View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18017_low_1 (Length: 1313)

Name: NF18017_low_1
Description: NF18017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18017_low_1
NF18017_low_1
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (8-1300)||(23852128-23853420)
chr2 (187-1300)||(23751427-23752535)
chr2 (257-1300)||(22618820-22619863)
chr2 (992-1293)||(20573044-20573345)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1285; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1285; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1300
Target Start/End: Complemental strand, 23853420 - 23852128
Alignment:
Q  8 ggacatcatcatagataccaattaactagagttcaattacatagagactcaattgtgtttgaatataaggtgtccccaaatataaataagtgctcaagat 107  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23853420 ggacatcaacatagataccaattaactagagttcaattacatagagactcaattgtgtttgaatataaggtgtccccaaatataaataagtgctcaagat 23853321  T
Q  108 atgcacggaaatagaacatcaacatgactcgttccaaatataaaaatgaacaaatgaaaggacataataaaatgagatgcctatttaagttgtgttggtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23853320 atgcacggaaatagaacatcaacatgactcgttccaaatataaaaatgaacaaatgaaaggacataataaaatgagatgcctatttaagttgtgttggtt 23853221  T
Q  208 gtgtcacggttgtgttgtgcccacccgacttgcagctctgcttcagtctcttcccttaaatatggatagaaaccaaagttttgctttttcagttgtttca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23853220 gtgtcacggttgtgttgtgcccacccgacttgcagctctgcttcagtctcttcccttaaatatggatagaaaccaaagttttgctttttcagttgtttca 23853121  T
Q  308 cttttgagtacatatttcatgttactatgttcctgtggccattcatcatttggttgcatggaacaagagaggaaagctcttcttgaaatcaaaggaagct 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23853120 cttttgagtacatatttcatgttactatgttcctgtggccattcatcatttggttgcatggaacaagagaggaaagctcttcttgaaatcaaaggaagct 23853021  T
Q  408 ttaatgatccattatttagactttcctcttggaaaggaaatgactgttgtaaatggaaaggtataagttgcagcaacatcacaggacatgttgtaaaaat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23853020 ttaatgatccattatttagactttcctcttggaaaggaaatgactgttgtaaatggaaaggtataagttgcagcaacatcacaggacatgttgtaaaaat 23852921  T
Q  508 tgaccttaggaatccatgttacccacaaaaaggagaacaatttgattcaaactgtccctactcaaaatctaagcttgaagctcagtatatccatcctgct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852920 tgaccttaggaatccatgttacccacaaaaaggagaacaatttgattcaaactgtccctactcaaaatctaagcttgaagctcagtatatccatcctgct 23852821  T
Q  608 cattcacagttcaagtatcttagttatttggaccttagtggaaacaatttcaattcaagtccaataccaaagtttatccattctatgaatcagttacaat 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852820 cattcacagttcaagtatcttagttatttggaccttagtggaaacaatttcaattcaagtccaataccaaagtttatccattctatgaatcagttacaat 23852721  T
Q  708 ttctttctctctatgactcccatttgagtggtaagatcccaaataaccttggaaacctcacaaaattgtcctttcttgatctcagtttcaatacttattt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852720 ttctttctctctatgactcccatttgagtggtaagatcccaaataaccttggaaacctcacaaaattgtcctttcttgatctcagtttcaatacttattt 23852621  T
Q  808 acactctgatgatgtcagttgggtttcaaaactttcattgctccaaaacctttacctgagtgatgtttttcttgggagggcacaaaatttgttcttcgta 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852620 acactctgatgatgtcagttgggtttcaaaactttcattgctccaaaacctttacctgagtgatgtttttcttgggagggcacaaaatttgttcttcgta 23852521  T
Q  908 cttaacatgattccttctttgttagaattagacttgatgaactgcagcataaccaagatgcacagtagtgatcataaactagttagttacacaaactttt 1007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852520 cttaacatgattccttctttgttagaattagacttgatgaactgcagcataaccaagatgcacagtagtgatcataaactagttagttacacaaactttt 23852421  T
Q  1008 ctagtattaagacactcaatcttgcagataatggacttgatggtccagatctgaatgtttttagaaacatgacttccgttgaagttattgtcctttctaa 1107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23852420 ctagtattaagacactcaatcttgcagataatggacttgatggtccagatctgaatgtttttagaaacatgacttccgttaaagttattgtcctttctaa 23852321  T
Q  1108 caatagtcttagttcagttccattttggttgagtaattgtgccaaacttcaacatctttatcttcgaagaaatgctcttaatggctcacttccattagct 1207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852320 caatagtcttagttcagttccattttggttgagtaattgtgccaaacttcaacatctttatcttcgaagaaatgctcttaatggctcacttccattagct 23852221  T
Q  1208 cttcgaaatttgacttctttggaattgcttaacctttctcaaaacaaaattgaatctgttccacagtggttaggagggttaaagagccttttg 1300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852220 cttcgaaatttgacttctttggaattgcttaacctttctcaaaacaaaattgaatctgttccacagtggttaggagggttaaagagccttttg 23852128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 187 - 1300
Target Start/End: Complemental strand, 23752535 - 23751427
Alignment:
Q  187 cctatttaagttgtgttggttgtgtcacggttgtgttgtgcccacccgacttgcagctctgcttcagtctcttcccttaaatatggatagaaaccaaagt 286  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||     ||||||| |||| ||||  ||||||| || ||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  23752535 cctatttaagttgtgttggttgagtccccgttgtg-----cccacccaacttacagcgttgcttcattcacttccctcaaatatgcatagaaaccaaagt 23752441  T
Q  287 tttgctttttcagttgtttcacttttgagtacatatttcatgttactatgttcctgtggccattcatcatttggttgcatggaacaagagaggaaagctc 386  Q
    | |||||||   |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |    
T  23752440 tatgcttttgttgttgtttcccttttgagcacatgtttcatgttactatgttctagtagccattcatcatttggttgcatagaacaagagaggcaagcac 23752341  T
Q  387 ttcttgaaatcaaaggaagctttaatgatccattatttagactttcctcttggaaaggaaatgactgttgtaaatggaaaggtataagttgcagcaacat 486  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23752340 ttcttgaactcaaaggaagctttaatgatacatcattaagactttcctcttgggaaggaaatgaatgttgtaaatggaaaggtataagttgcagcaacat 23752241  T
Q  487 cacaggacatgttgtaaaaattgaccttaggaatccatgttacccacaaaaaggagaacaatttgattcaaactgtccctactcaaaatctaagcttgaa 586  Q
     ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || || ||| | | ||||||||| | |   |||||  ||||||| ||    
T  23752240 tacaggtcatgttgttaaaattgaccttaggaatccatgctacccacaaagaagaaaaaaatatcaatcaaactgttcattaacaaaaaataagcttaaa 23752141  T
Q  587 gctcagtatatccatcctgctcattcacagttcaagtatcttagttatttggaccttagtggaaacaatttcaattcaagtccaataccaaagtttatcc 686  Q
    ||||   | |||||| |  ||| |||| | || ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||    
T  23752140 gctccagaaatccatacatctctttcaaattttaaaaatcttagtaatttagaccttagtggaaacaatttaaattcaagtccaataccaacatttatcc 23752041  T
Q  687 attctatgaatcagttacaatttctttctctctatgactcccatttgagtggtaagatcccaaataaccttggaaacctcacaaaattgtcctttcttga 786  Q
    |||  |||||||||||| |||| |||||| ||| ||| ||| |||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  23752040 atttaatgaatcagttaaaattcctttctatctctgattccaatttgagtggaataatcccaaataaccttagaaacctcacaaaattgaactttcttga 23751941  T
Q  787 tctcagtttcaatacttatttacactctgatgatgtcagttgggtttcaaaactttcattgctccaaaacctttacctgagtgatgtttttcttgggagg 886  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  23751940 tctcagtttaaattcttatttacactctgatgatgtaaattgggtttcaaaactttcattgctccaaaacctttaaatgagtgatgtttttcttgggaag 23751841  T
Q  887 gcacaaaatttgttcttcgtacttaacatgattccttctttgttagaattagacttgatgaactgcagcataaccaagatgcacagtagtgatcataaac 986  Q
    ||||||||||| |||   ||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||  |||    
T  23751840 gcacaaaatttattcaaggtacttaccatgcttccttctttgatagaattagaattgaagaactgaagcataaccaagatgcacagtcatgatcaacaac 23751741  T
Q  987 tagttagttacacaaacttttctagtattaagacactcaatcttgcagataatggacttgatggtccagatctgaatgtttttagaaacatgacttccgt 1086  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |    
T  23751740 ttgttagttacacaaatttttctagtattaaatcactcaatcttgcagataatagacttgatggtccagatctgaatgcttttagaaacatgacttcaat 23751641  T
Q  1087 tgaagttattgtcctttctaacaatagtcttagttcagttccattttggttgagtaattgtgccaaacttcaacatctttatcttcgaagaaatgctctt 1186  Q
    ||||  ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||| |||||||||    
T  23751640 tgaaaatattaacctttctaacaatagtattagttcagttccaatttggttgagtaattgtgccaaacttgactatctttatcttggaagcaatgctctt 23751541  T
Q  1187 aatggctcacttccattagctcttcgaaatttgacttctttggaattgcttaacctttctcaaaacaaaattgaatctgttccacagtggttaggagggt 1286  Q
    || || ||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||    
T  23751540 aaaggttcagttccataagctcttagaaatttgacttccttgaaatagctagacctttcccaaaacaaaattgaatctgttccaaaatggttagatgggt 23751441  T
Q  1287 taaagagccttttg 1300  Q
    || |||| ||||||    
T  23751440 tagagagtcttttg 23751427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 257 - 1300
Target Start/End: Complemental strand, 22619863 - 22618820
Alignment:
Q  257 cttcccttaaatatggatagaaaccaaagttttgctttttcagttgtttcacttttgagtacatatttcatgttactatgttcctgtggccattcatcat 356  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||   |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  22619863 cttccctcaaatatgcatagaaaccaaagttatgcttttgttgttgtttcccttttgagcacatgtttcatgttactatgttctagtagccattcatcat 22619764  T
Q  357 ttggttgcatggaacaagagaggaaagctcttcttgaaatcaaaggaagctttaatgatccattatttagactttcctcttggaaaggaaatgactgttg 456  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||| | | | |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  22619763 ttggttgcttagaacaagagaggcaagctcttttagcactcaaaggaagctttaatgatacatcattaagactttcctcttgggaaggaaatgaatgttg 22619664  T
Q  457 taaatggaaaggtataagttgcagcaacatcacaggacatgttgtaaaaattgaccttaggaatccatgttacccacaaaaaggagaacaatttgattca 556  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || || ||| | | |||    
T  22619663 taaatggaaaggtataagttgcagcaacattacaggtcatgttataaaaattgaccttaggaatccatgctacccacaaagaagaaaaaaatatcaatca 22619564  T
Q  557 aactgtccctactcaaaatctaagcttgaagctcagtatatccatcctgctcattcacagttcaagtatcttagttatttggaccttagtggaaacaatt 656  Q
    |||||| | |   |||||  ||||||| ||||||   | |||||| |  ||| |||| | || ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  22619563 aactgttcattaacaaaaaataagcttaaagctccagaaatccatacatctctttcaaattttaaaaatcttagtaatttagaccttagtggaaacaatt 22619464  T
Q  657 tcaattcaagtccaataccaaagtttatccattctatgaatcagttacaatttctttctctctatgactcccatttgagtggtaagatcccaaataacct 756  Q
    | |||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||| |||| |||||| ||| ||| ||| |||||||||| |  ||||||||||||||    
T  22619463 taaattcaagtccaataccaacatttatccatttaatgaatcagttaaaattcctttctatctctgattccaatttgagtggaataatcccaaataacct 22619364  T
Q  757 tggaaacctcacaaaattgtcctttcttgatctcagtttcaatacttatttacactctgatgatgtcagttgggtttcaaaactttcattgctccaaaac 856  Q
    | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22619363 tagaaacctcacaaaattgaactttcttgatctcagtttaaattcttatttacactctgatgatgtaaattgggtttcaaaactttcattgctccaaaac 22619264  T
Q  857 ctttacctgagtgatgtttttcttgggagggcacaaaatttgttcttcgtacttaacatgattccttctttgttagaattagacttgatgaactgcagca 956  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||   ||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||    
T  22619263 ctttacttgagtgatgtttttcttgggaaggcacaaaatttattcaaggtacttaccatgcttccttctttgatagaattagaattgaagaactgaagca 22619164  T
Q  957 taaccaagatgcacagtagtgatcataaactagttagttacacaaacttttctagtattaagacactcaatcttgcagataatggacttgatggtccaga 1056  Q
    |||||||||||||||||  ||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22619163 taaccaagatgcacagtcatgatcaacaacttgttagttacacaaatttttctagtattaaatcactcaatcttgcagataatagacttgatggtccaga 22619064  T
Q  1057 tctgaatgtttttagaaacatgacttccgttgaagttattgtcctttctaacaatagtcttagttcagttccattttggttgagtaattgtgccaaactt 1156  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||  ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22619063 tctgaatgcttttagaaacatgacttcaattgaaaatattaacctttctaacaatagtattagttcagttccaatttggttgagtaattgtgccaaactt 22618964  T
Q  1157 caacatctttatcttcgaagaaatgctcttaatggctcacttccattagctcttcgaaatttgacttctttggaattgcttaacctttctcaaaacaaaa 1256  Q
     |  ||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||  ||||||| ||||||||||    
T  22618963 gactatctttatcttggaagcaatgctcttaaaggttcagttccataagctcttagaaatttgacttccttgaaatagctagacctttcccaaaacaaaa 22618864  T
Q  1257 ttgaatctgttccacagtggttaggagggttaaagagccttttg 1300  Q
    |||||||||||||| | |||||||  |||||| |||| ||||||    
T  22618863 ttgaatctgttccaaaatggttagatgggttagagagtcttttg 22618820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 992 - 1293
Target Start/End: Original strand, 20573044 - 20573345
Alignment:
Q  992 agttacacaaacttttctagtattaagacactcaatcttgcagataatggacttgatggtccagatctgaatgtttttagaaacatgacttccgttgaag 1091  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||     
T  20573044 agttacacaaatttttctagcattaagtcactcaatcttgcagataatggacttaatggtccaaatctgaatgcttttagaaacatgacttcaattgaaa 20573143  T
Q  1092 ttattgtcctttctaacaatagtcttagttcagttccattttggttgagtaattgtgccaaacttcaacatctttatcttcgaagaaatgctcttaatgg 1191  Q
     ||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||     |||||| |||  |||| |||||||| |||||    
T  20573144 ctattgacctttctaacaatagaatcagttcagttccattttggttaggtaattgtgcaaaactgggttatctttctctcggaagcaatgctctcaatgg 20573243  T
Q  1192 ctcacttccattagctcttcgaaatttgacttctttggaattgcttaacctttctcaaaacaaaattgaatctgttccacagtggttaggagggttaaag 1291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||   |||||||| |||||||||    
T  20573244 ctcacttccattagctcttcgaaatttgacttccttgacgttgcttgacctttcccaaaacaacattgaatctgttccattatggttaggtgggttaaag 20573343  T
Q  1292 ag 1293  Q
    ||    
T  20573344 ag 20573345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University