View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17967_low_3 (Length: 358)

Name: NF17967_low_3
Description: NF17967
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17967_low_3
NF17967_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-348)||(29272907-29273230)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-347)||(18811823-18812146)
chr6 (15-57)||(18625544-18625586)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (18-348)||(12975260-12975566)
chr7 (191-327)||(40435277-40435412)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (15-313)||(6800974-6801264)
chr4 (15-239)||(27067263-27067480)
chr4 (43-239)||(27087976-27088165)
chr4 (260-322)||(27067196-27067259)
chr4 (260-322)||(27087909-27087972)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-348)||(29229878-29230197)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-284)||(24188921-24189178)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (86-315)||(53834683-53834900)
chr3 (210-348)||(7137966-7138103)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 29273230 - 29272907
Alignment:
Q  17 ctttcatagaggcggccccacctccaacactcatataggtaaatctatcaattgtacaccacagtgaagcacaccactcaaatataattgagctatagat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  29273230 ctttcatagaggcggccccacctctaacactcatataggtaaat-tatcaagtgtacatcacagtcaagcacaccactcaaatata--tgagctatagat 29273134  T
Q  117 ttattaagagtttataaactcaaccttcaacgctgtagtttacactatcctacaccatatggatgaattgtacgtcaaaaataaaatggctaggtgtctc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||| |     ||||||||||||||| || || | ||    
T  29273133 ttattaagagtttataaactcaacctccaacgctgtagcatacactatcctacaccacagggatgaact----ctcaaaaataaaatggata-gtctttc 29273039  T
Q  217 atcaaattgacaagcgacttgttcttacccatatgaacataaacttgcgaattttcacaatttatgttgggttaccatcgctctcaatttttgtattgga 316  Q
    |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29273038 aaaaaattgacaagcgacttgtttttacccatatgaacatagccttgcaaattttcacaatctatgttgggttaccatcactctcaatttttgtattgga 29272939  T
Q  317 cataatccatcccccttcgatgtatatatatt 348  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29272938 cataatccatcccccttcgatgtataaatatt 29272907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 347
Target Start/End: Original strand, 18811823 - 18812146
Alignment:
Q  17 ctttcatagaggcggccccacctccaacactcatataggtaaatctatcaattgtacaccacagtgaagcacaccactcaa-atataattgagctataga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||| | | |  |||| |    
T  18811823 ctttcatagaggcggccccacctccaacactcatataggtaaatctatcaagtgtacaccacaatcaagcacaccactcaacatatgagtta--tatata 18811920  T
Q  116 tttattaagagtttataaactcaaccttcaacgctgtagtttacactatcctacaccatatggatgaattgtacgtcaaaaataaaatggctaggtgtct 215  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |    ||||| |||||||| ||| |||||    
T  18811921 tttattaacaatttataacctcaaccttcaacgttgtagtatacactatcctacaccatagggatgaactct----caaaattaaaatggatag-tgtct 18812015  T
Q  216 catcaaattgacaagcgacttgttcttacccatatgaacataaacttgcgaattttcacaatttatgttgggttaccatcgctctcaatttttgtattgg 315  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18812016 aatcaaattgacaagtgacttgttcttacccatatgaacatagctttgcgaattttcacaatctatgttgggttaccatcactctcaatttttgtattgg 18812115  T
Q  316 acataatccatcccccttcgatgtatatatat 347  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  18812116 acataattcatccccctt-gatgtatatatat 18812146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 57
Target Start/End: Original strand, 18625544 - 18625586
Alignment:
Q  15 aactttcatagaggcggccccacctccaacactcatataggta 57  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||    
T  18625544 aactttcatagaggcgacctcacctccaacacttatataggta 18625586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 171; Significance: 9e-92; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 18 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 12975566 - 12975260
Alignment:
Q  18 tttcatagaggcggccccacctccaacactcatataggtaaatctatcaattgtacaccacagtgaagcacaccactcaaatataattgagctatagatt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  12975566 tttcatagaggcggccccacctccaacactcacataggtaaatctatcaagtgtacaccacactcaagcacaccactcaaatgta--tgagctatagatt 12975469  T
Q  118 tattaagagtttataaactcaaccttcaacgctgtagtttacactatcctacaccatatggatgaattgtacgtcaaaaataaaatggctaggtgtctca 217  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||                 |||||||||||| ||||||||| |     | ||||||||||| ||| |||||||    
T  12975468 tattaaaagtttataaattcaaccttcaa-----------------tcctacaccatagggatgaattctt----acaaataaaatggatag-tgtctca 12975391  T
Q  218 tcaaattgacaagcgacttgttcttacccatatgaacataaacttgcgaattttcacaatttatgttgggttaccatcgctctcaatttttgtattggac 317  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12975390 tcaaattgacaaacgacttgttcttaaccatatgaacgtaaccttgcgaattttcacaatttatgttgggttaccatcgctctcaatttttgtattggac 12975291  T
Q  318 ataatccatcccccttcgatgtatatatatt 348  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12975290 ataatccatccccctttgatgtatatatatt 12975260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 191 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 40435412 - 40435277
Alignment:
Q  191 tcaaaaataaaatggctaggtgtctcatcaaattgacaagcgacttgttcttacccatatgaacataaacttgcgaattttcacaatttatgttgggtta 290  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||| |     ||  | ||||||||||| ||| ||||||||    
T  40435412 tcaaaaataaaatggatag-tgtctcatcaaattgacaaataacttattcttacccatatgaaaagttctttatgcattttcacaatctatattgggtta 40435314  T
Q  291 ccatcgctctcaatttttgtattggacataatccatc 327  Q
     |||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  40435313 tcatcactcttaatttttgtattgaacataattcatc 40435277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 161; Significance: 8e-86; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 15 - 313
Target Start/End: Original strand, 6800974 - 6801264
Alignment:
Q  15 aactttcatagaggcggccccacctccaacactcatataggtaaatctatcaattgtacacca-cagtgaagcacaccactcaaatataattgagctata 113  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||| | |||| ||| |||||||||| |||||  |||||||||    
T  6800974 aactttcatagaggcggcctcacctccaacactcatataggtgactctatcaggtgtacactatcagtcaagtacaccactcatatata--tgagctata 6801071  T
Q  114 gatttattaagagtttataaactcaaccttcaacgctgtagtttacactatcctacaccatatggatgaattgtacgtcaaaaataaaatggctaggtgt 213  Q
    |||| |||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |    ||||||||||||||  || |||    
T  6801072 gattcattaagagt--aaaaactcaaccttcaacgctgtagtatacactatcctacaccatagggatgaacttt----caaaaataaaatggacag-tgt 6801164  T
Q  214 ctcatcaaattgacaagcgacttgttcttacccatatgaacataaacttgcgaattttcacaatttatgttgggttaccatcgctctcaatttttgtatt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6801165 ctcatcaaattgacaagcgacttgttcttacccatatgaacatagccttgcgaattttcacaatctatgttgggttaccatcactctcaatttttgtatt 6801264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 27067480 - 27067263
Alignment:
Q  15 aactttcatagaggcggccccacctccaacactcatataggtaaatctatcaattgtacaccacagtgaagcacaccactcaaatataattgagctatag 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||| ||||||| || |||||||||  ||||||||||    
T  27067480 aactttcatagaggcggcctcacctccaacactcatacaggtaaatctatcaagtgtacatcatagtcaagcacaacagtcaaatata--tgagctatag 27067383  T
Q  115 atttattaagagtttataaactcaaccttcaacgctgtagtttacactatcctacaccatatggatgaattgtacgtcaaaaataaaatggctaggtgtc 214  Q
    |||||||||||||||||||| | | ||| |||| | ||||| |||||||||||| | |||| ||||||| | ||    |||| |||||||| ||  ||||    
T  27067382 atttattaagagtttataaattgatcctccaacacagtagtatacactatcctaaaacatagggatgaactcta----aaaattaaaatggata-atgtc 27067288  T
Q  215 tcatcaaattgacaagcgacttgtt 239  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||    
T  27067287 tcaacaaattgacaagcaacttgtt 27067263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 43 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 27088165 - 27087976
Alignment:
Q  43 acactcatataggtaaatctatcaattgtacaccacagtgaagcacaccactcaaatataattgagctatagatttattaagagtttataaactcaacct 142  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||| ||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||    
T  27088165 acactcatacaggtaaatctatcaagtgtacatcatagtcaagcacaacagtcaaatata--tgagctatagatttattaagagtttataaattgatcct 27088068  T
Q  143 tcaacgctgtagtttacactatcctacaccatatggatgaattgtacgtcaaaaataaaatggctaggtgtctcatcaaattgacaagcgacttgtt 239  Q
     |||| | ||||| |||||||||||| | |||| ||||||| | ||    |||| |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  27088067 ccaacacagtagtatacactatcctaaaacatagggatgaactcta----aaaattaaaatggata-atgtctcaacaaattgacaagcaacttgtt 27087976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 260 - 322
Target Start/End: Original strand, 27067196 - 27067259
Alignment:
Q  260 cttgcgaatttt-cacaatttatgttgggttaccatcgctctcaatttttgtattggacataat 322  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27067196 cttgcgaatttttcacaatctatgttgggttaccatcactctcaatttttgtattggacataat 27067259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 260 - 322
Target Start/End: Original strand, 27087909 - 27087972
Alignment:
Q  260 cttgcgaatttt-cacaatttatgttgggttaccatcgctctcaatttttgtattggacataat 322  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27087909 cttgcgaatttttcacaatctatgttgggttaccatcactctcaatttttgtattggacataat 27087972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 348
Target Start/End: Original strand, 29229878 - 29230197
Alignment:
Q  15 aactttcatagaggcggccccacctccaacactcatataggtaaatctatcaattgtacaccacagtgaagcacaccactcaaatataattgagctatag 114  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||| ||||||   ||    |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  29229878 aactttcatagaggcgacctcatctccaacattcatatctata----tatcaagtgtacaccacagtcaaacacaccactcaaatata--tgagctatag 29229971  T
Q  115 atttattaagagtttataaactcaaccttcaacgctgtagtttacactatcctacaccatatggatgaattgtacgtcaaaaataaaatggctaggtgtc 214  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||||  |||  || ||| |||| |||||||||||||| ||||||| | | | |  ||||||| |||| ||| ||||    
T  29229972 atttattaaaagt--ataaactcaacctcaaacaatgcagtatacattatcctacaccatagggatgaactct-cat--aaaataatatggatag-tgtc 29230065  T
Q  215 tcatcaaattgacaagcgacttgttcttacccatatgaacataaacttgcgaattttcacaatttatgttgggttaccatcgctctcaatttttgtattg 314  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||  | |||    
T  29230066 tcatcaaaatgacaagcgacttgttcttacccatatgaacatagcgttgctaattttcacaatctatgttgtgttaccatcactctcaatttt--ttttg 29230163  T
Q  315 gacataatccatcccccttcgatgtatatatatt 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29230164 gacataatccatcccccttcgatgtatatatatt 29230197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 6e-62; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24189178 - 24188921
Alignment:
Q  17 ctttcatagaggcggccccacctccaacactcatataggtaaatctatcaattgtacaccacagtgaagcacaccactcaaatataattgagctatagat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||| |||| |||||||||  ||||||||||||    
T  24189178 ctttcatagaggcggccccacctccaacactcatataggtaaatctatcaagtgtgcaccacattcaagcataccattcaaatata--tgagctatagat 24189081  T
Q  117 ttattaagagtttataaactcaaccttcaacgctgtagtttacactatcctacaccatatggatgaattgtacgtcaaaaataaaatggctaggtgtctc 216  Q
    || |||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |     ||||||  ||||||| || |||||||    
T  24189080 ttgttaagag--tataaactcaaccttaaacgttgtagtatacactatcctacaccata-ggatgaact----ctcaaaataaaaatggata-gtgtctc 24188989  T
Q  217 atcaaattgacaagcgacttgttcttacccatatgaacataaacttgcgaattttcacaatttatgtt 284  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||  |||||||||||| ||||||    
T  24188988 aacaaattgacaagtgacttgttcttacccatataaacatagccttgtaaattttcacaatctatgtt 24188921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 86 - 315
Target Start/End: Original strand, 53834683 - 53834900
Alignment:
Q  86 cacaccactcaaatataattgagctatagatttattaagagtttataaactcaaccttcaacgctgtagtttacactatcctacaccatatggatgaatt 185  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||     ||||||| |||||||||    
T  53834683 cacacaactcaaatata--tgagctatagatttattaagagtttataaacccaaccttcaacgttgtagtttacacta-----caccatagggatgaatt 53834775  T
Q  186 gtacgtcaaaaataaaatggctaggtgtctcatcaaattgacaagcgacttgttcttacccatatgaacataaacttgcgaattttcacaatttatgttg 285  Q
     |    |||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  53834776 ct----caaaaataaaatggataa-tgtttcatcaaattgacaaatgacttgttcttacccttatgaacataatcttgcaaattttcacaatttatgttg 53834870  T
Q  286 ggttaccatcgctctcaatttttgtattgg 315  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  53834871 ggttaccatcactctcaatttttgtattgg 53834900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 210 - 348
Target Start/End: Original strand, 7137966 - 7138103
Alignment:
Q  210 gtgtctcatcaaattgacaagcgacttgttcttacccatatgaacataaacttgcgaattttcacaatttatgttgggttaccatcgctctcaatttttg 309  Q
    |||||||| | |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |  | |     
T  7137966 gtgtctcaacgaattaacaagtgacctgttcttacccatatgaacat-accttgtgatttttcacaatttatgttgggttaccgtcactctctaagtctc 7138064  T
Q  310 tattggacat-aatccatcccccttcgatgtatatatatt 348  Q
    |||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  7138065 tattggacataaatcca-cccacctcgatgtatatatatt 7138103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University