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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17961_low_35 (Length: 227)

Name: NF17961_low_35
Description: NF17961
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17961_low_35
NF17961_low_35
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-128)||(10626554-10626680)
chr4 (1-181)||(5709102-5709272)
chr4 (2-128)||(19924973-19925098)
chr4 (1-73)||(18263966-18264038)
chr4 (1-123)||(26965288-26965409)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-181)||(17689743-17689913)
chr6 (1-181)||(27298393-27298563)
chr6 (1-57)||(29310782-29310838)
chr6 (4-91)||(28173943-28174030)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-100)||(10577710-10577809)
chr3 (1-127)||(13213100-13213222)
[»] scaffold0657 (1 HSPs)
scaffold0657 (1-121)||(4526-4645)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-127)||(18253787-18253912)
[»] scaffold0390 (1 HSPs)
scaffold0390 (1-127)||(12201-12326)
[»] scaffold0234 (1 HSPs)
scaffold0234 (1-108)||(9594-9702)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-126)||(19712766-19712883)
[»] scaffold0203 (1 HSPs)
scaffold0203 (1-128)||(28494-28621)
[»] scaffold1679 (1 HSPs)
scaffold1679 (2-128)||(386-510)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (3-128)||(11541295-11541418)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (2-146)||(228714-228855)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (3-128)||(24637447-24637570)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Original strand, 10626554 - 10626680
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||    
T  10626554 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcagaatcatatatcacatatatgatgttgatcaatcaattttaattaattcttatta-tttaaataat 10626652  T
Q  101 aacatattaacgcttaatattattatca 128  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||    
T  10626653 aaaatattaacacttaatattattatca 10626680  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 5709272 - 5709102
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||        ||||| || ||| |||||||||||||| |||||||    
T  5709272 tcatcaatatatcacatataatgatgttgtattagaatcatatatcacatatatgat--------atcaaatttaattaattctaattattt-aaataat 5709182  T
Q  101 aacatattaacgcttaatattattatcacttatcagatttgcattcaaaggcttattaaaataaaggaaatcaaatttcct 181  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5709181 aaaatattaacacttaatattattatcagttatcggatttgcattcaaaaacttatt-aaataaaggaaatcaaatttcct 5709102  T

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Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 128
Target Start/End: Original strand, 19924973 - 19925098
Alignment:
Q  2 catcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataata 101  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||   ||| |||||||||||    
T  19924973 catcaatatatcacatataatgatgttgtattagaatcatatatcacatatatgatcttgatcaatcaattttaattaactcgtttta-tttaaataata 19925071  T
Q  102 acatattaacgcttaatattattatca 128  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||    
T  19925072 aaatattaacacttaatattattatca 19925098  T

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Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 18264038 - 18263966
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaattt 73  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18264038 tcatcaatatatcacatatattaatgtcgtatcagaatcatatatcacatatatgatcttgatcaatcaattt 18263966  T

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Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 26965409 - 26965288
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| ||| |||||  |||| |||||| |||    
T  26965409 tcatcaatatatcacatataatgatgttgtattagaatcatatatcacatatatgatattgatcaattaattttaattaattcctatta-tttaaacaat 26965311  T
Q  101 aacatattaacgcttaatattat 123  Q
     | |||||| | |||||||||||    
T  26965310 gaaatattatcacttaatattat 26965288  T

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Target: chr6 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Original strand, 17689743 - 17689913
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | || | ||||||||||||||||||||||        ||||| || ||| |||||||||||||| |||||||    
T  17689743 tcatcaatatatcacatataatgatgttgcattagaatcatatatcacatatatgat--------atcaaatttaattaattctaattattt-aaataat 17689833  T
Q  101 aacatattaacgcttaatattattatcacttatcagatttgcattcaaaggcttattaaaataaaggaaatcaaatttcct 181  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17689834 aaaatattaacacttaatattattatcagttatcggatttgcattcaaaaacttatt-aaataaaggaaatcaaatttcct 17689913  T

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Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 27298563 - 27298393
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | || | ||||||||||||||||||||||        ||||| || ||| |||||||||||||| |||||||    
T  27298563 tcatcaatatatcacatataatgatgttgcattagaatcatatatcacatatatgat--------atcaaatttaattaattctaattattt-aaataat 27298473  T
Q  101 aacatattaacgcttaatattattatcacttatcagatttgcattcaaaggcttattaaaataaaggaaatcaaatttcct 181  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27298472 aaaatattaacacttaatattattatcagttatcggatttgcattcaaaaacttatt-aaataaaggaaatcaaatttcct 27298393  T

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Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 29310838 - 29310782
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgat 57  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||    
T  29310838 tcatcaatatatcacatataatgatgttgtattagaatcatatatcacatatatgat 29310782  T

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Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 28174030 - 28173943
Alignment:
Q  4 tcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattatt 91  Q
    |||||||||||||| || |||||| |||| | |||  ||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  28174030 tcaatatatcacatgtaatgatgttgtattagaattgtatatcacatatacgatattgatcaatcaatttcaattaattcttattatt 28173943  T

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Target: chr3 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 100
Target Start/End: Original strand, 10577710 - 10577809
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||    
T  10577710 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcagaatcatatatcacatatatgatcttgatcaatcaattttaattaattcttattatttaaaataat 10577809  T

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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 13213222 - 13213100
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||   || | |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  13213222 tcatcaatatatcacatataatgatgt---attagaatcatatatcacatatatgatattgatcaatcaattttaatcaattcttatta-tttaaataat 13213127  T
Q  101 aacatattaacgcttaatattattatc 127  Q
    || |||| ||| ||||||||| |||||    
T  13213126 aaaatatcaacacttaatattcttatc 13213100  T

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Target: scaffold0657 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0657
Description:

Target: scaffold0657; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 4645 - 4526
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||    
T  4645 tcatcaatatatcacatataatgatgttgtattagaatcatatatcacatatatgatattgatcaatcaattttaattaattcttatta-tttaaataat 4547  T
Q  101 aacatattaacgcttaatatt 121  Q
    || |||||||| |||||||||    
T  4546 aaaatattaacacttaatatt 4526  T

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Target: chr1 (Bit Score: 67; Significance: 6e-30; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 18253912 - 18253787
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat 100  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||    
T  18253912 tcatcaatatattacatataatgatgttgtattagaatcatatatcacatatatgatattgatcaatcaattttaattaattcttatta-tttaaataat 18253814  T
Q  101 aacatattaacgcttaatattattatc 127  Q
    || |||||||| ||||||||| |||||    
T  18253813 aaaatattaacacttaatattcttatc 18253787  T

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Target: scaffold0390 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0390
Description:

Target: scaffold0390; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 127
Target Start/End: Original strand, 12201 - 12326
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat 100  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||    
T  12201 tcatcaatatattacatataatgatgttgtattagaatcatatatcacatatatgatattgatcaatcaattttaattaattcttatta-tttaaataat 12299  T
Q  101 aacatattaacgcttaatattattatc 127  Q
    || |||| ||| ||||||||| |||||    
T  12300 aaaatatcaacacttaatattcttatc 12326  T

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Target: scaffold0234 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0234
Description:

Target: scaffold0234; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Original strand, 9594 - 9702
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaa--tttgaatcaattctaattattttaaata 98  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||| |||||| |||| ||||||||    
T  9594 tcatcaatatatcacatatattgatgtcgtatcagaatcatatatcacatatatgatcttgatcaatcaattttttaattaattcttatta-tttaaata 9692  T
Q  99 ataacatatt 108  Q
    |||| |||||    
T  9693 ataaaatatt 9702  T

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Target: chr5 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 8 - 126
Target Start/End: Original strand, 19712766 - 19712883
Alignment:
Q  8 tatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataataacatat 107  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||  | ||| |||| |||||||||||| ||||    
T  19712766 tatatcacatataatgatgttgtattagaatcatatatcacatatatgatattaatgaatcaattttaatttactcttatta-tttaaataataaaatat 19712864  T
Q  108 taacgcttaatattattat 126  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  19712865 taacacttaatattattat 19712883  T

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Target: scaffold0203 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0203
Description:

Target: scaffold0203; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Original strand, 28494 - 28621
Alignment:
Q  1 tcatcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat 100  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| |||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| || ||| |||| ||||||||||    
T  28494 tcatcaatatatcacatataataatgttgtattagaatcatatatcacatacatgatcttgatcaatcaattttaattaactctcatta-tttaaataat 28592  T
Q  101 -aacatattaacgcttaatattattatca 128  Q
     |  |||||||| ||||||||||||||||    
T  28593 gataatattaacacttaatattattatca 28621  T

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Target: scaffold1679 (Bit Score: 55; Significance: 9e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold1679
Description:

Target: scaffold1679; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 510 - 386
Alignment:
Q  2 catcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataata 101  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||   |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||| |||||| | || |||||||||||    
T  510 catcaatatatcacatataatgatgttgtatttgaatcatatatcacatatatgatatttatcaatc-attttaattaattcttaata-tttaaataata 413  T
Q  102 acatattaacgcttaatattattatca 128  Q
    | |||||||| ||||||||| ||||||    
T  412 aaatattaacacttaatattcttatca 386  T

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Target: chr7 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 3 - 128
Target Start/End: Original strand, 11541295 - 11541418
Alignment:
Q  3 atcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat-a 101  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||| |||||   |||||| ||||||| |    
T  11541295 atcagtatatcacatatactgatatcgtataagaatcatatatcacatatatgatgttgatcaatcagttttaattaattc---ttatttaaaataatga 11541391  T
Q  102 acatattaacgcttaatattattatca 128  Q
    | ||||||||  ||||||||| |||||    
T  11541392 aaatattaacatttaatattactatca 11541418  T

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Target: scaffold0008 (Bit Score: 45; Significance: 9e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 2 - 146
Target Start/End: Original strand, 228714 - 228855
Alignment:
Q  2 catcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat- 100  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||  |     ||||| ||||||||||     
T  228714 catcaatatatcatatacattgatgtcgtatcagaatcatatattacatatatgatatcgatcaatcaatttgaaata-----aatta-tttaaataata 228807  T
Q  101 aacatattaacgcttaatattattatca--cttatcagatttgcattc 146  Q
    || ||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  228808 aaaatattaacagttaatattattatcattattatcagatttgcattc 228855  T

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Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 9e-17; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 3 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 24637570 - 24637447
Alignment:
Q  3 atcaatatatcacatatactgatgtcgtatcaaaatcatatatcacatatatgatcttaatcaatcaatttgaatcaattctaattattttaaataat-a 101  Q
    |||||| |||||| |||||| || | |||| | ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||| ||| |||||   |||||| ||||||| |    
T  24637570 atcaatgtatcacgtatacttatatggtataagaatcatatatcacatgtatgatgttgatcaatcaattttaattaattc---ttatttaaaataatga 24637474  T
Q  102 acatattaacgcttaatattattatca 128  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||    
T  24637473 aaatattaacacttaatattattatca 24637447  T

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