View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17975_low_4 (Length: 333)

Name: NF17975_low_4
Description: NF17975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17975_low_4
NF17975_low_4
[»] scaffold0234 (4 HSPs)
scaffold0234 (116-323)||(2321-2528)
scaffold0234 (116-323)||(11212-11419)
scaffold0234 (22-50)||(2594-2622)
scaffold0234 (22-50)||(11485-11513)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (116-323)||(29327784-29327991)
chr7 (116-323)||(11536062-11536269)
chr7 (116-323)||(11542980-11543187)
chr7 (118-323)||(15152445-15152650)
chr7 (118-323)||(15148144-15148349)
chr7 (118-323)||(18561009-18561214)
chr7 (118-323)||(12750828-12751033)
chr7 (122-319)||(12738542-12738739)
chr7 (118-323)||(18257842-18258047)
chr7 (122-304)||(13392157-13392338)
chr7 (138-323)||(2364917-2365101)
chr7 (122-306)||(39111819-39112002)
chr7 (149-308)||(7396221-7396381)
chr7 (190-233)||(3132748-3132791)
chr7 (166-231)||(10234179-10234244)
chr7 (116-148)||(2653207-2653239)
chr7 (22-50)||(11543253-11543281)
[»] chr4 (32 HSPs)
chr4 (116-323)||(19926760-19926967)
chr4 (116-323)||(26970463-26970670)
chr4 (116-323)||(55612683-55612890)
chr4 (116-323)||(5707320-5707527)
chr4 (116-323)||(26963640-26963847)
chr4 (116-323)||(5713948-5714155)
chr4 (116-323)||(10621333-10621540)
chr4 (116-323)||(868597-868804)
chr4 (116-323)||(10628412-10628619)
chr4 (118-323)||(18262214-18262419)
chr4 (118-323)||(28393134-28393339)
chr4 (118-323)||(4426604-4426808)
chr4 (136-323)||(18269093-18269280)
chr4 (128-323)||(8845215-8845410)
chr4 (128-323)||(8858179-8858374)
chr4 (116-231)||(12357136-12357251)
chr4 (124-323)||(20311299-20311499)
chr4 (122-323)||(10677555-10677753)
chr4 (122-323)||(10891195-10891393)
chr4 (122-323)||(5668125-5668327)
chr4 (118-322)||(5616215-5616421)
chr4 (122-323)||(35223576-35223767)
chr4 (142-323)||(21454137-21454319)
chr4 (128-232)||(39074278-39074384)
chr4 (154-315)||(56516094-56516255)
chr4 (166-225)||(11161913-11161972)
chr4 (20-50)||(26963544-26963574)
chr4 (154-322)||(30040750-30040919)
chr4 (263-305)||(39074218-39074260)
chr4 (22-50)||(5713854-5713882)
chr4 (22-50)||(10621606-10621634)
chr4 (22-50)||(26970369-26970397)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (116-323)||(18252030-18252237)
chr1 (116-323)||(18532514-18532721)
chr1 (116-323)||(27131409-27131616)
chr1 (118-323)||(16359035-16359240)
chr1 (118-323)||(21171233-21171438)
chr1 (118-323)||(27310577-27310782)
chr1 (122-323)||(36816633-36816834)
chr1 (116-323)||(3855919-3856126)
chr1 (116-323)||(22657221-22657429)
chr1 (122-323)||(27277557-27277756)
chr1 (150-323)||(12006539-12006712)
chr1 (150-323)||(12014284-12014457)
chr1 (128-323)||(9917918-9918106)
chr1 (146-223)||(3403248-3403325)
chr1 (146-223)||(3443494-3443571)
chr1 (122-191)||(30720625-30720694)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (116-323)||(27381252-27381459)
chr6 (116-323)||(27471635-27471842)
chr6 (116-323)||(29308890-29309097)
chr6 (116-323)||(29315850-29316057)
chr6 (118-323)||(16566320-16566525)
chr6 (118-323)||(17684469-17684674)
chr6 (116-323)||(17691440-17691647)
chr6 (118-323)||(188977-189182)
chr6 (118-323)||(25537159-25537364)
chr6 (118-323)||(11651725-11651930)
chr6 (118-323)||(13359269-13359474)
chr6 (155-323)||(20553587-20553755)
chr6 (122-323)||(27925758-27925961)
chr6 (154-323)||(17850495-17850663)
chr6 (135-308)||(8509941-8510115)
chr6 (123-178)||(31258065-31258120)
chr6 (154-322)||(20736604-20736773)
chr6 (21-50)||(29308795-29308824)
chr6 (22-50)||(17684742-17684770)
chr6 (22-50)||(27381525-27381553)
chr6 (22-50)||(27471908-27471936)
chr6 (22-50)||(29315756-29315784)
[»] chr3 (32 HSPs)
chr3 (116-323)||(6110064-6110271)
chr3 (116-323)||(10572592-10572799)
chr3 (118-323)||(16482483-16482688)
chr3 (122-323)||(17781118-17781319)
chr3 (116-323)||(15600884-15601091)
chr3 (116-323)||(15607429-15607636)
chr3 (118-323)||(18522665-18522870)
chr3 (119-323)||(13211305-13211509)
chr3 (116-323)||(13248607-13248814)
chr3 (116-323)||(15357586-15357793)
chr3 (122-323)||(10579355-10579556)
chr3 (118-323)||(18519980-18520182)
chr3 (122-323)||(19089745-19089946)
chr3 (116-323)||(8490488-8490702)
chr3 (135-323)||(15342219-15342407)
chr3 (118-323)||(13516813-13517018)
chr3 (118-323)||(17200184-17200389)
chr3 (122-323)||(32056900-32057101)
chr3 (116-277)||(18640792-18640953)
chr3 (122-323)||(1647521-1647726)
chr3 (136-304)||(16200145-16200313)
chr3 (116-308)||(29924971-29925163)
chr3 (116-308)||(29974124-29974316)
chr3 (136-304)||(16200451-16200619)
chr3 (222-323)||(17136465-17136566)
chr3 (123-323)||(24253388-24253589)
chr3 (118-179)||(18534758-18534819)
chr3 (118-163)||(18510924-18510969)
chr3 (21-50)||(15357859-15357888)
chr3 (22-50)||(13248513-13248541)
chr3 (22-50)||(15351267-15351295)
chr3 (22-50)||(15601158-15601186)
[»] scaffold0390 (3 HSPs)
scaffold0390 (116-323)||(6934-7141)
scaffold0390 (116-323)||(13950-14157)
scaffold0390 (22-50)||(7207-7235)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (116-323)||(21940665-21940872)
chr8 (118-323)||(22171491-22171694)
chr8 (122-323)||(6094129-6094330)
chr8 (118-317)||(28554885-28555084)
chr8 (122-323)||(24642655-24642856)
chr8 (122-249)||(24636860-24636987)
chr8 (128-320)||(38232380-38232570)
chr8 (137-195)||(2375027-2375085)
chr8 (146-307)||(32872857-32873019)
chr8 (154-217)||(10920234-10920297)
chr8 (212-323)||(14983920-14984030)
chr8 (22-50)||(22171394-22171422)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (116-323)||(21330248-21330455)
chr2 (116-323)||(18796506-18796713)
chr2 (118-323)||(18619807-18620011)
chr2 (122-261)||(19692598-19692737)
chr2 (181-308)||(20977957-20978084)
chr2 (150-323)||(36270199-36270373)
chr2 (150-323)||(18822115-18822290)
chr2 (158-308)||(24471643-24471792)
chr2 (287-323)||(12098618-12098654)
chr2 (255-323)||(22183483-22183551)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (116-323)||(18288-18495)
[»] scaffold0433 (2 HSPs)
scaffold0433 (116-323)||(7107-7314)
scaffold0433 (22-50)||(7013-7041)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (116-323)||(24695466-24695673)
chr5 (116-323)||(18569863-18570070)
chr5 (118-323)||(19714498-19714703)
chr5 (122-323)||(19707218-19707419)
chr5 (122-323)||(22547016-22547217)
chr5 (121-304)||(27347497-27347679)
chr5 (120-301)||(17285754-17285935)
chr5 (116-225)||(39537962-39538071)
chr5 (182-323)||(18807034-18807175)
chr5 (229-321)||(39538701-39538793)
chr5 (120-301)||(17298907-17299088)
chr5 (122-225)||(31886537-31886640)
chr5 (142-232)||(33477389-33477479)
chr5 (166-234)||(11479420-11479489)
chr5 (22-50)||(24695739-24695767)
[»] scaffold0657 (1 HSPs)
scaffold0657 (116-323)||(993-1200)
[»] scaffold0186 (1 HSPs)
scaffold0186 (116-323)||(25990-26197)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (118-323)||(5531-5736)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (118-299)||(230365-230545)
[»] scaffold0176 (2 HSPs)
scaffold0176 (116-179)||(8447-8510)
scaffold0176 (20-50)||(8576-8606)
[»] scaffold0565 (1 HSPs)
scaffold0565 (135-166)||(10127-10158)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (145-217)||(92194-92267)
[»] scaffold0705 (1 HSPs)
scaffold0705 (22-50)||(71-99)
[»] scaffold0326 (1 HSPs)
scaffold0326 (22-50)||(16521-16549)
[»] scaffold0203 (1 HSPs)
scaffold0203 (22-50)||(23799-23827)


Alignment Details
Target: scaffold0234 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 4)
Name: scaffold0234
Description:

Target: scaffold0234; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 2528 - 2321
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2528 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 2429  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2428 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 2329  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  2328 ctgatgat 2321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 11419 - 11212
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11419 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 11320  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11319 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 11220  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  11219 ctgatgat 11212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 2622 - 2594
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2622 attgttggaataagccctaatagccaatc 2594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 11513 - 11485
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11513 attgttggaataagccctaatagccaatc 11485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 29327784 - 29327991
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29327784 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcagtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29327883  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29327884 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29327983  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  29327984 ctgatgat 29327991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 11536269 - 11536062
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11536269 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtacaacttaattgtgag 11536170  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11536169 accccattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 11536070  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  11536069 ctgatgat 11536062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 11543187 - 11542980
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11543187 acaatgcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtcag 11543088  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11543087 accccattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 11542988  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  11542987 ctgatgat 11542980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 15152445 - 15152650
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15152445 aaggcatttctttattgagtttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 15152544  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15152545 cccgttaaacatacggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 15152644  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  15152645 gatgat 15152650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 15148144 - 15148349
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15148144 aaggcatttctttattgagtttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttgattgaacattaagtataacttaattgtgagac 15148243  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15148244 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 15148343  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  15148344 gatgat 15148349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 18561009 - 18561214
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18561009 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgagac 18561108  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18561109 cccgttaaacattaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 18561208  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  18561209 gatgat 18561214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 12750828 - 12751033
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12750828 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtccgtttaatgaaacattaagtataacttaattgtgagac 12750927  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    | | |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  12750928 ctcgttaaacataaagaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagttggatatcattaaagcatagagactattatgtggatagact 12751027  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  12751028 gatgat 12751033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 122 - 319
Target Start/End: Original strand, 12738542 - 12738739
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||       
T  12738542 catttctttattgattttattttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtttgtttaatgaaacattaattataacttaattgtgagaccttg 12738641  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 319  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12738642 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 12738739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 18258047 - 18257842
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18258047 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaataattagtctgtttaatggaacattaagtatgacttaattgtgagac 18257948  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||| |||||||| ||| |||  |||| ||||| || ||| ||||| |||||||||||| | |||| |    
T  18257947 cccattaaacacaaggacattattcttaaagtatccgtagtcaagtttttttgttaagtaggataacaataatgcataaagactattatgtggatagatt 18257848  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  18257847 gatgat 18257842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 122 - 304
Target Start/End: Original strand, 13392157 - 13392338
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    ||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| | |||||||| |||||||| | ||||||| |||||| ||||    
T  13392157 catttctttgttgactttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaacaattagtctgcttaatggagcattaagtgtgacttaatcgtgaga-ccca 13392255  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 304  Q
    |||||   ||||| | |||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  13392256 ttaaatgaaaggacattattcttaaagtatcaatagtcaaactttattgtgaaaagggataacattaaaacatagagactatt 13392338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 138 - 323
Target Start/End: Original strand, 2364917 - 2365101
Alignment:
Q  138 ttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaac 237  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  | |||||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||||||  || || |     
T  2364917 ttgttatgtttcaaaataataaagtctctagaataattagtctttctaatggaacattaagtgtggcttaatcgtgagaacccattaaactaaatgacat 2365016  T
Q  238 tattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    |||||| ||| ||| | ||||||| | |||||| ||| || |||| ||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  2365017 tattcttaaaatattcgtagtcaa-ccttattgtgaaatgagataacattaaaacatagagactatcatgtgggtcgactgatgat 2365101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 122 - 306
Target Start/End: Original strand, 39111819 - 39112002
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||  |||||||    ||||  |     
T  39111819 catttctttattaattttgttttatttcaaaa-aataaagtccctagaatagcgagtccgtttaatgaaacattaagtacgacttaatcacaagacatct 39111917  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattat 306  Q
    ||||||||||||| ||||||   ||| ||| || |||| |||||||||| |||  |  ||| |||||||  ||||||||||||||    
T  39111918 ttaaacataaggacactatttcaaaaatattcacagtccagctttattgtgaaacgaaataacattaaaatatagagactattat 39112002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 149 - 308
Target Start/End: Original strand, 7396221 - 7396381
Alignment:
Q  149 caaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaa 247  Q
    |||||||| || ||| ||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||    
T  7396221 caaaataaaaatgtcgctagaatagttagttcatttaaatggaacattaagtatgacttaatcttgagaccctattaaacataagaaaattattcttaaa 7396320  T
Q  248 gtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 308  Q
      ||   ||||||||| ||| || ||| |  |||   ||||||||||||||||||||||||    
T  7396321 acatatgtagtcaagccttagtgtgaaatacgatgatattaaagcatagagactattatgt 7396381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 233
Target Start/End: Original strand, 3132748 - 3132791
Alignment:
Q  190 aacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagg 233  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3132748 aacattaagtgtaacttaattgtgagaccccattaaacataagg 3132791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 166 - 231
Target Start/End: Original strand, 10234179 - 10234244
Alignment:
Q  166 tagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataa 231  Q
    |||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||  |||||  |||||||||||||    
T  10234179 tagaatagttagtccgtttaatgaaccattaaatataacttaatcatgagattccattaaacataa 10234244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 116 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 2653239 - 2653207
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgttt 148  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2653239 acaaggcatttctttattgattttgttttgttt 2653207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 11543281 - 11543253
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11543281 attgttggaataagccctaatagccaatc 11543253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 32)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 19926967 - 19926760
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19926967 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 19926868  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19926867 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 19926768  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  19926767 ctgatgat 19926760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 26970463 - 26970670
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26970463 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 26970562  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26970563 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 26970662  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  26970663 ctgatgat 26970670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 55612683 - 55612890
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55612683 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 55612782  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55612783 accccattaaacataaggaaactactctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 55612882  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  55612883 ctgatgat 55612890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 5707320 - 5707527
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5707320 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 5707419  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5707420 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 5707519  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  5707520 ctgatgat 5707527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 26963640 - 26963847
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26963640 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaaatataacttaattgtgag 26963739  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26963740 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 26963839  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  26963840 ctgatgat 26963847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 5713948 - 5714155
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5713948 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagcccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 5714047  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5714048 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 5714147  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  5714148 ctgatgat 5714155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 10621540 - 10621333
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10621540 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctggaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10621441  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10621440 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10621341  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  10621340 ctgatgat 10621333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 868597 - 868804
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  868597 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 868696  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  868697 accccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 868796  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  868797 ctgatgat 868804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 10628619 - 10628412
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10628619 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctggaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10628520  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10628519 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatattattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10628420  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  10628419 ctgatgat 10628412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 18262214 - 18262419
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18262214 aaggcatttctttattgattttgtttcgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 18262313  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18262314 cccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 18262413  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  18262414 gatgat 18262419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 28393339 - 28393134
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28393339 aaggcatttctttattgattttgatttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 28393240  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28393239 cccattaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 28393140  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  28393139 gatgat 28393134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 4426808 - 4426604
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4426808 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 4426709  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4426708 cccgttaaacataagg-aactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 4426610  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  4426609 gatgat 4426604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 136 - 323
Target Start/End: Original strand, 18269093 - 18269280
Alignment:
Q  136 ttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18269093 ttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaa 18269192  T
Q  236 actattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18269193 actattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 18269280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 128 - 323
Target Start/End: Original strand, 8845215 - 8845410
Alignment:
Q  128 tttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 227  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8845215 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagatcccgttaaac 8845314  T
Q  228 ataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8845315 ataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtcggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtaggctgatgat 8845410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 128 - 323
Target Start/End: Original strand, 8858179 - 8858374
Alignment:
Q  128 tttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 227  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8858179 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagatcccgttaaac 8858278  T
Q  228 ataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8858279 ataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtcggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtaggctgatgat 8858374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 116 - 231
Target Start/End: Original strand, 12357136 - 12357251
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12357136 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 12357235  T
Q  216 accccattaaacataa 231  Q
    ||||||||||||||||    
T  12357236 accccattaaacataa 12357251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 124 - 323
Target Start/End: Original strand, 20311299 - 20311499
Alignment:
Q  124 tttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaag-tataacttaattgtgagaccccat 222  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||| |  ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20311299 tttctttattgattttgttttgttttaaaataataaagtacttataatagttaatatgttcaatggagcattaaggtataacttaattgtgagaccccat 20311398  T
Q  223 taaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 322  Q
    |||||||||||| ||| || | |||||||   | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  20311399 taaacataaggacactgtttttaaagtatttgttgtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatagagactattttgtgggtagattgatga 20311498  T
Q  323 t 323  Q
    |    
T  20311499 t 20311499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 10677753 - 10677555
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| | |||| ||||    
T  10677753 catttttttattgattttcttttgtttcaataaaataaagcccctaaaataattagtctgtataatggagcattaagtatgacttaatcgcgaga-ccca 10677655  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    ||||||  || || | |||||| ||||||||| |||||||||||||  | ||| || |||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10677654 ttaaacgaaatgatattattcttaaagtatccgtagtcaagcttta--gtgaaatgagataacattaaagtatatagactattatgtgggtagactgatg 10677557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 10891393 - 10891195
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| | |||| ||||    
T  10891393 catttttttattgattttcttttgtttcaataaaataaagcccctaaaataattagtctgtataatggagcattaagtatgacttaatcgcgaga-ccca 10891295  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    ||||||  || || | |||||| ||||||||| |||||||||||||  | ||| || |||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  10891294 ttaaacgaaatgatattattcttaaagtatccgtagtcaagcttta--gtgaaatgagataacattaaagtatatagactattatgtgggtagactgatg 10891197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 5668327 - 5668125
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||| |||||||| | | ||||| |||||| ||||    
T  5668327 catttctttgttgattttgttttgtttcaaaataataaagtctctagaataattagtctatttaatggagcattaagtgtgatttaatcgtgaga-ccca 5668229  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaag--tatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 319  Q
    |||||   ||||| | |||||| ||||  |||   |||||||||||||||| |||  | |||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||    
T  5668228 ttaaatgaaaggacattattcttaaagtatatttgtagtcaagctttattgtgaaaagagataacattaaatcatagagactattatgtggatagaccga 5668129  T
Q  320 tgat 323  Q
    ||||    
T  5668128 tgat 5668125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 118 - 322
Target Start/End: Original strand, 5616215 - 5616421
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||  |||  ||||||||||||| | ||| |||  |||||     
T  5616215 aaggcatttctttattcattttgttttgtttcaaaataataaagttcctaaaataattagtctatttcttggaacattaagtctgactaaatcatgagat 5616314  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaa--gctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    ||| ||||||   |||| | |||||| ||||||||| | |||||  | ||||||  ||| |||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  5616315 cccgttaaactagaggacattattcttaaagtatccgttgtcaaaggttttattatgaattgggatattaataaagcattgagactattatgtatgtaga 5616414  T
Q  316 ctgatga 322  Q
     ||||||    
T  5616415 ttgatga 5616421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Original strand, 35223576 - 35223767
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| | |||||||          |     
T  35223576 catttctttgttgattttgttttgttttaaaataataaagtccctagaataattagtctgtttaatggagcattaagtgtgacttaat----------cg 35223665  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    | ||||  ||||| | |||||| ||||||| | ||||||||||||||||  ||   ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  35223666 taaaacgaaaggacattattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgtaaaaaaggataacattaaagcatatagactattatgtgggtagacggatg 35223765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 142 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 21454319 - 21454137
Alignment:
Q  142 tttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacatt-aagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactat 240  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||  | ||||||||||||| || | | |||||||  ||||||||||||||  |||| || | |||    
T  21454319 tttgtttcaaagtaataaagttcttagaatagttagtttgattaatggaacattaaaatgtgacttaatattgagaccccattaattataatgacattat 21454220  T
Q  241 tctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    | | ||| |||| |||||||| |||||||| ||| || |||| || ||| ||||| ||| ||||||||  ||||| |||||||    
T  21454219 ttttaaaatatctatagtcaaactttattgtgaaatgagataacaataatgcataaagattattatgtgagtagattgatgat 21454137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 128 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 39074384 - 39074278
Alignment:
Q  128 tttatttattttgttt-tgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaa 225  Q
    |||||||||| ||||| | ||| ||||||||||  |  |||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  39074384 tttatttattatgtttatattttaaaataataacatttctagaataattagtccgtttaaattgaacattaagtatgacttaatcatgagaccccattaa 39074285  T
Q  226 acataag 232  Q
    |||||||    
T  39074284 acataag 39074278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 154 - 315
Target Start/End: Original strand, 56516094 - 56516255
Alignment:
Q  154 taataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa-actattctcaaagtatc 252  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||  |  ||||| |||||||| | | |||||||||||||||  |||||| ||||  ||| | ||||||  |||||||    
T  56516094 taataaagtccttagaatagatggttagagtaatgaaacattaattgtgacttaattgtgagacttcattaa-catatagaacattattcttgaagtatc 56516192  T
Q  253 catagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
     ||||||||||||||||| |||    ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  56516193 tatagtcaagctttattgtgaataacgatagtattaaaacatagagactattatgtaggtaga 56516255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 166 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 11161972 - 11161913
Alignment:
Q  166 tagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaa 225  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||  |||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  11161972 tagaatagttaatcagtttaatggaacacaaagtgtgacttaattgtgagactccattaa 11161913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 50
Target Start/End: Original strand, 26963544 - 26963574
Alignment:
Q  20 atattgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26963544 atattgttggaataagccctaatagccaatc 26963574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 30040919 - 30040750
Alignment:
Q  154 taataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa-actattctcaaa-gtat 251  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||  || |||| | | ||||||| | |||||||  |||||   |||||| ||||| ||| |||||||| ||| ||||    
T  30040919 taataaagttcctagaatagatagttcgtgtaatagtatattaagtgtgacttaatcatgagattacattaa-cataaagaacactattcttaaatgtat 30040821  T
Q  252 ccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 322  Q
    | |||||||||| ||| |  ||| |||||||  | |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
T  30040820 ctatagtcaagcgttaatatgaattgggataataataaagcatcgagactattatgtatatagactgatga 30040750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 263 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 39074260 - 39074218
Alignment:
Q  263 ctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactatta 305  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  39074260 ctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggagactatta 39074218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Original strand, 5713854 - 5713882
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5713854 attgttggaataagccctaatagccaatc 5713882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 10621634 - 10621606
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10621634 attgttggaataagccctaatagccaatc 10621606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Original strand, 26970369 - 26970397
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26970369 attgttggaataagccctaatagccaatc 26970397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 18252030 - 18252237
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18252030 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18252129  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18252130 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 18252229  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  18252230 ctgatgat 18252237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 18532721 - 18532514
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18532721 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18532622  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18532621 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtagataga 18532522  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  18532521 ctgatgat 18532514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 27131616 - 27131409
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27131616 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27131517  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27131516 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatttgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 27131417  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  27131416 ctgatgat 27131409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 16359240 - 16359035
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16359240 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagaataacttaattgtgagac 16359141  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16359140 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtaaccctagtcaagctttattgagaaatggaatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 16359041  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  16359040 gatgat 16359035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 21171438 - 21171233
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21171438 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttcatggaacattaaatataacttaattgtgagac 21171339  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  21171338 cccgttgaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtgggtagact 21171239  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  21171238 gatgat 21171233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 27310782 - 27310577
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27310782 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 27310683  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    | | || ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27310682 cacgttgaacataaggaaactattcttaaagtatcagtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 27310583  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  27310582 gatgat 27310577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 36816834 - 36816633
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||     
T  36816834 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataatgaagtccctagaatagttcgtctgtttaatggaacattaagtataaattaattgtgagactccg 36816735  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  36816734 ttaaacataaggacattattcttaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggataccattaaagcatagagactattatgtggatagactgatg 36816635  T
Q  322 at 323  Q
    ||    
T  36816634 at 36816633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 3856126 - 3855919
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3856126 acaaggcatttctttgtttattttgttttgtttcaaaataacaaagtccctagaatagttagcccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 3856027  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||   ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  3856026 accccattaaacataaggacattattcttaaaatatttgtagtcaaactttattgtgaagtgggatattattaaagcatggagactattacgtgggtaga 3855927  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  3855926 ctgatgat 3855919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 22657429 - 22657221
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttatttt-gttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtga 214  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22657429 acaagacatttctttattgatttttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtctgtttaatggaacattaaatataacttaattgtga 22657330  T
Q  215 gaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtag 314  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| ||  |||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| | |||    
T  22657329 gacccctttaaacataaggacacaattcttaaagtgtctctagtcaagctttattctgaaatgagatatcattaaagcatagagactatcatgtggatag 22657230  T
Q  315 actgatgat 323  Q
    |||||||||    
T  22657229 actgatgat 22657221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 27277756 - 27277557
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||| ||| ||||| || | ||||||| | ||||||       
T  27277756 catttctttgttgtttttgttttgtttcaaaataataacgtccctagaataattagtccatttaacggagcatta-gtgtgacttaatcgcgagacctt- 27277659  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    |||| |  || || | |||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  27277658 ttaaccgaaatgacattattcttaaagtatccgtagtcaggctttattgtgaaaagggataacattaaagcatagagactattatgtgggtagaccgatg 27277559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 150 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 12006712 - 12006539
Alignment:
Q  150 aaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagt 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |  |||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||| | |||      
T  12006712 aaaataataaagtccctagaatagttagtctatttaatggaatattaagtgtgccttaatcgtgagaccccatgaaacataaggacattattattaaaac 12006613  T
Q  250 atccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    || | ||||||||| ||| || |||| |||||| ||||||| | |||||| | ||||||   ||||||||||||    
T  12006612 attcgtagtcaagccttagtgtgaagagggataacattaaaacttagagattgttatgtgcatagactgatgat 12006539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 150 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 12014457 - 12014284
Alignment:
Q  150 aaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagt 249  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||| || ||| |||||||||||||| ||   |||||| |||      
T  12014457 aaaataataaagtcactagaatacatagtccgtttaatggaatattaagtgtaaattaatcgttagatcccattaaacataatgatgttattcttaaaac 12014358  T
Q  250 atccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    |||| |||| |||||||| || |||| ||||||  |||||||| || |||| ||||||| |||||| |||||||    
T  12014357 atccgtagttaagctttagtgtgaagagggatacgattaaagcgtaaagaccattatgtgggtagaatgatgat 12014284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 128 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 9918106 - 9917918
Alignment:
Q  128 tttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 227  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||       |||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||   ||||  ||||||||     
T  9918106 tttattgattttgttttgttacaaaataataaagtcactt------ttagtttgtttaatcgaacattaagtataacttgatcacgaga-tccattaaat 9918014  T
Q  228 ataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    ||||||| | |||||| ||| |||| ||||| |||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||| || ||||| |||||  |||||||    
T  9918013 ataaggacattattcttaaaatatctatagttaagctttattgttaagtgggatagcattgaagcatagagaatactatgtcggtaggttgatgat 9917918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 146 - 223
Target Start/End: Original strand, 3403248 - 3403325
Alignment:
Q  146 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccatt 223  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||| | ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||| ||||    
T  3403248 tttcaaagtaataaagtctataaaatagttagtctgattaatggaatattaagtgtgacttaaatgtgagaccacatt 3403325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 146 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 3443571 - 3443494
Alignment:
Q  146 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccatt 223  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||| | ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||| ||||    
T  3443571 tttcaaagtaataaagtctataaaatagttagtctgattaatggaatattaagtgtgacttaaatgtgagaccacatt 3443494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 30720694 - 30720625
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaa 191  Q
    ||||| ||||||  |||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||  |||||||||||    
T  30720694 catttttttattggttttattttgttttaaaataataaagttcctggaataattagttcgtttaatggaa 30720625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 27381459 - 27381252
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27381459 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27381360  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27381359 accccattaaacatatggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 27381260  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  27381259 ctgatgat 27381252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 27471842 - 27471635
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27471842 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27471743  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27471742 accccattaaacatatggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 27471643  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  27471642 ctgatgat 27471635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 29308890 - 29309097
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29308890 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29308989  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29308990 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29309089  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  29309090 ctgatgat 29309097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 29315850 - 29316057
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29315850 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29315949  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29315950 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29316049  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  29316050 ctgatgat 29316057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 16566525 - 16566320
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16566525 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 16566426  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16566425 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 16566326  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  16566325 gatgat 16566320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 17684674 - 17684469
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684674 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 17684575  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684574 cccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 17684475  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  17684474 gatgat 17684469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 17691647 - 17691440
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17691647 acaaggcatttctttattgattttgttttctttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 17691548  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17691547 accccattaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttagtgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 17691448  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  17691447 ctgatgat 17691440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 189182 - 188977
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  189182 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 189083  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  189082 cccattaaacataaggaaactattcttaaagtatttgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 188983  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  188982 gatgat 188977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 25537364 - 25537159
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25537364 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaataattagtccgtttaatggaacattaagtataactttattgtgagac 25537265  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25537264 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtagact 25537165  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  25537164 gatgat 25537159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 11651725 - 11651930
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11651725 aaggcatttctttattgattttgatttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 11651824  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11651825 cccattaaaaataaggaaactattctaaaagtatcagtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 11651924  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  11651925 gatgat 11651930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 13359474 - 13359269
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||    
T  13359474 aaggcatttatttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagttcgcttaatggagcattaagtataacttaatcgtgaaac 13359375  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
     |||||||||||||  | | |||| | ||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||| | | ||||||    
T  13359374 tccattaaacataaaaacattatttttaaagtatccgtagtcaacctttattgtgaaatgggacaacattaaagcgtagagactattatatggatagact 13359275  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  13359274 gatgat 13359269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 155 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 20553755 - 20553587
Alignment:
Q  155 aataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatcca 254  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||| |||||||| || ||||||||  ||||||| |||||| ||||||||| ||||| | | |||||| |||| ||||     
T  20553755 aataaagtctctaggatagctagtccgtttaatgaaatattaagtacgacttaatcgtgagatcccattaaatataagaatattattcttaaagcatccg 20553656  T
Q  255 tagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    |||| ||  ||||||| |||||| ||||  ||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||    
T  20553655 tagtgaatttttattgtgaagtgagataaaattaaagcataaagatttttatgttggtagactgatgat 20553587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Original strand, 27925758 - 27925961
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacat---taagtata--acttaattgtgaga 216  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||  |||||| |||||||   ||||| |   ||||||| ||||||    
T  27925758 catttctttatttat---gttttgtttcaaaataataaagtccttagaataactagtatgtttaacggaacataattaagtgtgtgacttaatcgtgaga 27925854  T
Q  217 ccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagac 316  Q
    | |||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||  ||||||| |||||||  ||||||| ||| |||| ||||| | |||||||||||| | || ||    
T  27925855 ctccattaaactaaagaaaattattcttaaagtatctctagtcaaactttatttggaagtggtatagcattgaagcacaaagactattatgtggataaac 27925954  T
Q  317 tgatgat 323  Q
    |||||||    
T  27925955 tgatgat 27925961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 154 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 17850663 - 17850495
Alignment:
Q  154 taataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatcc 253  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||  ||||  |||||||||| |||  |||||||||||| | || |||||| | ||||| |||||||| ||| |||||    
T  17850663 taataaagtccctataatagctagtttgtttgttggaacattatgtaagacttaattgtgatatccaattaaaaacaaggacactattcttaaattatcc 17850564  T
Q  254 atagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    ||||||||||||| ||| |||||   ||| |||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  17850563 atagtcaagcttt-ttgtgaagtcaaataacattcaagtatatagactattatatgggtagactgatgat 17850495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 135 - 308
Target Start/End: Original strand, 8509941 - 8510115
Alignment:
Q  135 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgaga-ccccattaaacataagg 233  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||  |||||||| ||||| |||||||||| || |||    
T  8509941 attttattttgttttaaaataataaagtctatagaataattagtctatttgatggaacattatgtacgacttaattatgagacccccattaaatatgagg 8510040  T
Q  234 aaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 308  Q
    |   |||| | |||||||   |||| ||||||||||  ||| || |||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  8510041 atgatattattaaagtatatgtagttaagctttattatgaaatgagatagcattaaaacataaagactattatgt 8510115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 31258120 - 31258065
Alignment:
Q  123 atttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagt 178  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  31258120 atttctttattgcttttgttttgtttcaaaataataaagtctctaaaataattagt 31258065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 20736773 - 20736604
Alignment:
Q  154 taataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa-actattctcaaa-gtat 251  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||  || |||||| | ||||||| | |||||||  |||||   |||||| ||||| ||| | |||||| ||| ||||    
T  20736773 taataaagttcctagaatagatagttcgtgtaatggtatattaagtttgacttaatcatgagattacattaa-cataaagaacattattcttaaatgtat 20736675  T
Q  252 ccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 322  Q
    |  ||||||||||||| | |||| |||||||  | |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  20736674 ctgtagtcaagctttaataagaactgggataataataaagcgtcgagactattatgtatgtagactgatga 20736604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 50
Target Start/End: Original strand, 29308795 - 29308824
Alignment:
Q  21 tattgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29308795 tattgttggaataagccctaatagccaatc 29308824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 17684770 - 17684742
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684770 attgttggaataagccctaatagccaatc 17684742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 27381553 - 27381525
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27381553 attgttggaataagccctaatagccaatc 27381525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 27471936 - 27471908
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27471936 attgttggaataagccctaatagccaatc 27471908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Original strand, 29315756 - 29315784
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29315756 attgttggaataagccctaatagccaatc 29315784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 32)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 6110064 - 6110271
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6110064 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 6110163  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6110164 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 6110263  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  6110264 ctgatgat 6110271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 10572799 - 10572592
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10572799 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10572700  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10572699 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10572600  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  10572599 ctgatgat 10572592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 16482688 - 16482483
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16482688 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 16482589  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16482588 cccattaaacataaggaaactactctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 16482489  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  16482488 gatgat 16482483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 17781319 - 17781118
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17781319 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 17781220  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17781219 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 17781120  T
Q  322 at 323  Q
    ||    
T  17781119 at 17781118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 15601091 - 15600884
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15601091 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15600992  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15600991 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 15600892  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  15600891 ctgatgat 15600884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 15607636 - 15607429
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15607636 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15607537  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15607536 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 15607437  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  15607436 ctgatgat 15607429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 18522665 - 18522870
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18522665 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 18522764  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18522765 cccattaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcatttaagcatagagactattatgtaggtagact 18522864  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  18522865 gatgat 18522870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 119 - 323
Target Start/End: Original strand, 13211305 - 13211509
Alignment:
Q  119 aggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacc 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13211305 aggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacc 13211404  T
Q  219 ccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13211405 ccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactg 13211504  T
Q  319 atgat 323  Q
    |||||    
T  13211505 atgat 13211509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 13248607 - 13248814
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248607 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 13248706  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248707 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtattcgtagtcaagctttgttgagaagtgggataacattaaagcatagagactattatgtaggtaga 13248806  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  13248807 ctgatgat 13248814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 15357793 - 15357586
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15357793 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagattagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15357694  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15357693 accccattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 15357594  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  15357593 ctgatgat 15357586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 10579556 - 10579355
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10579556 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgttaaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 10579457  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10579456 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 10579357  T
Q  322 at 323  Q
    ||    
T  10579356 at 10579355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 18519980 - 18520182
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18519980 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 18520079  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18520080 cccgttaaacataaggaaactattcttaa---atccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 18520176  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  18520177 gatgat 18520182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 19089946 - 19089745
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19089946 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagattagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccct 19089847  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19089846 ttaaacataatgaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaatcatagagactattatgtaggtagactgatg 19089747  T
Q  322 at 323  Q
    ||    
T  19089746 at 19089745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 8490488 - 8490702
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8490488 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 8490587  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagact-------attatgt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  8490588 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactacagacgattatgt 8490687  T
Q  309 aggtagactgatgat 323  Q
    |||||||||||||||    
T  8490688 aggtagactgatgat 8490702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 135 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 15342407 - 15342219
Alignment:
Q  135 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagga 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15342407 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagtttgttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagga 15342308  T
Q  235 aactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15342307 acctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 15342219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 13516813 - 13517018
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13516813 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttcatggaacattaagtataacttaattgtgagac 13516912  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  13516913 cccgttaaacataaggaaacgattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcacagagactattatgtgggtagact 13517012  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  13517013 gatgat 13517018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 17200389 - 17200184
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17200389 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgatac 17200290  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17200289 ccctttaaacataatgaaactattcttaaagtatccgtagttaagctttattgagatgtgtgatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 17200190  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  17200189 gatgat 17200184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 32057101 - 32056900
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||     
T  32057101 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacatcaagtataactttattgtaagaccccg 32057002  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  32057001 ttaaacataaagaaactattcttaaagtgtccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactaatg 32056902  T
Q  322 at 323  Q
    ||    
T  32056901 at 32056900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 116 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 18640953 - 18640792
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18640953 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18640854  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtg 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18640853 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtg 18640792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 1647726 - 1647521
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataa----cttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  1647726 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataattaacttaattgtgagac 1647627  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  1647626 cccgttaaacataaggaaactatttttaaagtatccgtaatcaagctttattgagaaaagggatataattaaagcatagagactattatgtggatagact 1647527  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  1647526 gatgat 1647521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 136 - 304
Target Start/End: Original strand, 16200145 - 16200313
Alignment:
Q  136 ttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa 235  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16200145 ttttattttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagttcgtttaatggaacattatgtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggac 16200244  T
Q  236 actattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 304  Q
    | |||||| ||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16200245 attattcttaaagtattcgtagtcaagatttattgtgaagtgggatatcattaaagcatggagactatt 16200313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 116 - 308
Target Start/End: Original strand, 29924971 - 29925163
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  29924971 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagcccctaaaatagttagtccgtttaatggattattaagtataatttaattgtgag 29925070  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 308  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||| ||| |||   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  29925071 accccattaaatataaggacattattcttaaaatatatgtagtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggaggctattatgt 29925163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 116 - 308
Target Start/End: Original strand, 29974124 - 29974316
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  29974124 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagcccctaaaatagttagtccgtttaatggattattaagtataatttaattgtgag 29974223  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 308  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||| ||| |||   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  29974224 accccattaaatataaggacattattcttaaaatatatgtagtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggaggctattatgt 29974316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 136 - 304
Target Start/End: Original strand, 16200451 - 16200619
Alignment:
Q  136 ttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa 235  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||     
T  16200451 ttttattttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattatgtataacttaattgtgagactccaataaacataaggac 16200550  T
Q  236 actattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 304  Q
    | |||||| ||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  16200551 attattcttaaagtattcgtagtcaagatttattgtgaagtgggatgtcattaaagcatgaagactatt 16200619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 222 - 323
Target Start/End: Original strand, 17136465 - 17136566
Alignment:
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17136465 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtgggtagactgatg 17136564  T
Q  322 at 323  Q
    ||    
T  17136565 at 17136566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 123 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 24253589 - 24253388
Alignment:
Q  123 atttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgaga-cccca 221  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| | ||  |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  24253589 atttctttattgattttgttttacttcaaaataataaagtccttagaatagctcgttcgtttgatggaacattaagtatgacttaatcgtgagatcccca 24253490  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    | ||||||||||| |||||||| |||||||   | |||||  |||||||  ||||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  24253489 tcaaacataaggacactattcttaaagtatatgtggtcaaaatttattgtaaagtgaggtaacattaaagcatagagactattatgtcggtagactaatg 24253390  T
Q  322 at 323  Q
    ||    
T  24253389 at 24253388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 118 - 179
Target Start/End: Original strand, 18534758 - 18534819
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtc 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18534758 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccatagaatagttagtc 18534819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 118 - 163
Target Start/End: Original strand, 18510924 - 18510969
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtc 163  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18510924 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtc 18510969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 15357888 - 15357859
Alignment:
Q  21 tattgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15357888 tattgttggaataagccctaatagccaatc 15357859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Original strand, 13248513 - 13248541
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248513 attgttggaataagccctaatagccaatc 13248541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 15351295 - 15351267
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15351295 attgttggaataagccctaatagccaatc 15351267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 15601186 - 15601158
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15601186 attgttggaataagccctaatagccaatc 15601158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 3)
Name: scaffold0390
Description:

Target: scaffold0390; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 7141 - 6934
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7141 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgag 7042  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7041 accctattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 6942  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  6941 ctgatgat 6934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 14157 - 13950
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14157 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctacaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgag 14058  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14057 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 13958  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  13957 ctgatgat 13950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 7235 - 7207
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7235 attgttggaataagccctaatagccaatc 7207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 21940665 - 21940872
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21940665 acaatgcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 21940764  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21940765 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 21940864  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  21940865 ctgatgat 21940872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 22171491 - 22171694
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171491 aaggcatttccttattgattttgttttatttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 22171590  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171591 cccattaaacata--gaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 22171688  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  22171689 gatgat 22171694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Original strand, 6094129 - 6094330
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6094129 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 6094228  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  6094229 ttaaacataaggaaactatttttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatatgggtagagtgatg 6094328  T
Q  322 at 323  Q
    ||    
T  6094329 at 6094330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 118 - 317
Target Start/End: Original strand, 28554885 - 28555084
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28554885 aaggcatttctttattgattttgtttagtttcaaaataataaaatacctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 28554984  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28554985 cccattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 28555084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Original strand, 24642655 - 24642856
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24642655 catttctttattgattttgttttgtttcaaaatcataaagtccctagaattgttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 24642754  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24642755 ttaaacataaggaaactattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagtatagagactattatgtgggtagactgatg 24642854  T
Q  322 at 323  Q
    ||    
T  24642855 at 24642856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 122 - 249
Target Start/End: Original strand, 24636860 - 24636987
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24636860 catttctttcttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccttttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 24636959  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagt 249  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  24636960 ttaaacataaggaaactattcttaaagt 24636987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 128 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 38232570 - 38232380
Alignment:
Q  128 tttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 227  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||  |   ||| ||||||||||||  ||| || |||||||||    
T  38232570 tttattgattttgttttatttcaaaataataaa-tctctagaatagttagtctgtttaataaatttttaggtataacttaatcatgacactccattaaac 38232472  T
Q  228 ataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgat 320  Q
     |||  | | |||||| |||||||   ||||||| ||||||||  ||||| ||||   |||||||||| | |||||| ||| |||||||||||    
T  38232471 gtaa-aatagtattcttaaagtatttgtagtcaaactttattgtaaagtgagatagtcttaaagcataaaaactattttgtgggtagactgat 38232380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 137 - 195
Target Start/End: Original strand, 2375027 - 2375085
Alignment:
Q  137 tttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacatt 195  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||||||||||    
T  2375027 tttgttttgtttcaaaataataaactccctataataattagtcaatttaatggaacatt 2375085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 146 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 32873019 - 32872857
Alignment:
Q  146 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggttta-atggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctc 244  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||  ||  |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| | |||| || | |  || | || | |     
T  32873019 tttcaaaataataaagtccttataatagttcatccatttatatagaacattaagtatgacttaattgtgagatctcattgaaaagagtgacaatactatt 32872920  T
Q  245 aaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatg 307  Q
    ||| |||   |||| ||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  32872919 aaaatatttgtagttaagatttattgtgaagtgggataacatcaaagcatagagactattatg 32872857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 217
Target Start/End: Original strand, 10920234 - 10920297
Alignment:
Q  154 taataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  10920234 taataaaattcctagaataattagtctgtttaatggaacattaagtatgagttaatcgtgagac 10920297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 212 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 14984030 - 14983920
Alignment:
Q  212 tgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtagg 311  Q
    |||||||| |||||||   |||| | |||||| |||||||| ||| ||||  ||||||| ||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||| ||    
T  14984030 tgagacccaattaaactataggacattattcttaaagtatctataatcaaaatttattgtgaagtgggataacatt-aagaatagggactattatgtggg 14983932  T
Q  312 tagactgatgat 323  Q
    |||||| |||||    
T  14983931 tagactaatgat 14983920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Original strand, 22171394 - 22171422
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171394 attgttggaataagccctaatagccaatc 22171422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 21330455 - 21330248
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21330455 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 21330356  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21330355 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtgga 21330256  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  21330255 ctgatgat 21330248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 18796506 - 18796713
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18796506 acaaggaatttatttgtttattttgttttgtttcaaaataacaaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18796605  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    ||| | || |||||||||| | |||||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  18796606 acctcttttaacataaggatattattcttaaattatctgtagtcaagctttattgtgaagtggtatatcattaaagcattgagactattatgtgggtaga 18796705  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  18796706 ctgatgat 18796713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 18619807 - 18620011
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||| | |||||||| |||||     
T  18619807 aaggaatttctttgttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctataataattagtctgtttaatggagcattaagtgtgacttaattatgaga- 18619905  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||  | ||||| |||||||| |||  ||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||| |     
T  18619906 cccattaaacaaaaggatattattcttaaagtatctgtggtcaaactttattgtgaaaagggataatattaaagcatatagactattatgtgggtaggcc 18620005  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  18620006 gatgat 18620011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 122 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 19692737 - 19692598
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||  ||||| | ||    
T  19692737 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataatgaagtccctagaataattagtctgtttaatggaacattaagcctgacttaatcatgagatctca 19692638  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaa 261  Q
    ||||||  ||||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  19692637 ttaaactaaaggaaattattcttaaagtatccttagtcaa 19692598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 181 - 308
Target Start/End: Original strand, 20977957 - 20978084
Alignment:
Q  181 gtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtggga 280  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||  ||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||  |||| ||||||||||||| || |||||| ||    
T  20977957 gtttaatggaacattaagaataatttaatcatgagatcccattaaaaataaggaaattattcttaaaacatccgtagtcaagctttaatgtgaagtgaga 20978056  T
Q  281 tatcattaaagcatagagactattatgt 308  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20978057 tatcactaaagcatagagactattatgt 20978084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 150 - 323
Target Start/End: Original strand, 36270199 - 36270373
Alignment:
Q  150 aaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaag 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    |||| || ||  |||||| | ||||||| |||||||  ||||||||| || || |||||||| |||     
T  36270199 aaaataataaagtccctagaatagttagtttacttaaatgaaatgttaagtgtgacttaatcgtgagacatcattaaacacaatgacactattcttaaaa 36270298  T
Q  249 tatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
     |||| || |||||||||| || |||| |||||| |||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  36270299 catccgtaatcaagctttagtgtgaagagggataacattaaagtataaagactattgtgtgggtagactgatgat 36270373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 150 - 323
Target Start/End: Original strand, 18822115 - 18822290
Alignment:
Q  150 aaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaa-tggaaca-ttaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaa 247  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||||  |||||| ||||| | |||||| |  |||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  18822115 aaaataataaagtctatagaattgttagttcgtttaaatggaaaaattaagtgtggcttaatcgtgagacaccattaaacacaaggacactattcttaaa 18822214  T
Q  248 gtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
      ||   || |||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||   ||||||||||||    
T  18822215 acatatgtaatcaagctttagtttgaagtgggatatcattaaagcagatagattattatgtcaatagactgatgat 18822290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 158 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 24471792 - 24471643
Alignment:
Q  158 aaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatag 257  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| |  ||||| || | |||||||||||||||  ||||  ||||||| | | ||||||  |||||||||||     
T  24471792 aaagtccctaaaatatttagtcggtttaatagc-cattatgtgtgacttaattgtgagacatcatttgacataagaacattattctttaagtatccatac 24471694  T
Q  258 tcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgt 308  Q
     ||| || ||||   |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  24471693 acaaactctattttaaagtgggataacactaaagcataaagactattatgt 24471643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 287 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 12098654 - 12098618
Alignment:
Q  287 taaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12098654 taaaacatagagactattatgtatgtagactgatgat 12098618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 255 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 22183551 - 22183483
Alignment:
Q  255 tagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    ||||||||||||| || |||   ||||| |||||||| ||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  22183551 tagtcaagctttagtgtgaaaatggataacattaaagtatagagactattacgtgggtagattgatgat 22183483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 18288 - 18495
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18288 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaattgaacattaagtataacttaattgtgag 18387  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18388 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 18487  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  18488 ctgatgat 18495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 2)
Name: scaffold0433
Description:

Target: scaffold0433; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 7107 - 7314
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7107 acaaggtatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatagaacattaagtataacttaattgtgag 7206  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7207 accccattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 7306  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  7307 ctgatgat 7314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Original strand, 7013 - 7041
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7013 attgttggaataagccctaatagccaatc 7041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 24695673 - 24695466
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24695673 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 24695574  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24695573 accccattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcaataaagcatagagactattatgtaggtaga 24695474  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  24695473 ctgatgat 24695466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 18570070 - 18569863
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18570070 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaattgaacattaagtataacttaattgtgag 18569971  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  18569970 accccgttaaacataaggaaactactcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcataaagactattatgttggtaga 18569871  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  18569870 ctgatgat 18569863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 19714703 - 19714498
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19714703 aaggcatttctttattgattttgttttatttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 19714604  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19714603 cccgttaaacataaggaatctattcttaaaatatccgaagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 19714504  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  19714503 gatgat 19714498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 19707419 - 19707218
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19707419 catttctttattgattttgttttatttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtcagtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 19707320  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19707319 ttaaacataaggaatctattcttaaaatatccgaagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 19707220  T
Q  322 at 323  Q
    ||    
T  19707219 at 19707218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 122 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 22547217 - 22547016
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||    
T  22547217 catttatttattcattttgttttattttaaaataataaaaccgctataatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaatcgtgagatctca 22547118  T
Q  222 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    ||||| ||| ||| | |||| | ||||||| |  |||||| |||||||| |||||| |||| |||||||  |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  22547117 ttaaatatatggacattatttttaaagtattcgcagtcaaactttattgtgaagtgagataacattaaaatatagagactattatgtggatagaccgatg 22547018  T
Q  322 at 323  Q
    ||    
T  22547017 at 22547016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 121 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 27347679 - 27347497
Alignment:
Q  121 gcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc 220  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||| |||||||| | ||||||| |||||| |||    
T  27347679 gcatttctttgttgattttgttttgattcaaaataataaagtccttagaataattaatctgtttaatggagcattaagtgtgacttaatcgtgaga-ccc 27347581  T
Q  221 attaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactatt 304  Q
    |||||||  ||||| | |||||| |||||||   |||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  27347580 attaaacgaaaggacattattcttaaagtatatgtagtcaagctttattgtgaaaagggataacattaaagcatagagactatt 27347497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 120 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 17285935 - 17285754
Alignment:
Q  120 ggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 219  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||    
T  17285935 ggcatttatttattgattttgttatgtttcaaaataataatctccagagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtgtgacttaatcgtgaaaccc 17285836  T
Q  220 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagact 301  Q
     | |||||  || || | |||||| ||||||| ||||||| | |||||||| ||| |||||||  ||||||||||| |||||    
T  17285835 tagtaaactaaatgacattattcttaaagtattcatagtcgatctttattgtgaattgggatagtattaaagcatatagact 17285754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 116 - 225
Target Start/End: Original strand, 39537962 - 39538071
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39537962 acaagccatttctttaatgattttgttttgtttcaaaatggttaagtccttagaatagttggttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 39538061  T
Q  216 accccattaa 225  Q
    ||| ||||||    
T  39538062 acctcattaa 39538071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 182 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 18807175 - 18807034
Alignment:
Q  182 tttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataa-ggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtggga 280  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||| |||| ||| | |||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||  ||    
T  18807175 tttaatggaacattaagtgtgacttaatcgtgagacaccattaaa-ataatggacattattcttaaagtatctatagtcaagcgttattgtgaagtaaga 18807077  T
Q  281 tatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 323  Q
    || || |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  18807076 taacaataaagcatagagactattatgcgggtagactgatgat 18807034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 229 - 321
Target Start/End: Original strand, 39538701 - 39538793
Alignment:
Q  229 taaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 321  Q
    |||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  39538701 taaggacactattcttaaaatatccatagttaagctttattgtgaagtgggatatcattaaagcatgaagactattatgtgggtagactgatg 39538793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 120 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 17299088 - 17298907
Alignment:
Q  120 ggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 219  Q
    ||||||| |||||| |||||||| |||||  |||||||||  |||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||   ||||||| |||| ||||    
T  17299088 ggcatttatttattgattttgttatgtttataaataataatatccagagaatagttagtccgattaatggaacattaagtgcgacttaatcgtgaaaccc 17298989  T
Q  220 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagact 301  Q
     | |||||  || || | |||||| ||||||| ||||||| | ||||||||  ||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  17298988 tagtaaactaaatgacattattcttaaagtattcatagtcgatctttattgttaagtgggatagtattaaagcatatagact 17298907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 122 - 225
Target Start/End: Original strand, 31886537 - 31886640
Alignment:
Q  122 catttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 221  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||   |||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||| |||    
T  31886537 catttctttagtgattttgttttgtttcaaattaataaagtccttagaataattagttcatttaattgaacatcaagtacgacttaatcgtgagactcca 31886636  T
Q  222 ttaa 225  Q
    ||||    
T  31886637 ttaa 31886640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 142 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 33477479 - 33477389
Alignment:
Q  142 tttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataag 232  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | |||||||| |||||||| | |  |||| |||||||| |||||| ||||||    
T  33477479 tttgtttcaaaataataaagtccttacaatagttaggctgattaatggatcattaagtgtgatctaatcgtgagacctcattaatcataag 33477389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 166 - 234
Target Start/End: Original strand, 11479420 - 11479489
Alignment:
Q  166 tagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc-cattaaacataagga 234  Q
    ||||||| |||||  |||||||| || ||||||| | |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  11479420 tagaataattagtgtgtttaatgaaatattaagtgtgacttgattgtgagaccctcattaaacataagga 11479489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 24695767 - 24695739
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24695767 attgttggaataagccctaatagccaatc 24695739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0657 (Bit Score: 176; Significance: 9e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0657
Description:

Target: scaffold0657; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 9e-95
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Original strand, 993 - 1200
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  993 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatgaaacattaagtataacttaattgtgag 1092  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1093 accccattaaacataaagaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 1192  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  1193 ctgatgat 1200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 116 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 26197 - 25990
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 215  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26197 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccatttaatggaacattaaatataacttaattgtgag 26098  T
Q  216 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26097 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgaaaagtgggatatcattaaagcatagcgactattatgtaggtaga 25998  T
Q  316 ctgatgat 323  Q
    ||||||||    
T  25997 ctgatgat 25990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 118 - 323
Target Start/End: Original strand, 5531 - 5736
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5531 aaggcatttctttattgatttatttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 5630  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 317  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  5631 cccgttaaacataaggaaattattcttaaagtatatgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtgggtagact 5730  T
Q  318 gatgat 323  Q
    ||||||    
T  5731 gatgat 5736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 118 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 230545 - 230365
Alignment:
Q  118 aaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  230545 aaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagttcttataatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 230446  T
Q  218 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagaga 299  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  230445 ccc-ttaaacataaggaaaccattcttaaagtatttgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagaga 230365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 2)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 116 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 8510 - 8447
Alignment:
Q  116 acaaggcatttctttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtc 179  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8510 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtc 8447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 8606 - 8576
Alignment:
Q  20 atattgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8606 atattgttggaataagccctaatagccaatc 8576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0565 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0565
Description:

Target: scaffold0565; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 135 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 10158 - 10127
Alignment:
Q  135 attttgttttgtttcaaaataataaagtccct 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10158 attttgttttgtttcaaaataataaagtccct 10127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 217
Target Start/End: Original strand, 92194 - 92267
Alignment:
Q  145 gtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcggtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagac 217  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||   ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  92194 gttttaaagtaataaagtctctagaatatctagttattttaaatggaacattaagtataacttaatcgtgagac 92267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0705 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0705
Description:

Target: scaffold0705; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 99 - 71
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  99 attgttggaataagccctaatagccaatc 71  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0326 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0326
Description:

Target: scaffold0326; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Original strand, 16521 - 16549
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16521 attgttggaataagccctaatagccaatc 16549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0203 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0203
Description:

Target: scaffold0203; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 22 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 23827 - 23799
Alignment:
Q  22 attgttggaataagccctaatagccaatc 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23827 attgttggaataagccctaatagccaatc 23799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University