View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18007_low_1 (Length: 1028)

Name: NF18007_low_1
Description: NF18007
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18007_low_1
NF18007_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-1008)||(35481047-35482044)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 915; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 915; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1008
Target Start/End: Complemental strand, 35482044 - 35481047
Alignment:
Q  1 gaaagttttgattatcatctcccaggagattgtcttgcttatttgtattacagacaaagtaaggagaataagaatccttctgatccaagaactgcttttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35482044 gaaagttttgattatcatctcccaggagattgtcttgcttatttgtattacagacaaagtaaggagaataagaatccttctgatccaagaactgcatttc 35481945  T
Q  101 ttcaacaagcgttgagtgctgtagagtctgataaagctagaaacgtgattttggaggagctaaatggaaaggctgaagaggaggaagttgaagatgttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  35481944 ttcaacaagcgttgagtgctgtagagtctgataaagctagaaacgtgattttggaggagttgaatggaaaggctgaagaggagaaggttgaagatgttgt 35481845  T
Q  201 attaaaagtacctgttaatgtggtgagattgaagattggtgaagtagctgaggcgacctcggtggttgttttgcccgtgtgtaaagctgaggaaggagaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481844 attaaaagtacctgttaatgtggtgagattgaagattggtgaagtagctgaggcgacctcggtggttgttttgcccgtgtgtaaagctgaggaaggagaa 35481745  T
Q  301 agggtgattatggaagcaccttctgagataagaaaggaaggggagtttggtattgtggtggcagagaaagggtgggagaaatgggtggtgttaccggctt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481744 agggtgattatggaagcaccttctgagataagaaaggaaggggagtttggtattgtggtggcggagaaagggtgggagaaatgggtggtgttaccggctt 35481645  T
Q  401 ggggaccggtggttaatttagggaaaggcgttgttgtgtcgtttttggatgcgagagttttgccatggaaggctaataataggtggtgtaaggaagagcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481644 ggggaccggtggttaatttagggaaaggcgttgttgtgtcgtttttggatgcgagagttttgccatggaaggctaataataggtggtgtaaggaagagcc 35481545  T
Q  501 tattttggtggttgctgataggagtaagagggaggtggagaatgatgatgggttttatttggtaaaagatgatggtaatgatgttggtttaaaggttcaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481544 tattttggtggttgctgataggagtaagagggaggtggagaatgatgatgggttttatttggtaaaagatgatggtaatgatgttggtttaaaggttcaa 35481445  T
Q  601 aggggttcgattttgaaggaaatgggggttaatgagtgtttagggaatgtagttattgttgttaggccacctactgaaaatgatggtgatatgttgagtg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481444 aggggttcgattttgaaggaaatgggggttaatgagtgtttagggaatgtagttattgttgttagaccacctactgaaaatgatggtgatatgttgagtg 35481345  T
Q  701 aagaagattgggattgaaatgaagattgggttaaaggattggattaggaattgtagtcaagtgagtttcaatctcttttccctttcttccttacctttgn 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35481344 aagaagattgggattgaaatgaag---gggttaaaggattggattaggaattgtagtcaagtgagtttcaatctcttttccctttcttccttacctttgt 35481248  T
Q  801 nnnnnngggtcctgcggaatatggctctttattaatttgggtttagttgcaatattcttttgctttgcctacttaatagaaggacttgatcatttttgtt 900  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481247 ttttttgggtcctgcggaatatggctctttattaatttgggtttagttgcaatattcttttgctttgcctacttaatagaaggacttgatcatttttgtt 35481148  T
Q  901 ttctctatagcttgtatgttatctttacatggttaaaggtgaataatatagccaattattgcattgaaagttgaaacatctatctgttcagtttagtcat 1000  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481147 ttctctatagcttgtacgttatctttacatggttaaaggtgaataatatagccaattattgca-------ttgaaacatctatctgttcagtttagtcat 35481055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University