View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17983_low_1 (Length: 694)

Name: NF17983_low_1
Description: NF17983
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17983_low_1
NF17983_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-694)||(35761826-35762504)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 566; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 566; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 35762504 - 35761826
Alignment:
Q  17 aaagacaaaggacaaagaaaaacctccaccaaaggccggcgccgtaggctgaccagaaaccaaacaacaacaaaaattatgctgttnnnnnnncacagaa 116  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  35762504 aaagacaaaggataaagaaaaacctccaccaaaggccggcgccgtaggctgaccagaaaccaaacaacaacaaaaattatgctgttaaaaaaacacagaa 35762405  T
Q  117 acggcctctatacactgcaaaatcgagcagagaagtaacctagtcatattaaccatggctatggtggataaaaacactacaatgtattaccaatttggtg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35762404 acggcctctatacactgcaaaatcgagcagagaagtaacctagtcatattaaccatggctatggtggataaaaacactacaatgtattaccaatttggtg 35762305  T
Q  217 taggaaacaagtaatatagatgctttgannnnnnnaaccatgtagtctttgattcgttatcggttgatgcgtatagaaaaatatatgagatatgtaaata 316  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35762304 taggaaacaagtaatatagattctttgatttttttaaccatgtagtctttgattcgttattggctgatgcgtatagaaaaatatatgagatatgtaaata 35762205  T
Q  317 ttattcaatcccaaattaatggatttgatgaagatgatacaacaaaatgtgggtttattccaagttaaactgataaacaaaaacccaaatatttagagaa 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35762204 ttattcaatcccaaattaatggatttgatgaagatgatacaacaaaatgtgggtttattccaagttaaaccgataaacaaaaacccaaatatttagagaa 35762105  T
Q  417 aatgattgggtgatattaaattagaaagccctatacttggttgcttgctaacttaa-nnnnnnnnnnnnnctttcaaagaataattaataaacaaacata 515  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35762104 aataattgggtgatattaaattagaaagccctatacttggttgcttgctaacttaattttttttttctttctttcaaagaataattaataaacaaacata 35762005  T
Q  516 tttgagttaaagtgtccatggttgatgaactaaattgtgatccatattattcagtgtttccccttgaggagcttacgctcttcctctaactccaacaagt 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35762004 tttgagttaaagtgtccatggttgatgaactaaattgtgatccatattattcagtgtttccccttgaggagcttacgctcttcctctaactccaacaagt 35761905  T
Q  616 tcataatcactgcttccgaagcatcttttaacaacaccgaccagtccctattggaagaatcaaaggttaatccaacagt 694  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35761904 tcataatcactgcttccgaagcatcttttaacaacaccgaccagtccctattggaagaatcaaaggttaatccaacagt 35761826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University