View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF17998_high_19 (Length: 324)

Name: NF17998_high_19
Description: NF17998
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF17998_high_19
NF17998_high_19
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (14-226)||(13892919-13893131)
chr2 (14-226)||(14033539-14033751)
chr2 (14-158)||(14033044-14033188)
chr2 (83-198)||(40254710-40254825)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (14-226)||(44239005-44239217)
chr8 (83-226)||(189999-190142)
chr8 (83-226)||(717603-717746)
chr8 (83-226)||(878710-878853)
chr8 (83-226)||(30983998-30984141)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-226)||(12909396-12909607)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (14-226)||(21022352-21022563)
chr5 (14-226)||(27739068-27739282)
chr5 (14-218)||(39236623-39236827)
chr5 (14-226)||(7072994-7073206)
chr5 (14-226)||(33229371-33229583)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (14-221)||(31813568-31813775)
chr3 (83-226)||(51128711-51128854)
chr3 (83-226)||(52692293-52692436)
chr3 (83-181)||(47141143-47141241)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (14-222)||(35604981-35605189)
chr1 (14-185)||(46406588-46406759)
chr1 (83-198)||(38843517-38843632)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (14-226)||(52057954-52058183)
chr4 (83-226)||(24037758-24037901)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 14 - 226
Target Start/End: Original strand, 13892919 - 13893131
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13892919 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccagttttctctagctagaactcaaccacccttcacaaatttaatctaaaaa 13893018  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaggataacaac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13893019 tttattgctattaggttatataaaaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaagataacaac 13893118  T
Q  214 aacaacaaggtaa 226  Q
    |||||||||||||    
T  13893119 aacaacaaggtaa 13893131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 226
Target Start/End: Original strand, 14033539 - 14033751
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14033539 atatttgattttatctacatggaaccttaaattcattcaatccactgtcaacttttctctagctagaactcaaccacccttcacaaatttaatctaaaaa 14033638  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaggataacaac 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14033639 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaagataacaac 14033738  T
Q  214 aacaacaaggtaa 226  Q
    |||||||||||||    
T  14033739 aacaacaaggtaa 14033751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 158
Target Start/End: Original strand, 14033044 - 14033188
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14033044 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccagttttctctagctagaactcaaccacccttcacaaatttaatctaaaaa 14033143  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaa 158  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14033144 tttattgctattaggttatataaaaacaccacctcctgctagcaa 14033188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 83 - 198
Target Start/End: Original strand, 40254710 - 40254825
Alignment:
Q  83 tcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaa 182  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || ||||||||||||| || ||||| | || ||| |||||| | |||||||||||||    
T  40254710 tcaaccacccttcccaaatttaatccaaaaatttattaccatcagcttatataacaacatcatctcctacaaggaaaaattgtggtgaagagaacaacaa 40254809  T
Q  183 aaaggaaaaattctgc 198  Q
     ||| |||||||||||    
T  40254810 gaagaaaaaattctgc 40254825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 14 - 226
Target Start/End: Original strand, 44239005 - 44239217
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44239005 atatttgtttttttctgcctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttctctagctagaactcaattacccttcacaaatttaatctaaaaa 44239104  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaggataacaac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  44239105 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctcctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgcttaaaagataacaac 44239204  T
Q  214 aacaacaaggtaa 226  Q
    |||||||||||||    
T  44239205 aacaacaaggtaa 44239217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 83 - 226
Target Start/End: Original strand, 189999 - 190142
Alignment:
Q  83 tcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaa 182  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || ||||||||||||| || ||||| | || ||| |||||| | |||||||||||||    
T  189999 tcaaccacccttcccaaatttaatccaaaaatttattaccatcagcttatataacaacatcatctcctacaaggaaaaattgtggtgaagagaacaacaa 190098  T
Q  183 aaaggaaaaattctgctcaaaggataacaacaacaacaaggtaa 226  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  190099 gaagaaaaaattctgctcaaaagataacaacaacaacaaggtaa 190142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 83 - 226
Target Start/End: Original strand, 717603 - 717746
Alignment:
Q  83 tcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaa 182  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || ||||||||||||| || ||||| | || ||| |||||| | |||||||||||||    
T  717603 tcaaccacccttcccaaatttaatccaaaaatttattaccatcagcttatataacaacatcatctcctacaaggaaaaattgtggtgaagagaacaacaa 717702  T
Q  183 aaaggaaaaattctgctcaaaggataacaacaacaacaaggtaa 226  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  717703 gaagaaaaaattctgctcaaaagataacaacaacaacaaggtaa 717746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 83 - 226
Target Start/End: Original strand, 878710 - 878853
Alignment:
Q  83 tcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaa 182  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || ||||||||||||| || ||||| | || ||| |||||| | |||||||||||||    
T  878710 tcaaccacccttcccaaatttaatccaaaaatttattaccatcagcttatataacaacatcatctcctacaaggaaaaattgtggtgaagagaacaacaa 878809  T
Q  183 aaaggaaaaattctgctcaaaggataacaacaacaacaaggtaa 226  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  878810 gaagaaaaaattctgctcaaaagataacaacaacaacaaggtaa 878853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 83 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30984141 - 30983998
Alignment:
Q  83 tcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaa 182  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || ||||||||||||| || ||||| | || ||| |||||| | |||||||||||||    
T  30984141 tcaaccacccttcccaaatttaatccaaaaatttattaccatcagcttatataacaacatcatctcctacaaggaaaaattgtggtgaagagaacaacaa 30984042  T
Q  183 aaaggaaaaattctgctcaaaggataacaacaacaacaaggtaa 226  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30984041 gaagaaaaaattctgctcaaaagataacaacaacaacaaggtaa 30983998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 14 - 226
Target Start/End: Original strand, 12909396 - 12909607
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12909396 atatttgcttttttctacttggaaccttaaattcattcaatccactgtccacttttctctagctagaactcaaccacccttcacaaatttaatctaaaaa 12909495  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaggataacaac 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12909496 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcc-gctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaagataacaac 12909594  T
Q  214 aacaacaaggtaa 226  Q
    |||||||||||||    
T  12909595 aacaacaaggtaa 12909607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 14 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 21022563 - 21022352
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21022563 atatttgctttttt-tacctggaaccttaaattcattcactccactttccacttttctctagctagaactcaaccacccttcacaaatttaatctaaaaa 21022465  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaggataacaac 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21022464 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaagataacaac 21022365  T
Q  214 aacaacaaggtaa 226  Q
    || ||||||||||    
T  21022364 aagaacaaggtaa 21022352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 14 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 27739282 - 27739068
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccac--tgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27739282 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccacactgtccacttttctctagttagaactcaaccacccttcacaaatttaatctaaa 27739183  T
Q  112 aatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaggataaca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  27739182 aatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggataaattctgctcaaaagataaca 27739083  T
Q  212 acaacaacaaggtaa 226  Q
    |||||||||||||||    
T  27739082 acaacaacaaggtaa 27739068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 39236827 - 39236623
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39236827 atatttgcttttttctacctgaaaccttaaattcattcactccactgtccacttttctctagctataactcaatcacccttcacaaatttactctaaaaa 39236728  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaggataacaac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  39236727 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattatgctcaaaagataacaac 39236628  T
Q  214 aacaa 218  Q
    |||||    
T  39236627 aacaa 39236623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 14 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 7073206 - 7072994
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  7073206 atatttgcttttttctacccgtaacgttaaattcattcactttagtgtccacttttctctagctagaactcaaccacccttcacaaatttaatctgaaaa 7073107  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaggataacaac 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7073106 tttattgctattaggttatataacaacaacacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaataaggaaaaattctgctcaaaagataacaac 7073007  T
Q  214 aacaacaaggtaa 226  Q
    |||||||||||||    
T  7073006 aacaacaaggtaa 7072994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 14 - 226
Target Start/End: Original strand, 33229371 - 33229583
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33229371 atatttgtttttctctacctggaaccttaaattcattcgctccactgtctacttttctctagctagaactcaaccacccttcacaaatttaatctaaaaa 33229470  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaggataacaa- 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  33229471 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaata-tctactcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaagataacaat 33229569  T
Q  213 caacaacaaggtaa 226  Q
    ||||||||||||||    
T  33229570 caacaacaaggtaa 33229583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 31813568 - 31813775
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31813568 atatttgcttttttctacctgaaaccttaaattcattcactccactgtccacttttctctagctagaactcaaccacccttcacaaatttaatctaaaaa 31813667  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaggataacaac 213  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31813668 tttgttgcaattaggttatataacaacaccacctcctactagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaagataacaac 31813767  T
Q  214 aacaacaa 221  Q
    ||||||||    
T  31813768 aacaacaa 31813775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 83 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 51128854 - 51128711
Alignment:
Q  83 tcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaa 182  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || ||||||||||||| || ||||| | || ||| |||||| | |||||||||||||    
T  51128854 tcaaccacccttcccaaatttaatccaaaaatttattaccatcagcttatataacaacatcatctcctacaaggaaaaattgtggtgaagagaacaacaa 51128755  T
Q  183 aaaggaaaaattctgctcaaaggataacaacaacaacaaggtaa 226  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  51128754 gaagaaaaaattctgctcaaaagataacaacaacaacaaggtaa 51128711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 83 - 226
Target Start/End: Original strand, 52692293 - 52692436
Alignment:
Q  83 tcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaa 182  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || ||||||||||||| || ||||| | || ||| |||||| | |||||||||||||    
T  52692293 tcaaccacccttcccaaatttaatccaaaaatttattaccatcagcttatataacaacatcatctcctacaaggaaaaattgtggtgaagagaacaacaa 52692392  T
Q  183 aaaggaaaaattctgctcaaaggataacaacaacaacaaggtaa 226  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  52692393 gaagaaaaaattctgctcaaaagataacaacaacaacaaggtaa 52692436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 83 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 47141241 - 47141143
Alignment:
Q  83 tcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaaca 181  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || ||||||||||||| || ||||| | || ||| |||||| | ||||||||||||    
T  47141241 tcaaccacccttcccaaatttaatccaaaaatttattaccatcagcttatataacaacatcatctcctacaaggaaaaattgtggtgaagagaacaaca 47141143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 14 - 222
Target Start/End: Original strand, 35604981 - 35605189
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  35604981 atatttgcttttttctacctggaacgttaaattcattcacttcactgttcacttttctctagctagaactcaaccacccttcacaaatttaatctgaaaa 35605080  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaggataacaac 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  35605081 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattctgctcaaaaggtaacaac 35605180  T
Q  214 aacaacaag 222  Q
    |||||||||    
T  35605181 aacaacaag 35605189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Original strand, 46406588 - 46406759
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46406588 atatttgcttttttctacctgaaaccttaaattcattcagtccactatccacttttctctagctagaactcaaccacccttcacaaatttaatctaaaaa 46406687  T
Q  114 tttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaa 185  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46406688 tttattgctattaagttatataacaacaccacctcttgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaa 46406759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 83 - 198
Target Start/End: Original strand, 38843517 - 38843632
Alignment:
Q  83 tcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaa 182  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || ||||||||||||| || ||||| | || ||| |||||| | |||||||||||||    
T  38843517 tcaaccacccttcccaaatttaatccaaaaatttattaccatcagcttatataacaacatcatctcctacaaggaaaaattgtggtgaagagaacaacaa 38843616  T
Q  183 aaaggaaaaattctgc 198  Q
     ||| |||||||||||    
T  38843617 gaagaaaaaattctgc 38843632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 114; Significance: 8e-58; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 52058183 - 52057954
Alignment:
Q  14 atatttgcttttttctacctggaaccttaaattcattcactccactgtccacttttttctagctagaactcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaa 113  Q
    |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  52058183 atatttgcttttttctacttgaaacgttaaattcattcacttcactgttcacttttctctagctataactcaaccacccttcacaaatttaatctgaaaa 52058084  T
Q  114 t-----------------ttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaaaattct 196  Q
    |                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |    
T  52058083 taaatttaatctgaaaatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctactagcaaatattgtgctcaagagaacaacaaaaaggaaatttttt 52057984  T
Q  197 gctcaaaggataacaacaacaacaaggtaa 226  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  52057983 gctcaaaaggtaacaacaacaacaaggtaa 52057954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 83 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 24037901 - 24037758
Alignment:
Q  83 tcaatcacccttcacaaatttaatctaaaaatttattgctattaggttatataacaacaccacctcctgctagcaaatattgtgctcaagagaacaacaa 182  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || ||||||||||||| || ||||| | || ||| |||||| | |||||||||||||    
T  24037901 tcaaccacccttcccaaatttaatccaaaaatttattaccatcagcttatataacaacatcatctcctacaaggaaaaattgtggtgaagagaacaacaa 24037802  T
Q  183 aaaggaaaaattctgctcaaaggataacaacaacaacaaggtaa 226  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24037801 gaagaaaaaattctgctcaaaagataacaacaacaacaaggtaa 24037758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University