View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18003_low_11 (Length: 509)

Name: NF18003_low_11
Description: NF18003
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18003_low_11
NF18003_low_11
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-509)||(45731871-45732364)
chr4 (23-509)||(45737201-45737687)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 474; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 45732364 - 45731871
Alignment:
Q  16 agcatacatgtggatttcatcatgaagaaactagtcaccttgaattgctggtggatttctaaataatgattgtagtttatggctcattttcattcatgat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45732364 agcatacatgtggatttcatcatgaagaaactagtcaccttgaactgctggtggatttctaaataatgatcgtagtttatggctcattttcgttcatgat 45732265  T
Q  116 catatatccttattttgcagggggttgagactgtagatacaagccatttcattactccagaaaatattgaaagactaaatcaggcaaaagaagcagatag 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45732264 catatatccttattttgcagggggttgagactgtagatacaagccatttcattactccagaaaatattgaaagactaaatcaggcaaaagaagcagatag 45732165  T
Q  216 agtccaggtatataactttcatagtactagtagcatatttatgttacattagtcacctgatgtgttttttcccttctcctatcatattgaataacttata 315  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45732164 ggtccaggtatataactttcatagtactagtagcatatttatgttacattagtcacctgatgtgttttttcccttctcctatcatattgaataacttata 45732065  T
Q  316 ttcttcacaaatatatagattgattatacccaacccatccaaaatgatactaccaagagtgaaacagaaacaccatttgccaatggtgatagtcaacttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45732064 ttcttcacaaatatatagattgattatacccaacccatccaaaatgatactaccaagagtgaaacagaaacaccatttgccaatggtgatagtcaacttg 45731965  T
Q  416 gaactgttggatgtgtagctgttgatagcaacagaaatctagcttcagcaacatcaactggtggattagtgaacaaaatggttggtcgaattgg 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45731964 gaactgttggatgtgtagctgttgatagcaacggaaatctagcttcagcaacatcaactggtggattagtgaacaaaatggttggtcgaattgg 45731871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 45737687 - 45737201
Alignment:
Q  23 atgtggatttcatcatgaagaaactagtcaccttgaattgctggtggatttctaaataatgattgtagtttatggctcattttcattcatgatcatatat 122  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| ||     
T  45737687 atgtggatttcattatgaaaaaactagtcaccttgaattactggtgaatttgtaaataatgatcatagtttgtggctcattttcattcatgatcatgtag 45737588  T
Q  123 ccttattttgcagggggttgagactgtagatacaagccatttcattactccagaaaatattgaaagactaaatcaggcaaaagaagcagatagagtccag 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  45737587 ccttattttgcagggggttgagactctacatacaagccatttcattactccagaaaatattgaaaggctaaatcaggcaaaagaagcaaatagggtccag 45737488  T
Q  223 gtatataactttcatagtactagtagcatatttatgttacattagtcacctgatgtgttttttcccttctcctatcatattgaataacttatattcttca 322  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||    
T  45737487 gtatataactttcgtagtactagtagcatatttatgttacattaatcacctaatgtattttttcccttctcctatgatattgaataacttatatttatca 45737388  T
Q  323 caaatatatagattgattatacccaacccatccaaaatgatactaccaagagtgaaacagaaacaccatttgccaatggtgatagtcaacttggaactgt 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  45737387 caaatatatagattgattatacccaaccaatccaaaatgatactaccaagggtgaaccagaaataccatttgctaatggtgatagtcaactcggaactgt 45737288  T
Q  423 tggatgtgtagctgttgatagcaacagaaatctagcttcagcaacatcaactggtggattagtgaacaaaatggttggtcgaattgg 509  Q
    ||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45737287 tggatgtgtagctgttgatggtaatggaaatctagcttctgcaacatcaaccggtggattagtgaacaaaatggttggtcgaattgg 45737201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University