View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17972_low_1 (Length: 1015)

Name: NF17972_low_1
Description: NF17972
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17972_low_1
NF17972_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-1002)||(25795401-25796363)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (394-427)||(6252511-6252544)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 755; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 755; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 1002
Target Start/End: Original strand, 25795401 - 25796363
Alignment:
Q  15 cataggtgttgtgattgtgagatgttattaaatattataggtcatgtttttgtgttaccaaaagaagcttcagctgaaagaaataagcttgtatggttaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25795401 cataggtgttgtgattgtgagatgttattaaatattataggtcatgtttttgtgttaccaaaagaagcttcagctgaaagaaataagcttgtatggttaa 25795500  T
Q  115 gttatatagttcagaaccttatagaataagttacatgaatgaaatacctggctctgtgggcacaagtgccagcttcattctcagattaggccaaaccttg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  25795501 gttatatagttcagaaccttatagaataagttacatgaatgaaatacctggctctgtgggcacaagtgccagcttcattctcagattaggccagactttg 25795600  T
Q  215 ttttcatctgcttcccttctttttatgtctttgggggttgaattctacagctacacagctttctggtaccnnnnnnnnnnnngttattctctttgttatg 314  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||            | ||||||||||||||||    
T  25795601 ttttcatctgcttcccttctctttatgtctttgggagttgaattctatagctacacagctttctggtaccttttatctttttgctattctctttgttatg 25795700  T
Q  315 atgataatcttaatttatgtagcacagataacttagactgaaattgtgttcggtttctaacacatcactaacata--gtatttacatttaactaaattat 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||| || ||    
T  25795701 atgataatcttaatttatgtagcacatataactcagactgaaattgtgtttggtttctaacacgccactaacatatagtatttacatttaactatatcat 25795800  T
Q  413 tttctcaaattattacccgtgtcgacaacgtgttagtgacattgtatgtctagtatccatgtttcataggtagtaaatttgtcgaattagtaaattcata 512  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||    
T  25795801 tttctcaaattattacccatgtcgacaacgtgt--------------gtctagtatccatgtttcataggtagt-----------------aaattcata 25795869  T
Q  513 acataaaaggaaaggaggcatgagcagattgagatcaatcacattagtaaattcgtcgaatttctataattatgtagctaattgtgtgtgttcattattc 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25795870 acataaaaggaaaggaggcatgagcagattgagatcaatcacattagtaaattcgtcgaatttctataattatgtagctaattgtgtgtgttcattattc 25795969  T
Q  613 atgtgctagctatttggtgacaatcatgggtttggttataccttggagtttcacattagcattggttgatggatactcagtactagtcaaatgtcccatt 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25795970 atgtgctagctatttggtgacaatcatgggtttggttataccttggagtttcacattagcattggtagatggatactcagtactagtcaaatgtcccatt 25796069  T
Q  713 cgtcaaccaggaatattgttgattattgttgttggagattgggtatgta----ctttctttctgatttataagctaacttagtacatgtttgaattgacg 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25796070 cgtcaaccaggaatattgttgattattgttgttggagattgggtatgtagtacttttctttctgatttataagctaacttagtacatgtttgaattgacg 25796169  T
Q  809 attaatatgatgaagttacggtggcactttgaactcgacgtcagtccatacatgcatttggataagaaactagcagccaataggttgataactctagttt 908  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25796170 attaatatgatgaagttacagtggcactttgaactcgacgtcagtccatacatgcatttggataagaaactagcagccaataggttgataactctagttt 25796269  T
Q  909 atctgctacaggtattatcaaccctgacactagcagcagctgcctcaacagctagtgttgtagatctcctgctaaattctcaaggatctttttg 1002  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25796270 atttgctacaggtattatcaaccctgacactagcagcagctgcctcaacagctagtgttgtagatctcctgctaaattctcaaggatctttttg 25796363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 394 - 427
Target Start/End: Original strand, 6252511 - 6252544
Alignment:
Q  394 ttacatttaactaaattattttctcaaattatta 427  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6252511 ttacatttaattaaattattttctcaaattatta 6252544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University