View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18003_low_1 (Length: 742)

Name: NF18003_low_1
Description: NF18003
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18003_low_1
NF18003_low_1
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (17-737)||(29936263-29936983)
chr4 (17-737)||(51157189-51157907)
chr4 (17-729)||(51146067-51146760)
chr4 (268-737)||(51200224-51200701)
chr4 (17-180)||(51200003-51200166)
chr4 (21-153)||(51213169-51213301)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (21-169)||(49736730-49736878)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 29936983 - 29936263
Alignment:
Q  17 agctacaagtgcccttgatgcagaatctgagagaattgtacaagaggcattggaaagaataatgataaaccggacgacaatcgtcgtagctcaccgctta 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29936983 agctacaagtgcccttgatgcagaatctgagagaattgtacaagaggcattggaaagaataatgataaaccggacgacaatcgtcgtagctcaccgctta 29936884  T
Q  117 agtacaatcagaaatgttgataccattgctgtcattcgtcaaggaaaaatagttgaacgaggtagaaacattattttgtgacaataatcctgtttctcca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29936883 agtacaatcagaaatgttgataccattgctgtcattcgtcaaggaaaaatagttgaacgaggtagaaacattattttgtgacaataatcctgtttctcca 29936784  T
Q  217 tgactcaaaattaatagaaatcatgaagcccaaatgtttttgtacataatagcattcttatatttttcaattggttaggttcacatgtcgagctcaccaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29936783 tgactcaaaattaatagaaatcatgaagcccaaatgtttttgtacataatagcattcttatatttttcaattggttaggttcacatgtcgagctcaccaa 29936684  T
Q  317 ggatgctaatggtgcctatagccagcttattagactgcaagaaatgaaggggtcagaacaaaatgttgccaatgactcaaacaaatcaaacagtataatg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29936683 ggatgctaatggtgcctatagccagctaattagactgcaagaaatgaaggggtcagaacaaaatgttgccaatgactcaaataaatcaaacagtataatg 29936584  T
Q  417 ctatctgaaaaacgatcaagtgaaatatctttatcctcaagattcataaggcaagtgtcatctggaaacagtggtcgtcactctttttcagaatcatgtg 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29936583 ctatctgaaaaacgatcaagtgaaatatctttatcctcaagattcataaggcaagtgtcatctggaaacagtggtcgtcactctttttcagcatcatgtg 29936484  T
Q  517 gtgcacccacaacagatggcttcttagagactgcagatggtggacctcaagcttctctttcaacagtttcttaaccaccagaaatgccactttatcgcct 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  29936483 gtgcacccacaacagatggcttcttagagactgcagatggtggacctcaagcttctctttcaacagtttcttcaccaccagaagtgccactttatcgcct 29936384  T
Q  617 ggcatattttaacaagcctgagatttcagtcttattgatgggtactatagctgcagtgctgaatggagcaatactgcccacttttgggctcttgatttct 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29936383 ggcatattttaacaagcctgagatttcagtcttattgatgggtactatagctgcagtgctgaatggagcaataatgcccacttttgggctcttgatttct 29936284  T
Q  717 aaaatgataagtattatctac 737  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  29936283 aaaatgataagtattttctac 29936263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 737
Target Start/End: Original strand, 51157189 - 51157907
Alignment:
Q  17 agctacaagtgcccttgatgcagaatctgagagaattgtacaagaggcattggaaagaataatgataaaccggacgacaatcgtcgtagctcaccgctta 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  51157189 agctacaagtgcccttgatgcagaatctgagagaattgtacaagaggcattggagagaataatgataaaccggacaactatcgttgtagctcaccgctta 51157288  T
Q  117 agtacaatcagaaatgttgataccattgctgtcattcgtcaaggaaaaatagttgaacgaggtagaaacattattttgtgacaataatcctgtttctcca 216  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| | | |||||||||| |||| ||||    |||||||    
T  51157289 agtacaataagaaatgttgaaaccattgctgtcattcatcatggaaaaatagttgaaagaggtacacagattattttgtaacaa-aatctaacttctcca 51157387  T
Q  217 tgactcaaaattaatagaaatcatgaagcccaaatgtttttgtacataatagcattcttatatttttcaattggttaggttcacatgtcgagctcaccaa 316  Q
    |||| |||||||  || ||| ||||| || ||||||||  | ||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  51157388 tgacacaaaattg-tataaagcatgatgcacaaatgttaatatacttagtagcattcttatattttttaattggttaggttcacatgccgagctcacaaa 51157486  T
Q  317 ggatgctaatggtgcctatagccagcttattagactgcaagaaatgaaggggtcagaacaaaatgttgccaatgactcaaacaaatcaaacagtataatg 416  Q
    | || ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||   |||||| |||||||||||| ||    
T  51157487 gtatcctaatggagcctatagccaacttattagactgcaagaaatgaagggttcagaacagaatgatgcaaatgataaaaacaagtcaaacagtatagtg 51157586  T
Q  417 ctatctgaaaaacgatcaagtgaaatatctttatcctcaagattcataaggcaagtgtcatctggaaacagtggtcgtcactctttttcagaatcatgtg 516  Q
    |  |||| || || ||| ||| | | |||||| |||| |||||  ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||    
T  51157587 cattctggaagacaatcgagtcagagatctttttccttaagatctataagccaagggtcatctggaaacagcggtcgtcactctttctcagcatcatatg 51157686  T
Q  517 gtgcacccacaacagatggcttcttagagactgcagatggtggacctcaagcttctctttcaacagtttcttaaccaccagaaatgccactttatcgcct 616  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||    
T  51157687 ttgcacccgcaacagatggcttcttagaaactgcagacggtggacctcaagcttctccttcgacagtttcttcaccaccggaagtgccactttatcgcct 51157786  T
Q  617 ggcatattttaacaagcctgagatttcagtcttattgatgggtactatagctgcagtgctgaatggagcaatactgcccacttttgggctcttgatttct 716  Q
    |||||||| |||||||||||||| | | ||| |||| ||||| || ||||||||||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  51157787 ggcatattataacaagcctgagactgcggtcatattaatggggacaatagctgcagtgctgcaaggagcaataatgcccatttttgggctattgatttct 51157886  T
Q  717 aaaatgataagtattatctac 737  Q
    |||||||||| |||| |||||    
T  51157887 aaaatgataaatattttctac 51157907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 17 - 729
Target Start/End: Original strand, 51146067 - 51146760
Alignment:
Q  17 agctacaagtgcccttgatgcagaatctgagagaattgtacaagaggcattggaaagaataatgataaaccggacgacaatcgtcgtagctcaccgctta 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||     
T  51146067 agctacaagtgcccttgatgcagaatctgagagaattgtacaagaggcattgaacagaataatgataaaccggacgactatcgttgtagcacaccgcttg 51146166  T
Q  117 agtacaatcagaaatgttgataccattgctgtcattcgtcaaggaaaaatagttgaacgaggtagaaacattattttgtgacaataatcctgtttctcca 216  Q
    || || || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||                   |||||    
T  51146167 agcactataagaaatgttgatacaattgctgtcattcatcaaggaaaaatagttgaaagaggtagacacgttattt-------------------ctcca 51146247  T
Q  217 tgactcaaaattaatagaaatcatgaagcccaaatgtttttgtacataatagcattcttatatttttcaattggttaggttcacatgtcgagctcaccaa 316  Q
     || |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| | ||  | || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||    
T  51146248 cgattcaaaattcataaaaagcatgaagcccaaatgtttatatattttattgcattcttatatttttcaattgataaggttcacatgctgagctcaccaa 51146347  T
Q  317 ggatgctaatggtgcctatagccagcttattagactgcaagaaatgaaggggtcagaacaaaatgttgccaatgactcaaacaaatcaaacagtataatg 416  Q
     ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||  ||||||  ||||||||||| ||    
T  51146348 tgatcccaatggagcctatagtcagcttattagactgcaagaaatgaagaggtcagagcaaaatgatgcaaatgacaaaaacaagccaaacagtatagtg 51146447  T
Q  417 ctatctgaaaaacgatcaagtgaaatatctttatcctcaagattcataaggcaagtgtcatctggaaacagtggtcgtcactctttttcagaatcatgtg 516  Q
    |  |||| || || ||| ||| | | |||||| |||| |||||  ||||| |||| |||| |||||||||| |||||||||||||| |||| ||| | ||    
T  51146448 cattctggaagacaatcgagtcagagatctttttccttaagatcaataagccaagggtcagctggaaacagcggtcgtcactctttctcagcatcttatg 51146547  T
Q  517 gtgcacccacaacagatggcttcttagagactgcagatggtggacctcaagcttctctttcaacagtttcttaaccaccagaaatgccactttatcgcct 616  Q
     |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||| ||||| |  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  51146548 ttgcacccacaacagatggattcttagaaactgaagatgggggacctcaagcgtctccttcaaaaaattcttcaccaccagaagtgccactttatcgcct 51146647  T
Q  617 ggcatattttaacaagcctgagatttcagtcttattgatgggtactatagctgcagtgctgaatggagcaatactgcccacttttgggctcttgatttct 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  | ||||||||||  |||||    
T  51146648 ggcatattttaacaagcctgagattccagtcttattgatggggactataactgcagtgctgcatggagcaataatgcccgttattgggctcttagtttct 51146747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 268 - 737
Target Start/End: Original strand, 51200224 - 51200701
Alignment:
Q  268 gcattcttatatttttcaattggttaggttcacatgtcgagctcaccaaggatgctaatggtgcctatagccagcttattagactgcaagaaatgaaggg 367  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||   ||||||| | |||| || |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  51200224 gcattcttatatttt-caattgatcaggttcacatgctcagctcacaagggatcctgatggagcctataggcagcttattaggctgcaagaaatgagggg 51200322  T
Q  368 gtcagaacaaaatgttgccaatgactcaaacaaatcaaacagtataatgctatctgaaaaacgatcaagtgaaatatctttatcctcaagattcataagg 467  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||| |||| | |||||||| |   ||||     
T  51200323 gtcagaacagaatgttaccaatgacaaaaacaagtcaaacagtatagtgctatctgaaagacgatcgagtcaaagatctctctcctcaaggtctttaagc 51200422  T
Q  468 caagtgtcatctgga------aacagtggtcgtcactctttttcagaatcatgtggtgcacccac---aacagatggcttcttagagactgcagatggtg 558  Q
    |||||||||||||||      ||||| ||||||||||| || |||| ||||  || ||  || ||   | ||| |||||||| ||| | |||||||||||    
T  51200423 caagtgtcatctggaggtgggaacagcggtcgtcactcattctcagcatcacatgttgtgccaactgtaccagttggcttctcagaaattgcagatggtg 51200522  T
Q  559 gacctcaagcttctctttcaacagtttcttaaccaccagaaatgccactttatcgcctggcatattttaacaagcctgagatttcagtcttattgatggg 658  Q
    |||| |||| | ||| |||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| | |||||| | || ||    
T  51200523 gaccacaagttcctccttcaacggtttcttcaccaccagaagttccactttatcgcctggcctatttaaacaagcccgagattcctgtcttacttatagg 51200622  T
Q  659 tactatagctgcagtgctgaatggagcaatactgcccacttttgggctcttgatttctaaaatgataagtattatctac 737  Q
     ||||||||||||||| || |||| | |||| | || | |||||| |||||| |||| |||||||| |||||| |||||    
T  51200623 aactatagctgcagtgttgcatggtgtaatattaccaatttttggcctcttgctttcgaaaatgattagtattttctac 51200701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 180
Target Start/End: Original strand, 51200003 - 51200166
Alignment:
Q  17 agctacaagtgcccttgatgcagaatctgagagaattgtacaagaggcattggaaagaataatgataaaccggacgacaatcgtcgtagctcaccgctta 116  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| || ||  |  | ||||||||||| ||     
T  51200003 agctacaagtgcgcttgatgctgaatctgagagaattgtacaagaggcattggatagagtaatggtaaaccgaacaactgtgattgtagctcaccgtttg 51200102  T
Q  117 agtacaatcagaaatgttgataccattgctgtcattcgtcaaggaaaaatagttgaacgaggta 180  Q
    |||||||| |  |||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  51200103 agtacaataaagaatgctgataccattgccgttattcatcaaggaaaaataattgaaagaggta 51200166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 21 - 153
Target Start/End: Original strand, 51213169 - 51213301
Alignment:
Q  21 acaagtgcccttgatgcagaatctgagagaattgtacaagaggcattggaaagaataatgataaaccggacgacaatcgtcgtagctcaccgcttaagta 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |  |||| ||||| ||||||||||| || || ||| | |||||||||||| |||| |    
T  51213169 acaagtgcccttgatgcagaatctgaaagagtagtacaagagaccctggacagaattatgataaaccgaacaaccatcattgtagctcaccgcctaagca 51213268  T
Q  121 caatcagaaatgttgataccattgctgtcattc 153  Q
    |||| || || | ||||| ||||||||| ||||    
T  51213269 caataaggaacgctgatatcattgctgttattc 51213301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 49736878 - 49736730
Alignment:
Q  21 acaagtgcccttgatgcagaatctgagagaattgtacaagaggcattggaaagaataatgataaaccggacgacaatcgtcgtagctcaccgcttaagta 120  Q
    |||||||||||||| ||||| || || ||| | ||||||||| |  | |||||||| ||||||||||| || |  ||| | ||||| |||||| |||| |    
T  49736878 acaagtgcccttgacgcagagtcggaaagagtggtacaagagacgctagaaagaattatgataaaccgaacaatgatcattgtagcccaccgcctaagca 49736779  T
Q  121 caatcagaaatgttgataccattgctgtcattcgtcaaggaaaaatagt 169  Q
    |||| || |||| ||||| |||||| || ||||  ||||||||| ||||    
T  49736778 caataaggaatgctgatatcattgccgttattcaccaaggaaaagtagt 49736730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University