View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17971_low_1 (Length: 926)

Name: NF17971_low_1
Description: NF17971
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17971_low_1
NF17971_low_1
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (18-577)||(38321676-38322235)
chr8 (649-923)||(38322307-38322581)
chr8 (26-481)||(38300936-38301397)
chr8 (19-468)||(38309571-38310026)
chr8 (19-532)||(38317582-38318107)
chr8 (28-516)||(38306838-38307329)
chr8 (19-504)||(38314172-38314667)
chr8 (18-358)||(38326388-38326728)
chr8 (429-529)||(38326805-38326908)
chr8 (736-789)||(38301661-38301715)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (25-356)||(38849411-38849748)
chr4 (445-555)||(38849199-38849312)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 524; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 524; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 577
Target Start/End: Original strand, 38321676 - 38322235
Alignment:
Q  18 gttgctgtccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaaaatcccaacttgatatttacttagctgagt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321676 gttgctgtccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaaaatcccaacttgatatttacttagctgagt 38321775  T
Q  118 cacatttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagactt 217  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321776 caaatttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagactt 38321875  T
Q  218 gttaagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttg 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321876 gttaagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcataggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttg 38321975  T
Q  318 gatgctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  38321976 gatgctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgttcgcgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtattgttttggtaa 38322075  T
Q  418 ctagttttcactttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggagaagatgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatga 517  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38322076 ctagttgtcactttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggagaagacgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgacagtgatga 38322175  T
Q  518 ctaaatggagcaagcatctaatggttttgattttgaagtcaaacgccgatggtgatgatg 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38322176 ctaaatggagcaagcatctaatggttttgattttgaagtcaaacgccggtggtgatgatg 38322235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 649 - 923
Target Start/End: Original strand, 38322307 - 38322581
Alignment:
Q  649 aactatatagagttgttaggttatggtttgttgacttaccggtggattatatatttttgtgattatggacttgtttttgatgtgtactatgtggatttgt 748  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38322307 aactatataaagttgttaggttatggtttgttgacttaccggtggattttatatgtttgtgattatggacttgtttttgacgtgtactatgtggatttgt 38322406  T
Q  749 ttactttttaatgttggatgaagttagtatgtaattccatgtttaaggaaacaagattatgatcaaattataattttctttattcttgtgaattattctc 848  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38322407 ttactttttaatgttggatgaagttagtatgtaattccatgtttaaggaaacaagattatgatcaaattataattttctttattcttgtgaattattctc 38322506  T
Q  849 ttaaattgcactttcaagttgtagagcttctagctcttgcatttggcttttgggttccatcctttgctactccac 923  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  38322507 ttaaattgcactttcaagttgtagagcttctagctcttgcattcggcttttgggttccatcttttgattctccac 38322581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 26 - 481
Target Start/End: Original strand, 38300936 - 38301397
Alignment:
Q  26 ccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaa------aatcccaacttgatatttacttagctgagtca 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| | ||||||||||||| ||      ||||  |||||||| ||||||||| |||||||    
T  38300936 ccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccatcaacagcttgttactgaaactgggaaatctgaacttgatgtttacttagatgagtca 38301035  T
Q  120 catttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgt 219  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  38301036 aatttggattttcgttgtgatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctatcaatattggcttgcgacttgt 38301135  T
Q  220 taagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttgga 319  Q
    ||||||||||| ||| |||  ||||||| ||||| || |||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  38301136 taagtgttcccattaccaccgtcgcttccgattttgagttttgcatgggctcacgcgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatgaatgtgga 38301235  T
Q  320 tgctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataact 419  Q
      ||||| | ||||||||||  |||||| ||||||||||| |  |||||||| || | ||||| | |||||||| |||||||| || || |||||||||     
T  38301236 aactagaatgtgtactcgcacctggttgcacaattttgttaataatggtaatttatggaatttgaatgtaaatagatatgattttattggtttgataacc 38301335  T
Q  420 agttttcactttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggagaagatgacgatga 481  Q
    | | |||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  38301336 actgttcaattgaattataaacctcttcaattatgatatgtagatggagaagatgatgatga 38301397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 38309571 - 38310026
Alignment:
Q  19 ttgctgtccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaa------aatcccaacttgatatttacttagc 112  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   |||||   |||||||||||||| ||      |||| ||||||||| |||||||||     
T  38309571 ttgctttccttttcacgtgtgagatataataggaattgaaagtgcaccaacggcagcttgttactgaaactgaaaaatctcaacttgatgtttacttaga 38309670  T
Q  113 tgagtcacatttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcga 212  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||  |     
T  38309671 tgagtcaaatttggattttcattgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagaaataataatcgatttccggatctatcaattctggcctgc 38309770  T
Q  213 gacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatga 312  Q
    |||||||||||| ||||| ||| |||| |||| |||||||| || |||||||||||||  |  || |||||||| ||||||||||||||||| || |  |    
T  38309771 gacttgttaagttttcccattaccactgtcgcatctgattttgagttttgcatgggctcacgtgtgtttaacaaatataaagatcgtatgttgccaaata 38309870  T
Q  313 atttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgtttt 412  Q
    || ||||  ||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||||  | |||||||| || ||||||| | |||||||| ||||||||  | ||||||    
T  38309871 atgtggaaactagaatatgtactcgcacttggttgcacaattttgttggcaatggtaatttatgtaatttgaatgtaaatatatatgatttaattgtttt 38309970  T
Q  413 gataactagttttcactttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggag 468  Q
    |||| | | | |||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||    
T  38309971 gatagccactgttcaatttaattattatcctcctcaattatgatatgtagatggag 38310026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 19 - 532
Target Start/End: Original strand, 38317582 - 38318107
Alignment:
Q  19 ttgctgtccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactg------gaaaatcccaacttgatatttacttagc 112  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||   ||||||||||||||      ||||||| ||||||||| |||||||||     
T  38317582 ttgctttccttttcacgtgtgaaatataataggaattgaaagtgcaccaacggcagcttgttactgaaactagaaaatctcaacttgatgtttacttaga 38317681  T
Q  113 tgagtcacatttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcga 212  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |     
T  38317682 tgagtcaaatttggattttcattgttatgaagatatggatgtattacaatggtggaagagaaataataatcgatttccggatctatcaatattagcttgc 38317781  T
Q  213 gacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatga 312  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||| | ||||||||||  || ||||||||||| |  |  || |||||||||||| ||||||||| | | || | ||    
T  38317782 gacttgttaagtgttcccattgccactgttgcttctgattctgaattttgcatgggttcacgtgtctttaacaagtatgaagatcgtacgctgcccacga 38317881  T
Q  313 atttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgttcacgatggtaatctac---gtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgt 409  Q
    || ||||  ||||| | |||||||||| |||||| |||||||||||   ||||||||||||||   ||  ||||| |||||||| ||||||||||| | |    
T  38317882 atgtggaaactagaatctgtactcgcagttggttatacaattttgtaagcgatggtaatctactatgttctttaaatgtaaataaatatgattgtattct 38317981  T
Q  410 tttgataactagttttcactttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggagaagatgac---gatgactttgaagaaataatgaatgaaact 506  Q
    | ||||||| |||  ||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||   ||||||  |||   |||||||| || | |||||||||||||| |    
T  38317982 tctgataaccagtggtcaattttattattaacctcttcaattgtgatatgtagacagagaaggcgacagagatgacttggatggaataatgaatgaaatt 38318081  T
Q  507 gatagtgatgactaaatggagcaagc 532  Q
    |||| || |||  |||||| ||||||    
T  38318082 gataatggtgaaaaaatggtgcaagc 38318107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 28 - 516
Target Start/End: Original strand, 38306838 - 38307329
Alignment:
Q  28 ttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttac------tggaaaatcccaacttgatatttacttagctgagtcaca 121  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||   | ||| | |||||||||||      || ||| || ||||||||| ||||||||| ||||||| |    
T  38306838 ttttcacttgtgaaatacaataggaattgaaaatgaaacatcaacagcttgttaccgaaactgaaaagtctcaacttgatgtttacttagatgagtcaga 38306937  T
Q  122 tttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttgtta 221  Q
    ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| | |||||||||    
T  38306938 tttgggttttctttgtaatgaagatatggatgtattacaatggtggaagagtaataatgatcgatatccagatctatcaatactggcttgtgacttgtta 38307037  T
Q  222 agtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttggatg 321  Q
    ||||||||| ||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||      
T  38307038 agtgttcccattaccactgtggcttctgattttgaattttgcatgggctcacgcgtgtttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatggatgtggaaa 38307137  T
Q  322 ctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgttttgataactag 421  Q
    ||||| ||||| |||||| |||| |||||||||| |||   |||||||||||  ||||||| | |||      |||||||| |  |||||||||||| |     
T  38307138 ctagaatttgtgctcgcagttggctgtacaatttcgttagtgatggtaatctgtgtaatttgaatgt------atatgattctgttgttttgataaccac 38307231  T
Q  422 ttttcactttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttgg---agaagatgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatg 516  Q
    |  ||| ||  ||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||   ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  38307232 tggtcaattacattgttaacctcttcaattatgatttgtagatggaaaagacgatgaagacgactttgaagaaataatgaatgaaattgatggtgatg 38307329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 504
Target Start/End: Original strand, 38314172 - 38314667
Alignment:
Q  19 ttgctgtccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttact------ggaaaatcccaacttgatatttacttagc 112  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| | ||||||||||||      ||||| ||  |||||||| ||||||| |     
T  38314172 ttgctttctttttaacttgtgaaatataatatgaattgaaaatgcaccatcaacagcttgttactaaaactggaaagtctgaacttgatgtttactttga 38314271  T
Q  113 tgagtcacatttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcga 212  Q
     |||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  38314272 cgagtcagatttgaattttggttcttatgaagatatggatgtattacaatggtggaagagtaattcaaatcgatttccagatctatcaatattggcttgc 38314371  T
Q  213 gacttgttaagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatga 312  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||  | ||||||||||| || |||||||||||||  |  || || ||||||||||||||||| |||||||| |||     
T  38314372 gacttgttaagtgttcccattgccacagtggcttctgattttgaattttgcatgggctcacgtgtgttaaacaagtataaagatcgcatgttaccaatgg 38314471  T
Q  313 atttggatgctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgttcacgatggtaatctacgtaatttaagtgtaaatacatatgattgtactgtttt 412  Q
    || ||||  ||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||   ||||||||||||  |||||||| ||| |||| | || | |||| ||||||    
T  38314472 atgtggaaactagaatttgcactcgcagttggctgtacaattttgttagtgatggtaatctatctaatttaaatgtgaatataaataagtgtattgtttt 38314571  T
Q  413 gataacta-gttttcactttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggagaa---gatgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaa 504  Q
    |||||| |  |    | |||| ||||||| || ||| |||||||||||||| |||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38314572 gataaccacctgggtaatttagttattaatctcttcgattatgatatgtagatggagaagacgacgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaa 38314667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 358
Target Start/End: Original strand, 38326388 - 38326728
Alignment:
Q  18 gttgctgtccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttactggaaaatcccaacttgatatttacttagctgagt 117  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| | || |||||||||||||| || ||||||||| ||||||| | ||| |    
T  38326388 gttgctttccttttcacttgtgaaatgtaataggaattgaaaatgcaccatcaacaacttgttactggaaagtctcaacttgatgtttacttggatgaat 38326487  T
Q  118 cacatttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagactt 217  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | |||||    
T  38326488 caagtttggattttcgttgttatgaagacatggatgtattagaatggtggaagagtaattataattgatttccagatctatcaattttggcttgtgactt 38326587  T
Q  218 gttaagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttg 317  Q
    ||||||||||||| ||  |||| |||| ||||||||||| |||||||||||    | ||| ||| | ||||||||||| | |||| | || |||||| ||    
T  38326588 gttaagtgttcccattgccactgtcgcatctgatttggaattttgcatgggtgcacgcgtatttgaaaagtataaagaccttatgctgcctatgaatgtg 38326687  T
Q  318 gatgctagattttgtactcgcaattggttgtacaattttgt 358  Q
    || || ||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  38326688 gaagccagaatctgtacttgcagttggttgtacaattttgt 38326728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 429 - 529
Target Start/End: Original strand, 38326805 - 38326908
Alignment:
Q  429 tttaattattaaccttttcaattatgatatgtagttggagaagatgac---gatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatgactaaatgg 525  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || ||| ||||||   ||||||||||||||||  ||||| |||| |||  | |||||  ||||||    
T  38326805 tttaattattaacctcttcaattttgatatgtagatgaagaggatgacgatgatgactttgaagaaactatgaacgaaattgacggcgatgaaaaaatgg 38326904  T
Q  526 agca 529  Q
    ||||    
T  38326905 agca 38326908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 736 - 789
Target Start/End: Original strand, 38301661 - 38301715
Alignment:
Q  736 tatgtggatttgtttactttttaa-tgttggatgaagttagtatgtaattccatg 789  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  38301661 tatgtgtatttgtttactttctaaatgttggatgaaattagtatttaattccatg 38301715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 159; Significance: 3e-84; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 25 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 38849748 - 38849411
Alignment:
Q  25 tccttttcacttgtgaaatataataggaattgaaaactcaccatgagcagcttgttac------tggaaaatcccaacttgatatttacttagctgagtc 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||| |||||||||||||      |||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  38849748 tccttttcacttgtgaaatgtaataggaattgaaagtgcaccatcagcagcttgttaccaaaactggaaagtctcaacttgatgtttacttagatgagtc 38849649  T
Q  119 acatttggattttcgttgttatgaagatatggatgtattacagtggtggaagagtaataataatcgatttccagatctttcaatattggctcgagacttg 218  Q
    |  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||  | ||||||    
T  38849648 agttttggattttcgttgttatgcagaaatggatgtattacaatggtggaagagtaataatgatcgatttccggatctatcaatattggcctgcgacttg 38849549  T
Q  219 ttaagtgttcccgttaacactatcgcttctgatttggatttttgcatgggcttgcacgtttttaacaagtataaagatcgtatgttaccgatgaatttgg 318  Q
    |||||||||||| ||  | || | ||||||||||  || |||||||||||||  |  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  38849548 ttaagtgttcccattgccgctgtagcttctgattctgaattttgcatgggctcacgtgtctttaacaagtataaagatcgtatgttgccgatgaatgtgg 38849449  T
Q  319 atgctagattttgtactcgcaattggttgtacaatttt 356  Q
    | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38849448 aagctagaatttgtactcgcagttggttgtacaatttt 38849411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 445 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 38849312 - 38849199
Alignment:
Q  445 ttcaattatgatatgtagttggagaaga---tgacgatgactttgaagaaataatgaatgaaactgatagtgatgactaaatggagcaagcatctaatgg 541  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||   |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||     
T  38849312 ttcaattatgatatgtagatggagaagacgatgacgacgactttgaagaaataaagaatgaaattgataatgatgaaaaaatggagcaagcttctaatga 38849213  T
Q  542 ttttgattttgaag 555  Q
     |||| ||||||||    
T  38849212 ctttggttttgaag 38849199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University