View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17992_low_36 (Length: 221)

Name: NF17992_low_36
Description: NF17992
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17992_low_36
NF17992_low_36
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (1-221)||(37532716-37532936)
chr5 (1-221)||(37593820-37594040)
chr5 (1-221)||(37696211-37696431)
chr5 (8-221)||(37401329-37401542)
chr5 (8-221)||(37639362-37639575)
chr5 (8-221)||(37823520-37823733)
chr5 (18-221)||(37382667-37382870)
chr5 (1-221)||(37702299-37702519)
chr5 (8-220)||(37711121-37711333)
chr5 (1-221)||(37393201-37393421)
chr5 (59-221)||(37413547-37413709)
chr5 (1-221)||(37435326-37435546)
chr5 (1-69)||(37696498-37696566)
chr5 (8-66)||(37401194-37401252)
chr5 (1-66)||(37594110-37594175)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-221)||(16843320-16843540)
chr4 (4-221)||(16845987-16846208)
chr4 (23-221)||(24218077-24218275)
chr4 (1-69)||(16843185-16843253)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-221)||(14552988-14553189)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37532936 - 37532716
Alignment:
Q  1 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532936 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgaatgttctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 37532837  T
Q  101 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532836 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 37532737  T
Q  201 atggaaaccaattggaaggac 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  37532736 atggaaaccaattggaaggac 37532716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37594040 - 37593820
Alignment:
Q  1 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37594040 aggagatatatcttcaacattctgcaatgcaagttacctgaatgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 37593941  T
Q  101 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593940 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 37593841  T
Q  201 atggaaaccaattggaaggac 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  37593840 atggaaaccaattggaaggac 37593820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37696431 - 37696211
Alignment:
Q  1 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696431 aggagatatatcttcaacattctgcaatgcaagttacctgaatgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 37696332  T
Q  101 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696331 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 37696232  T
Q  201 atggaaaccaattggaaggac 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  37696231 atggaaaccaattggaaggac 37696211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 221
Target Start/End: Original strand, 37401329 - 37401542
Alignment:
Q  8 atttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaactt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||   ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401329 atttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaactt 37401428  T
Q  108 ctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaa 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  37401429 ctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaa 37401528  T
Q  208 ccaattggaaggac 221  Q
    ||||||||||||||    
T  37401529 ccaattggaaggac 37401542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 8 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37639575 - 37639362
Alignment:
Q  8 atttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaactt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||   | | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639575 atttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaactt 37639476  T
Q  108 ctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaa 207  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  37639475 ctcttactgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaa 37639376  T
Q  208 ccaattggaaggac 221  Q
    ||||||||||||||    
T  37639375 ccaattggaaggac 37639362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 8 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37823733 - 37823520
Alignment:
Q  8 atttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaactt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||   | | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37823733 atttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatatgctcgatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaaatt 37823634  T
Q  108 ctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaa 207  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  37823633 ctcttcatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaa 37823534  T
Q  208 ccaattggaaggac 221  Q
    ||||||||||||||    
T  37823533 ccaattggaaggac 37823520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 37382667 - 37382870
Alignment:
Q  18 cattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgt 117  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||   ||    
T  37382667 cattgtgcaacgcaagttccctgaatgtgctcaatttggctcacaacaatttaactggcatgattccacaatgcttgggaacatttccttctctttcggt 37382766  T
Q  118 attggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  37382767 attggatatgcaaatgaacaacctctatggacacattcctagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagacaataaagttgaatggaaaccgattggaa 37382866  T
Q  218 ggac 221  Q
    ||||    
T  37382867 ggac 37382870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37702519 - 37702299
Alignment:
Q  1 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 100  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37702519 aggaaatatctcttcaacattctgcaatgcaagttccctttacattctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgtctgggaaca 37702420  T
Q  101 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 200  Q
    ||  ||  |||   | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  37702419 tttcctcatctctctattttggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaaccttctccaaaggaaatgcatttgagactataaagttga 37702320  T
Q  201 atggaaaccaattggaaggac 221  Q
    |||| ||||||||||||||||    
T  37702319 atggcaaccaattggaaggac 37702299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 8 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 37711333 - 37711121
Alignment:
Q  8 atttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaactt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||   ||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||     
T  37711333 atttcttcaacattctgcaatgccagttccctttatgtgctcgatttggctcacaacaatttgaaaggtatgattccacaatgcctaggaacatttccta 37711234  T
Q  108 ctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaa 207  Q
     |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  37711233 atctctatgttttggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctagaacctttaccaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggcaa 37711134  T
Q  208 ccaattggaagga 220  Q
    |||||||||||||    
T  37711133 ccaattggaagga 37711121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 37393201 - 37393421
Alignment:
Q  1 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||   | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  37393201 aggagatatttcttcaacattctgcaatgctagttccctttatatcctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgtctaggaaca 37393300  T
Q  101 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 200  Q
    ||  ||| |||   | | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||| ||||    
T  37393301 ttttcttatctctctattttggatatgcaaatgaacaacctctgtggaagcattcctggaaccttttccaaaggaaatatatttgagactataaaattga 37393400  T
Q  201 atggaaaccaattggaaggac 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  37393401 atggaaaccaattggaaggac 37393421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 59 - 221
Target Start/End: Original strand, 37413547 - 37413709
Alignment:
Q  59 cacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattccta 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||    
T  37413547 cacaacaatttaacaggcatgattccacaatgcctaggaacatttccttctctttctatattggatatgcaaatgaacaacttgtatggaagctttccta 37413646  T
Q  159 gaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggac 221  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  37413647 gaaccttttccaaaggaaatacatttgagatgataaagttgaacggaaatcaattggaaggac 37413709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37435546 - 37435326
Alignment:
Q  1 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 100  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||| | ||||| | | |||  || ||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  37435546 aggagacatttcttcaaaattgtgccaagcaagctccatgaacgtgctcaatttggcccacaacaaattgacaggcataattccaaaatgcctgggaaca 37435447  T
Q  101 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 200  Q
    ||  ||| ||||   || |||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||| ||| ||||||| || |||||| ||  |||||||||||||||    
T  37435446 tttccttttctttccgttttggatatgcaaatgaacaaccttaatggaagcatgcctaaaactttttccagaggaaatgccttcgagactataaagttga 37435347  T
Q  201 atggaaaccaattggaaggac 221  Q
    |||| |||||||| |||||||    
T  37435346 atggcaaccaattagaaggac 37435326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 37696566 - 37696498
Alignment:
Q  1 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaattt 69  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |   |||||||||||||||||||||||    
T  37696566 aggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagttccctttataccctcaatttggctcacaacaattt 37696498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 8 - 66
Target Start/End: Original strand, 37401194 - 37401252
Alignment:
Q  8 atttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaa 66  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||   ||||||||||||||||||||    
T  37401194 atttcttcaacattctgcaatgcaagttcccttcgtaccctcaatttggctcacaacaa 37401252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 37594175 - 37594110
Alignment:
Q  1 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaa 66  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |   ||||||||||||||||||||    
T  37594175 aggaaatatttcttcaacattctgcaatgcaagttccctttataccctcaatttggctcacaacaa 37594110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 173; Significance: 3e-93; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 16843320 - 16843540
Alignment:
Q  1 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | | | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16843320 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagtacccttaatttgcttaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctaggaaca 16843419  T
Q  101 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16843420 ttaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaagcattcctaaaaccttttccaaaggaaatgcatttcagactataaagttga 16843519  T
Q  201 atggaaaccaattggaaggac 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  16843520 atggaaaccaattggaaggac 16843540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 16845987 - 16846208
Alignment:
Q  4 agatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgat----tccacaatgcctgggaac 99  Q
    |||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    |||||||||| |||||||    
T  16845987 agatatgtcttccacattctgcagtgcaagtttcctgattgttctcaatttggctcacaacaatttaatatgtatgatatattccacaatgcttgggaac 16846086  T
Q  100 attaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttg 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||   ||||||||||||    
T  16846087 attaacttctcttaatgtattggatatgcaaatgaacaacctctttggaagcattcctagaaccttttccaaaggaaatgtgtttgtcactataaagttg 16846186  T
Q  200 aatggaaaccaattggaaggac 221  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  16846187 aatggcaaccaattggaaggac 16846208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 23 - 221
Target Start/End: Original strand, 24218077 - 24218275
Alignment:
Q  23 tgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtattgg 122  Q
    ||||||||||||| ||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||  ||||||||    
T  24218077 tgcaatgcaagttccctgaatttgctcaatttggctaacaacaatttaacaggaacgattccacaatgcctgggaacatttccttatctttctgtattgg 24218176  T
Q  123 atatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaaggac 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||  ||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  24218177 atatgcaaatgaacaacctctatggaagcatgcctaaaacattttcggaaggaaatgcattcgagactataaagttgaatggcaaccaattggagggac 24218275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 69
Target Start/End: Original strand, 16843185 - 16843253
Alignment:
Q  1 aggagatatttcttcaacattctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaattt 69  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16843185 aggagacatttcttcaacattctgcaatgcaagtttcttgaatgttctcaatttggctcacaacaattt 16843253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 14553189 - 14552988
Alignment:
Q  20 ttctgcaatgcaagttacctgagtgttctcaatttggctcacaacaatttaacaggtatgattccacaatgcctgggaacattaacttctcttaatgtat 119  Q
    |||||||||||||||| |||   | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||  |||   | | |    
T  14553189 ttctgcaatgcaagttccctttatatgctcaatttggctcacaacaatttgacaggtatgattccacaatgcctggggacatttcctcttctctctattt 14553090  T
Q  120 tggatatgcaaatgaacaacctctatggaaacattcctagaaccttttccaaagaaaatgcatttcagactataaagttgaatggaaaccaattggaagg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14553089 tggatatgcaaatgaacaacctctatggaatcattcctagaaccttttcaaaaggaaatgcatttgagactataaagttgaatggaaaccaattgaaagg 14552990  T
Q  220 ac 221  Q
    ||    
T  14552989 ac 14552988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University