View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18003_low_46 (Length: 335)

Name: NF18003_low_46
Description: NF18003
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18003_low_46
NF18003_low_46
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (1-319)||(5289543-5289861)
chr7 (1-319)||(5284266-5284584)
chr7 (1-319)||(5302454-5302772)
chr7 (1-319)||(5310355-5310673)
chr7 (1-319)||(5315069-5315387)
chr7 (1-319)||(46706834-46707152)
chr7 (19-166)||(32530872-32531019)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-319)||(1504935-1505253)
chr5 (5-320)||(1492125-1492440)
chr5 (1-315)||(1477961-1478275)
chr5 (1-312)||(1482158-1482469)
chr5 (1-297)||(1509104-1509400)
chr5 (1-300)||(1499217-1499516)
chr5 (2-300)||(1486647-1486945)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-319)||(44128532-44128850)
chr1 (1-319)||(44132737-44133055)
chr1 (1-319)||(44141159-44141477)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-306)||(24163636-24163941)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (2-309)||(37859211-37859518)
chr3 (2-315)||(37863237-37863550)
chr3 (4-228)||(39030120-39030344)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-309)||(35250779-35251080)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Original strand, 5289543 - 5289861
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5289543 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatatacctt 5289642  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289643 ttcacatatggacgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 5289742  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289743 actttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 5289842  T
Q  301 ggccatgtattcacaaaca 319  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5289843 ggccatgtattcacaaaca 5289861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 5284584 - 5284266
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284584 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 5284485  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284484 ttcacatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 5284385  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5284384 actttggttggccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaagg 5284285  T
Q  301 ggccatgtattcacaaaca 319  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5284284 ggccatgtattcacaaaca 5284266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 5302772 - 5302454
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302772 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagctagatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 5302673  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302672 ttcacatatgggcgaagacccaagagtttggtgagttgataatcagcttcgggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 5302573  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302572 actttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 5302473  T
Q  301 ggccatgtattcacaaaca 319  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5302472 ggccatgtattcacaaaca 5302454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 5310673 - 5310355
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5310673 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatatacctt 5310574  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310573 ttcacatatggacgaaggcccaagagttttgtgagttgataatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 5310474  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5310473 actttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgccttgcatccaatgaagg 5310374  T
Q  301 ggccatgtattcacaaaca 319  Q
     ||||||||||||||||||    
T  5310373 tgccatgtattcacaaaca 5310355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 5315387 - 5315069
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  5315387 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgttggtacatcatgtatctt 5315288  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315287 ttcacatatgggcgaagacctaatagtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 5315188  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315187 actttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 5315088  T
Q  301 ggccatgtattcacaaaca 319  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5315087 ggccatgtattcacaaaca 5315069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Original strand, 46706834 - 46707152
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  46706834 aaccaatacacgggcacctttgttgttctcagccaaatcgttagccaaacgaagccccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatatacctt 46706933  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46706934 ttcacatatgggcgaagaccgaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccactagtagtgcaaacgattaagtgggtaatctttg 46707033  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46707034 actttggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctggcatccaatgaagg 46707133  T
Q  301 ggccatgtattcacaaaca 319  Q
     ||||| ||||||||||||    
T  46707134 tgccatatattcacaaaca 46707152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 166
Target Start/End: Original strand, 32530872 - 32531019
Alignment:
Q  19 tttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaaga 118  Q
    |||||| |||||||| | |||||| || || || || || ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||   | ||| ||| ||||    ||     
T  32530872 tttgttattctcagcaagatctttcgctaagcggagaactgtgccgcctgcgaaacaaccttgttgatacatcatgagacgtttgacagatggttttagg 32530971  T
Q  119 cccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacacca 166  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  32530972 cctaagagtttagtgagttggtaatcggcacccggcatgtctacacca 32531019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 1505253 - 1504935
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  1505253 aaccaacacacgggcacctttgttgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctc 1505154  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1505153 ttcacatatgggcgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacaattaagtgagtaatctttg 1505054  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1505053 actttggctgaccccattcttttatagcttttacggcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 1504954  T
Q  301 ggccatgtattcacaaaca 319  Q
     ||||||||||||||||||    
T  1504953 tgccatgtattcacaaaca 1504935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 5 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 1492440 - 1492125
Alignment:
Q  5 aacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  1492440 aacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatcttttta 1492341  T
Q  105 catatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactt 204  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492340 catatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactt 1492241  T
Q  205 tggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggggcc 304  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  1492240 tggttgaccccattcttttatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacttctaccaccaccatgtcttgtctagcatccaatgaaggtgcc 1492141  T
Q  305 atgtattcacaaacat 320  Q
    ||||||||||||||||    
T  1492140 atgtattcacaaacat 1492125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 1478275 - 1477961
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  1478275 aaccaacacacgagcacctttattgttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgttggtacatcatatacctc 1478176  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  1478175 ttcacatatggacgaagacctaagagtttggtgagttggtaatcagcgccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaaagatcaagtgtgtaatctttg 1478076  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  1478075 attttggttggccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacttctaccaccaccatgtcctgcctagcatccaatgacgg 1477976  T
Q  301 ggccatgtattcaca 315  Q
     ||||||||||||||    
T  1477975 tgccatgtattcaca 1477961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1482469 - 1482158
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||     
T  1482469 aaccaacacacgagcacctttattattctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaagcatccttgttggtacatcatgtatctc 1482370  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||    
T  1482369 ttcacatatggacgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgtctacaccacttgtggtacaaaatattaagtgtgtaatctttg 1482270  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1482269 attttggttggccccattcttttatagccttcactgcagcctcctttcctagtctaggcacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 1482170  T
Q  301 ggccatgtattc 312  Q
     |||||||||||    
T  1482169 tgccatgtattc 1482158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 1509400 - 1509104
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1509400 aaccaacacacgagcatcttggttattttcagccaaatcctttgccaaatgaagcacagtgccacctgcaaaacacctttgttggtacatcatgtacctt 1509301  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    || ||||||||| ||||||| || ||||| || ||||||||||  ||||||| ||| || ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  1509300 tttacatatgggtgaagacctaaaagtttggtaagttgataatgagctccagacatatcaacaccacttgtggtgcaaaagattaaatgtgtaatctttg 1509201  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatga 297  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1509200 attttggctggccccattcttttatagccttcactgcaacctcttttcctagcctaggtacctttacaaccaccatgtcttgcctagcatccaatga 1509104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 1499516 - 1499217
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||| || || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1499516 aaccaacacacgagcacctttgttattctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctgcataacaccctagttggtacatcatgtacctt 1499417  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||   ||||||||  ||||| || ||||| ||||    
T  1499416 ttcacatatgggttaagacctaagagttttgttagttggtaatccgcaccaggcatgtctacaccactataggtgcaaaaaattaaatgtgtaatatttg 1499317  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    |||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  1499316 acttcggttgaccccattcttcgatagccttcactgcagcctccttccctagtctaggtatctctaccgccatcatgtcttgcctagcatccaaagaagg 1499217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 1486945 - 1486647
Alignment:
Q  2 accaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttt 101  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||| || |||||| |||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||| ||    
T  1486945 accaacacaagagcatctttattgttctcagccaagtccttggcctaacgtagaacagtgccccctgcaaagcatccttgttggtatatcatataccgtt 1486846  T
Q  102 tcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttga 201  Q
    ||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||  |||||||||  |||||||| |||||||||||    
T  1486845 tcacatccgggcaaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgcctataccactcatggtgcaaaatattaagtgtgtaatctttga 1486746  T
Q  202 ctttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1486745 ctttggttggccctattcttttatagctttcactgcagcctcatttcctagcctaggcacgtctcgcaccaccatgtcttgcctagcatccaaagaagg 1486647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 44128850 - 44128532
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  44128850 aaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatatacctt 44128751  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44128750 ttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttg 44128651  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44128650 actttggttgaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 44128551  T
Q  301 ggccatgtattcacaaaca 319  Q
     ||||||||||||||||||    
T  44128550 tgccatgtattcacaaaca 44128532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 44133055 - 44132737
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  44133055 aaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatatacctt 44132956  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44132955 ttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttg 44132856  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44132855 actttggttgaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 44132756  T
Q  301 ggccatgtattcacaaaca 319  Q
     ||||||||||||||||||    
T  44132755 tgccatgtattcacaaaca 44132737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 44141477 - 44141159
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  44141477 aaccaacacacgagcacctttgttgttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatatacctt 44141378  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44141377 ttcacatatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttg 44141278  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141277 actttggttgaccccattcttttatggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 44141178  T
Q  301 ggccatgtattcacaaaca 319  Q
     ||||||||||||||||||    
T  44141177 tgccatgtattcacaaaca 44141159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Original strand, 24163636 - 24163941
Alignment:
Q  1 aaccaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtacctt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24163636 aaccaacacacgagaacctttgttgttctcagccaagtccttggccaagcgaagtaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatatacctt 24163735  T
Q  101 ttcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttg 200  Q
    || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||  |||||||| || |||||||    
T  24163736 tttacacatgggcgaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatatctacaccacttatagtgcaaaatattaagtgtgtgatctttg 24163835  T
Q  201 actttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaagg 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  24163836 actttggttggccccattcttttatagccttcacggctgcctcctttcctagtcttggtgcctctactaccaccatgtcttgcctagtatccaaagaagg 24163935  T
Q  301 ggccat 306  Q
     |||||    
T  24163936 tgccat 24163941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 4e-78; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 309
Target Start/End: Original strand, 37859211 - 37859518
Alignment:
Q  2 accaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  |    
T  37859211 accaacacacgagcacctttgttgttttcagccaagtctttagccaaacgaagcaccgtgccaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatgtaacgct 37859310  T
Q  102 tcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttga 201  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||||||| ||| | ||| |||||||| ||    
T  37859311 tcacatatggacgaaggcccaagagctttgtcagctgatagtcggcaccgggcatgtccacgccactggtggtgcaaaagatgaggtgggtaatcttgga 37859410  T
Q  202 ctttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggg 301  Q
    ||| |||||||||||||| || || || ||   ||| ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||     
T  37859411 cttaggttgaccccattccttgatggcctttgttgctgcctcttttcctagtcttggtacctccacaaccaccatgtcttgtcttgcatccaatgaaggt 37859510  T
Q  302 gccatgta 309  Q
    ||||||||    
T  37859511 gccatgta 37859518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 315
Target Start/End: Original strand, 37863237 - 37863550
Alignment:
Q  2 accaacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttt 101  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |  |    
T  37863237 accaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaagcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgct 37863336  T
Q  102 tcacatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttga 201  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||    
T  37863337 tcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccaggcatatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttga 37863436  T
Q  202 ctttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggg 301  Q
    ||| |||||||||||||| || ||||| ||   ||||||||| ||||||||  | ||||| || || |||||||| || || || |||||||| |||||     
T  37863437 cttaggttgaccccattccttgatagcctttgttgcagcctcttttcctagctttggtacttccacaaccaccatatcctgtcttgcatccaacgaaggt 37863536  T
Q  302 gccatgtattcaca 315  Q
    ||||| || |||||    
T  37863537 gccatatactcaca 37863550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 39030344 - 39030120
Alignment:
Q  4 caacacacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttc 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |  |||| |||||||| ||||||||||||||||| || |  ||     
T  39030344 caacacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgcttt 39030245  T
Q  104 acatatgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgact 203  Q
    |||||||| | ||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||  |||||||  || |  ||||||| | ||||||    
T  39030244 acatatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaaccattgact 39030145  T
Q  204 ttggttgaccccattcttttatagc 228  Q
    | |||||||||||||| || |||||    
T  39030144 taggttgaccccattcattgatagc 39030120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 94; Significance: 7e-46; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 8 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 35251080 - 35250779
Alignment:
Q  8 acacgagcacctttgttgttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacat 107  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||| || ||||||||||||||||||||||| || | ||||||      
T  35251080 acacgagcacctttattgttctcagccaaatctttagccaaacgaagaaccataccaccagcgaaacacccttgttggtacatcatataacgtttcaccg 35250981  T
Q  108 atgggcgaagacccaagagttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttgg 207  Q
    | || ||||| || |  | ||||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| ||  ||||||  || | |||||| ||||| ||||||||    
T  35250980 acggacgaagtcctagcaattttgtgagctgataatcagcaccaggcatatccacaccactagtaatgcaaaatatgaggtgagtgatcttggactttgg 35250881  T
Q  208 ttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccaccatgtcttgcctagcatccaatgaaggggccatg 307  Q
    |||||||||||| || || |||||   ||| || || |||||||  || || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||    
T  35250880 ttgaccccattccttgatcgcttttgttgctgcttcttttcctaaccttggcacctctactaccaccatatcttgtcttgcatccaatgatggtgccatg 35250781  T
Q  308 ta 309  Q
    ||    
T  35250780 ta 35250779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University