View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17972_low_27 (Length: 381)

Name: NF17972_low_27
Description: NF17972
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17972_low_27
NF17972_low_27
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-339)||(14552741-14553078)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (2-339)||(37702052-37702389)
chr5 (2-361)||(37593573-37593932)
chr5 (2-361)||(37695964-37696323)
chr5 (2-361)||(37401430-37401789)
chr5 (2-361)||(37532469-37532828)
chr5 (2-361)||(37823273-37823632)
chr5 (14-339)||(37393331-37393656)
chr5 (2-355)||(37639115-37639468)
chr5 (1-367)||(37382752-37383118)
chr5 (2-357)||(37710873-37711228)
chr5 (50-367)||(37413591-37413908)
chr5 (14-367)||(37435091-37435444)
chr5 (28-77)||(26437718-26437767)
chr5 (28-77)||(26451087-26451136)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-361)||(16843428-16843781)
chr4 (56-361)||(16846096-16846400)
chr4 (1-367)||(24218157-24218523)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 2 - 339
Target Start/End: Original strand, 14552741 - 14553078
Alignment:
Q  2 ttcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtga 101  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  || | ||||| || ||||    
T  14552741 ttcttgatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttgatgctagaacaggtga 14552840  T
Q  102 ttgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaag 201  Q
    |||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14552841 ttgctccgtgaagatgatttgatcgtaaacttagcacttgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaag 14552940  T
Q  202 gtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||     
T  14552941 gtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtagtggtcctttcaattggtttccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttt 14553040  T
Q  302 gaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcat 339  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  14553041 gaaaaggttctaggaatgattccatagaggttgttcat 14553078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 2 - 339
Target Start/End: Original strand, 37702052 - 37702389
Alignment:
Q  2 ttcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtga 101  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||| || ||||    
T  37702052 ttcttgatgcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagaggcatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtga 37702151  T
Q  102 ttgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaag 201  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37702152 ttgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaag 37702251  T
Q  202 gtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttg 301  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  37702252 gtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttg 37702351  T
Q  302 gaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcat 339  Q
    || || |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37702352 gagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcat 37702389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 2 - 361
Target Start/End: Original strand, 37593573 - 37593932
Alignment:
Q  2 ttcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtga 101  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||| || ||||    
T  37593573 ttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtga 37593672  T
Q  102 ttgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaag 201  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  37593673 ttgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaag 37593772  T
Q  202 gtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttg 301  Q
    ||| || |||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  37593773 gtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttg 37593872  T
Q  302 gaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaatacataaaga 361  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||    
T  37593873 gaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaaga 37593932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 2 - 361
Target Start/End: Original strand, 37695964 - 37696323
Alignment:
Q  2 ttcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtga 101  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||| || ||||    
T  37695964 ttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtga 37696063  T
Q  102 ttgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaag 201  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  37696064 ttgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaag 37696163  T
Q  202 gtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttg 301  Q
    ||| || |||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  37696164 gtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttg 37696263  T
Q  302 gaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaatacataaaga 361  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||    
T  37696264 gaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaaga 37696323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 2 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 37401789 - 37401430
Alignment:
Q  2 ttcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtga 101  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||  |||| ||||| || ||||    
T  37401789 ttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtga 37401690  T
Q  102 ttgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaag 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  37401689 ttgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaag 37401590  T
Q  202 gtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttg 301  Q
    ||| || |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  37401589 gtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttg 37401490  T
Q  302 gaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaatacataaaga 361  Q
    | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||    
T  37401489 gtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaaga 37401430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 2 - 361
Target Start/End: Original strand, 37532469 - 37532828
Alignment:
Q  2 ttcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtga 101  Q
    ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||| || ||||    
T  37532469 ttcttgatgcatgatattggcaagggcccactaaaattgttgttagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtga 37532568  T
Q  102 ttgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaag 201  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  37532569 ttgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaag 37532668  T
Q  202 gtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttg 301  Q
    ||| || |||||||||  ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  37532669 gtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagacaaagactggggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttg 37532768  T
Q  302 gaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaatacataaaga 361  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||    
T  37532769 gaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaaga 37532828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 2 - 361
Target Start/End: Original strand, 37823273 - 37823632
Alignment:
Q  2 ttcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtga 101  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||  |||| ||||| || ||||    
T  37823273 ttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtga 37823372  T
Q  102 ttgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaag 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  37823373 ttgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaag 37823472  T
Q  202 gtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttg 301  Q
    ||| || |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  37823473 gtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttg 37823572  T
Q  302 gaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaatacataaaga 361  Q
    | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||    
T  37823573 gtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacatgaaga 37823632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 37393656 - 37393331
Alignment:
Q  14 gatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||  |||||||    
T  37393656 gatgttggcaaggggccactaaaattgttactagagacatcataaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgacccatgaa 37393557  T
Q  114 gattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttc 213  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  37393556 gatgatttgatcgtaaacttagcacctgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaaagtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttc 37393457  T
Q  214 aagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttggaaaaagttcta 313  Q
    ||||| |||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |    
T  37393456 aagatatgaacagtaagccaaacattgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaattttatagtctcaaatatatttcctttggaaaaggttcca 37393357  T
Q  314 ggcatgcttccatagaggttgttcat 339  Q
    || ||||||||| |||||||||||||    
T  37393356 ggaatgcttccacagaggttgttcat 37393331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 2 - 355
Target Start/End: Original strand, 37639115 - 37639468
Alignment:
Q  2 ttcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtga 101  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||  |||| ||||| || ||||    
T  37639115 ttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtga 37639214  T
Q  102 ttgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaag 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  37639215 ttgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaag 37639314  T
Q  202 gtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttg 301  Q
    ||| || |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  37639315 gtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttg 37639414  T
Q  302 gaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaataca 355  Q
    || || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||    
T  37639415 gagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaataca 37639468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 37383118 - 37382752
Alignment:
Q  1 attcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtg 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  37383118 attcttgatgcacgatgttggcaagggcccaataaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatggatgtttggtgctagagcatgtg 37383019  T
Q  101 attgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaa 200  Q
    ||||  |||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||||||| ||||    
T  37383018 attgcgccatgaagtttatttgatcttaaactgagcacctgtaattcttgtagagtttcaagccaattgggaaaagtatcctctacgttgttgtctccaa 37382919  T
Q  201 ggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttccttt 300  Q
    |||| || ||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  37382918 ggtccaaaacttcgagttttgtacagtgagccaaagactgtggtaatggtccttccaatcggtttccattcaactttattgtctcaaatgcatttccttt 37382819  T
Q  301 ggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaatacataaagaaaagga 367  Q
    ||| || |||||||| |||  |||||||||||||||||| || | |||||||||  ||||| |||||    
T  37382818 ggagaaggttctaggaatgtgtccatagaggttgttcatttgcatatccaataccgaaagagaagga 37382752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 2 - 357
Target Start/End: Original strand, 37710873 - 37711228
Alignment:
Q  2 ttcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtga 101  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||  |||| ||||| || ||||    
T  37710873 ttcttgatgcatgatgctggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtga 37710972  T
Q  102 ttgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaag 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  37710973 ttgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaag 37711072  T
Q  202 gtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttg 301  Q
    ||| || |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  37711073 gtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatgatccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttg 37711172  T
Q  302 gaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaatacata 357  Q
    | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||    
T  37711173 gtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaacata 37711228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 50 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 37413908 - 37413591
Alignment:
Q  50 acataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattctt 149  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| |||  | || ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  37413908 acataaaatattctcaacttgggaaatgtatgctttgtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacctgtaactctt 37413809  T
Q  150 gtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatgg 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |  ||||||||||||   || | |||||| ||||||||||||||    
T  37413808 gtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatattgttgtcaccaaggtccagaacttcaagatttatgcactaagccaaagactgtggtaatgg 37413709  T
Q  250 tccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatcc 349  Q
    |||||||||||| ||||| |||| ||||||  ||||||||  ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| | ||||||||| || | ||||    
T  37413708 tccttccaattgatttccgttcaactttatcatctcaaatgtatttcctttggaaaaggttctaggaaagcttccatacaagttgttcatttgcatatcc 37413609  T
Q  350 aatacataaagaaaagga 367  Q
    |||| | ||||| |||||    
T  37413608 aatatagaaagagaagga 37413591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 367
Target Start/End: Original strand, 37435091 - 37435444
Alignment:
Q  14 gatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaa 113  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||     |||  | ||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||  |||| || ||||||| ||||| ||    
T  37435091 gatgttggcaaggatccactaaaattgttaccgaagatgtcaaaaattcttaacttagaaaaaggatggttggtgttagaacaggtgattgaaccattaa 37435190  T
Q  114 gattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttc 213  Q
    | |||||||||| |||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| || | ||     
T  37435191 gtttatttgatcttaaactgagtacctgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtatccaaggtccaaaatttt 37435290  T
Q  214 aagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttggaaaaagttcta 313  Q
     || | || |||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||| ||    
T  37435291 gagttctgtacagtgagccaaagattgaggtaatggtccttctaattggttgccattcaactttatagtctcgaaggcatttcctctggaaaaagtttta 37435390  T
Q  314 ggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaatacataaagaaaagga 367  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| || | |||||| ||  |||||||||||    
T  37435391 ggcatgcttccattaaggttgttcatttgcatatccaaaacggaaagaaaagga 37435444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 77
Target Start/End: Original strand, 26437718 - 26437767
Alignment:
Q  28 gccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatg 77  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  26437718 gccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26437767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 77
Target Start/End: Original strand, 26451087 - 26451136
Alignment:
Q  28 gccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatg 77  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  26451087 gccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26451136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 8 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 16843781 - 16843428
Alignment:
Q  8 atgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtgattgtac 107  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| || ||||||   |    
T  16843781 atgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactc 16843682  T
Q  108 catgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaa 207  Q
    ||||||||||||| |||||||||   || || ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  16843681 catgaagattattagatcgtaaaacgagtacctgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaa 16843582  T
Q  208 tacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttggaaaaa 307  Q
     |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||     
T  16843581 aacttcaagatatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcatttcctttggaaaag 16843482  T
Q  308 gttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaatacataaaga 361  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||    
T  16843481 gttttaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaaga 16843428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 56 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 16846400 - 16846096
Alignment:
Q  56 aaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtgattgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagag 155  Q
    ||||||||||| || |||||||||||  |||| ||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||| | |||||| || || ||||| ||||||||||    
T  16846400 aaaattctcaattt-ggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgaaccataaagtttatttgaccttaaactgagtacatgtaactcttgtagag 16846302  T
Q  156 tttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttc 255  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||    
T  16846301 tttcaagccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagctaaagaccgtggtaatggtccttc 16846202  T
Q  256 caattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttcctttggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaataca 355  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||  ||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| || | ||||||||||    
T  16846201 caattggttgccattcaactttatagtgacaaacacatttcctttggaaaaggttctaggaatgcttccaaagaggttgttcatttgcatatccaataca 16846102  T
Q  356 taaaga 361  Q
    | ||||    
T  16846101 ttaaga 16846096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 24218523 - 24218157
Alignment:
Q  1 attcttaatgcacgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagagacataaaaaattctcaacttaggaaatggatggctggtactagagcatgtg 100  Q
    |||||| | ||| |||||||||| ||||||||  ||||| ||   ||||||||   ||||||||| ||| |||||||  ||  |||| ||||| || |||    
T  24218523 attcttgaggcaagatgttggcacggggccacggaaattattaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtg 24218424  T
Q  101 attgtaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacttgtaattcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaa 200  Q
    |||  ||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||| ||||| |||  ||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||    
T  24218423 attccaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaa 24218324  T
Q  201 ggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcagctttatagtctcaaattcatttccttt 300  Q
    |||| || |||||||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||     
T  24218323 ggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttc 24218224  T
Q  301 ggaaaaagttctaggcatgcttccatagaggttgttcatgtgtaaatccaatacataaagaaaagga 367  Q
     ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||| |||||    
T  24218223 cgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagaaagataagga 24218157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University