggattcgagaatattattacatggaaccctaattttttaaatgcttggtattatttttcaaatcgattt 321  Q
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T  2776751 cagtttgaattgaatcgataatttgaagaaaggattcgagaatattattacatggaaccctaattttttaaatgcttggtattatttttcaaatcgattt 2776850  T
Q  322 gagtttcttcagagagatacctgaagaaggttgatctgaggagaatccacagagaggagcacgaaacgaaactctgagatgaagaaaagagaggtagcac 421  Q
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T  2776851 gagtttcttcagatagatacctgaagaaggttgatctgaggagaatccacagagaggagcacgaaacgaaactctgagatgaagaaaagagaggtagcac 2776950  T
Q  422 acacaagcgcacaatgtgttacgtggcaaaaacttgaccgggctttgagtccagcccaattaattaaaactcttttagttgctgtttgttaccacacaat 521  Q
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T  2776951 acacaagcgcacaatgtgttacgtggcaaaaacttgaccgggctttgagtccagcccaattaattaacactcttttagttgctgtttgttaccacacaat 2777050  T
Q  522 actaactacacccccacataaaaaagtcttataagtgaatccaggaaatgtgaaaagannnnnnnnnnnngagagacggaaatgtgaaaagacttgacaa 621  Q
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T  2777051 actaactacacccccacataaaaaagtcttataagtgaatccaggaaatgtgaaaaga-tttttttttttgagagacagaaatgtgaaaagacttgacaa 2777149  T
Q  622 tatagaaagaacatgtataggtctagttttatttaaatcaacgtaaaattagtagatacacattgttatttttgattnnnnnnnnnnggtcaaagctcag 721  Q
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T  2777150 tatagaaagaacatatataggtctagttttatttaaatcaacgtaaaattagtagatacacattgttgttttt-attaaaaaaaaagggtcaaagctcag 2777248  T
Q  722 ttgaatacacgatgttattctaatatagcacatcatatcatagtatattaaacaataaacaaaaatgacttttatattacacattcatagaattatagga 821  Q
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T  2777249 ttaaatacacgatgttattctaatatagcacatcatgtcatagtatattaaacaataaacaaaaatgacttttatattacacattcatagaattataggg 2777348  T
Q  822 gatttcacatgataggattatgtaagatattttaccactaaaagtttatttcttcctaaaaatttcatacaatttttgaaaaggaaagaaaaagattatt 921  Q
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T  2777349 aatttcatatgataggattatgtaagatattttaccactaaaagtttatttcttcctacaaatttcatacaatttttgaaaaggaaagaaaaagattatt 2777448  T
Q  922 ttaaaattattacttatacaactatcattactttactcatataataaaatcatttatctaatgtcatatcataaatcatcattagtctattctagaatca 1021  Q
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T  2777449 ttaaaattattacttatacaactatcattactttactcatataat-aaatcatttatctagtgtcatatcataaatcatcattagtctattctagaatca 2777547  T
Q  1022 tgagatgatataaagtgtgtggttaatttacgaatattgtaaataagaaaatgttaatgtgtgattttttcttaacaaaaaattaatttatgat 1115  Q
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T  2777548 tgagataatataaagtgtgtggttaatttacgaatattgtaaataaaaaaatgttaatgtgtgattttttcttaaaaaaaaattaatttatgat 2777641  T

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