View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18024_low_6 (Length: 427)

Name: NF18024_low_6
Description: NF18024
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18024_low_6
NF18024_low_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-411)||(14553268-14553680)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (1-384)||(37533285-37533670)
chr5 (1-384)||(37824080-37824465)
chr5 (1-384)||(37702853-37703238)
chr5 (1-384)||(37711809-37712194)
chr5 (1-384)||(37640057-37640442)
chr5 (1-384)||(37594509-37594894)
chr5 (3-384)||(37392484-37392867)
chr5 (1-382)||(37435894-37436277)
chr5 (1-276)||(37400402-37400679)
chr5 (1-276)||(37697080-37697357)
chr5 (203-384)||(37400672-37400853)
chr5 (203-384)||(37696906-37697087)
chr5 (115-381)||(37412962-37413228)
chr5 (129-381)||(37382055-37382307)
chr5 (137-357)||(37428944-37429164)
chr5 (129-178)||(37343272-37343321)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-384)||(16842466-16842851)
chr4 (129-381)||(24217460-24217712)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (127-169)||(23496081-23496123)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 14553680 - 14553268
Alignment:
Q  1 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14553680 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 14553581  T
Q  101 gttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 198  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14553580 gttcaaaattgagctatgtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 14553481  T
Q  199 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14553480 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 14553381  T
Q  299 atatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattnnnnnnnctaaatt 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  14553380 atatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaaaaaactaaatt 14553281  T
Q  399 ctctcgatctttc 411  Q
    | |||||||||||    
T  14553280 ccctcgatctttc 14553268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 37533670 - 37533285
Alignment:
Q  1 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  37533670 ggccaagttccatcatcactttttcatctacctcacctttctattttaggtttatcatataacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaac 37533571  T
Q  101 gttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 198  Q
    |||||||||||||||  |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  37533570 gttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttacacctcag 37533471  T
Q  199 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 298  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37533470 caacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 37533371  T
Q  299 atatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 384  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37533370 atatttcaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttaagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 37533285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 37824465 - 37824080
Alignment:
Q  1 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  37824465 ggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttcttatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaac 37824366  T
Q  101 gttcaaaattgagc--tgtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 198  Q
    |||||||||||||   |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||    
T  37824365 gttcaaaattgagtattgtggatttaagctttaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgggcctcag 37824266  T
Q  199 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37824265 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataacaacctacgaggtcattttccaaattca 37824166  T
Q  299 atatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 384  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37824165 atatttcaactccaaaatcttaccgagttaattttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 37824080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 37703238 - 37702853
Alignment:
Q  1 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  37703238 ggccaagttccatcatcactttttcatctacctcacctttttattttaggtttatcatttaacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaac 37703139  T
Q  101 gttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 198  Q
    |||||||||||||||  |||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||| |    
T  37703138 gttcaaaattgagctatgtgggtttgagggataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagggttggtcctcgg 37703039  T
Q  199 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37703038 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttggatctctctagtaacaacctacatggtcattttccaaattca 37702939  T
Q  299 atatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 384  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37702938 atatatgaactccaaaatcttaccaacttagatttgtcgtcaacaaacttgagtggtgtcgtggattttcaccaattttcaaaatt 37702853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 37712194 - 37711809
Alignment:
Q  1 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||| |||| ||  ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  37712194 ggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctcatttatatttagcagataacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaac 37712095  T
Q  101 gttcaaaattgagctgtggatttaag--ttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 198  Q
    ||||||||||||||| ||  |||  |  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||    
T  37712094 gttcaaaattgagctatgtgtttttggatgataacatgttaaatggaacaattccacagtggtgttattctttgccttcattgttagagttgggcctcag 37711995  T
Q  199 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711994 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttggatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 37711895  T
Q  299 atatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 384  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711894 atatttcaactccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 37711809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 37640442 - 37640057
Alignment:
Q  1 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||| |||| ||| ||||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||||||    
T  37640442 ggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctcatttatatttagcatataacaaactagttggcccaattccaattgaaatcgcaaaac 37640343  T
Q  101 gttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 198  Q
    |||| |||||||| |  |||| |||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  37640342 gttccaaattgagatatgtgggtttggatgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctcag 37640243  T
Q  199 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 298  Q
     |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640242 tgacaacaatctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttgtatctctttaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 37640143  T
Q  299 atatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 384  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640142 atatttcaactccaaaatcttacttacttagatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 37640057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 37594894 - 37594509
Alignment:
Q  1 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  37594894 ggccaagttccatcatcactttttcatctacctcacctttctattttaggtttatcatataacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaac 37594795  T
Q  101 gttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 198  Q
    |||||||||||||||  |||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||    
T  37594794 gttcaaaattgagctatgtgggtttgagggataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagaattgtacctcag 37594695  T
Q  199 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 298  Q
    | ||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  37594694 caacaacaatcttacagggttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacagcctacatggtcattttccaaattca 37594595  T
Q  299 atatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 384  Q
    |||||| |||||||||||||  |  |||||  ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37594594 atatttcaactccaaaatctatcttacttaactttgtcatcaaccaacttgagtggtgttgtcgattttcaccaattttcaaaatt 37594509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 3 - 384
Target Start/End: Original strand, 37392484 - 37392867
Alignment:
Q  3 ccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgt 102  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || ||| || || |||||||||||||     
T  37392484 ccaagttccatcatcactttttcatctacccaacctttcttttttagatttatcatctaacaaactagttggcccaattccagttcaaatcacaaaacgc 37392583  T
Q  103 tcaaaattgagc--tgtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcg 200  Q
    ||||||||||||  |||| ||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||  |||||||   |||||  |    
T  37392584 tcaaaattgagcattgtgaatttaggttctaacatgtttaatggtacaattccgcagtggtgttattctttgccttcattaatagagttggacctcaatg 37392683  T
Q  201 acaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaat 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37392684 acaaccatctcacagggttcattgatgagttttcaacttattctttgcaatctttgtatctctcaaataacaacctacatggtcattttccaaattcaat 37392783  T
Q  301 atttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 384  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37392784 atttgaactccaaaatcttaccaacttagatttgtcttcaacaaacttaagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 37392867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 37436277 - 37435894
Alignment:
Q  1 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||  ||||  |||||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||    
T  37436277 ggccaagttccatcatcactttttcatctaccccacctttctcatttagatttatcatttaacaaactagttggcccaattccaattgaaattacaaaac 37436178  T
Q  101 gttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 198  Q
    ||| |||||||||||  |||| | ||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||      
T  37436177 gtttaaaattgagctatgtgggtctagaatataacatgttaaatggaacaattccacagtggtgttattatttgccttcattgttagagttgtacctcca 37436078  T
Q  199 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 298  Q
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  37436077 ttacaaccatctcacagggttcattggtgagttttcaacatattcttttcaatctttgactctctcaaataacaacctagaaggtcatttttcaaattca 37435978  T
Q  299 atatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaa 382  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37435977 atatttcaactccaaaatcttactgaattagatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaa 37435894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Original strand, 37400402 - 37400679
Alignment:
Q  1 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  37400402 ggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttctcatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaac 37400501  T
Q  101 gttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 198  Q
    |||||||||||||||  |||  |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  37400502 gttcaaaattgagctatgtgtttttgggtgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctcag 37400601  T
Q  199 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacct 276  Q
    | ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||    
T  37400602 caacaacaatctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataaccacct 37400679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 37697357 - 37697080
Alignment:
Q  1 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  37697357 ggccaagttccatcatcactttttcatctaccccacctttctcatttaggtttatcatttaacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaac 37697258  T
Q  101 gttcaaaattgag--ctgtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 198  Q
    |||| ||||||||   ||||  |||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |   ||||||    
T  37697257 gttccaaattgagttatgtgtttttggatgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttatacctggacctcag 37697158  T
Q  199 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacct 276  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||    
T  37697157 cagcaaccacctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataaccacct 37697080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 203 - 384
Target Start/End: Original strand, 37400672 - 37400853
Alignment:
Q  203 aaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatat 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37400672 aaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttgcttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatat 37400771  T
Q  303 ttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 384  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37400772 ttgaactccaaaatcttacttacttagatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 37400853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 203 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 37697087 - 37696906
Alignment:
Q  203 aaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatat 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697087 aaccacctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttgcatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatat 37696988  T
Q  303 ttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 384  Q
    || |||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696987 ttcaactccaaaaccttaccgagttatatttgtcatcaaccaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 37696906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 115 - 381
Target Start/End: Original strand, 37412962 - 37413228
Alignment:
Q  115 tgtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcaca 214  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||| || |||||||| | |||||| ||||||||||||| |    
T  37412962 tgtggatttaaataataaaatgttaaatggaacaaatcctcattggtgttattatttgttttctttattagagttgtacctcagtgacaaccacctcaga 37413061  T
Q  215 gggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaa 314  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||   |||  |||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  37413062 gggtccattggagagttctcaacttattcgttgcaaaaattgcttctctctaataacaagttacatggtcattttccaaattcaatatttaaattccaaa 37413161  T
Q  315 atcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaa 381  Q
    |||||||  |||||  ||||||||| ||||||||||  || | |||||| ||||| |||||||||||    
T  37413162 atcttacttacttaggtttgtcatcaacaaacttgaacggcgatgtggactttcatcaattttcaaa 37413228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 129 - 381
Target Start/End: Original strand, 37382055 - 37382307
Alignment:
Q  129 ataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtga 228  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||| |||| ||| |||| ||    || |  |||||||| || ||||| |  ||||||||    
T  37382055 ataatatgttaaatggagcaattccaccctggtgttattccttgacttcattggtagaattggatcttaatgacaaccaactaacaggttcgattggtga 37382154  T
Q  229 gttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgactta 328  Q
     || || |||||||| |||  || | |   |||||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| | || | |||||||||   ||||||    
T  37382155 attctcgacttattccttgatatatctatttctctctaataacaacataaaaggtgattttccaaattcaatatataaattacaaaatctttttgactta 37382254  T
Q  329 tatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaa 381  Q
       |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37382255 ggattgtcatcaaccaacttgagtggtgttgtggactttcaccaattttcaaa 37382307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 137 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 37429164 - 37428944
Alignment:
Q  137 ttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaa 236  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |  ||| |  ||||  || ||||| ||||||||||  ||||||||||| || |    
T  37429164 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataaccaactcacagggtcaattggtgagttctcta 37429065  T
Q  237 cttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtc 336  Q
    ||  ||| ||| | | | |    ||||| ||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  ||||||    
T  37429064 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 37428965  T
Q  337 atccacaaacttgagtggtgt 357  Q
    ||| || |||||||| |||||    
T  37428964 atcaaccaacttgagaggtgt 37428944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 129 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 37343321 - 37343272
Alignment:
Q  129 ataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcg 178  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| | |||||||||||    
T  37343321 ataacatgttaaatggaaaaattctaaattggtgttttactttgccttcg 37343272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Original strand, 16842466 - 16842851
Alignment:
Q  1 ggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||  ||||| |||||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||     
T  16842466 ggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttctaatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaa 16842565  T
Q  101 gttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcag 198  Q
     ||||||||||||||  |||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |    
T  16842566 cttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcg 16842665  T
Q  199 cgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattca 298  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16842666 ctacaaccatctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattca 16842765  T
Q  299 atatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16842766 atatttgaactccaaaatcttaccgccctagatttatcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaatt 16842851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 129 - 381
Target Start/End: Original strand, 24217460 - 24217712
Alignment:
Q  129 ataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtga 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    || || ||||||||  | ||||| |  ||||||||    
T  24217460 ataacatgttaaatggaacaattccgcaatggtgttattccttgccttcgttgttagagttggatcttagtgacaaccaaataacaggttcgattggtga 24217559  T
Q  229 gttttcaacttattctttgcaatctt-tggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgactt 327  Q
     || |||||||||  |||| |  ||| |   ||| || |||||||| || |||||| ||||| |||||||||||| | | || ||||||||| | | |||    
T  24217560 attctcaacttataatttg-agccttctatttctgtctaataacaatctgcaaggtgatttttcaaattcaatatataagcttcaaaatcttgctgcctt 24217658  T
Q  328 atatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaa 381  Q
    |   |||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24217659 aagcttgtcatcaaacaacttgagtggtgttgtggactttcaccaattttcaaa 24217712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 23496123 - 23496081
Alignment:
Q  127 ttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattct 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  23496123 ttataacatgttaaatggaacaattccacgttggtgtttttct 23496081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University