View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17972_high_59 (Length: 223)

Name: NF17972_high_59
Description: NF17972
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17972_high_59
NF17972_high_59
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (1-201)||(37593498-37593698)
chr5 (1-201)||(37695889-37696089)
chr5 (1-201)||(37532394-37532594)
chr5 (20-201)||(37823217-37823398)
chr5 (20-201)||(37401664-37401845)
chr5 (20-201)||(37639059-37639240)
chr5 (26-201)||(37710823-37710998)
chr5 (47-201)||(37702023-37702177)
chr5 (21-201)||(37393543-37393723)
chr5 (21-199)||(37382994-37383172)
chr5 (21-199)||(37435024-37435202)
chr5 (21-199)||(37428366-37428543)
chr5 (122-201)||(37413831-37413910)
chr5 (63-151)||(26437679-26437767)
chr5 (63-151)||(26451048-26451136)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (21-201)||(14552686-14552866)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (26-201)||(16843662-16843837)
chr4 (21-201)||(24218397-24218577)
chr4 (49-197)||(16846334-16846481)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Original strand, 37593498 - 37593698
Alignment:
1 tcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37593498 tcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagg 37593597  T
101 gcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37593598 gcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcg 37593697  T
201 t 201  Q
    |    
37593698 t 37593698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Original strand, 37695889 - 37696089
Alignment:
1 tcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagg 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37695889 tcattatagtaataaccgtcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagg 37695988  T
101 gcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37695989 gcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcg 37696088  T
201 t 201  Q
    |    
37696089 t 37696089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Original strand, 37532394 - 37532594
Alignment:
1 tcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagg 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
37532394 tcattatagtaataacccgcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattcctttaaagttcttgatgcatgatattggcaagg 37532493  T
101 gcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcg 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37532494 gcccactaaaattgttgttagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcg 37532593  T
201 t 201  Q
    |    
37532594 t 37532594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 201
Target Start/End: Original strand, 37823217 - 37823398
Alignment:
20 cacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgat 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
37823217 cacccatgtattgcaaaccaatttggtcgtcactcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtt 37823316  T
120 agaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 201  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
37823317 agagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 37823398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 37401845 - 37401664
Alignment:
20 cacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgat 119  Q
    ||||| |||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
37401845 cacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtt 37401746  T
120 agaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 201  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
37401745 agagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 37401664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 201
Target Start/End: Original strand, 37639059 - 37639240
Alignment:
20 cacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgat 119  Q
    ||||| |||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
37639059 cacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtt 37639158  T
120 agaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 201  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
37639159 agagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 37639240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 26 - 201
Target Start/End: Original strand, 37710823 - 37710998
Alignment:
26 tgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaac 125  Q
    ||||||||| | ||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
37710823 tgtattgcagatcaatttttttgtcattcaccttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgctggcaagggcccactaaaattgttgttagagac 37710922  T
126 atcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 201  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
37710923 atcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 37710998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 47 - 201
Target Start/End: Original strand, 37702023 - 37702177
Alignment:
47 tgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttagg 146  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
37702023 tgtcatttacattaatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagaggcatcaaaaattctcaacttagg 37702122  T
147 aaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
37702123 aaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgt 37702177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 37393723 - 37393543
Alignment:
21 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 120  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||    
37393723 acccatgtattgcaaaccaatttggctgttattcacatccatcattccttgaaagttcttgaagcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttacta 37393624  T
121 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 201  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||    
37393623 gagacatcataaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgacccatgaagatgatttgatcgt 37393543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 21 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 37383172 - 37382994
Alignment:
21 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 120  Q
    |||| |||||||||||||| | |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
37383172 acccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaaattcttgatgcacgatgttggcaagggcccaataaaattgttgtta 37383073  T
121 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatc 199  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||    
37383072 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatggatgtttggtgctagagcatgtgattgcgccatgaagtttatttgatc 37382994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 21 - 199
Target Start/End: Original strand, 37435024 - 37435202
Alignment:
21 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 120  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| |      
37435024 acccatgtattgcaaaccaatctggctatcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatacatgatgttggcaaggatccactaaaattgtt-acc 37435122  T
121 gaa-acatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatc 199  Q
    ||| |  ||||||||||| ||||||| ||| | ||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||    
37435123 gaagatgtcaaaaattcttaacttagaaaaaggatggttggtgttagaacaggtgattgaaccattaagtttatttgatc 37435202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 21 - 199
Target Start/End: Original strand, 37428366 - 37428543
Alignment:
21 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 120  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||| | ||  ||    
37428366 acccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaaattttatta 37428465  T
121 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatc 199  Q
     | |  || |||||||||||||| || |||| ||| |||||  ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||    
37428466 tagatgtcgaaaattctcaactt-gggaatggatgtttggtcatagaacaagtgattgtaccatgcagtttatttgatc 37428543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 122 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 37413910 - 37413831
Alignment:
122 aaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 201  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
37413910 aaacataaaatattctcaacttgggaaatgtatgctttgtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 37413831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 151
Target Start/End: Original strand, 26437679 - 26437767
Alignment:
63 cattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatg 151  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | ||| ||||| |  ||||||||||| ||| | || ||||||||||  ||||||||||||||||    
26437679 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26437767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 151
Target Start/End: Original strand, 26451048 - 26451136
Alignment:
63 cattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatg 151  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | ||| ||||| |  ||||||||||| ||| | || ||||||||||  ||||||||||||||||    
26451048 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26451136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 21 - 201
Target Start/End: Original strand, 14552686 - 14552866
Alignment:
21 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 120  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||    
14552686 acccatgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacgttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgtta 14552785  T
121 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 201  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||||    
14552786 gagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttgatgctagaacaggtgattgctccgtgaagatgatttgatcgt 14552866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 128; Significance: 2e-66; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 26 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 16843837 - 16843662
Alignment:
26 tgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaac 125  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||    
16843837 tgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagac 16843738  T
126 atcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||    
16843737 atcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgt 16843662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 21 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 24218577 - 24218397
Alignment:
21 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 120  Q
    |||| ||||||||||||||  ||   || |||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||| ||||  ||||| ||   |    
24218577 acccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattcttgaggcaagatgttggcacggggccacggaaattattacca 24218478  T
121 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgt 201  Q
    || |||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
24218477 gagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgattccaccatgaagatgatttgatcgt 24218397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 16846481 - 16846334
Alignment:
49 tcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaa-acatcaaaaattctcaacttagga 147  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| || ||| |  || ||||||||||| || |||    
16846481 tcattcgcgttcatcattccttgaaaattcttgatacatgatgttggcaacggtccactgaatttgtt-atcgaagatgtccaaaattctcaattt-gga 16846384  T
148 aatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttga 197  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||    
16846383 aatggatgcttggtgctagaacatgtgattgaaccataaagtttatttga 16846334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University