View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17978_low_42 (Length: 237)

Name: NF17978_low_42
Description: NF17978
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17978_low_42
NF17978_low_42
[»] scaffold1485 (1 HSPs)
scaffold1485 (15-221)||(285-491)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (15-221)||(4854496-4854702)
chr3 (15-221)||(4876229-4876437)
chr3 (15-221)||(4872489-4872695)
chr3 (15-221)||(14636196-14636409)
chr3 (120-221)||(4848165-4848266)
chr3 (22-214)||(19455632-19455824)
chr3 (21-206)||(23296132-23296315)
chr3 (97-204)||(8943329-8943435)
chr3 (69-200)||(14760599-14760731)
chr3 (68-139)||(13081202-13081273)
chr3 (105-200)||(4733802-4733897)
[»] scaffold0285 (1 HSPs)
scaffold0285 (16-221)||(17839-18044)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (15-221)||(22441287-22441493)
chr5 (137-221)||(19126817-19126901)
chr5 (69-196)||(29674737-29674864)
chr5 (75-222)||(19765297-19765441)
chr5 (75-206)||(24245996-24246124)
chr5 (97-204)||(16739100-16739207)
chr5 (24-97)||(19126567-19126640)
chr5 (97-201)||(24740515-24740617)
chr5 (97-201)||(23374862-23374963)
chr5 (133-222)||(24129939-24130028)
chr5 (97-201)||(24670746-24670848)
chr5 (97-201)||(24707521-24707623)
chr5 (97-201)||(24753284-24753386)
[»] scaffold0334 (1 HSPs)
scaffold0334 (16-218)||(6702-6904)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (16-214)||(19817911-19818109)
chr1 (79-221)||(17495230-17495373)
chr1 (16-222)||(22852131-22852337)
chr1 (61-221)||(23478582-23478742)
chr1 (40-200)||(21218312-21218474)
chr1 (38-221)||(21017921-21018106)
chr1 (69-200)||(17444366-17444497)
chr1 (97-222)||(16969979-16970105)
chr1 (69-200)||(22106032-22106164)
chr1 (131-201)||(19956970-19957040)
chr1 (163-200)||(23190979-23191016)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (16-221)||(15935747-15935952)
chr6 (90-221)||(12476179-12476311)
chr6 (70-221)||(24001828-24001980)
chr6 (97-222)||(17582628-17582753)
chr6 (97-222)||(22850318-22850445)
chr6 (75-147)||(13534597-13534669)
chr6 (72-200)||(25924620-25924748)
chr6 (97-200)||(18565607-18565710)
chr6 (16-75)||(12477684-12477743)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (21-220)||(10492831-10493030)
chr4 (15-207)||(16587196-16587390)
chr4 (41-200)||(15411276-15411437)
chr4 (97-222)||(27919243-27919368)
chr4 (43-200)||(15452649-15452808)
chr4 (97-222)||(19583901-19584026)
chr4 (116-204)||(16835460-16835547)
chr4 (92-200)||(39045407-39045513)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (16-221)||(96421-96628)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (15-221)||(14991843-14992049)
chr8 (68-200)||(24427508-24427640)
chr8 (69-200)||(21318667-21318797)
chr8 (69-200)||(24118002-24118133)
chr8 (69-200)||(28075748-28075879)
chr8 (16-193)||(24752691-24752869)
chr8 (92-198)||(8365661-8365765)
chr8 (97-201)||(19237080-19237182)
chr8 (97-201)||(19310264-19310366)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (18-221)||(9986615-9986818)
chr7 (97-222)||(1376862-1376987)
chr7 (69-200)||(11346623-11346754)
chr7 (41-200)||(11517735-11517896)
chr7 (16-200)||(14279526-14279711)
chr7 (100-201)||(14204844-14204945)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (61-213)||(86137-86288)
[»] scaffold0231 (1 HSPs)
scaffold0231 (74-200)||(16619-16745)
[»] scaffold0053 (1 HSPs)
scaffold0053 (69-200)||(909-1040)
[»] scaffold0520 (1 HSPs)
scaffold0520 (129-222)||(7351-7445)
[»] scaffold1121 (1 HSPs)
scaffold1121 (116-204)||(1801-1889)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (97-222)||(41792-41917)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (75-200)||(69285-69411)
[»] scaffold0160 (1 HSPs)
scaffold0160 (69-196)||(7190-7317)
[»] scaffold0183 (1 HSPs)
scaffold0183 (172-221)||(14178-14227)
[»] scaffold0043 (2 HSPs)
scaffold0043 (90-198)||(25676-25782)
scaffold0043 (90-198)||(40487-40593)
[»] scaffold0577 (1 HSPs)
scaffold0577 (117-201)||(387-469)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (97-201)||(17502-17603)
[»] scaffold0535 (1 HSPs)
scaffold0535 (68-139)||(4339-4410)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (61-143)||(66036-66116)


Alignment Details
Target: scaffold1485 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold1485
Description:

Target: scaffold1485; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 285 - 491
Alignment:
Q  15 aaaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  285 aaaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaggaatcaaaaggtcaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagattcac 384  T
Q  115 gatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaag 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  385 gatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctacatgaacaaaattactaag 484  T
Q  215 ttatcaa 221  Q
    |||||||    
T  485 ttatcaa 491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4854702 - 4854496
Alignment:
Q  15 aaaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  4854702 aaaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaggaatcaaaaggtcaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagattcac 4854603  T
Q  115 gatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaag 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4854602 gatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctacatgaacaaaattactaag 4854503  T
Q  215 ttatcaa 221  Q
    |||||||    
T  4854502 ttatcaa 4854496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4876437 - 4876229
Alignment:
Q  15 aaaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  4876437 aaaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaggaatcaaaaggtcaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagattcac 4876338  T
Q  115 gatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaacc--aaacctatatgaacaaaattacta 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  4876337 gatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaaaacctacatgaacaaaattacta 4876238  T
Q  213 agttatcaa 221  Q
    |||||||||    
T  4876237 agttatcaa 4876229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4872695 - 4872489
Alignment:
Q  15 aaaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcat 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||     
T  4872695 aaaattgactatgggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaggaatgaaaaagacaaatatatgtgcaatgagatttaatcttagaattgagagattcac 4872596  T
Q  115 gatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaag 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4872595 gatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattctttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatctgaacaaaattactaag 4872496  T
Q  215 ttatcaa 221  Q
    |||||||    
T  4872495 ttatcaa 4872489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 14636196 - 14636409
Alignment:
Q  15 aaaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcat 114  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| |||     
T  14636196 aaaattgactattggattcgtgctcgaacaatcacaatcaatgaatcaaaaagacaaatatatgtgaaataagatttaatcttagaattgagagattcaa 14636295  T
Q  115 gatacaa-------atcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaat 207  Q
    ||| |||       ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14636296 gattcaagattaaaatcttattatataatcaaatgttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatatacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaat 14636395  T
Q  208 tactaagttatcaa 221  Q
    ||||||| ||||||    
T  14636396 tactaagctatcaa 14636409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 120 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4848266 - 4848165
Alignment:
Q  120 aaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatc 219  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4848266 aaatgttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtataaaacaatagacaatttcaaaccaaatctatatgaacaaaattactaagttatc 4848167  T
Q  220 aa 221  Q
    ||    
T  4848166 aa 4848165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 214
Target Start/End: Original strand, 19455632 - 19455824
Alignment:
Q  22 actattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaa 121  Q
    ||||||||||| |||  |||||||| |||| ||| | ||||||| ||||||||||  |||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||  |||| |    
T  19455632 actattggatttgtgcccgaacaatcacaa-caatgtatcaaaaagacaaatatacatgcaataagatttaatcttagaattaagagattcacaatacta 19455730  T
Q  122 atcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaag 214  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19455731 accttattatacaatcaaacttcaataaaccttgaacaatgtacaaaacgtttagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaag 19455824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 21 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 23296315 - 23296132
Alignment:
Q  21 gactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgataca 120  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| | || ||||| |||||||||||||||||  || ||||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  23296315 gactattggaatcgtgctcgaacaatcacaa-caatgtataaaaag-acaaatatatgtgcaatatgatttaat-ttagaatcgagagattcatgataca 23296219  T
Q  121 aatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaa 206  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23296218 aatcttattaagcaatcaaaccttaattaaccttgaacaatgtacaaaacttatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaa 23296132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 97 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 8943435 - 8943329
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaa-accaaaccta 195  Q
    |||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| | ||||||||    
T  8943435 tagaattgagtgattcacaatacaaatcttatt-tacaatcaaactttaacgtgccttgaacaatttacaaaac-ttagacaatttcaatatcaaaccta 8943338  T
Q  196 tatgaacaa 204  Q
    |||||||||    
T  8943337 tatgaacaa 8943329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 69 - 200
Target Start/End: Original strand, 14760599 - 14760731
Alignment:
Q  69 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttat-tatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaa 167  Q
    |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | || ||||||||   |||| | ||||| |||||  |||||    
T  14760599 caaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatattttgtacacaatcaattattaacaatccttaaacaagatacaa 14760698  T
Q  168 aacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  14760699 aacaattcacaatttcaaaccaaacctgtatga 14760731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 68 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 13081273 - 13081202
Alignment:
Q  68 acaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaa 139  Q
    ||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||    
T  13081273 acaaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttttgacacaatcaa 13081202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 4733897 - 4733802
Alignment:
Q  105 agagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    ||||| ||| |||||||||||| |   ||||||||   |||| | ||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  4733897 agagattcacgatacaaatcttttgtcacaatcaattattaacaatccttaaacaagatacaaaacaatatacaatttcaaaccaaatctatatga 4733802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0285 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0285
Description:

Target: scaffold0285; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 17839 - 18044
Alignment:
Q  16 aaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatg 115  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||| |    
T  17839 aaattgactattggattcgtgctcgaacaatcacaatcaatgaatcaaaaggacaaatatatgtgaaataagattcaatcttagaattgagagattcacg 17938  T
Q  116 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagt 215  Q
    || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17939 attcaaatcttattatacaatcaaatgttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatatacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagc 18038  T
Q  216 tatcaa 221  Q
    ||||||    
T  18039 tatcaa 18044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 22441287 - 22441493
Alignment:
Q  15 aaaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcat 114  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||| |||     
T  22441287 aaaattgactattggattcgtgctcgaacaatcacaatcaatgaatcaaaaagacaaatatatgtgaaataagatttaatcttataattgagagattcac 22441386  T
Q  115 gatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaag 214  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  22441387 gattcaaatcttattatacaatcaaatgttaatattccttgaacaaagtacaaaacaatatacaatttcaaaacaaatctataggaacaaaattactaag 22441486  T
Q  215 ttatcaa 221  Q
     ||||||    
T  22441487 ctatcaa 22441493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 137 - 221
Target Start/End: Original strand, 19126817 - 19126901
Alignment:
Q  137 caaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaa 221  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  19126817 caaactttaataatccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacccatatgaacaaaattactaagctatcaa 19126901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 69 - 196
Target Start/End: Original strand, 29674737 - 29674864
Alignment:
Q  69 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 168  Q
    |||| ||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||   |||||| |||||||||||  ||||||    
T  29674737 caaaaatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttttacacaatcaatagttaataatccttgaacaagatacaaa 29674836  T
Q  169 acaatagacaatttcaaaccaaacctat 196  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  29674837 acaatacccaatttcaaaccaaacctat 29674864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 75 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 19765441 - 19765297
Alignment:
Q  75 tatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttat-ta-tacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaa 172  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||      
T  19765441 tatgtgcaataagatttaatct-agaattgagagattcacgatacaaatattatatactacaatcaaactttaataa-ccttgaacaatgtacaaaactt 19765344  T
Q  173 t-agacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaat 222  Q
    | |||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19765343 ttagacaatttcaaa----acctatatgaacaaaattagtaagttatcaat 19765297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 75 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24246124 - 24245996
Alignment:
Q  75 tatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaaca-at 173  Q
    |||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||||||||  ||    
T  24246124 tatgtgaaataagatttaatcttagaattgatag--tcatgatacaaatcttat-atacaatcaaactttaatcaacctagaacaatatacaaaacttat 24246028  T
Q  174 agacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaa 206  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24246027 agacaatt-caaaccaaacctatatgaacaaaa 24245996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 97 - 204
Target Start/End: Original strand, 16739100 - 16739207
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaa-accaaaccta 195  Q
    |||||||||| || |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  16739100 tagaattgagtgattcacaatacaaatcttatta-acaatcaaactttaatgtgccttgaacaacttacaaaactttagacaatttcaataccaaaccta 16739198  T
Q  196 tatgaacaa 204  Q
    |||||||||    
T  16739199 tatgaacaa 16739207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 97
Target Start/End: Original strand, 19126567 - 19126640
Alignment:
Q  24 tattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatctt 97  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  19126567 tattggattcatgctcgaacaatcacagtcaatgaatcaaaaagacaaatatatgtgcaataagatttaatctt 19126640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 97 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 24740617 - 24740515
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 195  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||| || ||| | ||||||  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  24740617 tagaattgagagattcacaatacaaatcttat--tacaatcaaactttaatgtgccttaaaaaatttgcaaaac-ttagacaaattcaaaaccaaaccta 24740521  T
Q  196 tatgaa 201  Q
    ||||||    
T  24740520 tatgaa 24740515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 201
Target Start/End: Original strand, 23374862 - 23374963
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctat 196  Q
    |||||||||| || |||  |||||||||||||||  |||||||| |||| | |  |||||||||  | ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  23374862 tagaattgagtgattcacaatacaaatcttatta--caatcaaaatttattgtaacttgaacaacttgcaaaacc-tagacaatttcaaaccaaacctat 23374958  T
Q  197 atgaa 201  Q
    |||||    
T  23374959 atgaa 23374963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 24130028 - 24129939
Alignment:
Q  133 caatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaa-accaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaat 222  Q
    ||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||| ||| |||||||    
T  24130028 caatcaaactttaatgtgtcatgaacaatttacaaaac-ttagacaatttcaataccaaacctatttgaacaataataccaagctatcaat 24129939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 24670848 - 24670746
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 195  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||| || ||| | |||| |  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  24670848 tagaattgagagattcacaatacaaatcttat--tacaatcaaactttaatgtgccttaaaaaatttgcaaagc-ttagacaaattcaaaaccaaaccta 24670752  T
Q  196 tatgaa 201  Q
    ||||||    
T  24670751 tatgaa 24670746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 24707623 - 24707521
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 195  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||| || ||| | |||| |  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  24707623 tagaattgagagattcacaatacaaatcttat--tacaatcaaactttaatgtgccttaaaaaatttgcaaagc-ttagacaaattcaaaaccaaaccta 24707527  T
Q  196 tatgaa 201  Q
    ||||||    
T  24707526 tatgaa 24707521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 24753386 - 24753284
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 195  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||| || ||| | |||| |  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  24753386 tagaattgagagattcacaatacaaatcttat--tacaatcaaactttaatgtgccttaaaaaatttgcaaagc-ttagacaaattcaaaaccaaaccta 24753290  T
Q  196 tatgaa 201  Q
    ||||||    
T  24753289 tatgaa 24753284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0334 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0334
Description:

Target: scaffold0334; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 218
Target Start/End: Original strand, 6702 - 6904
Alignment:
Q  16 aaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatg 115  Q
    ||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||| ||||| ||| |    
T  6702 aaattgactattgaatttgtgctcgaacaatcacaatcaatgaatcaaaaagacaaatatatgtgaaataagattcaatcttagaattaagagattcacg 6801  T
Q  116 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagt 215  Q
    || |||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6802 attcaaatcttattatacaattaaatgttaatattccttaaacaaagtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaaat 6901  T
Q  216 tat 218  Q
    |||    
T  6902 tat 6904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 214
Target Start/End: Original strand, 19817911 - 19818109
Alignment:
Q  16 aaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatg 115  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |    
T  19817911 aaattgattattggaatcgtgctcgaacaatcacaatcaatgaatcaaaaagacaaatatatttgcaataagatttaatcttagaattgagagattcacg 19818010  T
Q  116 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaag 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19818011 atacaaatcttattatacaatcaaatgtgaatagaccttgaacaaagtacaaaacaatacacaatttcaaaccaaacctatataaacaaaattactaag 19818109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 79 - 221
Target Start/End: Original strand, 17495230 - 17495373
Alignment:
Q  79 tgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagac 177  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||    
T  17495230 tgcaataagatttaatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttattatacaatcaaactttaataatccttgaacaatgtacaaaacttatagac 17495329  T
Q  178 aatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaa 221  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||    
T  17495330 aatttcaaacctaacctatatgaagataattactaagctatcaa 17495373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 222
Target Start/End: Original strand, 22852131 - 22852337
Alignment:
Q  16 aaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatg 115  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||   ||| | | ||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| |||      
T  22852131 aaattgactattggaatcgtgctcgaacaatcacaaacaatgaatcaaatacacacaaaaatgtgcaataagatttaatctttgaattgatagattcaca 22852230  T
Q  116 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaag 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22852231 atacaaatcttattatacaatcaaacttaaataatccttgaacaa-atacaaaacttatagacaatttcaaatcaaacctatatgaacaaaattactaag 22852329  T
Q  215 ttatcaat 222  Q
     |||||||    
T  22852330 ctatcaat 22852337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 61 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 23478742 - 23478582
Alignment:
Q  61 caaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaa 160  Q
    ||||| || ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||   ||||||||||    
T  23478742 caaaaagataaatatatgtgcaatcagatttaatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttattaca-aatcaaactttaattaaccttgaacaa 23478644  T
Q  161 tgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaa 221  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23478643 tgtacaaaacttttagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagctatcaa 23478582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 40 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 21218474 - 21218312
Alignment:
Q  40 gaacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatc 137  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||  |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||  |||||    
T  21218474 gaacaatcacaatcaatgaatcaataagaagcaaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttttacccaatc 21218375  T
Q  138 aaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    ||   |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21218374 aattgttaataatccttgaacaaggtacaaaacaatacacaatttcaaaccaaacctatatga 21218312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 38 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 21018106 - 21017921
Alignment:
Q  38 tcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaa 135  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| | ||  |||||||||||| |||   | |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  21018106 tcgaacaatcacaatcaatgaatcaacaagaagcaaatatatgtggaatattattatatcttagaattgagagattcatgatacaaatctttttatacaa 21018007  T
Q  136 tcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaa 221  Q
    |||||  | ||||  |||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||    
T  21018006 tcaaatatcaataaaccttgaacaaggtacaaaacaatacccaatttcaaaccaaacctaagtgagcaaaattactaagctatcaa 21017921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 69 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 17444497 - 17444366
Alignment:
Q  69 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 168  Q
    |||| ||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| ||||||||   |||||| |||||||||||  ||||||    
T  17444497 caaaaatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacatatctttttacacaatcaatagttaataatccttgaacaagatacaaa 17444398  T
Q  169 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17444397 acaatacacaatttcaaaccaaacctatatga 17444366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 97 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 16970105 - 16969979
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat-agacaatttcaaaccaaaccta 195  Q
    ||||||||||| | || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||   | ||||||||||||||||||||||    
T  16970105 tagaattgagaaattcgtgatacaaatcttat-acacaatcaaactttaataaaccttgaacaatttacaaaaattttagacaatttcaaaccaaaccta 16970007  T
Q  196 tatgaac-aaaattactaagttatcaat 222  Q
     |||||| ||||| |||||| |||||||    
T  16970006 catgaacaaaaatcactaagctatcaat 16969979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 69 - 200
Target Start/End: Original strand, 22106032 - 22106164
Alignment:
Q  69 caaatatatgtgcaa-tgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaa 167  Q
    |||||||||||| || | ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||   |||| | | ||| |||||  |||||    
T  22106032 caaatatatgtggaaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttttgacacaatcaattattaacaatgcttaaacaagatacaa 22106131  T
Q  168 aacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  22106132 aacaacatacaatttcaaaccaaacctatatga 22106164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 131 - 201
Target Start/End: Original strand, 19956970 - 19957040
Alignment:
Q  131 tacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaacctatatgaa 201  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19956970 tacaatcaaactttaatgtgccttgaacaatttgcaaaac-tttgacaatttctaaaccaaacctatatgaa 19957040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 163 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 23191016 - 23190979
Alignment:
Q  163 tacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23191016 tacaaaataatatacaatttcaaaccaaacctatatga 23190979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 15935952 - 15935747
Alignment:
Q  16 aaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatg 115  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  || |||| ||||||||| |||||  ||||||| | | ||| |||||||||||||||||||| ||| |    
T  15935952 aaattgactattggattcgtgctcgaacaatcgcattcaatgaatcaaaaagacaataatatgtgaattaagatttaatcttagaattgagagattcagg 15935853  T
Q  116 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagt 215  Q
    || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||     
T  15935852 attcaaatcttattatacaatcaaatgttaatattccttgaacaaagtacaaaaaaatatacaatttcaaaccaaccctataaaaacaaaattactaagc 15935753  T
Q  216 tatcaa 221  Q
    ||||||    
T  15935752 tatcaa 15935747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 90 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 12476311 - 12476179
Alignment:
Q  90 ttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaa-caatagacaatttcaaacc 188  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||    
T  12476311 ttaatcttagaattgagagattcacgatacaaatattattatacaatcaaactttaataatccttgaacaatatacaaaatttatagacaatttcaaacc 12476212  T
Q  189 aaacctatatgaacaaaattactaagttatcaa 221  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12476211 aaacttatatgaacaaaattactaagctatcaa 12476179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 70 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 24001980 - 24001828
Alignment:
Q  70 aaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaa 169  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||   |||||| |||||||||||     
T  24001980 aaatatatgtgcaataagatttaatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttattatatactcaaactttaattaaccttgagcaatgtacaaag 24001881  T
Q  170 c-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaa 221  Q
    |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24001880 cttttagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagctatcaa 24001828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 97 - 222
Target Start/End: Original strand, 17582628 - 17582753
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat-agacaatttcaaaccaaaccta 195  Q
    ||||||| ||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||  | ||| ||||||||||||||||||    
T  17582628 tagaattaagagattcacgatacaaatcttat-attcaatcaaactttaataaaccttgaacaatgtaaaaaacttttagaaaatttcaaaccaaaccta 17582726  T
Q  196 tatgaacaaaattactaagttatcaat 222  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||    
T  17582727 tatgaacaaaattactaagctatcaat 17582753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 97 - 222
Target Start/End: Original strand, 22850318 - 22850445
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaa-aacaatagacaatttcaaaccaaa-cct 194  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||| |||||| ||||| |    ||||||||||||||||||| |||    
T  22850318 tagaattgagagattcatgatacaaatctta-tatacaatcaaactttaatgaaccttaaacaatttacaatagttttagacaatttcaaaccaaatcct 22850416  T
Q  195 atatgaaca-aaattactaagttatcaat 222  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||||||    
T  22850417 atatgaacatagattactaagctatcaat 22850445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 75 - 147
Target Start/End: Original strand, 13534597 - 13534669
Alignment:
Q  75 tatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaat 147  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13534597 tatgttcaataagatttaatctttgaattgagagattcacgatacaaatcttattatacaatcaaaatttaat 13534669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 72 - 200
Target Start/End: Original strand, 25924620 - 25924748
Alignment:
Q  72 atatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaaca 171  Q
    ||||| ||| ||| ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | | ||||||   |  ||| | ||||||||| ||||||||||    
T  25924620 atatacgtggaataagaatttatcttagaattgagagattcatgatacaaatcttttcacataatcaattatccataatacttgaacaaagtacaaaaca 25924719  T
Q  172 atagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    | | |||||||||||||| ||||||||||    
T  25924720 acacacaatttcaaaccagacctatatga 25924748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 97 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 18565710 - 18565607
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 195  Q
    |||||||||| || |||  ||| ||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||  ||||||||||| ||| ||||||||    
T  18565710 tagaattgagtgattcacaatataaatcttctta-acaatcaaactttaatgtgccttgaacaattaacaaaactttagacaatttcaaaatcaaaccta 18565612  T
Q  196 tatga 200  Q
    |||||    
T  18565611 tatga 18565607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 12477743 - 12477684
Alignment:
Q  16 aaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatat 75  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  12477743 aaattgactattggaatcgtgctcaaacaatcacaaacaatgaatcaaaaagacaaatat 12477684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 97; Significance: 8e-48; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 21 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 10493030 - 10492831
Alignment:
Q  21 gactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgataca 120  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||| | | ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  10493030 gactattggaatcgtgctcgaacaatcacaa-caatgtaccaaaaagacaaatatatgtgcaataagatttaatcttagaattgagagattcacgataca 10492932  T
Q  121 aatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatc 219  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||   |||||| |||| |||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  10492931 aatcctattatacaatcaaactttaattaaccttgagcaatatacacaacttttagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaatattactaagctatc 10492832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 16587390 - 16587196
Alignment:
Q  15 aaaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtc 112  Q
    |||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||| ||| ||||||||| ||  |||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||    
T  16587390 aaaattgactattggaattgtgctcgaacaatcacaaacaatgaatcaaaaagagacaaatatatgtgcaataatatttaatcttagaattgagagattc 16587291  T
Q  113 atgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaat 207  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| | ||||||||  ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  16587290 acgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatcaaccttgaacagtatacaaaacttata-acaatttcaaaccaaatctatgtgaacaaaat 16587196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 41 - 200
Target Start/End: Original strand, 15411276 - 15411437
Alignment:
Q  41 aacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatca 138  Q
    |||||| |||||||| ||||||| | ||  |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||||    
T  15411276 aacaatcacaatcaatgaatcaataagaagcaaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttatacacaatca 15411375  T
Q  139 aactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    |   ||||||  ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15411376 attgttaataaaccttgaacaagttacaaaacaatacacaatttcaaaccaaacctatatga 15411437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 97 - 222
Target Start/End: Original strand, 27919243 - 27919368
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatag-acaatttcaaaccaaaccta 195  Q
    ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||  | | ||||||||||||||||||||    
T  27919243 tagaatttagagattcacgatagaaatcttat-atacaatcaaactttaataaaccttgaacaatatacaaaacttttggacaatttcaaaccaaaccta 27919341  T
Q  196 tatgaacaaaattactaagttatcaat 222  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||    
T  27919342 tatgaacaaaattgttaagctatcaat 27919368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 43 - 200
Target Start/End: Original strand, 15452649 - 15452808
Alignment:
Q  43 caatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaa 140  Q
    |||| |||||||| ||||||| | ||  ||||||||| || ||| | | || ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||  || | ||||||     
T  15452649 caatcacaatcaatgaatcaataagaagcaaatatatttggaataatattttatcttagaattgagagattcacgatataaatctttatacaaaatcaat 15452748  T
Q  141 ctttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
      ||||||  ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  15452749 tgttaataaaccttgaacaagttacaaaacaatacacaatttcaaaccaaacatatatga 15452808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 222
Target Start/End: Original strand, 19583901 - 19584026
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttca-aaccaaaccta 195  Q
    |||||||||| || |||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||  |||||||||| |  | ||||| ||    
T  19583901 tagaattgagtgattcaaaatataaatcttatt-tacaatcaaactttaatgtgccttgaacaatttacaaaactttagacaatttgagtatcaaacata 19583999  T
Q  196 tatgaacaaaattactaagttatcaat 222  Q
    ||||||||| | ||| ||| |||||||    
T  19584000 tatgaacaataataccaagctatcaat 19584026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 204
Target Start/End: Original strand, 16835460 - 16835547
Alignment:
Q  116 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaa-accaaacctatatgaacaa 204  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  16835460 atacaaatcttatt-tacaatcaaactttaatgagccttgaacaat-tacaaaactttagacaatttcaatactaaaccaatatgaacaa 16835547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 39045513 - 39045407
Alignment:
Q  92 aatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaa 191  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| | |||||||||| || |||   |||||||||||  ||||| | | | ||||||||||||||||    
T  39045513 aatcttagaattgagagattcacgattcaaatctta-tgtacaatcaaaattcaat-caccttgaacaattaacaaacctagatacaatttcaaaccaaa 39045416  T
Q  192 cctatatga 200  Q
    | |||||||    
T  39045415 cttatatga 39045407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 96421 - 96628
Alignment:
Q  16 aaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggac--aaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtca 113  Q
    ||||||||||||||| |  || ||||| ||| |||||||| ||||||| | ||   ||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| |||    
T  96421 aaattgactattggaattttgctcgaaaaatcacaatcaatgaatcaacaagaagaaaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattca 96520  T
Q  114 tgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaa 213  Q
     |||||||||||| |||||||||||||  ||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||     
T  96521 cgatacaaatctttttatacaatcaaatattaataaaccttgaacaaggtacaaaacaatacacaatttcaaaccaaccctatgtgaacaaaattactat 96620  T
Q  214 gttatcaa 221  Q
    | ||||||    
T  96621 gctatcaa 96628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 14991843 - 14992049
Alignment:
Q  15 aaaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcat 114  Q
    |||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| |||     
T  14991843 aaaattgactattggagttgtgctcgaacaatcacaaacaatgaatcaaaaatacaaatatatgtggaataagatttaatcttagaattgagagattcac 14991942  T
Q  115 gatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaa 213  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||||||||| ||||||||  ||| | ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||     
T  14991943 gatacaaatcttagtatacaatccaactttaatcaaccttgaacaatatacaaaacttata-ataatttcaaaccaaacctaagtgaacaaaaatactat 14992041  T
Q  214 gttatcaa 221  Q
    | ||||||    
T  14992042 gctatcaa 14992049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 68 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 24427640 - 24427508
Alignment:
Q  68 acaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaa 167  Q
    ||||||||||||| ||| ||| || |||| |||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||   |||| | ||||| |||||  |||||    
T  24427640 acaaatatatgtggaataagattttatctcagaattgagagattcacgatacaaatcttttgacacaatcaattattaacaatccttaaacaagatacaa 24427541  T
Q  168 aacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  24427540 aacaatatacaatttcaaaccaaacatatatga 24427508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 69 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 21318797 - 21318667
Alignment:
Q  69 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 168  Q
    |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||   |||| | ||||| |||||  ||||||    
T  21318797 caaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttttgacacaatcaattattaacaatccttaaacaagatacaaa 21318698  T
Q  169 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  21318697 acaatatacaatttcaaacc-aacctatatga 21318667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 69 - 200
Target Start/End: Original strand, 24118002 - 24118133
Alignment:
Q  69 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 168  Q
    |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | ||||||||||   |||| | ||| | |||||  ||||||    
T  24118002 caaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatattttgatacaatcaactattaacaatccgtaaacaagatacaaa 24118101  T
Q  169 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  24118102 acaatatacaattttaaaccaaacctatatga 24118133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 69 - 200
Target Start/End: Original strand, 28075748 - 28075879
Alignment:
Q  69 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 168  Q
    |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| |||  ||||||||||| | | ||||||||   |||| | ||||| |||||  || |||    
T  28075748 caaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacaatacaaatcttttgacacaatcaattattaacaatccttaaacaagatataaa 28075847  T
Q  169 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28075848 acaatatacaatttcaaaccaaacctatatga 28075879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24752869 - 24752691
Alignment:
Q  16 aaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtca 113  Q
    ||||||||||||||| |  || || |||||| |||||||| ||||||| ||||  ||||||||  || ||||||| || ||||||  ||||||||| |||    
T  24752869 aaattgactattggaattttgctcaaacaatcacaatcaatgaatcaacaggaatcaaatatacatggaatgagattttatcttaatattgagagattca 24752770  T
Q  114 tgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacc 193  Q
     |||||| ||||| |||||||||||||  | ||||  |||||||||||  ||||| | | | |||||||||||| |||||    
T  24752769 cgatacacatctttttatacaatcaaatatcaata-accttgaacaattaacaaacctagatacaatttcaaactaaacc 24752691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 92 - 198
Target Start/End: Original strand, 8365661 - 8365765
Alignment:
Q  92 aatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaa 191  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||| ||||||||||| || |||   |||||||||||  ||||| | | ||||||||||||||||||    
T  8365661 aatcttagaattgagagattcacgattcaaatcatat-atacaatcaaaattcaatca-ccttgaacaattaacaaacctagagacaatttcaaaccaaa 8365758  T
Q  192 cctatat 198  Q
    |||||||    
T  8365759 cctatat 8365765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 19237182 - 19237080
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 195  Q
    |||||||||| || |||  ||||||||| |||||  ||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||    
T  19237182 tagaattgagtgattcacaatacaaatcatatta--caatcaaactttaatgtgtcttgaacaatttgcaaaac-tttgacaatttcaaaaccaaaccta 19237086  T
Q  196 tatgaa 201  Q
    ||||||    
T  19237085 tatgaa 19237080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 19310366 - 19310264
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttc-aaaccaaaccta 195  Q
    |||||||||| || |||  ||||||||| |||||  ||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||    
T  19310366 tagaattgagtgattcacaatacaaatcatatta--caatcaaactttaatgtgtcttgaacaatttgcaaaac-tttgacaatttcaaaaccaaaccta 19310270  T
Q  196 tatgaa 201  Q
    ||||||    
T  19310269 tatgaa 19310264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 9986615 - 9986818
Alignment:
Q  18 attgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgat 117  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||| |||    
T  9986615 attgactattggaatcgtgctcgaataatcacaaacaatgaatcaaaaaaacaaatatatgtgcaataagatttaatcttagaatttagagattcaagat 9986714  T
Q  118 acaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagtt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| | ||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||   |||||||| ||||| | |    
T  9986715 acaaatcttattatacaatcaaactttaatcaaccttgaatagtgtacaaaacttata-ataatttcaaaccaaacctaagggaacaaaaatactatgct 9986813  T
Q  217 atcaa 221  Q
    |||||    
T  9986814 atcaa 9986818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 97 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 1376987 - 1376862
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat-agacaatttcaaaccaaaccta 195  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  1376987 tagaattcagagattcatgatacaaatattat-atacaatcaaactttaataaaccttgaacaatatacaaaacatttagacaatttcaaaccaaaccta 1376889  T
Q  196 tatgaacaaaattactaagttatcaat 222  Q
    |||| ||| |||| ||||| |||||||    
T  1376888 tatggacagaattgctaagctatcaat 1376862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 69 - 200
Target Start/End: Original strand, 11346623 - 11346754
Alignment:
Q  69 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 168  Q
    |||||||||||  ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||   |||| | ||||||||||| || ||||    
T  11346623 caaatatatgtagaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttttacacaatcaattattaacaatccttgaacaaggttcaaa 11346722  T
Q  169 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11346723 acaatacacaatttcaaaccaaacctatatga 11346754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 41 - 200
Target Start/End: Original strand, 11517735 - 11517896
Alignment:
Q  41 aacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatca 138  Q
    |||||| |||||||| ||||||| | ||  |||||||||| | ||| ||| || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||  || |||||||    
T  11517735 aacaatcacaatcaatgaatcaataagaagcaaatatatgaggaataagattttatcttagaattgaaagattcacgatacaaatctttatacacaatca 11517834  T
Q  139 aactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    |   ||||||  |||||||  | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11517835 attgttaataaaccttgaaataggtgcaaaacaatacacaatttcaaaccaaacctatatga 11517896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 14279711 - 14279526
Alignment:
Q  16 aaattgactattggattcgtggtcgaacaatgacaatcaaagaatcaaaagga--caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtca 113  Q
    ||||||| ||||||| |  || ||||||||| |||||||| ||||||  | ||  |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| |||    
T  14279711 aaattgattattggaattttgctcgaacaatcacaatcaatgaatcatcaagaagcaaatatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattca 14279612  T
Q  114 tgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
     |||||||||||| ||||  ||||||   | ||||  |||||||||||  ||||| | | | |||||||||||||||||||||||||    
T  14279611 cgatacaaatctttttatttaatcaagtatcaata-accttgaacaattaacaaacctagatacaatttcaaaccaaacctatatga 14279526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 100 - 201
Target Start/End: Original strand, 14204844 - 14204945
Alignment:
Q  100 aattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctatatg 199  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||   |||| | | |||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14204844 aattgagagattcacgatacaaatcttttaacacaatcaattattaacaattcttgaacaagatacaaaacgatatacaatttcaaaccaaacctatatg 14204943  T
Q  200 aa 201  Q
    ||    
T  14204944 aa 14204945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 61 - 213
Target Start/End: Original strand, 86137 - 86288
Alignment:
Q  61 caaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaa 160  Q
    ||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  86137 caaaaagataaatatatgtgcaataagatttaatca-agaattgatagattcacgatacaaatcttat-atacaatcaaactttaataaaccttgaacaa 86234  T
Q  161 tgtacaaaacaat-agacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaa 213  Q
    | || |||||  | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  86235 tatataaaacttttagacaatttcaaacaaaacctatatgagcaaaattactaa 86288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0231
Description:

Target: scaffold0231; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 74 - 200
Target Start/End: Original strand, 16619 - 16745
Alignment:
Q  74 atatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat 173  Q
    ||||||| ||| ||| || ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||   |||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  16619 atatgtggaataagattttatcttagaattaagagattcacgatacaaatctttttacacaatcaatagttaataatccttgaacaagatacaaaacaat 16718  T
Q  174 agacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||    
T  16719 acacaatttcaaaccaaacctatatga 16745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0053 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0053
Description:

Target: scaffold0053; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 69 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 1040 - 909
Alignment:
Q  69 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 168  Q
    |||| ||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||   |||||| |||||||||||  ||||||    
T  1040 caaaaatatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttttacacaatcaatagttaataatccttgaacaagatacaaa 941  T
Q  169 acaatagacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    || ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  940 acgatacacaatttcaaactaaacctatatga 909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0520 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0520
Description:

Target: scaffold0520; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 129 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 7445 - 7351
Alignment:
Q  129 tatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat-agacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaat 222  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||| || |||||  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||    
T  7445 tatacaatcaaactttaataaaccttgaacaatataaaaaacttttagacaatttcaaaccaaacccctatgaacaaaattactaagctatcaat 7351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1121 (Bit Score: 50; Significance: 9e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold1121
Description:

Target: scaffold1121; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 116 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 1889 - 1801
Alignment:
Q  116 atacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaattt-caaaccaaacctatatgaacaa 204  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  1889 atacaaatcttatta-acaatcaaactttaataagccttgaacaatttacaaaactttagacaatttgaaaaccaaacctatatgaacaa 1801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 97 - 222
Target Start/End: Original strand, 41792 - 41917
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaac-aatagacaatttcaaaccaaaccta 195  Q
    ||||||||||||| |||  ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||  ||| | || |||||||||||||||    
T  41792 tagaattgagagattcacaatataaatcttat-atacaatcaaactgtaataaaccttgaacaatatacaaaacttataaaaaaattcaaaccaaaccta 41890  T
Q  196 tatgaacaaaattactaagttatcaat 222  Q
    |||||| ||||| |||| | |||||||    
T  41891 tatgaaaaaaatcactaggctatcaat 41917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 200
Target Start/End: Original strand, 69285 - 69411
Alignment:
Q  75 tatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattata-caatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaat 173  Q
    |||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||   |||||||   ||| || |||||||||||  || ||||||||    
T  69285 tatgtggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttttaactcaatcaatagttagtaatccttgaacaagatataaaacaat 69384  T
Q  174 agacaatttcaaaccaaacctatatga 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||    
T  69385 acacaatttcaaaccaaacctatatga 69411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0160 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0160
Description:

Target: scaffold0160; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 69 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 7317 - 7190
Alignment:
Q  69 caaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaa 168  Q
    |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  |  ||||||||   |||| | | ||||||||| |||||||    
T  7317 caaatatatgtggaataagaatttatcttagaattgagagattcacgatacaaatctttgtgcacaatcaattattaacaatacttgaacaaggtacaaa 7218  T
Q  169 acaatagacaatttcaaaccaaacctat 196  Q
    |||||  |||| ||||||||||| ||||    
T  7217 acaatgcacaaattcaaaccaaatctat 7190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0183
Description:

Target: scaffold0183; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 172 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 14227 - 14178
Alignment:
Q  172 atagacaatttcaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagttatcaa 221  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14227 atagacaattttaaaccaaacctatatgaacaaaattactaagctatcaa 14178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 90 - 198
Target Start/End: Original strand, 25676 - 25782
Alignment:
Q  90 ttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaacca 189  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||| || |||   |||||||||||  ||||| | | | ||||||||||||||    
T  25676 ttaatcttagaattgagagattcacgattcaaatctta-tatacaatcaaaattcaat-caccttgaacaattaacaaacctagatacaatttcaaacca 25773  T
Q  190 aacctatat 198  Q
    |||||||||    
T  25774 aacctatat 25782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 90 - 198
Target Start/End: Original strand, 40487 - 40593
Alignment:
Q  90 ttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaacca 189  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||| || |||   |||||||||||  ||||| | | | ||||||||||||||    
T  40487 ttaatcttagaattgagagattcacgattcaaatctta-tatacaatcaaaattcaat-caccttgaacaattaacaaacctagatacaatttcaaacca 40584  T
Q  190 aacctatat 198  Q
    |||||||||    
T  40585 aacctatat 40593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0577 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0577
Description:

Target: scaffold0577; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 117 - 201
Target Start/End: Original strand, 387 - 469
Alignment:
Q  117 tacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaa-ccaaacctatatgaa 201  Q
    ||||||||||||||  ||||||||  |||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  387 tacaaatcttatta--caatcaaaacttaatatgtcttgaacaatttacaaaaca-tagacaattttaaaaccaaacctatatgaa 469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 17603 - 17502
Alignment:
Q  97 tagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactttaatattccttgaacaatgtacaaaacaatagacaatttcaaaccaaacctat 196  Q
    |||||||||| || |||  |||||||||||||||  |||||||| |||| | |  |||||||||  | ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  17603 tagaattgagtgattcacaatacaaatcttatta--caatcaaaatttattgtaacttgaacaacttgcaaaacc-tagacaatttcaaaccaaacctat 17507  T
Q  197 atgaa 201  Q
    |||||    
T  17506 atgaa 17502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0535 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0535
Description:

Target: scaffold0535; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 68 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 4410 - 4339
Alignment:
Q  68 acaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaa 139  Q
    |||||||||| || ||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | | ||||||||    
T  4410 acaaatatatctggaataagattttatcttagaattgagagattcacgatacaaatcttttgacacaatcaa 4339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 66116 - 66036
Alignment:
Q  61 caaaaggacaaatatatgtgcaatgagacttaatcttagaattgagagagtcatgatacaaatcttattatacaatcaaactt 143  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||  |||||| | |||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  66116 caaaaagataaatctatgtgcaatgagatataatctaa-aattgaaagattcacgatacaaatctta-tatacaatcaaactt 66036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University